İçeriğe atla

Seçici süpürme

Seçici süpürme (İngilizce: selective sweep), yakın bir geçmişte, yararlı ve güçlü bir doğal seçilim sonucu oluşmuş bir DNA mutasyonun yakınlarında yer alan nükleotitler içindeki varyasyonların azaltılması veya ortadan kaldırılmasıdır.

Seçici bir süpürme, popülasyonun diğer üyelerine nazaran taşıyıcılarının seçilim değerini ve uyum başarısını artıran yeni bir mutasyon oluştuğunda ortaya çıkabilir. Burada, doğal seçilim, daha yüksek uyum başarısı gösteren bireyler lehine olacaktır ve zamanla yeni mutasyona uğramış varyantların (aleller) frekans ve görülme sıklıkları diğer alellere göre artacaktır. Yaygınlık derecesi arttığı için, bu yeni mutasyona bağlanmış olan nötral veya hemen hemen nötral diğer bir genetik varyasyon da, onunla birlikte daha yaygın hale gelecektir. Bu olguya, genetik otostop denir. Güçlü bir seçici süpürme, genomun, pozitif ve olumlu olarak seçilen haplotipin (mutasyona uğramış alel ile onun komşuları) popülasyonda var olan tek haplotip olduğu bir bölgesinde oluşur ve bu kromozom bölgesinin toplam genetik varyasyonlarının büyük bir azalması ile sonuçlanır.

Seçici süpürmenin tespit edilmesi

Seçici bir süpürmenin oluşup oluşmadığı, çeşitli şekillerde incelenerek tespit edilebilir. Bir yöntem, bağlantı dengesizliğini, yani belli bir haplotipin, o popülasyonda olması gerektiğinden fazla temsil edilip edilmediğini ölçmektir. Nötr evrim altında, genetik rekombinasyon, bir haplotip içindeki farklı alellerin birbirleriyle yeniden karışması ile sonuçlanacaktır ve bu durumda hiçbir alel, tek başına popülasyona hakim olmayacaktır. Ancak, seçici süpürme sırasında, olumlu olarak seçilen bir gen varyantının seçilimi, komşu alellerin de birlikte seçilmesi ve rekombinasyonların daha az fırsat bulması ile sonuçlanacaktır. Bu nedenle, güçlü bir bağlantı dengesizliğinin var olması, yeni bir seçici süpürmenin meydana gelmiş olmasının bir göstergesi olabilir ve yakın zamanda seçilim altında kalan bölgeleri tanımlamada kullanılabilir.

Toplam 269 kişinin genetik varyasyonlarının incelediği bir araştırmada, 1, 2, 4, 8, 12 ve 22 numaralı kromozomlarda, insanlarda da seçici süpürmenin meydana gelmiş olduğuna dair kanıtlar bulunmuştur.[1]

Bir tarım bitkisi olan mısırda, Y1'i çevreleyen sarı ve beyaz mısır genotiplerinin son bir karşılaştırılması (fiton sentaz genleri (İng: phytoene synthase) sarı renkli endospermden sorumludur), aynı lokus içindeki çeşitliliği ve çevre bölgelerdeki bağlantı dengesizliğini azaltan sarı germ plasması (irsiyet plasması) içinde, seçici süpürmeye dair güçlü kanıtlar göstermektedir. Beyaz mısır ise, artan bir çeşitliliğe sahip olup böylece, seçici süpürme ile ilişkili herhangi bir bağlantı dengesizliği göstermemektedir.[2]

Ayrıca bakınız

Kaynakça

  1. ^ "A haplotype map of the human genome". Nature. 437 (7063). Ekim 2005. ss. 1299-320. doi:10.1038/nature04226. PMC 1880871 $2. PMID 16255080. 
  2. ^ Palaisa K, Morgante M, Tingey S, Rafalski A (Haziran 2004). "Long-range patterns of diversity and linkage disequilibrium surrounding the maize Y1 gene are indicative of an asymmetric selective sweep". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (26). ss. 9885-90. doi:10.1073/pnas.0307839101. PMC 470768 $2. PMID 15161968. 19 Eylül 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Ekim 2011. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Genetik</span> biyolojinin organizmalardaki kalıtım ve çeşitliliği inceleyen bir dalı

