
Honshū, Japonya'nın en büyük ve en kalabalık adasıdır. Honshū, Tsugaru Boğazı ile Hokkaidō'nun güneyinde, Seto İç Denizi ile Shikoku'nun kuzeyinde ve Kanmon Boğazı ile Kyūshū'nun kuzeydoğusunda yer almaktadır. Yüzölçümü bakımından dünyanın yedinci büyük adası ve Cava'dan sonra ikinci kalabalık adasıdır.

Shikoku, Japonya'nın dört büyük adası ve sekiz bölgesinden biridir. Shikoku, Honshū'nun güneyinde ve Kyūshū'nun doğusunda yer almaktadır. Yüzölçümü ve nüfus bakımından Japonya'nın en küçük adası ve bölgesidir. Shikoku, Tokushima, Kagawa, Ehime ve Kōchi prefektörlüklerinden oluşmaktadır.

Kyūshū, Japonya'nın dört büyük adası ve sekiz bölgesinden biridir. Kyūshū, Honshū'nun güneybatısında ve Shikoku'nun batısında yer almaktadır ve Honshū'dan Kanmon Boğazı ile ayrılmaktadır. Kyūshū, Fukuoka, Saga, Nagasaki, Kumamoto, Ōita, Miyazaki ve Kagoshima prefektörlüklerinden oluşmaktadır. Ek olarak Ryūkyū Adaları ile Okinawa prefektörlüğü de Kyūshū Bölgesi'ne dahil edilmektedir.

Chūgoku ya da "San'in-San'yō bölgesi", Japonya'nın sekiz bölgesinden biridir. Bölge, Honshū Adası'nın batısında yer almaktadır. Chūgoku bölgesi Hiroşima, Yamaguchi, Shimane ve Tottori prefektörlüklerinden oluşmaktadır.

Tōhoku, Japonya'nın sekiz bölgesinden biridir. Bölge, Honshū Adası'nın kuzeydoğusunda yer almaktadır. Tōhoku bölgesi, Akita, Aomori, Fukuşima, Iwate, Miyagi ve Yamagata prefektörlüklerinden oluşmaktadır.

Fukuoka, Japonya'nın Fukuoka prefektörlüğünün merkezi ve Kyūshū bölgesinin en büyük şehridir.

Kitakyuşu , Japonya'nın Fukuoka prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir.

Japonya'nın bölgeleri, Japonya'nın coğrafi bölgeleridir. Resmî bir idari bölüm olmayıp geleneksel olarak birçok bağlamda bölgesel bölümler olarak kullanılmıştır. Örneğin, harita ve coğrafya ders kitapları ülkeyi sekiz bölgeye ayırmakta, hava durumu raporlarında hava durumu genellikle bölgelere göre verilmekte ve birçok işletme ve kurum bulundukları bölgenin adını kendi adlarında kullanmaktadırlar.

Japon Takımadaları, Japonya'yı oluşturan adalar grubudur. Adalar kuzeydoğudan güneybatıya Büyük Okyanus'un kuzeybatı kıyılarını kaplayarak Avrasya'nın kuzeydoğu kıyıları boyunca uzanmaktadır. Silurya döneminin ortasından Pleistosen boyunca yüz milyonlarca yıl boyunca meydana gelen litosferik plakaların hareketleri ve Filipin plakasının Amur ve Okinawan plakasının altına daldırılması ve Okhotsk plakasının altındaki Pasifik plakasının hareketi sonucu oluşmuştur.

Awaji Adası, Japonya'nın Hyōgo prefektörlüğünde Seto İç Denizi'nin doğusunda bulunan bir adadır. Ada 592.17 km²'lik yüzölçümü ile Seto İç Denizi'ndeki en büyük adadır. Ada idari olarak Awaji, Minamiawaji ve Sumoto şehirleri olmak üzere üç belediyeye ayrılmaktadır.

