Zatürre, pnömoni ya da batar, akciğerde görülen yangılardır. Klasik pnömonilerde, akciğerlerin hava geçitlerindeki son bölüm ve hava kesecikleri (alveoller) etkilenir. İnterstisiyel pnömonilerde, hava kesecikleri (alveoller) arasındaki bölmeler yoğunlukla etkilenen alanlardır. Akciğerler günde 10.000 litre havayı süzer. Kan dolaşımına oksijen taşıyan solunum havasıyla birlikte çok sayıda katı ve sıvı partikül ile zararlı gazlar da akciğerlere ulaşır. Solunum havası içindeki zararlı etkilere verilen tepkilerin büyük bölümü canlı etkenlerden kökenli infeksiyon hastalıklarıdır. Toksik gazların ve sıvıların büyük bölümü “kimyasal pnömoniler” olarak nitelenir.

Antibiyotik, bakterilere karşı aktif olan bir tür antimikrobiyal maddedir. Bakteriyel enfeksiyonlarla savaşmak için en önemli antibakteriyel ajan türüdür ve antibiyotik ilaçlar bu tür enfeksiyonların tedavisinde ve önlenmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bakterileri öldürebilir ya da büyümelerini engelleyebilirler. Sınırlı sayıda antibiyotik de antiprotozoal aktiviteye sahiptir. Antibiyotikler soğuk algınlığı veya gribe neden olan virüsler gibi virüslere karşı etkili değildir; virüslerin büyümesini engelleyen ilaçlar antibiyotik yerine antiviral ilaçlar veya antiviraller olarak adlandırılır. Mantarlara karşı da etkili değildirler; mantarların büyümesini engelleyen ilaçlara antifungal ilaçlar denir.

Penisilinler aslen Penicillium küflerinden, özellikle de P. chrysogenum ve P. rubens'ten elde edilen bir grup β-laktam antibiyotiktir. Klinik kullanımdaki penisilinlerin çoğu P. chrysogenum tarafından derin tank fermantasyonu kullanılarak sentezlenir ve daha sonra saflaştırılır. Bir dizi doğal penisilin keşfedilmiştir, ancak sadece iki saflaştırılmış bileşik klinik kullanımdadır: penisilin G ve penisilin V. Penisilinler, stafilokok ve streptokokların neden olduğu birçok bakteriyel enfeksiyona karşı etkili olan ilk ilaçlar arasındaydı. Günümüzde farklı bakteriyel enfeksiyonlar için hala yaygın olarak kullanılmaktadırlar, ancak birçok bakteri türü yoğun kullanımın ardından direnç geliştirmiştir.

Stafilokoklar (Staphylococcus) Bacillales takımı içindeki Staphylococcaceae familyasına ait Gram-pozitif bakteri cinsidir. Mikroskop altında yuvarlak üzüm taneleri gibi görünürler. Staphylococcus türleri fakültatif anaerobik organizmalardır. Bu cins, çoğu insanlarda bulunabilen 40 tür ve 24 alt tür içermektedir. Çoğu zararsızdır ve normalde insanların ve diğer organizmaların cilt ve mukozalarında bulunur. Bazı türler spesifik olarak bazı ortamlarda bulunabilmektedirler. Örneğin Staphylococcus aureus insanda burun deliklerinde, Staphylococcus capitis yağ bezlerinin bulunduğu yerlerde, Staphylococcus haemolyticus ve Staphylococcus hominis apokrin bezlerin olduğu yerlerde bulunurlar. Ayrıca tüm dünyada rastlanan ve toprakta bulunan mikroorganizma florasının ufak bir kısmını oluştururlar.

Staphylococcus epidermidis, gram-pozitif çekirdeklerin salkım halinde bulunduğu stafilokoklardan bir bakteri türüdür. Katalaz-pozitif ve koagülaz-negatif özelliktedir ve zaman zaman insan ve hayvan cildinin mukoz membranlarında görülür. Kontaminasyona bağlı olarak, S. epidermidis laboratuvar testlerinde en fazla görülen türdür.

Cutibacterium acnes, gram-pozitif, yavaş çoğalan, cildin normal florasında da bulunan bir bakteri türüdür. Akne oluşumunda rol oynadığı bilinmektedir.

