İçeriğe atla

Sigma faktörü

Bir sigma faktörü (σ faktörü veya özgüllük faktörü ), bakterilerde transkripsiyonun başlatılması için gerekli olan bir proteindir.[1][2] RNA polimerazın (RNAP) gen promotörlerine spesifik bağlanmasını sağlayan bir bakteriyel transkripsiyon başlatma faktörüdür. Archaeal transkripsiyon faktörü B ve ökaryotik faktör TFIIB ile homologdur.[3] Belirli bir genin transkripsiyonunu başlatmak için kullanılan spesifik sigma faktörü, gene ve o genin transkripsiyonunu başlatmak için gereken çevresel sinyallere bağlı olarak değişecektir. RNA polimeraz tarafından promotörlerin seçimi, onunla ilişkili sigma faktörüne bağlıdır.[4] Ayrıca bitki kloroplastlarında bakteri benzeri plastid kodlu polimerazın (PEP) bir parçası olarak bulunurlar.[5]

RNA polimeraz ile birlikte sigma faktörü, RNA polimeraz holoenzimi olarak bilinir. Her RNA polimeraz holoenzim molekülü, model bakteri Escherichia coli'de aşağıda listelenenlerden biri olan tam olarak bir sigma faktörü alt birimi içerir. Sigma faktörlerinin sayısı bakteri türleri arasında farklılık gösterir.[1][6] E. coli'nin yedi sigma faktörü vardır. Sigma faktörleri, karakteristik moleküler ağırlıklarıyla ayırt edilir. Örneğin, σ 70, moleküler ağırlığı 70 kDa olan sigma faktörüdür.

RNA polimeraz holoenzim kompleksindeki sigma faktörü, transkripsiyonun başlaması için gereklidir, ancak bu aşama bittiğinde, kompleksten ayrılır ve RNAP kendi kendine uzamaya devam eder.

Uzmanlaşmış Sigma Faktörleri

Farklı çevresel koşullar altında farklı sigma faktörleri kullanılmaktadır. Bu özelleşmiş sigma faktörleri, çevresel koşullara uygun genlerin promotörlerini bağlayarak bu genlerin transkripsiyonunu arttırır.

E. coli'deki sigma faktörleri:

  • σ <sup id="mwMQ">70</sup> (RpoD) – σ A – "housekeeping" sigma faktörü veya birincil sigma faktörü (Grup 1) olarak da adlandırılır, büyüyen hücrelerdeki çoğu geni kopyalar. Her hücrenin, temel genleri ve yolları çalışır durumda tutan bir "temizlik" sigma faktörü vardır.[1] E. coli ve diğer gram negatif çubuk şekilli bakteriler söz konusu olduğunda, "temizlik" sigma faktörü σ 70'tir .[1] σ 70 tarafından tanınan genlerin tümü, iki kısımdan oluşan benzer promotör konsensüs dizileri içerir.[1] RNA transkriptinin başlangıcına karşılık gelen DNA bazına göre, konsensüs promotör dizileri, transkripsiyon başlamadan önce (-10 ve -35) karakteristik olarak 10 ve 35 nükleotidde merkezlenir.
  • σ <sup id="mwQQ">19</sup> (FecI) – ferrik sitrat sigma faktörü, demir taşınması ve metabolizması için fec genini düzenler
  • σ <sup id="mwRQ">24</sup> (RpoE) – aşırı ısı stresi tepkisi ve hücre dışı proteinler sigma faktörü
  • σ <sup id="mwSA">28</sup> (RpoF/FliA) – flagellar sentez ve kemotaksis sigma faktörü
  • σ 32 (RpoH) – ısı şoku sigma faktörü, bakteri ısıya maruz kaldığında açılır. Daha yüksek ifade nedeniyle faktör, polimeraz-çekirdek-enzimine yüksek bir olasılıkla bağlanacaktır. Bunu yaparak, hücrenin daha yüksek sıcaklıklarda hayatta kalmasını sağlayan diğer ısı şoku proteinleri ifade edilir. Σ 32 aktivasyonu üzerine ifade edilmiştir enzimlerin bazıları şaperonlar, proteazlar ve DNA tamir enzimi de içermektedir.
  • σ <sup id="mwUw">38</sup> (RpoS) – açlık/durağan faz sigma faktörü
  • σ <sup id="mwVg">54</sup> (RpoN) – nitrojen sınırlama sigma faktörü

