İçeriğe atla

İnsan Proteom Projesi

Kontrol Edilmiş

İnsan Proteom Projesi[1] (HES), İnsan Proteom Örgütü tarafından organize edilen bir işbirliği çalışmasıdır.[2] Projenin amacı, insan genomu tarafından üretilen tüm proteinleri deneysel olarak gözlemlemektir.

Tarihi

İnsan Proteom Organizasyonu kan plazması, karaciğer, beyin ve idrar gibi özel insan dokuları üzerine sürdürülen birçok uzun soluklu klinik araştırma projesini koordine eden bir yapıdır.[3] Aynı zamanda özel teknolojiler ve standartlar gerektiren büyük ölçekli protein çalışmalarından da sorumludur.

İnsan Genom Projesine paralel olacak daha büyük bir projenin yapısı ve hedefleri bilimsel literatürde tartışıldı.[4][5][6][7][8] 2009, 2010 ve 2011 yıllarında İnsan Proteom Örgütü Dünya Kongrelerinde yapılan bir dizi toplantıda, İnsan Proteom Projesinin C-HPP ve B /D-HPP olmak üzere iki alt projeden oluşmasına karar verildi. C-HPP 25 gruba ayrılacaktı ve her bir grup bir kromozomu araştıracaktı. B/D-HPP is biyolojik ve hastalıklarla bağlantılı proteinleri araştıran gruplar oluşturacaktı.

Projeler ve gruplar

Mevcut çalışma grupları çalıştıkları kromozom sırasına göre listelenmiştir.

Kromozom Grup lideri Ulusal üyelik
1Ping Xu Çin
2Lydie Lane İsviçre
3Takashi Kawamura Japonya
4Yu Ju Chen Tayvan
5Peter Horvatovich Hollanda
6Christoph Borchers Kanada
7Edward Nice Avustralya, Yeni Zelanda
8Pengyuan Yang Çin
9Je-Yoel Cho Seul, Kore
10Joshua Labaer Amerika Birleşik Devletleri
11Jong Shin Yoo Kore
12Ravi Sirdeshmukh Hindistan, Singapur, Tayvan, Tayland
13Young Ki Paik Kore
14Charles Pineau Fransa
15Gilberto B Domont Brezilya
16Fernando Corrales İspanya
17Gilbert S. Omenn Amerika Birleşik Devletleri
18Alex Archakov Rusya
19György Marko-Varga İsveç
20Siqiu Liu Çin
21Albert Sickmann Almanya
22Akhilesh Pandey Amerika Birleşik Devletleri
XYasushi Ishihama Japonya
YGhasem Hosseini Salekdeh İran
MT Andrea Urbani İtalya

Bilgi-İşlem Kaynakları

MS/MS tabanlı proteomik sonuçlarının veri indirgenmesi, analizi ve onaylanması Seattle Sistem Biyolojisi Enstitüsü'nden Eric Deutch tarafından sağlanıyor. Antikor metodlarıyla ilgili veri işleme Kalle von Feilitzen, Stockholm, İsveç (Human Protein Atlas) tarafından koordine edilmektedir. Genel entegrasyon ve raporlama enformatiği SIB, Cenevre, İsviçre'de (NeXtProt) Lydie Lane'in sorumluluğundadır. HPP katkılarının bir parçası olarak üretilen tüm veriler ProteomeXchange depolarından birine depolanır.

Şu anki durum

Kromozom temelli İnsan Proteom Projesinin devam eden projeleri, Proteom Araştırmaları Dergisi'nin (3 Ocak 2014, Cilt 13, Sayı 1) özel bir konusuna konu olmuştur. Projenin genel durumu, bu sayıda bir Editörde tartışılmıştır.[9]

Projenin biyoinformatik grubu tarafından toplantılar, etkinlikler, SOP'ler ve bireysel kromozom ekipleri için diğer özel kaynaklar da dahil olmak üzere mevcut proje bilgilerini derlemek için ayrı bir CHPP-wiki kurulmuştur.