Nocardia zayıf Gram-pozitif boyanan, katalaz pozitif, çubuk şekilli bir bakteri cinsidir. Kısmen aside dirençli ve boncuk şeklinde dallanan filamanlara sahiptir. Toplam 85 türü vardır. Bazı türleri nokardiyoz hastalığından sorumlu ise de patojenik olmayan türleri de vardır. Nocardia organik madde bakımından zengin topraklarda dünya çapında bulunur. Buna ek olarak, Nocardia ağız mikroflorasında sağlıklı dişetlerinin periodontal ceplerinde de bulunur. Çoğu Nocardia enfeksiyonları bakterilerin solunması ile veya travmatik etkiyle oluşmaktadır.
Ventilatör ilişkili pnömoni (VİP) veya Ventilator-associated pneumonia (VAP) hastanelerde mekanik ventilasyon cihazlarına bağlı kişilerde meydana gelen bir tür akciğer enfeksiyonudur. Bu nedenle, VİP tipik olarak yoğun bakım ünitesinde (YBÜ) bulunan ve en az 48 saattir mekanik ventilatöre bağlı kritik durumdaki hastaları etkiler. VİP, ciddi hastalık ve ölümlerin önemli bir nedenidir. VİP gelişen hastaların YBÜ'deki yatış süreleri uzamakta ve ölüm oranları %20-30'a çıkmaktadır. VİP tanısı hastaneler arasında farklılıklar göstermekle birlikte tanı genellikle göğüs röntgeninde yeni bir infiltrasyon ve iki veya daha fazla faktörün varlığı ile konur. Bu faktörler arasında >38 °C veya <36 °C sıcaklık, >12 x 109/ml beyaz küre sayısı, akciğerdeki hava yollarından pürülan sekresyonların olması ve/veya gaz değişiminde azalma yer alır.

Bu madde deriyi etkileyen bakteriyel enfeksiyon hakkındadır. Cilt altı yağ dokusunun sebep olduğu pürüzlü görünüm için selülit maddesine bakınız.

Clostridium perfringens, Clostridium cinsine ait Gram pozitif, çubuk şeklinde, anaerobik, spor oluşturan patojenik bir bakteridir. C. perfringens doğada yaygındır ve çürüyen bitki örtüsünde, deniz tortusunda, insanların ve diğer omurgalıların bağırsaklarında, böceklerde ve toprakta normal olarak bulunabilir. Thioglycolate besiyerinde 6,3 dakika bir bölünerek, herhangi bir organizma için bildirilen en kısa jenerasyon süresine sahip bakteri türüdür.

Enterococcus faecalis, insanların gastrointestinal sistemlerinde yaşayan Gram-pozitif, kommensal birbakteridir. Enterococcus cinsindeki diğer türler gibi, E. faecalis de sağlıklı bireylerde doğal olarak bulunur ve probiyotik olarak kullanılabilir. Symbioflor1 ve EF-2001 gibi probiyotik suşlar, ilaç direnci ve patogenez ile ilgili çeşitli genlerden yoksundurlar. Fırsatçı bir patojen olan E. faecalis, özellikle nozokomiyal - hastane kaynaklı yaşamı tehdit eden enfeksiyonlara neden olabilir ve bakteride yüksek seviyede bulunabilen doğal antibiyotik direnci, patojenitesine katkıda bulunmaktadır. Kanal tedavisi sonrası yeniden enfekte olmuş vakalarda % 30 ila % 90 oranında E. faecalis tespit edilmiştir. Bu oran, primer enfeksiyon vakalarındaki bulunma oranından yaklaşık dokuz kat daha fazladır.

Kedi immün yetmezlik virüsü (FIV) dünya'da kedileri etkileyen bir Lentivirüs 'tür ve kedigillerin %2,5 ila %4,4'üne bulaşır. FIV, diğer iki kedi retrovirüsünden, kedi lösemi virüsünden (FeLV) ve kedi köpüklü virüsten (FFV) taksonomik olarak farklıdır ve insan bağışıklık yetmezlik virüsü (HIV) ile daha yakından ilişkilidir. FIV içinde, viral zarf (env) veya polimeraz (pol) için kodlama yapan nükleotid dizi farklılıklarına dayalı olarak beş alt tip tanımlanmıştır. FIV, AIDS benzeri bir sendroma neden olan tek primat olmayan lentivirüstür, ancak FIV, hastalığın taşıyıcıları ve aktarıcıları olarak uzun yıllar nispeten sağlıklı yaşayabildikleri için kediler için genellikle ölümcül değildir. Etkinliği belirsizliğini korusa da bir aşısı vardır. Kediler aşılamadan sonra FIV antikorları için pozitif test yapacaktır.

