İçeriğe atla

Tuz köprüsü (protein ve supramoleküler)

Şekil 1. Elektrostatik etkileşim ve hidrojen bağı gösteren glutamik asit ve lizin amino asitleri arasındaki tuz köprüsü örneği

Kimyada, bir tuz köprüsü iki kovalent olmayan etkileşimin bir kombinasyonudur (hidrojen bağı ve iyonik bağı örneği Şekil 1). İyon eşleştirme, kimyada, biyolojik sistemlerde, farklı materyallerde ve iyon çifti kromatografisi gibi birçok uygulamada en önemli kovalent olmayan kuvvetlerden biridir. Proteinlerin entropik olarak elverişsiz katlanmış konformasyonuna kararlılık sağlayan en yaygın faktördür. Kovalent olmayan etkileşimlerin nispeten zayıf etkileşimler olduğu bilinmesine rağmen, küçük stabilize edici etkileşimler bir araya geldiğinde konformer kararlılığına büyük derece bir atkı gerçekleştirebilirler.[1] Sadece proteinlerde değil, tuz köprüleri aynı zamanda supramoleküler kimyada da bulunabilirler.

Proteinlerde bulunan tuz köprüleri

Şekil 2. Yabani tip (sol) ve mutasyona uğramış (sağ) lamin A formu (LMNA, PDB: 1IFR). Normalde, arginin 527 (mavi) glutamat 537 (macenta) ile tuz köprüsü oluşturur, ancak R527L mutasyonu tamamlayıcı negatif yükte ve yapı dengesizleşmesinde kayba neden olur. Fenotip düzeyinde bu durum, örtüşen mandibuloakral displazi ve progeria sendromu ile kendini gösterir.[2]

Tuz köprüsü en sık aspartik asit ya da glutamik asitteki anyonik karboksilatı (RCOO-) ve lizinin katyonik amonyumu (RNH3+) veya arginin amino asitinin guanidinyumu (RNHC (NH2)2+) arasında görülür (Şekil 2).[1] Bu durum en yaygın vaka olmasına rağmen, başka amino asitlerinde tuz köprisine katılmaları olasıdır. Tuz köprüsüne katılan amino asitler arasındaki mesafe de önemlidir. Gereken mesafe 4 A'dan (400 pm) azdır. Aralarındaki mesafe 4A' dan daha büyük amino asitler aralarında bir tuz köprüsü oluşturmaya uygun değildir.[3] Bir protein boyunca çok sayıda iyonlaşabilir amino asit yan zinciri bulunması nedeniyle, bir proteinin bulunduğu pH, proteinin stabilitesi için çok önemlidir.

Supramoleküler kimya

Şekil 6. "Yumurta kabuğu" moleküler kapsülü.
Şekil 7. Moleküler kapsülün iki yarısını birbirine bağlayan birbirine geçmeli tuz köprüleri.

Supramoleküler kimya, makromoleküller arasındaki kovalent olmayan etkileşimlerle ilgilenen bir alandır. Tuz köprüleri, bu alandaki kimyagerler tarafından anyonların algılanması, moleküler kapsüllerin ve çift sarmal polimerlerin sentezi dahil olmak üzere çeşitli ve yaratıcı yollarla kullanılmıştır.

Anyon kompleksleşmesi

Supramoleküler kimyanın anyonların tanınması ve algılanmasına büyük katkıları olmuştur.[4][5][6][7][8][9] İyon eşleşmesi anyon kompleksi için en önemli itici güçtür, ancak, halid serisinde görüldüğü gibi, seçicilik, çoğunlukla hidrojen bağları katkılarıyla elde edilir.

