İçeriğe atla

Transkripsiyon faktör sınıfları listesi

Transkripsiyon faktörleri çoğu zaman DNA bağlanma bölgelerindeki benzerliğe göre sınıflandırılırlar:[1][2][3]

  • 1 Üst sınıf: Bazik bölgeler (Bazik-sarmal-halka-sarmal)
AP-1/DNA kompleksinin yapısı. AP-1, Jun ve Fos transkripsiyon faktörlerinden oluşmuş bir ikilidir, ikisinin birleştiği yerde bir lösin fermuar bölgesi (mavi) oluşur; iki alfa-sarmal arasında bulunan lösin kalıntıları bir fermuarın dişleri gibi birbirlerine geçerler.
c-Myc transkripsiyon faktörünün DNA'ya bağlanmış hali, şemtaik gösterim
    • 1.1 Sınıf: Lösin fermuar faktörleri (bZIP)
      • 1.1.1 Aile: AP-1(-türü) bileşkeler; (c-Fos/c-Jun) dahildir
      • 1.1.2 Aile: CREB
      • 1.1.3 Aile: C/EBP-türü faktörler
      • 1.1.4 Aile: bZIP / PAR
      • 1.1.5 Aile: Bitki G-kutusuna bağlanan faktörler
      • 1.1.6 Aile: sade ZIP
    • 1.2 Sınıf: sarmal-halka-sarmal faktörler (bHLH)
      • 1.2.1 Aile: Her yerde bulunan (Ubiquitous) (Sınıf A) faktörler
      • 1.2.2 Aile: Myojenik transkipsiyon faktörleri (MyoD)
      • 1.2.3 Aile: Achaete-Scute
      • 1.2.4 Aile: Tal/Twist/Atonal/Hen
    • 1.3 Sınıf: sarmal-halka-sarmal / Lösin fermuar faktörler (bHLH-ZIP)
      • 1.3.1 Aile: Her yerde bulunan bHLH-ZIP faktörleri; USF (USF1, USF2); SREBP) dahildir
      • 1.3.2 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri; c-Myc dahildir
    • 1.4 Sınıf: NF-1
      • 1.4.1 Aile: NF-1 (NFIC)
    • 1.5 Sınıf: RF-X
      • 1.5.1 Aile: RF-X (NFX2, NFX3, NFX5)
    • 1.6 Sınıf: bHSH
DNA'ya bağlanmış bir çinko parmağı bölgesinin şematik resmi
  • 2 Üst sınıf: Çinko koordinasyonu yapan DNA bağlanma bölgeleri
    • 2.1 Sınıf: Cys4 Çekirdek reseptörlerinin çinko parmağı tipi
      • 2.1.1 Aile: Steroit hormon receptörleri
      • 2.1.2 Aile: Tiroit hormon reseptörü-gibi faktörler
    • 2.2 Sınıf: dçeşitli Cys4 çinko parmakları
      • 2.2.1 Aile: GATA transkripsiyon faktörleri
    • 2.3 Sınıf: Cys2His2 çinko parmağı bölgesi
      • 2.3.1 Aile: Her yerde bulunan faktörler, TFIIIA, Sp1 dahil
      • 2.3.2 Aile: DGelişimsel / hücre döngüsü düzenleyicileri; Krüppel dahildir
      • 2.3.4 Aile: NF-6B-gibi bağlanma özelliği olan büyük faktörler
    • 2.4 Sınıf: Cys6 sistein-çinko öbekli
    • 2.5 Sınıf: Dönüşümlü içerikli çinko parmaklar
  • 3 Üst sınıf: sarmal-halka-sarmal
Antennapedia homeobölge proteinin DNA'ya bağlanmış hali
    • 3.1 Sınıf: Homeo bölgesi
      • 3.1.1 Aile: Sadece Homeo bölgesi; Ubx dahildir
      • 3.1.2 Aile: POU bölgesi faktörleri; Oktamer transkripsiyon faktörü (Oct) dahildir
      • 3.1.3 Aile: LIM bölgeli Homeo bölgesi
      • 3.1.4 Aile: Homeo bölgesi ile çinko parmak motifleri
    • 3.2 Sınıf: Eşli kutu (paired box)
      • 3.2.1 Aile: Eşli ile homeo bölgesi
      • 3.2.2 Aile: Yalnızca Eşli bölge
    • 3.3 Sınıf: Fork head / winged helix
      • 3.3.1 Aile: Gelişimsel düzenleyiciler; forkhead dahildir
      • 3.3.2 Aile: Doku-spesifik düzenleyiciler
      • 3.3.3 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri
      • 3.3.0 Aile: diğer düzenleyiciler
    • 3.4 Sınıf: Isı şoku faktörleri
      • 3.4.1 Aile: HSF
    • 3.5 Sınıf: Tryptofan öbekleri
      • 3.5.1 Aile: Myb
      • 3.5.2 Aile: Ets-benzeri
      • 3.5.3 Aile: Interferon düzenleyici faktörler
    • 3.6 Sınıf: TEA bölgesi
      • 3.6.1 Aile: TEA (TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4)
  • 4 Üst sınıf: küçük oluk temaslı beta-iskele faktörleri
    • 4.1 Sınıf: RHR (Rel homoloji bölgesi)
      • 4.1.1 Aile: Rel/ankyrin; NF-kB
      • 4.1.2 Aile: yalnızca ankyrin
      • 4.1.3 Aile: NF-AT (NFATC1,NFATC2)
    • 4.2 Sınıf: STAT
      • 4.2.1 Aile: STAT
    • 4.3 Sınıf: p53
      • 4.3.1 Aile: p53
    • 4.4 Sınıf: MADS-kutusu
      • 4.4.1 Aile: Gelişim düzenleyicileri; (Mef2) dahildir
        • 4.4.2 Aile: Dış sinyal tepki verenler, SRF (serum tepki faktörü)
    • 4.5 Sınıf: beta-fıçı alpha-sarmal transkripsiyon faktörleri
    • 4.6 Sınıf: TATA bağlanma proteinleri
      • 4.6.1 Aile: TBP
      • 4.7.1 Aile: SOX, SRY
      • 4.7.2 Aile: TCF-1
      • 4.7.3 Aile: HMG2-benzeri, SSRP1
      • 4.7.5 Aile: MATA
    • 4.8 Sınıf: Heteromerik CCAAT faktörler
      • 4.8.1 Aile: Heteromeric CCAAT faktörleri
    • 4.9 Sınıf: Grainyhead
      • 4.9.1 Aile: Grainyhead
    • 4.10 Sınıf: Soğuk şoku bölgesi faktörleri
      • 4.10.1 Aile: csd
    • 4.11 Sınıf: Runt
      • 4.11.1 Aile: Runt
  • 0 Üst sınıf: Diğer transcription Faktörleri
    • 0.1 Sınıf: Bakır yumruk proteinleri
    • 0.2 Sınıf: HMGI(Y)
      • 0.2.1 Aile: HMGI(Y)
    • 0.3 Sınıf: Cep bölgesi
    • 0.4 Sınıf: E1A-benzeri faktörler
    • 0.5 Sınıf: AP-2/EREBP-ilişkili faktörler