Ayrıca sigma faktörlerinin işlevini engelleyen anti-sigma faktörleri ve sigma faktör fonksiyonunu geri kazandıran anti-anti-sigma faktörleri de vardır.

Yapı

σ 70 ailesinin zincir organizasyonu, promotör tanıma ve yapısal organizasyonu. (a) Grup 1, 3 ve 4'ten σ faktörlerinin alan organizasyonu, σ 70 konsensüs E. coli promotör DNA'sının üzerinde gösterilmektedir. (b) Bir RNA polimeraz transkripsiyon başlatma kompleksinde E. coli σ70 organizasyonu. (PDB 4YLN).

Dizi benzerliğine göre, çoğu sigma faktörü σ 70 benzeridir (InterPro ). Genel olarak korunan dört ana bölgeye (etki alanına) sahiptirler: 

N-ucu --------------------- C-ucu
       1.1 2 3 4

Bölgeler daha da alt bölümlere ayrılmıştır. Örneğin, bölge 2, 1.2 ve 2.1 ila 2.4'ü içerir.

Zincir 1.1 yalnızca "birincil sigma faktörlerinde" bulunur (RpoD, E.coli'de RpoS; "Grup 1"). Sigma faktörünün, yalnızca RNA polimeraz ile kompleks oluşturduğunda promotöre bağlanmasını sağlamakla ilgilidir.[7] Etki alanları 2-4'ün her biri, belirli promotör öğeleri ve RNAP ile etkileşime girer. Bölge 2.4, promotör -10 öğesini tanır ve ona bağlanır (" Pribnow kutusu " olarak adlandırılır). Bölge 4.2, destekleyici −35 öğesini tanır ve ona bağlanır.[7]

σ 70 ailesinin her sigma faktörü tüm zincirleri içermez. RpoS içeren Grup 2, Grup 1'e çok benzer ancak zincir 1'den yoksundur. Grup 3 ayrıca zincir 1'den yoksundur ve σ 28'i içerir. Ekstrasitoplazmik Fonksiyon (ECF) grubu olarak da bilinen Grup 4, hem σ1.1 hem de σ3'ten yoksundur. RpoE bir üyedir.[7]

Bilinen diğer sigma faktörleri σ 54 /RpoN (InterPro ) türündendir. Bunlar işlevsel sigma faktörleridir, ancak önemli ölçüde farklı birincil amino asit dizilerine sahiptirler.[8]

Protein alan bilgi kutuları
InterPro 1ku2[]SCOPe 10 Kasım 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.SUPFAM 29 Temmuz 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.structures 29 Temmuz 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.ECOD 29 Temmuz 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.structure summaryThermotoga maritimaŞablon:Infobox protein family / / /

Solution structure of sigma70 region 4 from Sigma70_r4PfamSCOP2

clanAvailable protein structures:

PDBsum
Crystal structure of Thermus aquaticus RNA polymerase sigma subunit fragment containing regions 1.2 to 3.1
PfamSCOP2RCSB PDB 4 Mayıs 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.PDBe 29 Temmuz 2021 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.PDBj[]Şablon:Infobox protein familySigma70 region 4.2IdentifiersSigma70_r4_2 clanAvailable protein structures:; ; Şablon:Infobox protein familyŞablon:Infobox protein familyŞablon:Infobox protein familyŞablon:Infobox protein family

