
Çift toynaklılar, memelilerin eteneliler (Placentalia) infra sınıfına ait bir takım. Takım, su aygırları, domuzlar, pekariler, geyikler, koyun ve keçiler gibi karasal canlıların yanında balinaları da içerir. Yaklaşık 270 adet karada yaşayan çift toynaklı türü mevcuttur. Bunlardan özellikle boynuzlugiller familyasına ait türler, insanlar için ticari açıdan çok önemlidir. Çift toynaklılar, günümüzün en başarılı otçul kara canlılarındanlardır.

Tylopoda veya Topuktabanlılar, Artiodactyla takımına ait karasal otçul çift toynaklıların bir alt takımıdır. Mevcut topuktabanlılar; Avustralya vahşi develeri tanıtılırken, vahşi doğada Güney Amerika ve Asya'daki doğal dağılımında bulunurlar. Grubun Kuzey Amerika ve Avrasya'da uzun bir fosil geçmişi vardır. Topuktabanlılar, yaklaşık 46.2 milyon yıl önce, Eosen döneminde ortaya çıktı.

Balinalar içinde balinaları, yunusları ve muturları barındıran, çift toynaklılar takımında bir infra takımdır. Biyolojik adlarda "balina" için Latince cetus sözcüğü kullanılır, özgün anlamı ise "büyük deniz hayvanı"dır. Latinceye ise Yunancadan geçmiştir. Yunanca κῆτος sözcüğü "balina" ya da "herhangi bir dev balık veya deniz canavarı" anlamındadır.

Balinaların evriminin, Hindistan alt kıtasında 50 milyon yıl önce çift toynaklılardan başladığı ve en az 15 milyon yıllık bir süre boyunca ilerleyip günümüz dişli ve dişsiz balina gruplarını oluşturduğu düşünülmektedir. Balinalar, çift toynaklılar takımına ait, tamamen suda yaşayan deniz memelileridir ve yaklaşık 50-55 milyon yıl önce diğer çift toynaklılardan kopmuşlardır. Birçok analiz, balinaların Eosen veya daha öncesinde evrimleştikleri ve su aygırları ile nispeten yakın – diğer çift toynaklılara göre – bir ortak ataya sahip olmaları gerektiğini göstermiştir. Memeli olarak, hava solumak için yüzeye çıkarlar; yüzgeçlerinde 5 parmak kemiği vardır; yavrularını emzirirler. Tamamen suda yaşamalarına rağmen, karasal atalarından gelen birçok iskelet özelliğini korumuşlardır. 1970'lerin sonlarında Pakistan'da yapılan araştırmalar, deniz memelilerinin karadan denize geçişindeki çeşitli aşamaları ortaya çıkardı.

Toynaklılar, memelilerin Ferungulata grubundan, pençelerini toynak biçiminde geliştirmiş bir memeli üst takımıdır.

Scrotifera, 5 farklı memeli takımını ve onların ortak atalarını içeren bir plasental memeli grubudur.Bunlar: Chiroptera, Carnivora, Pholidota, Perissodactyla ve Cetartiodactyla(geleneksel sınıflandırmada Artiodactyla ve Cetacea)takımlarını içerir. Scrotifera, Eulipotyphla'nın dışında kalan bir gruptur ve birlikte Laurasiatheria'yı oluştururlar. Scrotifera'nın son ortak atasının 73.1 ila 85.5 milyon yıl önce yaşadığı düşünülüyor.

Anthracotheriidae, su aygırları ve balinalarla ilişkili soyu tükenmiş, su aygırı benzeri çift toynaklıların parafiletik bir familyasıdır. En eski cins olan Elomeryx, ilk olarak Orta Eosen'de Asya'da ortaya çıktı. Familya Afrika ve Avrasya'da dağıldı ve birkaç tür Oligosen sırasında Kuzey Amerika'ya ulaştı.

Mesonyx, Eosen'de Kuzey Amerika ve Çin'de yaşamış bir mezonikid memeli cinsi.

Mesonychia, erken Paleosen ila Oligosen dönemleri arasında yaşamış arkaik toynaklı memelileri kapsayan bir etçil memeli grubudur.

Mezonikidler, Paleosen ile Oligosen devirleri arasında Avrupa, Asya ve Kuzey Amerika'da yaşamış etçil toynaklıları içeren bir familyadır.

Ferae, Carnivora ve Pholidota takımlarından oluşan bir memeli kladıdır. Carnivora ve Pholidota'nın bir grubu için alternatif bir isim olan Ostentoria da önerildi. Moleküler genetik çalışmalarca, günümüze kadar gelen Ferae'nin son ortak atasının yaklaşık olarak 78.9 milyon yıl önce yaşadığı tahmin edilmiştir. Creodonta gibi soyu tükenmiş birkaç takım da Ferae'nin üyeleridir.

Boreoeutheria, plasentalı memelilerin bir kladıdır. Grup iki kardeş taksondan oluşur: Laurasiatheria ve Euarchontoglires.