Moleküler kapsüller

Moleküler kapsüller, konuk bir molekülü yakalamak ve tutmak için tasarlanmış kimyasal iskelelerdir (Bkz. Moleküler kapsülleme). Szumna ve arkadaşları kiral bir iç kısma sahip yeni bir moleküler kapsül geliştirdiler.[10] Bu kapsül, plastik bir paskalya yumurtası gibi iki yarıdan oluşur (Şekil 6). İki yarım arasındaki tuz köprüsü etkileşimleri, çözeltide iki yarımın kendi kendine toplanmalarına neden olur (Şekil 7). Kapsül 60 °C' ye kadar ısıtıldığında bile stabildir.

Çift sarmal polimerler

Yashima ve arkadaşları DNA'ya çok benzeyen bir çift sarmal konformasyonu benimseyen birkaç polimer oluşturmak için tuz köprüleri kullandılar.[11] Bir örnekte, çift sarmal bir metallopolimer oluşturmak için platin eklediler.[12] Bu metallopolimerler, monomeri ve platin (II) bifenilinden başlayarak (Şekil 8), bir dizi ligand değişim reaksiyonu yoluyla kendi kendine bir araya gelir. Monomerin iki yarısı, protondan arındırılmış karboksilat ile protonlanmış nitrojenler arasındaki tuz köprüsünden birbirine sabitlenir.

Şekil 8. Çift sarmal bir metallopolimerin kendi kendine montajı.

Kaynakça

  1. ^ a b Eric V. Anslyn; Dennis A. Dougherty (2006). Modern Physical Organic Chemistry (İngilizce). University Science Books. ISBN 978-1-891389-31-3. 
  2. ^ "A novel homozygous p.Arg527Leu LMNA mutation in two unrelated Egyptian families causes overlapping mandibuloacral dysplasia and progeria syndrome". European Journal of Human Genetics. 20 (11). Kasım 2012. ss. 1134-40. 
  3. ^ "Close-range electrostatic interactions in proteins". ChemBioChem. 3 (7). Temmuz 2002. ss. 604-17. 
  4. ^ Kolektif (31 Ocak 1997). Supramolecular Chemistry of Anions (İngilizce). Wiley-VCH. ISBN 9780471186229. 
  5. ^ Kristin Bowman-James; Antonio Bianchi; Enrique García-Espana (2012). Anion Coordination Chemistry (İngilizce). John Wiley & Sons. ISBN 978-3527323708. 
  6. ^ Jonathan L. Sessler; Philip A. Gale; Won-Seob Cho (1 Ocak 2006). Anion Receptor Chemistry (İngilizce). Royal Society of Chemistry. ISBN 978-0854049745. 
  7. ^ Gale, Philip A.; Dehaen, Wim (Eylül 2010). Anion Recognition in Supramolecular Chemistry. ISBN 978-3642264702. 
  8. ^ "Applications of supramolecular anion recognition". Chemical Reviews. 115 (15). Mayıs 2015. ss. 8038-155. 
  9. ^ "Advances in anion supramolecular chemistry: From recognition to chemical applications". Angewandte Chemie International Edition. 53 (44). Ekim 2014. ss. 11716-54. 
  10. ^ "A self-assembled chiral capsule with polar interior". Chemical Communications, 15. Nisan 2009. ss. 1959-61. 
  11. ^ "Acetylenic polymers: syntheses, structures, and functions". Chemical Reviews. 109 (11). Kasım 2009. ss. 5799-867. 
  12. ^ "Construction of double-stranded metallosupramolecular polymers with a controlled helicity by combination of salt bridges and metal coordination". Journal of the American Chemical Society. 128 (21). Mayıs 2006. ss. 6806-7. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Protein</span> polipeptitlerin işlevsellik kazanması sonucu oluşan canlıların temel yapı birimi

Proteinler, bir veya daha fazla uzun amino asit artık zincirini içeren büyük biyomoleküller ve makromolekül'lerdir. Proteinler organizmalar içinde, hücrelere yapı ve organizmalar sağlayarak ve molekülleri bir konumdan diğerine taşıyarak metabolik reaksiyonları katalizleme, DNA kopyalama, uyaranlara yanıt verme dahil olmak üzere çok çeşitli işlevler gerçekleştirir. Proteinler, genlerinin nükleotit dizisi tarafından dikte edilen ve genellikle faaliyetini belirleyen özel 3D yapıya protein katlanmasıyla sonuçlanan amino asit dizilimlerinde birbirlerinden farklıdır.