Transkripsiyon uzaması sırasında tutma

Çekirdek RNA polimeraz (2 alfa (α), 1 beta (β), 1 beta asal (β') ve 1 omega (ω) alt biriminden oluşur), RNA polimeraz holoenzim adı verilen bir kompleks oluşturmak için bir sigma faktörüne bağlanır. Daha önce RNA polimeraz holoenziminin transkripsiyonu başlattığına inanılırken, çekirdek RNA polimerazın tek başına RNA sentezlediğine inanılıyordu. Bu nedenle, kabul edilen görüş, sigma faktörünün, transkripsiyon başlangıcından transkripsiyon uzamasına geçişte ayrışması gerektiğiydi (bu geçişe "promoter kaçışı" denir). Bu görüş, başlatmada ve uzamada duraklayan saflaştırılmış RNA polimeraz komplekslerinin analizine dayanıyordu. Son çalışmalar ışığında, RNA polimeraz komplekslerinin yapısal modelleri, büyüyen RNA ürünü ~15 nükleotitten daha uzun hale geldikçe, RNA ve bir sigma alanı arasında sterik bir çatışma olduğundan, sigmanın holoenzimden "dışarı itilmesi" gerektiğini öngörmüştür. Bununla birlikte, σ 70 [9] ve bazen uzama boyunca çekirdek RNA polimeraz ile kompleks halinde bağlı kalabilir.[10] Aslında, promotör-proksimal duraklama fenomeni, sigmanın erken uzama sırasında rol oynadığını gösterir. Tüm çalışmalar, promotör kaçışının, sigma-çekirdek etkileşiminin ömrünü başlangıçta çok uzundan (tipik bir biyokimyasal deneyde ölçülemeyecek kadar uzun) uzamaya geçişte daha kısa, ölçülebilir bir ömre indirdiği varsayımıyla tutarlıdır.

Sigma döngüsü

Uzun zamandır sigma faktörünün, transkripsiyonu başlattıktan sonra ana enzimi zorunlu olarak terk ettiği ve bunun başka bir ana enzime bağlanmasına ve başka bir bölgede transkripsiyonu başlatmasına izin verdiği düşünülüyordu. Böylece, sigma faktörü bir enzimmden diğerine geçiş yapacaktı. Bununla birlikte, sigma faktörünün ana enzimden zorunlu olarak ayrılmadığını göstermek için floresan rezonans enerji transferi kullanıldı.[9] Bunun yerine, başlama ve uzama sırasında enzimle olan bağını değiştirir. Bu nedenle, sigma faktörü, başlatma sırasında güçlü bir şekilde bağlı durum ile uzama sırasında zayıf bağlı bir durum arasında döngü yapar.

