Eulipotyphla, filogenetik yapılandırmanın moleküler yöntemlerine daynark önerilmiş ve içinde artık geçerli olmayan polifiletik Lipothphla takımının Laurasiatheria kladında bulunan üyeleri içeren ama Afrotheria kladında bulunan üyelerini içermeyen memelilerden oluşan bir takımdır. Lipotyphla takımı da yine artık geçerli olmayan Insectivora takımından bir grup memelinin çıkarılmasıyla oluşturulmuş bir takımdı. Eulipotyphla, Latince "gerçek şişman ve kör" anlamına gelir.
Palaeognathae kuşlar sınıfının ana alt sınıflarından birisidir. Struthioniformes, Rheiformes, Tinamiformes, Casuariiformes ve Apterygiformes takımlarını bir araya getirir. Bu alt sınıf içinde yaşayan 60 tür ile 5 familya ve 14 cinsi kapsar. Deve kuşları haricindeki diğer tüm takımlar Notopalaeognathae kladı içinde sınıflandırılır. Deve kuşları ise kendi alt kladlarına sahiptir.
Tetrapoda ya da dört üyeliler, Gnathostomata infraşubesine bağlı bir hayvan üstsınıfıdır.
Gerçek papağanlar, Papağansılar biyolojik takımının üç üst ailesinden biri olan Psittacoidea üst ailesini oluşturan yaklaşık 350 türden oluşan renkli, uçabilen, kanca gagalı, genellikle otobur kuşlar. Gerçek papağanlar dünyada yaygın bir biçimde gözlenebilir; Meksika, Orta ve Güney Amerika, Sahra Altı Afrika, Hindistan, Güneybatı Asya, Avustralya ve doğusunda Pasfik Okyanusu'nun ötesinde Polinezya'da yaşayan türleri vardır. Gerçek papağanlar altında loriket, Amazon papağanı, jako ve muhabbet kuşu en bilinen türlerdir.
Neotropikal papağanlar veya Yeni Dünya papağanları Güney ve Orta Amerika, Meksika ve Karayipler'de yaşayan 32 cins altıdaki yaklaşık 150 türü kapsar. Eskiden Kuzey Amerika'da da yaşanyan iki türden birinin nesli tükenmiştir. Galápagos Adaları gibi Pasifik'teki birkaç adada da yaşarlar. Mavi-sarı ara ve sarı başlı amazon papağanı gibi tanınan ve ikonik papağan türleri bu ailenin üyesidir.
Arkozorlar (Archosauria), kuşların ve timsahların yaşayan tek temsilcileri olduğu bir diapsid kladı. Arkozorlar genel olarak sürüngen olarak sınıflandırılır. Kladistik bakımdan kuşlar da sürüngenlere dahil edilir. Soyu tükenmiş arkozorlar arasında kuş olmayan dinozorlar, pterozorlar ve timsahların soyu tükenmiş akrabaları bulunur. Modern paleontologlar, Arkozorları yaşayan kuşların, timsahların ve onların soyundan gelenlerin en son ortak atasını ve onun soyundan gelenleri içeren bir taç grubu olarak tanımlar. Arkozorlar iki ana klada ayrılır: timsahlar ve soyu tükenmiş akrabalarını içeren Pseudosuchia kladı ve yine aynı şekilde kuşlar ve soyu tükenmiş yakın akrabalarını içeren Avemetatarsalia kladı.
Diapsidler, bundan yaklaşık 300 milyon yıl önce, geç Karbonifer dönemi sıralarında kafataslarının her iki tarafında iki delik geliştiren bir grup amniyot tetrapottur. Diapsidler çok çeşitlidir ve tüm timsahları, kertenkeleleri, yılanları, tuataraları, kaplumbağaları ve kuşları içerir. Bazı diapsidler ya bir deliği (kertenkeleler) ya da her iki deliği kaybetmiş ya da yeniden yapılandırılmış bir kafatasına sahip olsalar da, atalarına göre hala diapsid olarak sınıflandırılırlar. Bugün dünyanın çeşitli yerlerinde en az 7,925 diapsid sürüngen türü bulunmaktadır.