Kaynakça

  1. ^ Stegmaier P, Kel AE, Wingender E (2004). "Systematic DNA-binding domain Classification of transcription factors". Genome informatics. International Conference on Genome Informatics. 15 (2). ss. 276-86. PMID 15706513. 19 Haziran 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Ocak 2008. 
  2. ^ Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E (2006). "TRANSFAC® and its module TRANSCompel:® transcriptional gene regulation in eukaryotes". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue). ss. D108-10. doi:10.1093/nar/gkj143. PMID 16381825. 
  3. ^ "TRANSFAC® database". 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Ocak 2008. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">DNA</span> Canlıların genetik bilgilerini barındıran molekül

Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.

<span class="mw-page-title-main">Çinko</span> Element

Çinko, sembolü Zn, atom numarası 30 olan kimyasal bir elementtir. Oda sıcaklığında hafif kırılgan bir metaldir ve oksidasyon giderildiğinde parlak gri bir görünüme kavuşur. Periyodik tablonun 12. (IIB) grubunun ilk elementidir. Bazı açılardan çinko kimyasal olarak magnezyuma benzer: her iki element de yalnızca bir normal oksidasyon durumu (+2) gösterir ve Zn2+ ve Mg2+ iyonları benzer boyuttadır. Çinko, Dünya kabuğundaki en bol bulunan 24. element olup beş kararlı izotopu vardır. En yaygın çinko cevheri, bir çinko sülfür minerali olan sfalerittir.