Ayrıca bakınız

  • Ekkehard Bautz

Kaynakça

  1. ^ a b c d e "Multiple sigma subunits and the partitioning of bacterial transcription space". Annual Review of Microbiology. 57: 441-66. 2003. doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090913. PMID 14527287.  Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi: "gross" adı farklı içerikte birden fazla tanımlanmış (Bkz: )
  2. ^ "Identification of sigma factors for growth phase-related promoter selectivity of RNA polymerases from Streptomyces coelicolor A3(2)". Nucleic Acids Research. 25 (13): 2566-73. July 1997. doi:10.1093/nar/25.13.2566. PMC 146787 $2. PMID 9185565. 
  3. ^ "The σ enigma: bacterial σ factors, archaeal TFB and eukaryotic TFIIB are homologs". Transcription. 5 (4): e967599. 6 Kasım 2014. doi:10.4161/21541264.2014.967599. PMC 4581349 $2. PMID 25483602. 
  4. ^ "Extra cytoplasmic function σ factor activation". Current Opinion in Microbiology. 15 (2): 182-8. April 2012. doi:10.1016/j.mib.2012.01.001. PMC 3320685 $2. PMID 22381678. 
  5. ^ "Role and regulation of plastid sigma factors and their functional interactors during chloroplast transcription - recent lessons from Arabidopsis thaliana". European Journal of Cell Biology. 89 (12): 940-6. December 2010. doi:10.1016/j.ejcb.2010.06.016. PMID 20701995. 
  6. ^ "Transcriptional switching in Escherichia coli during stress and starvation by modulation of sigma activity". FEMS Microbiology Reviews. 34 (5): 646-57. September 2010. doi:10.1111/j.1574-6976.2010.00223.x. PMID 20491934. 
  7. ^ a b c "Bacterial Sigma Factors and Anti-Sigma Factors: Structure, Function and Distribution". Biomolecules. 5 (3): 1245-65. June 2015. doi:10.3390/biom5031245. PMC 4598750 $2. PMID 26131973.  Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi: "pmid26131973" adı farklı içerikte birden fazla tanımlanmış (Bkz: )
  8. ^ "In a class of its own--the RNA polymerase sigma factor sigma 54 (sigma N)". Molecular Microbiology. 10 (5): 903-9. December 1993. doi:10.1111/j.1365-2958.1993.tb00961.x. PMID 7934866. 
  9. ^ a b "Retention of transcription initiation factor sigma70 in transcription elongation: single-molecule analysis". Molecular Cell. 20 (3): 347-56. November 2005. doi:10.1016/j.molcel.2005.10.012. PMID 16285917.  Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi: "Kapanidis" adı farklı içerikte birden fazla tanımlanmış (Bkz: )
  10. ^ "Bacterial RNA polymerase can retain σ70 throughout transcription". Proc Natl Acad Sci U S A. 113 (3): 602-7. January 2016. doi:10.1073/pnas.1513899113. PMC 4725480 $2. PMID 26733675. 

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">DNA</span> Canlıların genetik bilgilerini barındıran molekül

Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.

<span class="mw-page-title-main">RNA</span> nükleotitlerden oluşan polimer

Ribonükleik asid (RNA), bir nükleik asittir, nükleotitlerden oluşan bir polimerdir. Her nükleotit bir azotlu baz, bir riboz şeker ve bir fosfattan oluşur. RNA pek çok önemli biyolojik rol oynar, DNA'da taşınan genetik bilginin proteine çevirisi (translasyon) ile ilişkili çeşitli süreçlerde de yer alır. RNA tiplerinden olan mesajcı RNA, DNA'daki bilgiyi protein sentez yeri olan ribozomlara taşır, ribozomal RNA ribozomun en önemli kısımlarını oluşturur, taşıyıcı RNA ise protein sentezinde kullanılmak üzere kullanılacak aminoasitlerin taşınmasında gereklidir. Ayrıca çeşitli RNA tipleri genlerin ne derece aktif olduğunu düzenlemeye yarar.

<span class="mw-page-title-main">Mesajcı RNA</span> Bir protein üretmek için ribozom tarafından okunan RNA

Mesajcı RNA (mRNA), sentezlenecek bir proteinin amino asit dizisine karşılık gelen kimyasal şifreyi taşıyan bir moleküldür. mRNA, bir DNA kalıptan transkripsiyon yoluyla sentezlenir ve protein sentez yeri olan ribozomlara, protein kodlayıcı bilgiyi taşır. Burada, çevirim (translasyon) süreci sonucu, RNA polimerindeki bilgi ile bir amino asit polimeri üretilir. Nükleik asitlerin amino asit dizilerine karşılık gelen bölgelerindeki her üç baz, proteindeki bir amino asite karşılık gelir. Bu üçlülere kodon denir, her biri bir amino asit kodlar, bitiş kodonu ise protein sentezini durdurur. Bu işlem iki diğer RNA türünü daha gerektirir: taşıyıcı RNA (tRNA) kodonun tanınmasına aracılık eder ve ona karşılık gelen amino asiti getirir; ribozomal RNA (rRNA) ise ribozomdaki protein imalat mekanizmasının kataliz merkezidir.