<span class="mw-page-title-main">Amino asit</span> Proteinlerin temel yapı taşı

Amino asitler, proteinleri oluşturan temel yapı taşlarıdır.

<span class="mw-page-title-main">Porfirin</span>

Porfirin, dört metiliden (-CH=) köprüsüyle birbirine bağlı dört pirol halkasından ibaret olan porfin halka sistemi ihtiva eden molekül sistemidir. Bu molekül inorganik yapının organik yani canlı yaşamına nasıl evrildiğinin anlaşılmasını da sağlamıştır. Yani dünyadaki yaşam cansızdan canlıya bu madde ile geçmiştir. Doğada genellikle I ve III numaralı porfirin şekli bulunur. Porfirinlerdeki yan grupların dizilimi simetrik olduğu takdirde Tip I; asimetrik olduğu takdirde Tip III izomerleri oluşur. Tip III izomerleri en fazla bulunan ve önemli olan tiptir.

<span class="mw-page-title-main">İyon</span> toplam elektron sayısının toplam proton sayısına eşit olmadığı, atoma net pozitif veya negatif elektrik yükü veren atom veya molekül

İyon ya da yerdeş, bir veya daha çok elektron kazanmış ya da yitirmiş bir atomdan oluşmuş elektrik yüklü parçacıktır. Atomlar kararsız yapılarından kurtulmak ve kararlı hale gelebilmek için elektron alırlar ya da kaybederler. Bunun için de başka bir atomla ya da kökle bağ kurarlar.

<span class="mw-page-title-main">Hidrojen bağı</span>

Kimya'da, hidrojen bağı öncelikle daha elektronegatif bir "verici" atom veya gruba (Dn) kovalent bağla bağlanan bir hidrojen (H) atomu ile ve yalnız bir çift elektron taşıyan başka bir elektronegatif atom arasındaki elektrostatik çekim kuvvetidir.

<span class="mw-page-title-main">Kovalent bağ</span> İki atom arasında elektronun paylaşılması

Kovalent bağ, atomlar arasında elektron çiftleri oluşturmak için elektronların paylaşımını içeren kimyasal bağdır. Bu elektron çiftlerine paylaşılan çiftler veya bağ çiftleri denir. Atomlar arasında elektronları paylaştıklarında çekici ve itici kuvvetlerin kararlı dengesine kovalent bağ denir. Birçok molekül için elektronların paylaşılması her atomun kararlı elektronik gruplaşmasına denk gelen tam değerlik kabuğunun eşdeğerine ulaşmasına olanak tanır.

<span class="mw-page-title-main">Kimyasal bağ</span> atomları birbirine bağlanmasını ve bir arada kalmasını sağlayan kuvvet

Kimyasal bağ, atomların veya iyonların molekülleri, kristalleri ve diğer yapıları oluşturmak üzere birleşmesidir. Bağ, iyonik bağlar'da olduğu gibi zıt yüklü iyonlar arasındaki elektrostatik kuvvetten veya kovalent bağ'larda olduğu gibi elektronların paylaşılmasından veya bu etkilerin bazı kombinasyonlarından kaynaklanabilir. Açıklanan kimyasal bağların farklı mukavemetleri vardır: kovalent, iyonik ve metalik bağlar gibi "güçlü bağlar" veya "birincil bağlar" ve dipol-dipol etkileşimleri, London dağılım kuvveti ve hidrojen bağı gibi "zayıf bağlar" veya "ikincil bağlar" vardır.