Protein gözlemleriyle ilişkili güvenilirlik ölçütleri bu projenin önemli bir bileşenidir. Kullanılan çeşitli deneysel protokoller için anlamlı olan metriklerin nasıl tanımlanacağı sürekli tartışma konusudur: fikir birliği sağlanmış metrikler yayınlanmıştır.[10]

Projenin son durumunu açıklayan ve "MissingProteinPedia" nın piyasaya sürüldüğünü bildiren dergi makalelerini burada bulabilirsiniz.[11][12]

Ayrıca bakınız

  • BioPlex
  • Human Protein Atlas - Protein veritabanları
  • NeXtProt
  • PeptideAtlas

Kaynakça

  1. ^ Legrain, P. et al. The human proteome project: Current state and future direction. Mol Cell Proteomics. 10:M111.009993 (2011).
  2. ^ HUPO (Human Proteome Organization) 1st World Congress. Mol Cell Proteomics. 9:651-752 (2002).
  3. ^ Yamamoto, T., Langham, R.G., Ronco, P., Knepper, M.A. & Thongboonkerd, V. Towards standard protocols and guidelines for urine proteomics. Proteomics. 8, 2156-9 (2008).
  4. ^ Archakov A, et al. The Moscow HUPO Human Proteome Project workshop. Mol Cell Proteomics. 8:2199-200 (2009).
  5. ^ Baker MS. Building the 'practical' human proteome project - the next big thing in basic and clinical proteomics. Curr Opin Mol Ther. 2009 11:600-2 (2009).
  6. ^ Editorial, The call of the human proteome. Nat Methods. 7:661 (2010).
  7. ^ Rabilloud T., et al. Is a gene-centric human proteome project the best way for proteomics to serve biology? Proteomics. 10:3067-72 (2010).
  8. ^ Editorial. A Gene-centric Human Proteome Project. Mol Cell Proteomics. 9:427-429 (2010).
  9. ^ Paik Y-K., et al. Genome-wide Proteomics, Chromosome-centric Human Proteome Project (C-HPP), Part II. J. Proteome Res. 13:1–4 (2014).
  10. ^ Omenn GS., et al. Metrics for the Human Proteome Project 2015: Progress on the Human Proteome and Guidelines for High-Confidence Protein Identification. J Proteome Res. 14:3452-60 (2015).
  11. ^ Horvatovich P., et al. A Quest for Missing Proteins: update 2015 on Chromosome-Centric Human Proteome Project. J Proteome Res. Jun 15 (2015).
  12. ^ Baker (2017). "Accelerating the search for the missing proteins in the human proteome". Nature Communications. 8. 

Dış bağlantılar

  1. HPP proje sayfası (www.hupo.org)11 Haziran 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  2. HPP web sitesi (www.thehpp.org)20 Temmuz 2017 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  3. Kromozom Merkezli HPP web sitesi (www.c-hpp.org)26 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  4. BD HPP web sitesi (www.hupo.org/B/D-HPP)13 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
  5. Meraklısına Doku-bazlı insan proteom haritası11 Haziran 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">DNA</span> Canlıların genetik bilgilerini barındıran molekül

Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.

<span class="mw-page-title-main">İnsan genomu</span>

İnsan genomu Homo sapiens'in genomudur. 23 kromozom çifti üzerinde bulunur, bunlardan 22 çifti otozomal kromozomdur, kalan çift ise cinsiyeti belirler. Haploit insan genomu toplam 3 milyar DNA baz çiftinden biraz fazla uzunluktadır. İnsan Genom Projesi ile elde edilen ökromatik insan genom referans dizisi biyomedikal bilimlerde kullanılmaktadır.

Haplogrup, benzer haplotip gruplarının tümünde ortak atadan gelen aynı tek nükleotid polimorfizmi (SNP) mutasyonuna sahip gen serilerinin oluşturduğu grup. Bir haplogrup benzer haplotiplerden oluşur ve bu sayede bir haplogrubu haplotiplerinden tahmin etmek mümkündür. SNP testi bir haplogrubu doğrular. Haplogruplar harflerle adlandırılır. örneğin R1b1 çeşitli sayı ve harf kombinasyonlarından oluşur. Y kromozomu ve mitokondriyal DNA haplogrupları farklı haplogrupları temsil eder. Haplogrupların oluşumları binlerce yıl öncesine dayanmaktadır.