<span class="mw-page-title-main">Transkripsiyon (genetik)</span> bir DNA parçasının RNAya kopyalanması süreci

Transkripsiyon, yazılma veya yazılım, DNA'yı oluşturan nükleotit dizisinin RNA polimeraz enzimi tarafından bir RNA dizisi olarak kopyalanması sürecidir. Başka bir deyişle, DNA'dan RNA'ya genetik bilginin aktarımıdır. Protein kodlayan DNA durumunda, transkripsiyon, DNA'da bulunan genetik bilginin bir protein veya peptit dizisine çevirisinin ilk aşamasıdır. RNA'ya yazılan bir DNA parçasına "transkripsiyon birimi" denir. Transkripsiyonda hata kontrol mekanizmaları vardır, ama bunlar DNA çoğalmasındakinden daha az sayıda ve etkindirler; dolayısıyla transkripsiyon DNA çoğalması kadar aslına sadık değildir.

RNA polimerazlar, bir DNA veya RNA molekülündeki bilgiyi RNA molekülü olarak kopyalayan bir enzimler ailesidir. Bir gende yer alan bilginin RNA molekülü olarak kopyalanma işlemi transkripsiyon olarak adlandırılır. Hücrelerde RNAP genlerin RNA zincirleri halinde okunmasını sağlar. RNA polimeraz enzimleri, tüm canlılarda ve çoğu virüste bulunur. Kimyasal bir deyişle, RNAP, bir nükleotidil transferaz enzimidir, bir RNA molekülünün üç ucunda ribonükleotitlerin polimerleşmesini sağlar.

Moleküler biyolojide bir transkripsiyon faktörü genlerin transkripsiyonunu düzenlemek için DNA üzerinde belli bir diziye bağlanabilen bir proteindir. Bunlar diziye-özgün DNA bağlanma proteini olarak da adlandırılır. Transkripsiyon faktörleri tek başına veya bir komplekste yer alan başka proteinlerle beraber, RNA polimeraz tarafından bir genin transkripsiyonunu ya kolaylaştırırlar veya engeller.

Bir polimeraz, merkezî işlevi RNA ve DNA gibi nükleik asit polimerleri ile ilgili olan bir enzimdir. Bir polimerazın esas fonksiyonu, mevcut bir DNA veya RNA kalıbı kullanarak, ikileşme veya transkripsiyon süreci içinde, yeni bir DNA veya RNA'nın polimerizasyonudur. Bu enzimler, bir grup başka enzim veya protein eşliğinde, çözeltide bulunan nükleotitleri alırlar ve baz eşleşme etkileşimlerinden yararlanarak, bir polinükleotit iplikçiğin karşısında yeni bir polinükleotit iplikçiğinin sentezini katalizler.

Promotör, biyolojide genlerin transkripsiyonunu başlatan, DNA'parçasıdır. Promotörler, ilgili genin transkripsiyon başlangıç bölgesine yakın kısımlarda ve genle aynı DNA iplikçiği üzerinde bulunular. Promotörler, transkripsiyonunu başlattıkları gen dizisinden önce karşıt tamamlayıcı DNA dizisinin 3' ucuna doğru olan kısımda bulunurlar. Promotörler genelde farklı nukleotid uzunluklarına sahip olmakla beraber, 100 ila 1000 nukleotid çifti uzunluğunda olurlar.

<span class="mw-page-title-main">SREBP</span>

Sterol düzenleyici eleman bağlayıcı proteinler, "sterol düzenleme elemanı" adlı DNA dizisine bağlanan transkripsiyon faktörleridir. SREBP'ler transkripsiyon faktörlerinin bazik-sarmal-ilmik-sarmal lösin fermuar sınıfına aittirler. İnaktifken çekirdek ve endoplazmik retikulum zarlarına bağlı olurlar. Düşük seviyede sterol bulunduran hücrelerde SREBP'ler kesilir ve suda çözünür bir N-ucu bölge, çekirdeğe taşınır. Bu etkinleşmiş SREBP'ler sonra spesifik sterol düzenleyici eleman DNA dizilerine bağlanarak, sterol sentezinde yer alan enzimlerin sentezini yukarı ayarlarlar. Sterollar ise SREBP'lerin kesilmesini inhibe ettiği için geri beslemeli bir döngü ile sterol sentezi yavaşlar ve sonunda durur.