<span class="mw-page-title-main">Karboksilik asit</span> bir -C(=O)OH grubu içeren organik bileşik

Karboksilik asitler karboksil grubu olan organik asitlerdir, -C(=O)OH formülüne sahiptirler, bu genelde -COOH veya CO2H olarak da yazılır. Karboksilik asitler Bronsted asitleridir, yani proton vericileridir. Karboksilik asitlerin tuz ve anyonlarına karboksilat denir. Karboksilik asitler, esterlerle fonsiyonel grup izomeridirler. Karboksilik asitlerin en basit dizisi alkanoik asitlerdir, R-COOH formülüyle gösterilirler, R bir hidrojen atomu veya bir alkil grubuna karşılık gelir. Bileşiklerde birden fazla karboksilik asit grubu bulunabilir.

Monomer, diğer monomer molekülleri ile birlikte reaksiyona girerek daha büyük bir polimer zinciri veya üç boyutlu bir ağ oluşturabilen bir moleküldür, bu sürece polimerizasyon adı verilir.

<span class="mw-page-title-main">Gümüş nitrat</span>

Gümüş nitrat en önemli gümüş tuzudur. Renksiz ağır kristallerden oluşur. Tıpta dağlamak maksadıyla kullanılır ve antibakteriyel özelliği vardır. Bu özelliğinden dolayı siğil tedavisinde sıkça kullanılır. Ayrıca deriyi ve organik maddeleri karartmada tercih edilir. Deriyi kararttığından cehennem taşı ismini almıştır. Suda ve alkolde kolayca çözündüğünden birçok gümüş bileşiklerinin elde edilmesinde ilkel madde olarak kullanılır. En çok kullanıldığı yerler, başta fotoğrafçılık olmak üzere mürekkepler, saç boyası yapımı ve gümüş kaplamacılığıdır.bileşenleri gümüş ve nitrik asittir. Sentezi ise örnekteki formüle göre yapılır:

Ag + 2 HNO3AgNO3 + NO2 + H2O
<span class="mw-page-title-main">Denatürasyon</span>

Denatürasyon, protein veya nükleik asitlerin doğal yapısında mevcut olan sekonder, tersiyer ve kuaterner yapılarının bazı fiziksel ve kimyasal dış etkilerle bozularak primer yapılarına dönüşmeleri sürecidir. Canlı bir hücredeki proteinlerin denatüre olması, hücresel aktivitelerde bozulma ve belki de hücrenin ölümüyle sonuçlanır.

<span class="mw-page-title-main">İstiflenme</span>

Kimyada istiflenme, genelde aromatik olan moleküllerin atomlar arası etkileşerek deste şeklinde üst üst üste gelmesidir. İstiflenmiş bir sistemin en yaygın bilinen örneği DNA molekülünde birbirini takibeden bazlarda görülür. İstiflenme proteinlerde, non-polar iki halkanın örtüşmesi halinde de meydana gelir. Hangi moleküllerarası kuvvetlerin istiflenmeye neden olduğu hâlen tartışma konusudur.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler tanıma</span>

Moleküler tanıma, iki veya daha çok molekül arasında kovalent olmayan bağlanma yoluyla spesifik etkileşime değinmek için kullanılan bir terimdir. Moleküler tanımada konak ve konuk moleküler tamamlayıcılık gösterirler.

Floroantimonik asit (HSbF6) hidrojen florür ve antimon pentaflorürün farklı oranlardaki karışımıdır. Bu karışımlardan 1:1 kombinasyonu, bilinen en güçlü süperasit formunu oluşturur. Öyle ki, bu form, hidrokarbonları iyonize ederek karbokatyonlar ve H2 oluşturabilmektedir.

<span class="mw-page-title-main">Protein agregasyonu</span>

Protein agregasyonu, yanlış katlanmış proteinlerin hücre içinde veya dışında toplandığı biyolojik bir fenomendir. Bu protein agregatları genellikle hastalıklar ile ilişkilidir. Aslında, protein agregatları, ALS, Alzheimer, Parkinson ve prion hastalıkları dahil olmak çok çeşitli hastalıklarda rol oynamaktadır.