Lepidosauria, üst üste binen pullara sahip sürüngenlerdir. Üst takımda, Squamata (pullular) ve Rhynchocephalia takımları bulunur. Monofiletik bir gruptur ve bu nedenle ortak bir atadan gelen tüm torunları barındırır. Squamata, yılanları, kertenkeleleri ve Amphisbaenia'yı içerir. Rhynchocephalia 220-100 milyon yıl önce yaygın ve çeşitli bir gruptu; bununla birlikte, şimdi sadece Yeni Zelanda'ya özgü tek bir tuatara türünü içeren Sphenodon cinsi ile temsil edilmektedir. Lepidosauria, Aves (kuşlar) ve Crocodilia'yı (timsahlar) içeren Archosauria'nın kardeş taksonudur. Kertenkeleler ve yılanlar, lepidozorların tür bakımından en zengin grubudur ve toplamda 9.000'den fazla tür içerir. Kertenkeleler, tuataralar ve yılanlar arasında birçok göze çarpan ayırt edici morfolojik farklılıklar vardır.

Cetancodontamorpha, Spaulding ve diğerlerine göre "Whippomorpha artı tüm Whippomorpha'nın mevcut üyeleriyle diğer herhangi bir canlı türünden daha yakından ilişkili soyu tükenmiş taksonlar." olarak tanımlanan çift toynaklı kladıdır. Whippomorpha soyunu Cetancodonta olarak yeniden adlandırmak için girişimlerde bulunuldu, ancak eski ismini koruyor.

Afroinsectiphilia son moleküler filogenetik çalışmalar sonuçlarına göre önerilmiş bir afrotheria kladıdır. Grupatki taksonların çoğu, bir zamanlar Insectivora takımının bir parçası olarak kabul edildi, ancak Insectivora artık polifiletik ve modası geçmiş olarak kabul ediliyor. Önerilen bu sınıflandırma sadece moleküler çalışmalara dayanmaktadır ve bu grubun monofilisini doğrulayan hiçbir morfolojik kanıt yoktur.

Kondilartlar (Condylarthra), öncelikle Paleosen ve Eosen dönemlerinden bilinen, soyu tükenmiş plasentalı memelilerin resmi olmayan bir grubudur - daha önce bir takım olarak kabul edilmiştir. Erken, ilkel toynaklılar olarak kabul edilirler. Artık, Perissodactyla veya Cetartiodactyla'nın bir parçası olarak açıkça belirlenmemiş olan toynaklıları sınıflandırmak için bir çöplük olarak hizmet eden ve bu nedenle birçok ilgisiz soydan oluşan bir çöp sepeti taksonu olarak kabul edilmektedir.

Pinnipedimorpha, Phoca ve Enaliarctos'un son ortak atasını ve bu atasal taksonun tüm torunlarını içerecek şekilde tanımlanan arctoid etçillerin bir kök kladıdır. Bilim insanları, ya ayılarla ya da musteloidlerle daha yakından ilişkili olduklarından, hangi arktoid etobur soyunun pinnipedimorflara en yakın akraba olduğu konusunda hala tartışıyorlar.

Laurasiatheria, Eulipotyphla takımı ile Scrotifera kladını içeren bir plasentalı memeliler üst takımıdır. Kardeş grubu Euarchontoglires ile birlikte Boreoeutheria magna takımını oluşturur. Laurasiatheria taksonu içinde sınıflandırılan hayvanların benzer gen dizilimlerine dayanarak keşfedildi. Grubu birleştirmek için ortak anatomik özellikler henüz ortaya konmadı. Laurasiatheria kladı DNA dizilim analizleri ve retrotranspozon varlık/yokluk verilerine göre temellendirildi. Üst takım, Pangea bölünmeye başladıktan sonra Gondvana'dan ayrılan Lavrasya süperkıtasında ortaya çıktı. En son ortak atasının yaklaşık olarak 76 ila 90 milyon yıl önce soyunun ayrıldığı varsayılmaktadır.

Tenrecomorpha, Afrika'nın ekvator kuşağına ve Madagaskar'a endemik hayvanların oluşturduğu ve Afrosoricida takımında sınıflandırılan bir memeli alt takımıdır. Yaklaşık 47 ila 53 milyon yıl önce soylarının ayrıldığı düşünülen ve günümüzde de yaşayan Potamogalidae ve Tenrecidae familyalarını içerir. Potamogalidae familyası önceleri Tenrecidae'nin alt familyası olarak kabul ediliyordu. Aynı zamanda bu alt takımın içinde aardvarka benzeyen böcekçil, soyu tükenmiş Plesiorycteropus cinsinin de yer aldığı düşünülmektedir.

Paleoproterozoyik, 2,5 milyar yıl öncesinden, 1,6 milyar yıl öncesine uzanan, Proterozoyik Üst Zaman'ın üç bölümünden ilki olan jeolojik zamandır. Paleoproterozoyik yerkürenin jeolojik tarihindeki en uzun zamandır. Kıtalar ilk kez bu zamanda stabilize oldu.