<span class="mw-page-title-main">Ters transkriptaz</span> RNA şablonundan DNA üreten bir enzim

Biyokimyada bir ters transkriptaz veya RNA'ya bağımlı DNA polimeraz, tek iplikli bir RNA molekülü okuyup tek iplikli DNA üreten bir DNA polimeraz enzimidir. Bu enzim, ayrıca, RNA tek iplikli cDNA şeklinde okunduktan sonra çift iplikli DNA oluşmasında da görev alır. Normal transkripsiyon DNA'dan RNA sentezidir; dolayısıyla ters transkripsiyon bu sürecin tersidir.

<span class="mw-page-title-main">Hızlandırıcı</span>

Hızlandırıcı, genetikte, bir gen kümesindeki genlerin transkripsiyon hızının artmasını sağlayan, transkripsiyon faktörlerinin bağlandığı kısa bir DNA bölgesidir. Bir hızlandırıcının üzerine etki ettiği genlere özellikle yakın olması, hatta aynı kromozom üzerinde dahi olması gerekmez. Ökaryotik hücrelerde DNA'nın içinde bulunduğu kromatin kompleksi süpersarımlı bir haldedir ve bunun sonucu olarak yapısında burkulmalar vardır; öyle bir şekilde katlanmıştır ki, aralarındaki nükleotit sayısı bakımından uzak olan promotör ve onların hızlandırıcıları, geometrik anlamda birbirlerine yakın olabilirler. Bu sayede hızlandırıcı, genel transkripsiyon faktörleri ve RNA polimeraz II ile etkileşime girebilir. Bazı hızlandırıcıların kontrol ettikleri genin promotöründen birkaç yüz-bin baz çifti uzakta olduğu bulunmuştur. Hızlandırıcılar doğrudan promotöre bağlanmazlar, aktivatör proteinler tarafından bağlanırlar. Aktivatör proteinler, aracı kompleksi ile ile etkileşir, bu da polimeraz II ve genel transkripsiyon faktörlerini seferber edip transkripsiyonun başlamasını sağlar.

<span class="mw-page-title-main">Gen ifadesinin düzenlenmesi</span>

Gen ifadesinin düzenlenmesi ya da gen ifadesinin denetimi, hücrelerin ve virüslerin genlerindeki bilgiyi gen ürünlerine çevirmesini kapsayan süreçler için kullanılan bir terimdir. İşlevsel bir genin ürünleri RNA veya protein olabilir; bilinen mekanizmaların en temeli protein kodlayan genlerin düzenlenmesidir. Gen ifadesinin, DNA-RNA transkripsiyonundan, proteinin translasyon sonrası değişimlerine kadar olan herhangi bir adımı değiştirilip, ayarlanabilmektedir.

<span class="mw-page-title-main">T7 RNA polimeraz</span>

T7 RNA Polymeraz T7 bakteriyofaja ait bir RNA polimerazdır. Bu enzim, faj genlerindeki genetik bilginin mesajcı RNA molekülü şeklinde transkripsiyonunu katalizler.

<span class="mw-page-title-main">Katabolit Aktivatör Protein</span>

Katabolit aktivatör protein, ,N-terminalde bir ligand bağlama alanı bulunduran her bir alt ünitesi ile çözelti içerisinde homodimer olarak bulunan bir transkripsiyonel aktivatördür, ayrıca proteinlerin dimerizasyonundan ve C-terminaldeki DNA bağlama alanından da sorumludur. 2 cAMP molekülü, proteinin DNA'ya affinitesini artıran allosterik efektörler gibi negatif işbirliği ve fonksiyonu ile dimerik CAP proteinine bağlanır. Hücre içerisine taşınan glukoz miktarı düşük olduğunda sitozolik cAMP seviyesi yükselir.