Reptiliomorpha, amniyotları ve amniyotlarla yaşayan amfibilerden daha yakın bir ortak atayı paylaşan dört üyelileri içeren bir gruptur. Vallin ve Laurin (2004) tarafından Homo sapiens'i içeren ancak Ascaphus truei'yi içermeyen en kapsamlı grup olarak tanımlanmıştır.
Eureptilia, Sauropsida'nın iki ana grubundan birisidir. Eureptilia yalnızca tüm Diapsidleri değil, aynı zamanda daha önce yaşamış Anapsida kladındaki, eski "Cotylosauria" ismiyle sınıflandırılan bir dizi ilkel Permo-Karbonifer canlılarını da içerir.
Romeriida, günümüzdeki temsilcileri kuşlar ve timsahlar olan diapsida kladını, Paleothyris cinsini ve Protorothyridae familyasındaki bazı türleri içeren bir sürüngen kladıdır. Laurin & Reisz (1995) tarafından filogenetik olarak Paleothyris ve diapsidlerin son ortak atası ve tüm soyundan gelenler olarak tanımlanmıştır. Klad, ismini yirminci yüzyılın önde gelen omurgalı paleontoloğu Alfred Romer'den almıştır.
Sauria, arkozorların ve lepidosaurların en son ortak atalarını ve tüm soyundan gelenleri içeren bir sürüngen kladıdır. Kaplumbağaların Sauria içinde bulunduğunu varsayarsak, grup diapsidlerin taç grubu veya genel olarak sürüngenler olarak düşünülebilir. Son genomik çalışmalar ve fosil kayıtlarındaki kapsamlı araştırmalar ile kaplumbağaların daha önce düşünüldüğü gibi Saurian öncesi parareptillerle değil, arkozorlarla yakından ilişkili olduğu öne sürülüyor. Sauria, tüm modern sürüngenleri ve çeşitli soyu tükenmiş grupları içerir. Sauria, sürüngenlere memelilerden daha yakın akraba olan çeşitli kök sürüngenleri de içeren Sauropsida grubu içinde yer alır.
Archosauromorpha, lepidozorlardan ziyade arkozorlarla daha yakından ilişkili tüm sürüngenleri içeren bir diapsid sürüngen kladıdır. Archosauromorflar ilk olarak Orta Permiyen döneminde ortaya çıktı ancak Triyas devrinde çok daha yaygın ve çeşitli hale geldiler.
Pantestudinler, kaplumbağalarla diğer Saurianlardan daha yakın akraba olan tüm tetrapodların grubudur. Grup, hem modern kaplumbağaları (Testudines) hem de soyu tükenmiş tüm akrabalarını içerir.
Ferae, Carnivora ve Pholidota takımlarından oluşan bir memeli kladıdır. Carnivora ve Pholidota'nın bir grubu için alternatif bir isim olan Ostentoria da önerildi. Moleküler genetik çalışmalarca, günümüze kadar gelen Ferae'nin son ortak atasının yaklaşık olarak 78.9 milyon yıl önce yaşadığı tahmin edilmiştir. Creodonta gibi soyu tükenmiş birkaç takım da Ferae'nin üyeleridir.
Holozoa, hayvanları ve en yakın tek hücreli akrabalarını içeren ancak mantarları hariç tutan bir canlı grubudur. Holozoa ayrıca tunik cinsi Distaplia için kullanılan eski bir isimdir.