Peter G. Schultz, Amerikalı kimyager. Scripps Araştırma Enstitüsü'nün CEO'su ve Profesörü, GNF'nin kurucusu ve eski direktörü ve 2012 yılında kurulan Kaliforniya Biyomedikal Araştırma Enstitüsü'nün (Calibr) kurucu direktörüdür. Ağustos 2014'te, Doğa Biyoteknolojisi Schultz'u 2013 yılında en iyi çeviri araştırmacısı seçti.

Kimyasal tür, aynı moleküler enerji seviyelerini karakteristik veya belirlenmiş bir zaman ölçeğinde keşfedebilen, kimyasal olarak özdeş moleküler varlıklardan oluşan kimyasal bir madde veya topluluktur. Bu enerji seviyeleri, kimyasal türlerin diğerleriyle etkileşime girme şeklini belirler. Türler atom, molekül, iyon, radikal olabilir ve kimyasal bir adı ve kimyasal formülü vardır. Terim aynı zamanda katı bir dizide kimyasal olarak özdeş atomik veya moleküler yapı birimleri kümesine de uygulanır.

<span class="mw-page-title-main">Matriks-destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu</span>

Kütle spektrometrisinde, matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu (MALDI), minimum parçalanma ile büyük moleküllerden iyonlar oluşturmak için bir lazer enerjisi emici matris kullanan bir iyonizasyon tekniğidir. Daha geleneksel iyonizasyon yöntemleriyle iyonize edildiğinde kırılgan olma ve parçalanma eğiliminde olan biyomoleküllerin ve büyük organik moleküllerin analizinde uygulanmıştır. Gaz fazında büyük moleküllerin iyonlarını elde etmenin nispeten yumuşak bir yolu olması bakımından elektrosprey iyonizasyonuna (ESI) benzer, ancak MALDI tipik olarak çok daha az sayıda çok-yüklü iyon üretir.

Polimer kimyası, polimerlerin ve makromoleküllerin kimyasal sentezine, yapısına ve kimyasal ve fiziksel özelliklerine odaklanan bir kimya alt disiplinidir. Polimer kimyasında kullanılan ilkeler ve yöntemler, organik kimya, analitik kimya ve fiziksel kimya gibi çok çeşitli diğer kimya alt disiplinleri aracılığıyla da uygulanabilir. Pek çok malzeme tamamen inorganik metaller ve seramiklerden DNA ve diğer biyolojik moleküllere kadar polimerik yapılara sahiptir, ancak polimer kimyası tipik olarak sentetik, organik bileşimler bağlamında anılır. Sentetik polimerler, genellikle plastik ve kauçuk olarak adlandırılan, günlük kullanımdaki ticari malzemeler ve ürünlerde her yerde bulunur ve kompozit malzemelerin ana bileşenleridir. Polimer kimyası, her ikisi de polimer fiziği ve polimer mühendisliğini kapsayacak şekilde tanımlanabilen daha geniş polimer bilimi veya hatta nanoteknoloji alanlarına da dahil edilebilir.

Çözülme, çözücünün moleküller ile etkileşimini tanımlar. Hem iyonize hem de yüksüz moleküller, çözücü ile güçlü bir şekilde etkileşir ve bu etkileşimin gücü ve doğası, çözücünün viskozite ve yoğunluk gibi özelliklerini etkilemenin yanı sıra çözünürlük, reaktivite ve renk dahil olmak üzere çözülen maddenin birçok özelliğini etkiler. Çözülme sürecinde iyonlar eş merkezli bir çözücü kabuğu ile çevrelenir. Çözülme, çözücü ve çözünen moleküllerin çözünme kompleksleri halinde yeniden düzenlenmesi sürecidir.