Ökaryotik transkripsiyon, ökaryotik hücrelerin DNA'da depolanan genetik bilgiyi RNA replika birimlerine kopyalamak için kullandıkları ayrıntılı bir işlemdir. Gen transkripsiyonu hem ökaryotik hem de prokaryotik hücrelerde görülür. Tüm farklı RNA tiplerinin transkripsiyonunu başlatan prokaryotik RNA polimerazının aksine, ökaryotlardaki RNA polimerazlar, her biri farklı bir gen tipini kodlayan üç varyasyona sahiptir. Bir ökaryotik hücre, transkripsiyon ve translasyon işlemlerini ayıran bir çekirdeğe sahiptir. Ökaryotik transkripsiyon, DNA'nın nükleozomlara ve daha yüksek dereceli kromatin yapılarına paketlendiği çekirdeğin içinde meydana gelir. Ökaryotik genomun karmaşık oluşu, kompleks ve çok çeşitli bir gen anlatım kontrol mekanizmasının varlığını gerektirir.

<span class="mw-page-title-main">Bakteriyel transkripsiyon</span>

Bakteriyel transkripsiyon, bakterilerdeki genetik materyalin mesajcı RNA transkriptlerinin, protein üretimi için çevrilmesi için üretildiği işlemdir. Ökaryotlardan farklı olarak, bakteriyel transkripsiyon ve translasyon sitoplazmada aynı anda gerçekleşebilir. Bu durum transkripsiyonun membranlı bir çekirdekte gerçekleştiği, translasyonun sitoplazmada çekirdeğin dışında gerçekleştiği ökaryotlarda mümkün değildir. Bakterilerde, genetik materyal, zarla kaplı bir çekirdekle çevrelenmez ve sitoplazmada ribozomlara erişime sahiptir.

Operon, genetikte tek bir promotörün kontrolü altında bir gen kümesi içeren DNA'nın işlevsel bir birimidir. Genler birlikte bir mRNA ipliğine yazılır ve daha sonra ya sitoplazmada birlikte translasyona uğrar veya ayrı ayrı translasyona uğrayan monosistronik mRNA'ları oluşturmak için her biri tek bir gen ürününü kodlayan birkaç mRNA ipliği gibi uçbirleştirmeye tabi tutulur. Bunun sonucu, operonda bulunan genler ya birlikte ifade edilirler ya da hiç ifade edilmezler. Bir operonu tanımlamak için birkaç genin birlikte transkripsiyonunu gerekir.

Transkripsiyon sonlandırma faktörü 2 bir protein, insanlarda TTF2 geni tarafından kodlanan bir proteindir.

Moleküler klonlamada vektör, yabancı bir nükleik diziyi yapay olarak çoğaltılabileceği ve/veya ifade edilebileceği başka bir hücreye taşımak için bir araç olarak kullanılan herhangi bir parçacıktır. Yabancı DNA içeren bir vektör rekombinant DNA olarak adlandırılır. Dört ana vektör türü plazmidler, viral vektörler, kozmidler ve yapay kromozomlardır. Bunlar arasında en yaygın kullanılan vektörler plazmidlerdir. Tüm tasarlanmış vektörlerde ortak olan bir replikasyon orijini, bir çoklu klonlama bölgesi ve seçilebilir bir işaretleyicidir.

<span class="mw-page-title-main">Litik döngü</span>

Litik döngü, viral üremenin iki döngüsünden biridir, diğeri lizojenik döngüdür. Litik döngü, enfekte olmuş hücrenin ve zarının tahrip olmasıyla sonuçlanır. Yalnızca litik döngüden geçebilen bakteriyofajlara virülan fajlar denir.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.