Genetik ya da kalıtım bilimi, biyolojinin organizmalardaki kalıtım ve genetik varyasyonu inceleyen bir dalıdır. Türkçeye Almancadan geçen genetik sözcüğü 1831 yılında Yunanca γενετικός - genetikos ("genitif") sözcüğünden türetildi. Bu sözcüğün kökeni ise γένεσις - genesis ("köken") sözcüğüne dayanmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Gen</span> içinde bulunduğu hücre veya organizmaya özel bir etkisi olan, kuşaktan kuşağa ve hücreden hücreye geçen kalıtımsal öge.

Gen, bir kalıtım birimidir. Bir DNA'nın belirli bir kısmını oluşturan nükleotid dizisidir. Popüler ve gayriresmî kullanımda gen sözcüğü, "ebeveynden çocuklarına geçen belirli bir karakteristiği taşıyan biyolojik birim" anlamında kullanılır. Kromozomun kesitleri olan genler birbirinden çok farklı işlevlerde ve büyüklüklerde (uzunluklarda) olabilirler. Genlerin büyüklükleri ve işlevleri her zaman doğru orantılı değildir.

Mutasyon ya da değişinim, bir canlının genomu içindeki DNA ya da RNA diziliminde meydana gelen kalıcı değişmelerdir. Mutasyona sahip bir organizma ise mutant olarak adlandırılır.

<span class="mw-page-title-main">Doğal seçilim</span> fenotipteki farklılıklar nedeniyle bireylerin farklı şekilde hayatta kalması ve üremesi; evrimin temel mekanizması

Doğal seçilim, canlıların fenotiplerindeki farklılıklardan ötürü hayatta kalma şansının ve üreme başarısının değişkenlik göstermesidir. Evrimin esas mekanizmalarından biri olup, bir popülasyonun nesiller boyunca karakteristik olan kalıtsal özelliklerindeki değişimdir. Charles Darwin, kendi görüşüne göre kasıtlı olarak gerçekleştirilen yapay seçilime karşılık kendiliğinden gerçekleşen "doğal seçilim" terimini popülerleştirmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Popülasyon genetiği</span> popülasyonların genetik farklılıklarıyla ilgilenen genetiğin alt alanı, evrimsel biyolojinin bir parçası

Popülasyon genetiği, popülasyonlardaki fertlerin benzerlik ve farklılıklarının kaynaklarını, bunun yanında popülasyonlardaki alel frekansının dağılımlarını ve değişimlerini araştıran bir genetik altdalıdır.

Rastgele genetik sürüklenme, alel sürüklenmesi veya Wright etkisi olarak da bilinen genetik sürüklenme, bir popülasyondaki mevcut bir gen varyantının (alel) frekansında rastgele şansa bağlı olarak meydana gelen değişimdir.

Genetik bağlantı, belli genetik konumların (lokusların) veya gen alellerin beraberce kalıt olmaları durumdur. Aynı kromozom üzerindeki genetik lokuslar birbirine fiziksel olarak bağlıdırlar, bu yüzden mayoz bölünmede alellerin ayrışması sırasında, bunlar beraber kalma eğiliminde oldukları için bağlantılı oldukları söylenir. Farklı kromozomlardaki gen alelleri bağlantılı değillerdir, mayoz sırasında kromozomların bağımsız tertiplenmelerinden dolayı.

Genetikte, bağlantı dengesizliği iki veya daha fazla lokusun alellerin rastgele olmayan birlikteliğidir. Bu olgu, genetik bağlantılık ile karıştırılmamalıdır: bu, aynı kromozomda bulunan, aralarında sınırlı oranda rekombinasyon olan iki veya daha fazla lokusun birlikteliğidir. Bağlantı dengesizliğinde bazı alel veya genetik belirteç (marker) kombinasyonları, bu alellerin topluluktaki sıklıklarına bağlı olarak belli haplotiplerin rastgele oluşturmasından beklenen kombinasyonlardan daha sık veya daha ender olarak bulunur. Belli lokuslardaki polimorfizmlerin rastgele olmayan şekilde birliktelikleri onların bağlantı dengesizliği ile ölçülür.

