Fatih Üniversitesi, Büyükçekmece, İstanbul'da yerleşik vakıf üniversitesiydi. Türkiye Sağlık ve Tedavi Vakfı tarafından 18 Ocak 1996'da kuruldu. Açılışını dönemin cumhurbaşkanı Süleyman Demirel gerçekleştirdi. İngilizce ve Türkçe ile öğretim yapan üniversite, Almanca, Fransızca, Rusça, İspanyolca derslerini de seçmeli ders olarak vermekteydi. Dokuz üyesi bulunan Mütevelli Heyeti ile yönetilmekteydi. Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün talebi üzerine; Büyükçekmece 5. Asliye Hukuk Mahkemesi tarafından, Fatih Üniversitesi'nin kurucusu Türkiye Sağlık ve Tedavi Vakfı'na kayyum atandı. 23 Temmuz 2016 tarihinde, Olağanüstü Hal (OHAL) Kapsamında Alınan Tedbirlere İlişkin Kanun Hükmünde Kararname'yle üniversite kapatıldı. Öğrencileri çeşitli üniversitelere yerleştirildi.

Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi, eski adıyla Ağrı Dağı Üniversitesi, Ağrı ili sınırları içerisinde merkez ilçe kampüsünde yer alır.

Artvin Çoruh Üniversitesi (AÇÜ), 5662 Sayılı, "Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanunla kurulan KTÜ’den ayrılarak 29 Mayıs 2007 tarihinde Ahmet Necdet Sezer tarafından onaylanan, yeni üniversitelerden bir tanesidir. Artvin ilinde bulunmaktadır. Üniversitenin kurulmasına ilişkin karar 26536 sayılı resmî gazetede yayınlanmıştır.

Bitlis Eren Üniversitesi 5662 Sayılı "Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun"la kurulan ve 28 Mayıs 2007 tarihinde Ahmet Necdet Sezer tarafından onaylanan, 17 yeni üniversiteden biridir. Bitlis ilinde bulunmaktadır. Kampüs yapımı 2009 yılı Haziran ayında başlamıştır. Bünyesinde kurulu 3 fakülte 3 yüksekokul ve 7 meslek yüksekokulu bulunmaktadır.

Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi, Ak Parti Hükûmetinin "her ile bir üniversite" projesi kapsamında, 5662 Sayılı "Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun"la kurulan ve 28 Mayıs 2007 tarihinde Zamanın Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından onaylanan, 17 yeni üniversiteden biridir. Osmaniye ili Merkez İlçesi Fakıuşağı Mahallesi'nde Nur Dağları'nın eteğinde şimdilik 560 dekarlık kampüsünde eğitim öğretim hizmetleri verilmektedir. Üniversitenin 12000 öğrencisi, 158 akademik ve 187 idari personeli bulunmaktadır.

Muş Alparslan Üniversitesi, 28 Mayıs 2007 tarihinde kurulan ve Muş ilinde faaliyet gösteren yüksek eğitim kurumudur.

Mardin Artuklu Üniversitesi 5662 Sayılı "Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun"la kurulan ve 28 Mayıs 2007 tarihinde Ahmet Necdet Sezer tarafından onaylanan, 17 yeni üniversiteden biridir.

İzmir Üniversitesi, İzmir'in 6. üniversitesiydi. Üniversite, 2007 yılında Doğanata Grubu'nun önderliğinde Doğanata Eğitim ve Kültür Vakfı (DEKVA) tarafından kurulmuş olup 2008-2009 öğretim yılında eğitim-öğretim hizmeti vermeye başlamıştı. Üniversitenin binası, Üçkuyular mevkiinde bulunmaktaydı.
Gediz Üniversitesi, İzmir ilinin Menemen ilçesi Seyrek beldesinde yerleşik bir vakıf üniversitesiydi. İzmir'in yedinci üniversitesiydi. 30 Temmuz 2008 tarihinde TBMM'de Sipahi Eğitim, Sağlık ve Spor Vakfı tarafından kurulması 5799 ve 5796 Sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda değişiklik yapılmasına dair kanunla gerçekleşti. Üniversite 2009-2010 eğitim-öğretim yılında açılmıştı. 23 Temmuz 2016 tarihinde, Olağanüstü Hal (OHAL) Kapsamında Alınan Tedbirlere İlişkin Kanun Hükmünde Kararname'yle üniversitenin kapatılmasına karar verildi. Bu gelişmenin öğrenciler üzerinde yarattığı mağduriyet sebebiyle TBMM tarafından alınan kararla üniversitenin bulunduğu yerde faaliyet gösterecek olan Bakırçay Üniversitesi adında bir devlet üniversitesi kuruldu.

Melikşah Üniversitesi, Kayseri ilinin Talas ilçesinde faaliyet göstermiş bir vakıf üniversitesiydi Kayseri'de kurulan ilk vakıf üniversitesi olan Melikşah Üniversitesi, Kayseri'de kurulmuş ikinci üniversiteydi.