Seto Köprüsü, Japonya'da Seto İç Denizi'ndeki beş küçük ada üzerinden Okayama ve Kagawa prefektörlüklerini bağlayan bir çift katlı köprülerdir. 1978-1988 yılları arasında inşa edilmiş olup Honshū ve Shikoku adalarını birbirine bağlayan Honshū-Shikoku Köprüsü Projesi'nin üç güzergâhından biridir ve demiryolu bağlantısına sahip olan tek köprüdür. 13.1 kilometre uzunluğu ile dünyanın en uzun çift katlı köprü sistemidir.

Kore Boğazı Japonya ve Güney Kore arasındaki bir boğazdır, Doğu Çin Denizi ve Japon Denizini Pasifik Okyanusunun kuzey batısına bağlar. Boğaz, Tsushima Adası tarafından batı kanalına ve Tsushima Boğazına ayrılır.

Shōdoshima, Japonya'da Seto İç Denizi'nde bulunan bir adadır. Ada, Shikoku Adası'nın kuzeyinde yer almakta olup idari olarak Kagawa prefektörlüğüne bağlıdır.

Moji, Japonya'nın Kitakyushu kentinin yedi semtinden biridir. Semt, kentin doğu ucunda yer almakta olup Kanmon Boğazı'nın karşısındaki Şimonoseki kentine bakmaktadır. Yüzölçümü 73,67 km² olan semtin nüfusu 2018 yılı itibarı ile 93.706'dır.

Kanmon Boğazı veya Şimonoseki Boğazı, Japonya'nın Honshū ve Kyūshū adaları arasında bulunan bir boğazdır. Boğaz, adını Honshū tarafında bulunan Şimonoseki ve Kyūshū tarafında bulunan Kitakyushu kentlerinden almaktadır.

Ariake Denizi, Japonya'nın Kyūshū Adası'nın güneybatısında bulunan bir denizdir. Kyūshū'nun en büyük körfezi olup Amakusa Adaları aracılığı ile Yatsushiro Denizi'ne uzanmaktadır. Deniz, kültür balıkçılığı için kullanılır ve nori ana üründür.

Ōkunoshima, Japonya'da Seto İç Denizi'nde bulunan bir adadır. Ada, Chūgoku bölgesi ile Shikoku adası arasında yer almaktadır. Ada idari olarak Hiroşima prefektörlüğüne bağlı Takehara kentine bağlıdır.

Teshima, Japonya'da Seto İç Denizi'nde bulunan bir adadır. Ada, Naoshima ve Shōdoshima adaları arasında yer almaktadır. İdari olarak, Kagawa prefektörlüğüne bağlı Tonosho kasabasına bağlıdır.

Naruto girdapları, Japonya'nın Tokushima prefektörlüğüne bağlı Naruto kenti ile Hyōgo prefektörlüğüne bağlı Awaji Adası arasındaki bir kanal olan Naruto Boğazı'ndaki gelgit girdaplarıdır. Naruto ve Awaji Adası arasındaki boğaz yaklaşık 1,3 km genişliğe sahiptir. Boğaz, Büyük Okyanus ile Japonya'nın ana adalarından ikisi olan Honshū ve Shikoku'yu ayıran bir su kütlesi olan Seto İç Denizi arasındaki bağlantılardan biridir. Gelgit günde iki kez büyük miktarda suyu Seto İç Denizi'ne taşır ve ayrıca günde iki kez büyük miktarda suyu çıkarır. 1,7 metreye kadar olan bir menzil ile gelgit, Seto İç Denizi ile Büyük Okyanus arasında 1,5 metreye kadar su seviyesinde bir fark yaratır. Boğazın darlığı nedeniyle, su Naruto kanalından günde dört kez yaklaşık 13–15 km/s hızla, iki kez içeri ve iki kez dışarı akar. Bir bahar gelgiti sırasında, suyun hızı 20 km/s'ye ulaşabilir ve çapı 20 m'ye varan girdaplar oluşturabilir.

Setonaikai Millî Parkı, Japonya'nın Seto İç Denizi çevresinde bulunan bir millî parktır. 16 Mart 1934 tarihinde kurulmuş olup 669,34 km²'lik alana sahiptir.