İçeriğe atla

Schizosaccharomyces pombe

Schizosaccharomyces pombe
Biyolojik sınıflandırma Bu sınıflandırmayı düzenle
Âlem:Fungi
Bölüm:Ascomycota
Sınıf:Schizosaccharomycetes
Takım:Schizosaccharomycetales
Familya:Schizosaccharomycetaceae
Cins:Schizosaccharomyces
Tür: S. pombe
İkili adlandırma
Schizosaccharomyces pombe
(Lindner, 1893)

Schizosaccharomyces pombe veya "fisyon mayası", tek hücreli bir maya türüdür. Biyologlar tarafından ökaryotik canlıların moleküler biyoloji ve hücre biyolojisini çalışmak için bir model organizma olarak kullanılır. Hücreler çubuk şeklinde, 2-3 mikrometre çapında, 7-14 mikrometre uzunluğundadır. Bu hücreler hücre uçlarında uzayarak şekillerini korurlar, hücre ortasından bölünürek eşit büyüklükte iki yavru hücre oluştururlar.

S. pombe 1893'te Paul Lindner tarafından Doğu Afrika'da darı birasından izole edilmiştir. Pombe ismi Svahili dilinde bira demektir. 1950'li yıllarda Murdoch Mitchison tarafından ilk defa hücre bölünmesini araştırmak için deneysel bir organizma olarak kullanılmıştır.

Fisyon mayası araştırmacılarından Paul Nurse, (başka organizmalarda çalışmış Lee Hartwell ve Tim Hunt ile beraber) hücre döngüsü üzerindeki çalışmalarından dolayı 2001 yılında Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülünü almıştır.

S.pombe'nin genom dizini Sanger Institute önderliğindeki bir konsorsiyum tarafından yayımlanmış, genomu tamamen okunmuş altıncı model organizma olmuştur.

Ekmek mayası (Saccharomyces cerevisiae) ile karşılaştırılması

  • S. cerevisiae nın 5600 açık okuma çerçevesi, Sch. pombe nin 4970 açık okuma çerçevesi vardır.
  • Gen sayılarının benzer olmasına rağmen, S. cerevisiae 250 intron bulundururken Sch. pombe'de bu sayı yaklaşık 5000'dir.
  • S. cerevisiae nin 16 kromozomu, Sch. pombe nin 3 kromozomu vardır.
  • S. cerevisiae genelde diploiddir Sch. pombe ise genelde haploiddir.
  • S. cerevisiae hücre döngüsünde başlıca G1 evresindedir (dolayısıyla G1-S geçişi sıkı kontrol altındadır), Sch. pombe ise genelde G2 evresindedir (dolayısıyla G2-M geçişi sıkı kontrol altındadır)

Bilimde yeri

Hücre bölünmesi insan dahil diğer ökaryotlarda da benzer mekanizmalarla gerçekleştiğinden bu süreçle ilgili S. pombe'de yapılan keşifler insana kolaylıkla uygulanabilmektedir. Kanser, kontrolsuz hücre bölünmesi olduğu için bu maya türünden elde edilen bilgilerin pek çok tıbbi uygulaması olmuştur. Ayrıca, genom dizinine bakıldığı zaman insanda diyabet ve sistik fibroz gibi hastalıklarda bozukluğu gösterilmiş genlerin S. pombe'de de olduğu bulunduğundan bu mayanın başka alanlarda da bilime önemli katkıları olacaktır.

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Genetik</span> biyolojinin organizmalardaki kalıtım ve çeşitliliği inceleyen bir dalı

Genetik ya da kalıtım bilimi, biyolojinin organizmalardaki kalıtım ve genetik varyasyonu inceleyen bir dalıdır. Türkçeye Almancadan geçen genetik sözcüğü 1831 yılında Yunanca γενετικός - genetikos ("genitif") sözcüğünden türetildi. Bu sözcüğün kökeni ise γένεσις - genesis ("köken") sözcüğüne dayanmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Kromozom</span> Dnaların kendini protein kılıfla kaplamasından sonra oluşan Dna sarmalı topluluğu

Kromozom, ; DNA'nın "histon" proteinleri etrafına sarılmasıyla, yoğunlaşarak oluşturduğu, canlılarda kalıtımı sağlayan genetik birimlerdir. Kromozomlar mikrometre boyutunda olup hücre bölünmesinin metafaz aşamasında ışık mikroskobu ile görüntülenebilmektedirler.

<span class="mw-page-title-main">İnsan Genom Projesi</span> İnsan genomu dizileme programı

İnsan Genom Projesi, insan DNA'sını oluşturan baz çiftlerini belirlemek, insan genomunun tüm genlerini fiziksel ve işlevsel açıdan tanımlamak ve gen haritasını çıkarmak amacını güden uluslararası bir bilimsel araştırma projesi. Farklı ülke ve kurumların iş birliğiyle yürütülen en büyük biyoloji projesidir. Projenin planlaması, 1984 yılında ABD hükûmeti tarafından kabul edildikten sonra başladı. Proje resmi olarak 1990'da başladı ve 14 Nisan 2003'te tamamlandığı duyuruldu. "Tam genom" düzeyi yalnızca Mayıs 2021'de GCA_00991475 derlemesinin üçüncü sürümünde arşivlendi.