Ardahan Üniversitesi; 5765 Sayılı, "Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun"la kurulan ve 22 Mayıs 2008 tarihinde Abdullah Gül tarafından onaylanan üniversitedir. Ardahan ilinde bulunmaktadır.

Zirve Üniversitesi Gaziantep ilinde bulunan vakıf üniversiteydi. 2009 yılında eğitim-öğretim hayatına başlamıştı. İngilizce ve Türkçe ile öğretim yapan üniversite, Almanca, Fransızca, Rusça, İspanyolca, Arapça ve Osmanlıca derslerini de seçmeli ders olarak vermekteydi. 23 Temmuz 2016 tarihinde, Olağanüstü Hal (OHAL) Kapsamında Alınan Tedbirlere İlişkin Kanun Hükmünde Kararname'yle üniversite kapatılmıştır.

Mevlana Üniversitesi Gevher Sultan Eğitim Araştırma, Kültür ve Sağlık Vakfı tarafından kuruluş işlemleri yürütülmüş ve 07.07.2009 tarihli Resmî Gazetede yayımlanan 5913 nolu kanunun ek 114. Maddesi ile Konya ilinde kurulan vakıf üniversitesiydi. Üniversite adını Mevlânâ Celâleddîn-i Rûmî'den almaktadır. 2010-2011 eğitim-öğretim döneminde eğitim öğretime başlamıştı. Temmuz 2016'da 196 öğretim üyesi görev yapmakta ve 3.784 lisans, 349 yüksek lisans ve 36 doktora öğrencisi üniversitede aktif olarak eğitimlerine devam ediyordu. 23 Temmuz 2016 tarihinde, Olağanüstü Hal (OHAL) Kapsamında Alınan Tedbirlere İlişkin Kanun Hükmünde Kararname'yle üniversite kapatılmıştır.

Turgut Özal Üniversitesi, Etlik, Keçiören, Ankara'da faaliyet göstermiş vakıf üniversitesi. 2008 yılında kurulan Turgut Özal Düşünce ve Hamle Vakfı, Turgut Özal adını yaşatmak amacıyla Turgut Özal Üniversitesi kurulması çalışmalarına aynı yıl başlamıştır. Yükseköğretim Kurulu’na 2009 yılında yapılan başvuruyu takiben mevzuatta öngörülen süreçler tamamlanmış ve TBMM Genel Kurulu’nda 23 Haziran 2009 tarihinde kabul edilen 5913 sayılı Kanunla Turgut Özal Üniversitesi’nin kurulması kabul edilmiştir. Kanunun 07 Temmuz 2009 tarihli Resmî Gazete'de 27281 sayı numarasıyla yayımlanmasıyla Turgut Özal Üniversitesi tüzel kişiliğini kazanmıştır. Turgut Özal Üniversitesi Mütevelli Heyeti tarafından yönetilen üniversite, 23 Temmuz 2016 tarihinde Olağanüstü Hal (OHAL) Kapsamında Alınan Tedbirlere İlişkin Kanun Hükmünde Kararname'yle kapatılmıştır.

Canik Başarı Üniversitesi, Canik'te faaliyet göstermiş vakıf üniversitesi. Başarı Eğitim Kültür ve Sağlık Vakfı ile Tanrıverdi Eğitim Kültür ve Yardımlaşma Vakfı güç birliği yaparak 10 Haziran 2009 tarihinde Canik Başarı Üniversitesi'nin kuruluş çalışmalarına başlamışlardır. Üniversite 2012 - 2013 akademik eğitim-öğretime başladı. 23 Temmuz 2016 tarihinde, Olağanüstü Hal (OHAL) Kapsamında Alınan Tedbirlere İlişkin Kanun Hükmünde Kararname'yle üniversite kapatılmıştır.

Şifa Üniversitesi, Türkiye Tabipler Vakfı (TÜTAV) tarafından kurulan ve İzmir'de faaliyet göstermiş vakıf üniversitesi.

Bursa Orhangazi Üniversitesi, Bursa'da 2011 yılında meclise sunulan Tasarıyla Bursa'da Uludağ Kültür ve Eğitim Vakfı tarafından Bursa Orhangazi Üniversitesi adıyla kurulan, Bursa'nın ilk ve tek vakıf üniversitesi idi.

Kanuni Üniversitesi, Çukurova Eğitim ve Kültür Vakfı tarafından 2013 yılında Adana'da kurulmuş ve 2016 yılında kapatılmış bir vakıf üniversitesiydi.

Murat Hüdavendigar Üniversitesi, 2012 yılında kurulmuş ve İstanbul'da faaliyet göstermiş vakıf üniversitesiydi. 23 Temmuz 2016 tarihinde, Olağanüstü Hal (OHAL) Kapsamında Alınan Tedbirlere İlişkin Kanun Hükmünde Kararname'yle üniversite kapatılmıştır. Öğrencileri ise çeşitli üniversitelere nakledilmiştir.
Süleyman Şah Üniversitesi, 2010-2016 yıllarında İstanbul'da etkinlik göstermiş vakıf üniversitesidir.