<span class="mw-page-title-main">Protein biyosentezi</span>

Protein biyosentezi, hücrenin protein sentezlenmesi için gereken bir biyokimyasal süreçtir. Bu terim bazen sadece protein translasyonu anlamında kullanılsa da transkripsiyon ile başlayıp translasyonla biten çok aşamalı bir süreçtir. Prokaryotlarda ve ökaryotlarda ribozom yapısı ve yardımcı proteinler bakımından farklılık göstermesine karşın, temel mekanizma korunmuştur.

<span class="mw-page-title-main">Nükleik asit</span> bilinen tüm yaşam için gerekli olan büyük biyomoleküller sınıfı

Nükleik asitler, bütün canlı hücrelerde ve virüslerde bulunan, nükleotid birimlerden oluşmuş polimerlerdir. En yaygın nükleik asitler deoksiribonükleik asit (DNA) ve ribonükleik asit (RNA)'dır. İnsan kromozomlarını oluşturan DNA milyonlarca nükleotitten oluşur. Nükleik asitlerin başlıca işlevi genetik bilgi aktarımını sağlamaktır.

<span class="mw-page-title-main">Sitokin</span> hücre sinyalizasyonunda önemli olan küçük proteinlerin (~5-20 kDa) geniş ve gevşek kategorisi

Sitokin, hayvan ve bitki hücrelerince üretilen, hücrelerin birbirleriyle iletişimini sağlayan protein ve peptidlerin bir grubudur. Hücre yüzeyi sitokin reseptörleri aracılığıyla görevlerini yapar. Yangı (enflamasyon) ve bağışıklık reaksiyonlarında, aktif lenfositler, makrofajlar, endotel, epitel ve konnektif dokular tarafından oluşturulurlar. Salınımları geçicidir. Sitokinler, hücrelerdeki reseptörlere bağlanarak hücre çoğalmasını uyarırlar.

<span class="mw-page-title-main">Kromozom 7 (insan)</span>

Kromozom 7, 22 çift otozomal insan kromozomlarından 7. olanıdır. İnsanlarda normalde bir çift halinde bulunur. 158 milyon baz çiftine ve toplam hücre DNA'sının %5 ya da %5,5'ine sahiptir. Kromozom 7 muhtemelen 1,000 ile 1,400 arasında gen içermektedir.

<span class="mw-page-title-main">Biçimsel galaksi sınıflaması</span> gökadaların görünüşlerine göre gruplara ayırdığı bir sınıflandırma sistemidir

Biçimsel galaksi sınıflandırması, astronomların gökadaları görünüşlerine göre gruplara ayırdıkları bir sınıflandırma sistemidir. Gökadaları görünüşlerine göre sınıflandırmak için kullanılan birkaç şema bulunmaktadır. Bunların en bilineni Edwin Hubble tarafından tasarlanan ve Gérard de Vaucouleurs ile Allan Sandage tarafından genişletilen Hubble düzenidir. Gökada sınıflandırması ve morfolojisi artık büyük ölçüde hesaplama yöntemleri ve fiziksel morfoloji kullanılarak yapılır.

<span class="mw-page-title-main">Transkripsiyon (genetik)</span> bir DNA parçasının RNAya kopyalanması süreci

Transkripsiyon, yazılma veya yazılım, DNA'yı oluşturan nükleotit dizisinin RNA polimeraz enzimi tarafından bir RNA dizisi olarak kopyalanması sürecidir. Başka bir deyişle, DNA'dan RNA'ya genetik bilginin aktarımıdır. Protein kodlayan DNA durumunda, transkripsiyon, DNA'da bulunan genetik bilginin bir protein veya peptit dizisine çevirisinin ilk aşamasıdır. RNA'ya yazılan bir DNA parçasına "transkripsiyon birimi" denir. Transkripsiyonda hata kontrol mekanizmaları vardır, ama bunlar DNA çoğalmasındakinden daha az sayıda ve etkindirler; dolayısıyla transkripsiyon DNA çoğalması kadar aslına sadık değildir.