Mutasyon ya da değişinim, bir canlının genomu içindeki DNA ya da RNA diziliminde meydana gelen kalıcı değişmelerdir. Mutasyona sahip bir organizma ise mutant olarak adlandırılır.

p53

p53 ya da diğer adıyla tümör protein 53 (TP53), Genom Gardiyanı, tümör önleyici p53, hücre döngüsünü düzenleyen bir transkripsiyon faktörüdür. Birçok organizmada kanseri baskılamak için çok önemli bir proteindir. Çok hücreli omurgalılarda kanser oluşumunu önlediği ve tümör baskılayıcı fonskiyon gösterdiği için kritiktir. TP53, genomda mutasyon olmasını önleyerek genom stabilitesini korur. Mutasyonu önleyerek genomun bozulmasını veya değişmesini önlediği için de "genom gardiyanı" olarak da anılır. p53, hücre içerisinde dörtlü (tetramer) bağ yapmış halde işlevseldir.

<i>Saccharomyces cerevisiae</i> bira, şarap ve ekmek yapımında kullanılan; tomurcuklanan bir maya türü

Saccharomyces cerevisiae, tomurcuklanan bir maya türüdür. Eski çağlardan beri bira, şarap ve ekmek yapımında kullanılmasından dolayı en önemli maya türü olduğu söylenebilir. Üzümün kabuğundan izole edildiği tahmin edilmektedir. Koyu kabuklu meyvelerin kabuklarındaki beyaz tabakanın bir bileşeni mayadır. Kabuktaki mumun içinde yer alır. Moleküler biyoloji ve hücre biyolojisi alanlarında prokaryotlar arasında model organizma olarak ele alınan Escherichia coliye benzer şekilde, üzerinde en çok çalışılmış model ökaryotik organizmalar arasında da bu maya türü yer alır. Saccharomyces cerevisiae hücreleri yuvarlak veya yumurta biçimlidir. Çapları 5-10 mikrometredir. Tomurcuklanma olarak bilinen bir bölünme yoluyla ürer.

Saccharomyces uvarum, kromozom sayılarının karışık olmasından dolayı S. cerevisiae ve S. monacensis mayalarının bir melezi olduğu düşünülen bir maya türüdür. Biracılıkta alt fermantasyon mayası olarak tanımlanır.

<span class="mw-page-title-main">Hücre bölünmesi</span> Canlı hücrelerin bölünme süreci

Hücre bölünmesi, tek hücreli canlıların çoğalması, çok hücreli canlıların büyümesi, erkek ve dişi eşey hücrelerinin meydana gelmesi için gerekli biyolojik olaydır. Bir hücrenin bölünebilmesi için belirli bir büyüklüğe ulaşması ve nükleik asitlere sahip olması gerekmektedir. Canlılar dünyasında,

<span class="mw-page-title-main">Mitoz</span> Üreme yolu

Mitoz ya da mitoz bölünme, ana hücrenin sitoplazmasının eşlendikten sonra bölünerek iki yeni ve ana hücreyle aynı genetik yapıya sahip hücrelerin oluştuğu bölünme çeşidine denir. Çok hücreli canlılarda büyüme gelişme ve yaraların onarılmasını, tek hücreli canlılarda üremeyi sağlar.

<span class="mw-page-title-main">Mayoz</span> Hücre bölünmesi türü

Mayoz bölünme bir diploid hücrenin ilk hücresi bölünerek genelde gamet olarak adlandırılan haploit hücrelere bölündüğü hücresel bir süreçtir. Gamet hücresinde kromozom sayısının azalmasıyla sonuçlanan "mayoz", Yunancada "Daha da küçültmek" anlamına gelen Meioun kelimesinden gelmektedir. Mayoz bölünme eşeyli üreme için gereklidir ve bu yüzden eşeyli üreyen tek hücreli organizmalar da dâhil tüm ökaryot hücrelerde görülür. Mayoz eşeysiz mitotik bölünmeyle üreyen arkealarda ya da prokaryotlarda meydana gelmez. Genetik çeşitliliği arttırır. Değişen çevre şartlarına uyumlu bireylerin ortaya çıkma şansını arttırır. Arka arkaya mayoz olmaz. 1 hücre sadece 1 kez mayoz geçirebilir.

<i>Neurospora crassa</i>

Neurospora crassa, Neurospora cinsine bağlı bir kırmızı ekmek mantarı türüdür. "Sinir sporu" anlamına gelen Neurospora ismi sporların üzerindeki çizgilerin aksonlara benzemesinden dolayıdır.