Parareptiller, küçük kertenkele benzeri canlıların yanı sıra, bazıları sivri uçlar ve zırh plakaları ile kıllanan daha büyük hayvanları içeren sıra dışı sürüngenler grubuydu. Diğer sürüngenlerin çoğundan farklı olarak, birçok parareptilin kafasının arkasında fenestrae adı verilen delikler yoktu. Bu pencere açıklıkları, dinozorlar gibi daha gelişmiş sürüngenlerin kafataslarını hafifletmeye yardımcı oldu. Pek çok parareptil otçul, künt, peg benzeri dişlere sahip gibi görünürken diğerleri muhtemelen böcekleri ve diğer eklembacaklıları yemiştir. Muhtemelen en ilkel parareptil grubu, Geç Permiyen Güney Afrika'dan gelen kertenkele benzeri milleretidlerdi. Geleneksel olarak, kafataslarının arkasında da pencereleri olmayan kaplumbağalar parareptiller arasında yer alır. Parareptiller ilk olarak geç Karbonifer dönemde ortaya çıktılar ve Triyas-Jura soy tükenme olayında yok oldular.
Kuadrat kemiği, amfibiler, sauropsidler ve erken sinapsidler dahil olmak üzere çoğu tetrapodda bulunan bir kafatası kemiğidir.
Orovenator, fosilleri ABD, Oklahoma'daki Aşağı Permiyen yataklarında bulunmuş bazal diapsid cinsi. Oklahoma'daki Richards Spur bölgesinden alınan iki kısmi kafatasından bilinmektedir.
Taksonomide eğer bir grup en son ortak atası ve soyundan gelenlerin tamamını içeriyor ama genellikle bir ya da iki monofiletik alt grubu kapsamıyorsa bu grup dışarıda bırakılan alt gruplara nazaran parafiletik olarak adlandırılır. Parafiletik bir grup bir klad ya da ortak ata ile birlikte soyundan gelen tüm türlerin yer aldığı bir tür grubu olan monofiletik bir grup olamaz. Parafiletik grubun bir ya da daha fazla üyesi, dışarıda bırakılan grup ya da gruplara, parafiletik gruptan daha yakın akrabadır. Terim filogenetikte ve dilbilimde yaygın olarak kullanılır. Parafiletik gruplar sinapomorfiler ve simplesiomorfilerin birleşimi ile tanımlanırlar.
Westlothiana, yaklaşık 338 milyon yıl önce Visean Karbonifer çağının son bölümünde yaşamış sürüngen benzeri bir tetrapod cinsidir. Cinsin üyeleri, günümüz kertenkelelerine yüzeysel bir benzerlik taşıyordu. Cins, tek bir tür olan, Westlothiana lizziae'den bilinmektedir. Tip örneği, 1984 yılında İskoçya, West Lothian, East Kirkton Quarry'deki East Kirkton Kireçtaşı'nda keşfedildi. Bu örnek, fosil avcısı Stan Wood tarafından "kertenkele Lizzie" olarak adlandırıldı ve bu isim diğer paleontologlar ve basın tarafından hızla benimsendi. Numune 1990 yılında resmi olarak adlandırıldığında, bu takma ismin anısına "lizziae" tür adı verildi. Bununla birlikte, benzer vücut şekline rağmen, Westlothiana gerçek bir kertenkele olarak kabul edilmez. Westlothiana'nın anatomisi hem "labirentodont" hem de sürüngen özelliklerinin bir karışımını içeriyordu ve başlangıçta bilinen en eski sürüngen veya amniyot olarak kabul edildi. Ancak, güncellenmiş çalışmalar bu tanımlamanın tamamen doğru olmadığını göstermiştir. Westlothiana, ilk amniyotlardan biri olmak yerine, Amniota'nın oldukça yakın bir akrabasıydı. Sonuç olarak, orijinal tanımdan bu yana çoğu paleontolog, cinsi diadectomorpar ve seymouriamorpar gibi diğer amniyot akrabalarının yanı sıra Reptiliomorpha grubuna yerleştirir. Daha sonraki analizler genellikle cinsi, amniyotlara veya lissamfibiyenlere veya potansiyel olarak aynı anda her ikisine de yakın olabilen olağandışı tetrapodların bir koleksiyonu olan Lepospondyli'nin en erken ayrılan üyesi olarak yerleştirir.