Tuftelin, diş minesinde bulunan asidik fosforile bir glikoproteindir. İnsanlarda, Tuftelin proteini TUFT1 geni tarafından kodlanır. Diş minesinin mineralizasyonunda rol oynadığı düşünülen ve çürüğe duyarlılıktan sorumlu asidik bir proteindir. Ayrıca hipoksiye adaptasyon, mezenkimal kök hücrelerin işlevi ve nörotrofin sinir büyüme faktörüne bağlı nöronal diferansiyasyon ile ilişkili olduğu düşünülmektedir.

<span class="mw-page-title-main">CD3D</span>

T hücresi yüzey glikoproteini CD3 delta zinciri, CD3D geni tarafından kodlanan bir insan proteinidir.

<span class="mw-page-title-main">B3GAT3</span>

Galaktozilgalaktozilksilozilprotein 3-beta-glukuronoziltransferaz 3, insanlarda B3GAT3 geni tarafından kodlanan bir enzimdir.

<span class="mw-page-title-main">AASDHPPT</span> Homo sapiens türünde protein kodlayıcı gen

L-aminoadipat-semialdehit dehidrojenaz-fosfopanteteinil transferaz, insanlarda AASDHPPT geni tarafından kodlanan bir enzimdir.

<span class="mw-page-title-main">ARL2</span>

ADP-ribozillenme faktörü benzeri protein 2, insanlarda ARL2 geni tarafından kodlanan bir proteindir.

<span class="mw-page-title-main">CHST1</span>

Karbonhidrat sülfotransferaz 1, insanlarda 11. kromozomun kısa kolunda bulunan CHST1 geni tarafından kodlanan bir proteindir. Proteinin polipeptit zincirinin uzunluğu 411 amino asittir ve molekül ağırlığı 46715'tir.

<span class="mw-page-title-main">CKAP5</span> Homo sapiens türünde protein kodlayıcı gen

Hücre iskeletine bağlı protein 5, insanlarda CKAP5 geni tarafından kodlanan mikrotübüle bağlı bir proteindir. Xenopus'un XMAP215 proteininin homologudur ve ch-Tog olarak da bilinir.

<span class="mw-page-title-main">LARGE</span> Homo sapiens türünde protein kodlayıcı gen

Glikoziltransferaz benzeri protein LARGE1, insanlarda LARGE geni tarafından kodlanan bir enzimdir.

Joshua J. Coon, Wisconsin-Madison Üniversitesi'nde Biyomoleküler Kimya Profesörü ve Morgridge Araştırma Enstitüsü üyesidir.

<span class="mw-page-title-main">Ruedi Aebersold</span> İsviçreli biyolog

Rudolf Aebersold, proteomik ve sistem biyolojisi alanlarında öncü olarak görülen İsviçreli biyolog. Öncelikle karmaşık numunelerdeki proteinleri ölçmek için birçok durumda kütle spektrometrisi yoluyla teknikleri araştırdı. Ruedi Aebersold, ETH Zürih'teki Moleküler Sistem Biyolojisi Enstitüsü'nde (IMSB) Sistem biyolojisi profesörüdür. Ayrıca daha önce bir araştırma grubunda bulunduğu Seattle, Washington'daki Sistem Biyolojisi Enstitüsü'nün kurucularından birifdir.