<span class="mw-page-title-main">İnsan genomu</span>

İnsan genomu Homo sapiens'in genomudur. 23 kromozom çifti üzerinde bulunur, bunlardan 22 çifti otozomal kromozomdur, kalan çift ise cinsiyeti belirler. Haploit insan genomu toplam 3 milyar DNA baz çiftinden biraz fazla uzunluktadır. İnsan Genom Projesi ile elde edilen ökromatik insan genom referans dizisi biyomedikal bilimlerde kullanılmaktadır.

Bir minisatelit, DNA içinde tekrar eden 10-60 bazlık bir dizidir. Bunlar insan genomunda binden çok konumda bulunur. Bazı minisatelitlerde DNA ipliklerinden biri pürin öbürü pirimidin ağırlıklı olur, bazıları ise “GGGCAGGANG” bazlarından oluşan bir merkez dizi içerirler. Bu dizinin kromozomlar arasında dizi takasına yol açtığı öne sürülmüştür. Başka bir görüşe göre ise, minisatelitlerde kopya sayısı varyasyonunun nedeni, yakınında bir çift iplik DNA kırılma noktasının bulunmasıdır. DNA ikileşmesi sırasındaki sorunlar, örneğin DNA ipliklerinden birinin öbürüne göre kayması sonucu hatalar olmakta ve minisatelitin tekrarlayan dizi sayısında bir değişiklik meydana gelmektedir. En çok değişkenlik gösteren lokus CEB1 (D2S90)'dir.

Uluslararası HapMap Projesi insan genomunun haplotip haritasını (HapMap) oluşturmak üzere kurulmuş, ortak özellik taşıyan genetik değişkenleri tanımlayan bir organizasyondur. HapMap gelecekte sağlık, hastalık, ilaç ve çevresel etkenlere tepki konularında etkileri olduğu gözlenen genetik değişkenleri inceleyen araştırmacıların temel kaynağı olacaktır. Proje bulguları dünyanın her tarafındaki araştırmacıların erişimine ücretsiz olarak açıktır. Uluslararası HapMap Projesi, akademik merkezler, kâr amacı gütmeyen biyomedikal araştırma grupları ile Kanada, Çin,Japonya, Nijerya, İngiltere ve ABD'deki özel şirketlerin bir ortak çalışmasıdır. Resmi olarak 27-29 Ekim 2002'de yapılan bir toplantı ile üç yıllık bir proje süresi hedefi ile başlamıştır. Faz I olan tüm veri setinin oluşturulması 27 Ekim 2005'te yayınlamıştır. Bu veri setinin analizleri olan Faz II ise Ekim 2007'de yayınlanmıştır. Faz III'e dair veri seti ise 2009 yılında yayınlanmıştır.

Evrimsel faktör veya evrim faktörü, biyolojide bir popülasyonun gen havuzunu ve sahip olduğu gen varyasyonlarının tümünü etkileyen ve değiştiren tüm faktörlere ve evrimsel süreçlere denir.

Genetik çeşitlilik, bir biyolojik çeşitlilik düzeyi olup bir türün gen havuzundaki genetik özelliklerinin toplam sayısını gösterir. Genetik çeşitlilik, çeşitlenen genetik özelliklerin eğilimini tanımlayan genetik değişkenlik terimi ile aynı şey olmayıp bundan ayrılır.

Genetik otostop, bir alelin, olumlu olarak seçilen bir gene bağlanmış olması yüzünden beraberce kalıtıldığı ve böylece alel frekansının ya da görülme sıklığının artığı bir süreçtir. Genlerin bir kromozom üzerindeki birbirine olan yakınlıkları, genlerin, yakınlardaki avantajlı bir gen tarafından maruz kaldığı seçici bir süpürme ile birlikte sürüklenmelerine imkân tanıyabilir. Daha genel olarak, genetik otostop, zararlı mutasyonlara karşı arka planda etki eden seçilim de dahil olmak üzere, birbirine bağlı genler üzerinde etki eden herhangi bir seçilim nedeniyle bir alel frekansında meydana gelen değişikliğe işaret edebilir.