Glochid veya glochidia, Opuntioideae alt ailesindeki kaktüslerin areolelerinde bulunan, genellikle dikenli, saç benzeri dikenler veya kısa dikenlerdir. Kaktüs glochidleri bitkiden kolayca ayrılır ve deriye yerleşerek temas halinde tahrişe neden olur. Areollerdeki glochid kümeleri, her biri yüzlerce glochid içeren bazı kaktüs türlerinin gövde yüzeylerini neredeyse kaplar; bu, kolayca ayrılmayan ve genellikle dikenli olmayan daha büyük, daha göze çarpan kaktüslere omurgaya ek olarak veya onun yerine olabilir.
Klindamisin, osteomiyelit (kemik) veya eklem enfeksiyonları, pelvik inflamatuar hastalık, boğaz ağrısı, zatürre, akut otitis media ve endokardit dahil olmak üzere bir dizi bakteriyel enfeksiyonun tedavisinde kullanılan bir antibiyotik ilaçtır. Ayrıca akne, ve metisiline dirençli bazı Staphylococcus aureus (MRSA) vakalarını tedavi etmek için de kullanılabilir. Kinin ile kombinasyon halinde sıtma tedavisinde kullanılabilir. Ağız yoluyla, damar içine enjeksiyon yoluyla ve cilde veya vajinaya uygulanmak üzere krem veya jel olarak mevcuttur.

Chromobacterium violaceum gram negatif, fakültatif anaerobik, spor oluşturmayan bir kokobasil bakteridir. C. violaceum, kokobasil kutbunda yer alan bir kamçı yardımıyla hareket edebilir, genellikle bir veya iki tane yatay kamçı da bulunur. Bu bakteri, dünyadaki tropikal ve subtropikal bölgelerin normal su ve toprak floralarının bir parçasıdır. Bakteri, violacein adında kolon kanseri ve diğer kanserlerin tedavisi için kullanışlı olabilen bir doğal antibiyotik üretir. Bakteri, besinli ağarda kolayca büyür, koyu mor metalik parıltıya sahip kendine özgü düz basit konveks koloniler oluşturur; bakterinin bu pigmenti üretmeyen bazı suşları da bildirilmiştir. Bakteri, katran toplarını parçalayabilir.
Kan dolaşımı enfeksiyonları, enfeksiyonlar bakteriyelolduğunda bakteriyemileri ve enfeksiyonlar mantar olduğunda fungemileri içeren septisemi, kan'da oluşan enfeksiyonlardır. Kan normalde steril bir ortamdır bu nedenle kandaki mikrop'ların bulunması daima anormal bir durumdur. Kan dolaşımı enfeksiyonu, konakçının bakterilere verdiği tepki olan sepsis'ten farklıdır.

Beta-laktamazlar, beta-laktam antibiyotiklere karşı bakteriyel dirençte rol oynayan bir enzim ailesidir. Beta-laktam antibiyotiklere karşı bakteriyel dirençte, bakteriler beta-laktam halkalarını bozarak antibiyotiği etkisiz hale getiren beta-laktamazlara sahiptir. Ancak beta-laktamaz inhibitörleri ile bakteri üzerindeki bu enzimler inhibe edilerek antibiyotiğin etki göstermesi sağlanır. Bu direnç biçimiyle mücadele stratejileri, bölünmeye karşı daha dirençli yeni beta-laktam antibiyotiklerin geliştirilmesini ve beta-laktamaz inhibitörleri olarak adlandırılan enzim inhibitörleri sınıfının geliştirilmesini içermektedir. β-laktamaz inhibitörlerinin kendi başlarına çok az antibiyotik aktivitesi olmasına rağmen, beta-laktam antibiyotiklerin bakteriyel bozulmasını önlerler ve böylece ilaçların etkili olduğu bakteri yelpazesini genişletirler.

Penisilin bağlayıcı proteinler (PBP'ler), penisiline olan yakınlıkları ve bağlanmaları ile karakterize edilen bir grup proteindir. Birçok bakterinin normal bir bileşenidirler; bu isim sadece proteinin keşfedilme şeklini yansıtmaktadır. Tüm β-laktam antibiyotikler bakteri hücre duvarı sentezi için gerekli olan PBP'lere bağlanır. PBP'ler transpeptidazlar olarak adlandırılan bir enzim alt grubunun üyeleridir.

Amoksisilin/klavulanik asit, diğerlerinin yanı sıra Augmentin markası altında satılan ko-amoksisilav veya amoks-klav olarak da bilinir, bir dizi bakteriyel enfeksiyonun tedavisinde kullanılan bir antibiyotik ilaçtır. Bir β-laktam antibiyotik olan amoksisilin ve bir β-laktamaz inhibitörü olan potasyum klavulanattan oluşan bir kombinasyondur. Özellikle orta kulak iltihabı, streptokok farenjiti, pnömoni, selülit, idrar yolu enfeksiyonları ve hayvan ısırıkları için kullanılır. Ağız yoluyla veya damar içine enjeksiyon yoluyla alınır.

Bifidobacterium animalis, insanlar da dahil olmak üzere çoğu memelinin kalın bağırsaklarında bulunabilen Bifidobacterium cinsinden gram pozitif, anaerobik, çubuk şeklinde bir bakteridir.