<span class="mw-page-title-main">Peptid kütle parmak izi alma</span>

Peptid kütle parmak izi alma, protein tanımlama için analitik bir tekniktir, burada ilgilenilen bilinmeyen protein ilk olarak daha küçük peptitlere bölünür ve bunların mutlak kütleleri MALDI-TOF veya ESI-TOF gibi bir kütle spektrometresi ile doğru bir şekilde ölçülebilir. Yöntem, 1993 yılında birkaç grup tarafından bağımsız olarak geliştirildi. Peptit kütleleri, bilinen protein dizilerini içeren bir veritabanı veya hatta genom ile karşılaştırılır. Bu, organizmanın bilinen genomunu proteinlere çeviren, daha sonra teorik olarak proteinleri peptidlere ayıran ve her bir proteinden peptidlerin mutlak kütlelerini hesaplayan bilgisayar programları kullanılarak sağlanır. Daha sonra, bilinmeyen proteinin peptitlerinin kütleleri, genomda kodlanmış her bir proteinin teorik peptit kütleleri ile karşılaştırılır. En iyi eşleşmeyi bulmak için sonuçlar istatistiksel olarak analiz edilir.

<span class="mw-page-title-main">Proteomik</span>

Proteomik, proteinlerin büyük ölçekli bir çalışmasıdır. Proteinler, canlı organizmaların birçok işlevi olan hayati parçalarıdır. Proteom, bir organizma veya sistem tarafından üretilen veya modifiye edilen proteinlerin tamamıdır. Proteomik, giderek artan sayıda proteinin tanımlanmasını sağlamıştır. Proteom, zamana ve bir hücrenin veya organizmanın maruz kaldığı farklı gereksinimlere veya streslere göre değişir. Proteomik, İnsan Genom Projesi de dahil olmak üzere çeşitli genom projelerinin genetik bilgilerinden büyük ölçüde yararlanan disiplinler arası bir alandır. Proteomik, proteomların genel protein bileşimi, yapısı ve aktivitesi seviyesinden araştırılmasını kapsar. Fonksiyonel genomik branşının önemli bir bileşenidir.

Üst-alt proteomik, kütle ölçümü ve ardışık kütle spektrometresi (MS/MS) analizi için izole edilmiş bir protein iyonunu depolamak üzere bir iyon yakalayıcı kütle spektrometresi veya MS/MS ile birlikte iki boyutlu jel elektroforezi gibi diğer protein saflaştırma yöntemlerini kullanan bir protein tanımlama yöntemidir. Üst-alt proteomik, yekpare haldeki proteinlerin analizi yoluyla benzersiz proteoformları tanımlama ve niceleme yeteneğine sahiptir. Kütle spektrometresi sırasında yekpare haldeki proteinler tipik olarak elektrosprey iyonizasyon ile iyonize edilir ve bir Fourier dönüşümü iyon siklotron rezonansı, kuadrupol iyon tuzağı veya Orbitrap kütle spektrometresinde tutulur. Ardışık kütle spektrometresi için parçalanma, elektron yakalama ayrışması veya elektron transfer ayrışması ile gerçekleştirilir. Etkili bir parçalanma, kütle spektrometresi tabanlı proteomikten önce numunenin işleme safyası için kritiktir. Proteom analizi rutin olarak yekpare haldeki proteinlerin sindirilmesini ve ardından kütle spektrometresi (MS) kullanılarak elde edilen protein tanımlamasını içerir. Üst-alt MS (jelsiz) proteomik, protein yapısını, yekpare haldeki bir kütlenin ölçümü ve ardından gaz fazında doğrudan iyon ayrışması yoluyla sorgular.

<span class="mw-page-title-main">40S ribozomal protein S3</span>

40S ribozomal protein S3, insanların 11. kromozomunda yer alan RPS3 geni tarafından kodlanan bir proteindir.

<span class="mw-page-title-main">40S ribozomal protein S2</span>

40S ribozomal protein S2, insanların 11. kromozomunda yer alan RPS2 geni tarafından kodlanan bir proteindir.

<span class="mw-page-title-main">DAZ1</span>

DAZ1, insan Y kromozomunda yer alan DAZ1 geni tarafından kodlanan bir proteindir.

<span class="mw-page-title-main">DAZ2</span>

DAZ2, insan Y kromozomunda yer alan DAZ2 geni tarafından kodlanan bir proteindir.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.