RNA polimerazlar, bir DNA veya RNA molekülündeki bilgiyi RNA molekülü olarak kopyalayan bir enzimler ailesidir. Bir gende yer alan bilginin RNA molekülü olarak kopyalanma işlemi transkripsiyon olarak adlandırılır. Hücrelerde RNAP genlerin RNA zincirleri halinde okunmasını sağlar. RNA polimeraz enzimleri, tüm canlılarda ve çoğu virüste bulunur. Kimyasal bir deyişle, RNAP, bir nükleotidil transferaz enzimidir, bir RNA molekülünün üç ucunda ribonükleotitlerin polimerleşmesini sağlar.

Moleküler biyolojide bir transkripsiyon faktörü genlerin transkripsiyonunu düzenlemek için DNA üzerinde belli bir diziye bağlanabilen bir proteindir. Bunlar diziye-özgün DNA bağlanma proteini olarak da adlandırılır. Transkripsiyon faktörleri tek başına veya bir komplekste yer alan başka proteinlerle beraber, RNA polimeraz tarafından bir genin transkripsiyonunu ya kolaylaştırırlar veya engeller.

<span class="mw-page-title-main">Doğrultu (moleküler biyoloji)</span>

Moleküler biyolojide doğrultu, bir nükleik asit ipliğini oluşturan nükleotitlerin uçuca eklenme yönüyle ilişkildir. Kimyasal adlandırma konvansiyonu gereği, bir nükleotit şeker halkasındaki karbon atomları 1', 2', 3', 4' ve 5' olarak adlandırılır. Nükleik asitlerin doğada sentezlenmeleri sırasında büyüyen zincirin bir ucundaki şeker grubunun serbest bir 3' hidroksil (-OH) grubu vardır, öbür ucundaki şekerin ise serbest bir 5'-OH grubu vardır. Bu iki uca, sırasıyla 3' ve 5' uçları denir. Nükleik asidin sentezi sırasında polimeraz enzimi 3'-OH grubuna bir fosfodiester bağı ile yeni bir nükleotit bağlar. Konvansiyon olarak bir iplikli DNA ve RNA dizileri yazılırken bazların kısaltmaları 5'-3' doğrultusunda yazılır.

<span class="mw-page-title-main">SREBP</span>

Sterol düzenleyici eleman bağlayıcı proteinler, "sterol düzenleme elemanı" adlı DNA dizisine bağlanan transkripsiyon faktörleridir. SREBP'ler transkripsiyon faktörlerinin bazik-sarmal-ilmik-sarmal lösin fermuar sınıfına aittirler. İnaktifken çekirdek ve endoplazmik retikulum zarlarına bağlı olurlar. Düşük seviyede sterol bulunduran hücrelerde SREBP'ler kesilir ve suda çözünür bir N-ucu bölge, çekirdeğe taşınır. Bu etkinleşmiş SREBP'ler sonra spesifik sterol düzenleyici eleman DNA dizilerine bağlanarak, sterol sentezinde yer alan enzimlerin sentezini yukarı ayarlarlar. Sterollar ise SREBP'lerin kesilmesini inhibe ettiği için geri beslemeli bir döngü ile sterol sentezi yavaşlar ve sonunda durur.

<span class="mw-page-title-main">Ters transkriptaz</span> RNA şablonundan DNA üreten bir enzim

Biyokimyada bir ters transkriptaz veya RNA'ya bağımlı DNA polimeraz, tek iplikli bir RNA molekülü okuyup tek iplikli DNA üreten bir DNA polimeraz enzimidir. Bu enzim, ayrıca, RNA tek iplikli cDNA şeklinde okunduktan sonra çift iplikli DNA oluşmasında da görev alır. Normal transkripsiyon DNA'dan RNA sentezidir; dolayısıyla ters transkripsiyon bu sürecin tersidir.

Ökaryotik transkripsiyon, ökaryotik hücrelerin DNA'da depolanan genetik bilgiyi RNA replika birimlerine kopyalamak için kullandıkları ayrıntılı bir işlemdir. Gen transkripsiyonu hem ökaryotik hem de prokaryotik hücrelerde görülür. Tüm farklı RNA tiplerinin transkripsiyonunu başlatan prokaryotik RNA polimerazının aksine, ökaryotlardaki RNA polimerazlar, her biri farklı bir gen tipini kodlayan üç varyasyona sahiptir. Bir ökaryotik hücre, transkripsiyon ve translasyon işlemlerini ayıran bir çekirdeğe sahiptir. Ökaryotik transkripsiyon, DNA'nın nükleozomlara ve daha yüksek dereceli kromatin yapılarına paketlendiği çekirdeğin içinde meydana gelir. Ökaryotik genomun karmaşık oluşu, kompleks ve çok çeşitli bir gen anlatım kontrol mekanizmasının varlığını gerektirir.