Hill-Robertson etkisi, popülasyon genetiğinde, ilk kez 1996 yılında Bill Hill ve Alan Robertson tarafından tanımlanmış olan bir olgu olup genetik rekombinasyonların evrimsel avantajlarını açıklar.

<span class="mw-page-title-main">Genetik varyasyon</span> Genetikte popülasyonlar arasında ortaya çıkabilen, tür içerisinde veya gen alellerinde gözlemlenen farklılıklar

Genetik varyasyon, genetikte popülasyon içinde ya da popülasyonlar arasında ortaya çıkabilen, tür içerisinde veya gen alellerinde gözlemlenen farklılıklardır. Genetik varyasyon, doğal seçilim için "hammadde" sağladığından önem taşır. Genetik varyasyon, bir genin dizilimlerinde meydana gelen değişimler olan mutasyon sebebiyle meydana gelirler. Poliploidi veya poliploitlik kromozomlarda oluşan mutasyona bir örnek olarak verilebilir. Poliploidi, bir hücrenin ya da organizmanın, her bir kromozomununun ikiden fazla kopyasına sahip olması durumudur. Organizmalar çoğunlukla diploit olmakla birlikte, hücre bölünmesinin olması gerektiği gibi gerçekleşmemesi sonucu, poliploit hücre ve organizmalar ortaya çıkabilir.

Bu liste, evrim ve evrimsel biyoloji konularına dair maddeleri içerir.

Eşeyli üremenin evrimi, şu an güncel olan birkaç farklı bilimsel hipotez tarafından açıklanmaktadır. Eşeyli yolla üreyen tüm organizmalar tek hücreli ökaryot bir türden türemiş olup tek bir ortak atadan gelmektedir. Birçok protist, çok hücreli bitkiler, hayvanlar ve mantarlar gibi eşeyli üreme yoluyla çoğalırlar. Bdelloidea veya herhangi bir döllenme meydana gelmeden meyve oluşturabilme özelliğine sahip bazı partenokarp bitkiler gibi, ikinci derecede bu özelliği kaybetmiş olan bazı türler de bulunmaktadır. Eşeyli üremenin evrimi birbirleriyle ilişkili ama birbirlerinden farklı olan iki değişik konuyu ele alır. Bunlardan birincisi eşeyli üremenin kökeni, diğeri ise eşeyli üremenin korunarak devamlılığın sağlanmasıdır. Ancak eşeyli üremenin kökenine dair hipotezlerin deneysel olarak test edilmeleri zor olduğundan, güncel araştırmalar daha ziyade eşeyli üremenin nasıl korunduğu ve sürdürüldüğüne odaklanmıştır.

Moleküler evrim, nesiller boyu aktarılacak şekilde, DNA, RNA ve protein gibi hücresel moleküllerin diziliminin değiştirilmesi işlemidir ya da bununla ilgilenen bilim dalıdır. Moleküler evrimin alanı, bu değişimlerdeki kalıpları açıklamak için evrimsel biyoloji ve popülasyon genetiği ilkelerini kullanır. Moleküler evrim başlıca, nükleotid değişimlerinin oranları ve etkilerini, nötr evrimi, doğal seçilimi, yeni genlerin kökenlerini, karmaşık özelliklerin genetik yapısını, türleşmenin genetik temelini, gelişim evrimini ve evrimin genomik ve fenotipik değişikliklere neden olan etkilerini inceler.

Negatif veya arındırıcı seçilim, zararlı alelleri ortadan kaldıran seçilim türüdür. Rastgele ortaya çıkan mutasyonların sebep olduğu zararlı genetik polimorfizmlerin temizlenmesi yoluyla sabitleyici seçilimle sonuçlanabilir