<span class="mw-page-title-main">Ökaryotlarda DNA replikasyonu</span>

Ökaryotlarda DNA ikileşmesi, oldukça karmaşık bir işlem olup, DNA sentezindeki bazı faktörlerin nasıl işlediği hala tam olarak çözümlenememiştir.

<span class="mw-page-title-main">İnterfaz</span> Mitoz bölünme öncesinde, hücre metabolizmasının yoğun olarak gerçekleştiği gözlenen, hücrenin büyüme ve gelişme evresine interfaz adı verilir. Bu evre bir nevi bölünmeye hazırlık evresidir

İnterfaz, bölünmüş bir hücrenin, yeniden bölünmek için geçirdiği bir hazırlık evresidir. Ökaryot hücrelerin yaşamının en uzun evresidir. Örneğin, insan deri hücresi bir günlük bölünmenin kabaca 22 saatini interfazda harcar. Üç bölüme ayrılır.

<span class="mw-page-title-main">Model canlı</span>

Model canlı veya model organizma, belirli biyolojik olayların anlaşılması için yapılan deneylerde yaygın olarak kullanılan canlılara verilen genel isimdir. Bu canlılarda çalışılarak bulunması ümit edilen keşiflerle, canlılardaki diğer süreçlerin de açıklanacakları düşünülmektedir.

DNA metilasyonu DNA'nın bir kimyasal değişimdir, kalıtsal olup sonradan ilk dizi geri gelecek şekilde çıkartılabilir. Bu özelliği nedeniyle epigenetik koda aittir ve en iyi karakterize edilmiş epigenetik mekanizmadır. Metilasyon tüm virüslerde görülen, öz ile öz-başka ayrımına yarayan bir yetenek olduğu için epigenetik kodun, kadim viral enfeksiyon olaylarından kalma bir mekanizma olabileceği öne sürülmüştür.

<span class="mw-page-title-main">Maya (biyoloji)</span> gayriresmi mantar grubu

Mayalar ökaryot, tek hücreli, fungi (mantarlar) alemi içerisinde sınıflandırılan mikroorganizmalardır. Kökenleri 300 milyon yıl öncesine kadar uzanmaktadır ve bilinen en az 1500 türü bulunmaktadır. Tanımlanmış tüm mantar türlerinin tahminen %1'i mayalardır. Mayalar çok hücreli atalardan evrimleşmiş, tek hücreli organizmalardır, fakat bazı türleri, pseudohif olarak bilinen, birbirine zincirleme eklenen tomurcuklanmış hücre dizileri oluşturarak, çok hücreli organizma benzeri özellikler gösterme yeteneğine sahiptirler. Maya hücreleri, türe ve çevresel ortama göre, genellikle 3–4 µm (mikrometre) olsalar da, 40 µm'ye kadar varan farklı boyutlarda olabilirler.

<span class="mw-page-title-main">Gen duplikasyonu</span>

Gen duplikasyonu, içinde bir gen bulunan bir DNA bölgesinin herhangi şekilde ikilenmesidir; homolog rekombinasyon sırasında bir hata sonucu, retrotranspozisyon olayı veya tüm bir kromozomun ikilenmesi sonucu meydana gelebilir. Genin kopyası selektif baskıdan yoksun olduğu için, ondaki mutasyonların organizma üzerinde zararlı etkisi olmaz. Dolayısıyla, organizmanın nesilleri boyunca, işlevsel tek kopyalı bir gene kıyasla daha hızlı mutasyona uğrar.

Gen bulma, genomik DNA'da biyolojik olarak işlevsel olan dizileri algoritmik olarak tespit etmekle ilgili hesaplamalı biyolojinin bir sahasıdır. İşlevsel dizilerden kastedilen genelde protein kodlayıcı genler olmakla beraber, RNA genleri ve düzenleyici bölgeler de dahil edilir. Bir organizmanın genomu dizilendikten sonra bu genomun anlaşılabilmesi için ilk ve en önemli adım gen bulmadır.

<span class="mw-page-title-main">Gametofit</span>

Bir gametofit, bitkiler ve yosunların yaşam döngülerindeki iki alternatif çok-hücreli fazlarından birisidir. Bir dizi kromozom içeren bir haploid spordan gelişen haploid çok hücreli bir organizmadır. Gametofit, bitkilerin ve alglerin yaşam döngüsündeki cinsel evredir. Çift kromozom setine sahip diploid bir zigot oluşturmak için döllenmeye katılan haploid seks hücreleri olan gamet üreten seks organları geliştirir. Zigotun hücre bölünmesi, sporofit olarak bilinen yaşam döngüsünün ikinci aşaması olan yeni bir diploid çok hücreli organizma ile sonuçlanır. Sporofit, mayoz yoluyla haploid sporlar üretebilir ve çimlenme üzerine yeni nesil gametofitleri üretir.

Hücre döngüsü, bir hücrenin ömrü boyunca meydana gelen olayların sırasını ifade eder.