<span class="mw-page-title-main">Bakteriyel transkripsiyon</span>

Bakteriyel transkripsiyon, bakterilerdeki genetik materyalin mesajcı RNA transkriptlerinin, protein üretimi için çevrilmesi için üretildiği işlemdir. Ökaryotlardan farklı olarak, bakteriyel transkripsiyon ve translasyon sitoplazmada aynı anda gerçekleşebilir. Bu durum transkripsiyonun membranlı bir çekirdekte gerçekleştiği, translasyonun sitoplazmada çekirdeğin dışında gerçekleştiği ökaryotlarda mümkün değildir. Bakterilerde, genetik materyal, zarla kaplı bir çekirdekle çevrelenmez ve sitoplazmada ribozomlara erişime sahiptir.

Temel grup, Henri Poincaré'in 1895'te yayınladığı "Analysis Situs" adlı makalesinde tanımlanmıştır. Kavram, Bernhard Riemann, Poincaré ve Felix Klein'ın çalışmalarıyla Riemann yüzeyleri teorisinden ortaya çıkmıştır. Karmaşık değerli fonksiyonların monodromik özelliklerini açıkladığı gibi kapalı yüzeylerin tam bir topolojik sınıflandırılmasını sağlar.

<span class="mw-page-title-main">Tümör nekroz faktörü alfa</span>

Tümör nekroz faktörü ; sistemik inflamasyonda yer alan bir hücre sinyal proteinidir (sitokindir) ve akut faz reaksiyonunu oluşturan sitokinlerden biridir. CD4+ lenfositler, NK hücreleri, nötrofiller, mast hücreleri, eozinofiller ve nöronlar gibi diğer birçok hücre tipi tarafından üretilebilmesine karşın, esas olarak aktif makrofajlarca üretilir. TNF, homolog bir TNF alanına sahip çeşitli transmembran proteinlerden oluşan TNF süper ailesinin bir üyesidir.

<span class="mw-page-title-main">Çinko parmak</span>

Çinko parmak, ait olduğu proteindeki katlanmayı stabilize etmek için bir veya daha fazla çinko iyonunun (Zn2+) koordinasyonu ile karakterize edilen küçük bir protein yapısal motifidir. Genellikle çok domainli proteinlerde metal bağlayıcı bir alan olarak görülür.

<span class="mw-page-title-main">Samsung Galaxy M30</span> 2019da piyasaya sürülen Android akıllı telefon modeli

Samsung Galaxy M30, Samsung Electronics tarafından üretilmiş, Samsung Galaxy A serisi'ne ait Android işletim sistemini kullanan akıllı telefon. Samsung Galaxy A40 modelinin ardılıdır. Cihaz, 27 Şubat 2019'da Hindistan'da duyurulmuş ve 7 Mart 2019'da satışa çıkarılmıştır. Cihaz, Samsung Galaxy M30s'in selefidir. Cihaz, Çin'de Samsung Galaxy A40s adıyla 6 GB RAM-64 GB dahili depolama konfigürasyonuyla satılmıştır. Cihazın ardılı Samsung Galaxy A41 ve Samsung Galaxy A42 5G modelidir.

Bir sigma faktörü, bakterilerde transkripsiyonun başlatılması için gerekli olan bir proteindir. RNA polimerazın (RNAP) gen promotörlerine spesifik bağlanmasını sağlayan bir bakteriyel transkripsiyon başlatma faktörüdür. Archaeal transkripsiyon faktörü B ve ökaryotik faktör TFIIB ile homologdur. Belirli bir genin transkripsiyonunu başlatmak için kullanılan spesifik sigma faktörü, gene ve o genin transkripsiyonunu başlatmak için gereken çevresel sinyallere bağlı olarak değişecektir. RNA polimeraz tarafından promotörlerin seçimi, onunla ilişkili sigma faktörüne bağlıdır. Ayrıca bitki kloroplastlarında bakteri benzeri plastid kodlu polimerazın (PEP) bir parçası olarak bulunurlar.