
Sarılık (ikter; icterus), bir hastalık değil, çoğu karaciğerle ilgili olan bazı hastalıkların belirtisidir. İkter tablosunda gözakı (sklera), deri, mukozalar ve organlar sarıya boyanır. En önemli nedeni kandaki bilirubin düzeyinin artmasıdır. Normalde periferik kanın 100 ml’sinde 1 mg kadar bilirubin bulunur. Kandaki bilirubin düzeyinin 2.5 mg’ın üzerine çıkmasına “hiperbilirubinemi”, bunun neden olduğu klinik tabloya "sarılık; ikter (icterus)” adı verilir.
Abse, irinli yangı bölgesinde doku erimesi vardır, oluşan boşluğu irin doldurur. Genellikle piyojen bakterilerin neden olduğu fokal bir yangı türüdür.

Tıpta safra taşları (kolelit) normal veya anormal safra bileşenlerinin büyüme veya birleşme yoluyla vücutta oluşan kristal yapılardır.

Bilirubin, çok büyük bölümü (%90) parçalanan alyuvarlardan (eritrosit) kökenlidir. Kan kökenli (hematojen) bir pigment olmasına karşın demir içermez. Safranın ana pigmentidir. Normal yaşam süresi olan 120 günü dolduran eritrositler dalak, kemik iliği ve karaciğerdeki fagositler tarafından dolaşımdan alınır ve parçalanırlar. Alyuvarların yıkımı sırasında hemoglobin moleküllerinin parçalanmasıyla açığa çıkan serbest bilirubin albumin aracılığıyla karaciğere taşınır ve burada işlenir. Bilirubin karaciğerde üretilir, safra kesesinde depolanır ve duodenumdaki Vater papillasına açılan safra kanalı aracılığıyla bağırsaklara akıtılır. Safradaki konjuge bilirubin bağırsaktaki bakterilerin etkisiyle “stercobilinogen”e dönüşür. Sterkobilinojenin büyük bölümü dışkıyla atılır. Kalanı bağırsaktan emilerek yeniden karaciğere gelir ve işlenerek konjuge bilirubine dönüştürülür. Kana geçen konjuge bilirubin ise idrarla atılır (urobilinogen). Bilirubin pigmentiyle ilgili olan en önemli patoloji "sarılık " tablosudur.

Anatomide fistül, kan damarları, bağırsaklar veya diğer içi boş organlar gibi iki içi boş alan arasındaki anormal bir bağlantıdır. Fistül tipleri bulundukları yere göre tanımlanabilir. Anal fistüller, anal kanal ile perianal cilt arasında bağlantı kurar. Anovajinal veya rektovajinal fistüller anüs veya rektum ile vajina arasında bir delik oluştuğunda meydana gelir. Kolovajinal fistüller kolon ve vajina arasında meydana gelir. İdrar yolu fistülleri idrar yolundaki anormal açıklıklar veya idrar yolu ile başka bir organ arasındaki anormal bağlantılardır; örneğin vezikouterine fistülde mesane ile rahim arasında, vezikovajinal fistülde mesane ile vajina arasında ve üretrovajinal fistülde üretra ile vajina arasında. Bağırsağın iki kısmı arasında meydana geldiğinde enteroenteral fistül, ince bağırsak ile cilt arasında enterokutanöz fistül ve kolon ile cilt arasında kolokutanöz fistül olarak bilinir.
Diş apsesi, diş kökü ve çevre dokularını ilgilendiren kısa fakat ciddi süren, bölgesel olarak ateş ve ağrıyla seyreden yerel iltihaptır. Tedavi edilmezse osteit, periostit, selülit veya osteomyelit e dönüşür. Kronikleştiğinde radiküler kistlere dönüşür veya fistül vererek ağız mukozası veya yüz derisini deler ve dış ortama boşalır.
Pankreas kanseri, pankreastaki sağlıklı hücrelerin kontrolden çıkıp hızla çoğalmaları sonucu ortaya çıkan hastalık. Pankreasın normalde yağ ve proteinlerin sindirilmesine yardımcı olan enzimlerin üretilmesi ve aralarında insülinin de bulunduğu hormonları salgılamak gibi işlevleri bulunur. Anormal hücreler, pankreasta tümör oluştururlar. Bu kötü huylu hücreler vücudun başka bölgelerine yayılabilirler (metastaz).

Makat fistülü, makat kanalı ile makat derisi arasında olmaması gereken bir tünelin varlığıdır. Anal fistül, perianal fistül, anorektal fistül olarak da adlandırılır. Makat kanalında yer alan dişli çizgiye açılan ve dışkının çıkmasını kolaylaştırmaya yarayan 4-10 adet salgı bezinin iltihaplanmasına anal kriptit adı verilir. Bu iltihabın ilerlemesi ve bir boşluğa birikmesi ile makat apsesi oluşabilir. Makat apselerinin de % 40-50'si makat fistülüne dönüşür. Makat apseleri dayanılmaz ağrıya neden olan şişliklerdir.

Empiyem, vücudun doğal boşluklarına irin toplanmasıdır. Çok tehlikeli bir yangı şeklidir.

Karın boşluğu, insanlarda ve diğer birçok hayvanda çok sayıda organ içeren büyük bir vücut boşluğudur. Abdominopelvik boşluğun bir parçası olan karın boşluğu, torasik boşluğun altında ve pelvik boşluğun üzerinde bulunur.

Safra kesesi ya da öd kesesi, bazı omurgalı canlılarda safranın ince bağırsağa salınmadan önce depolandığı ve konsantre edildiği küçük ve içi boş bir organdır. İnsanlarda armut şeklindeki safra kesesi karaciğerin altında bulunur, ancak kesenin yapısı ve konumu hayvan türleri arasında önemli ölçüde farklılık gösterebilir. Safra kesesi karaciğer tarafından üretilen safrayı ortak hepatik kanal yoluyla alır ve depolar, safranın yağların sindirilmesine yardımcı olması için oniki parmak bağırsağına salınması ise koledok olarak da adlandırılan ana safra kanalı yoluyla gerçekleştirilir.

Koledok olarak da bilinen ana veya ortak safra kanalı, safra kesesine sahip organizmaların gastrointestinal sisteminde yer alan bir kanaldır. Latince ductus choledochus ismi ile de bilinen kanal, karaciğerden gelen ortak hepatik kanal ile safra kesesinden gelen sistik kanalın birleşmesiyle oluşur. Ana safra kanalı daha sonra pankreas kanalı ile birleşerek Vater ampullasını oluşturur. Bu bölgede iki kanalda kaslı Oddi sfinkteri ile kaplanmıştır.

Ana veya ortak hepatik kanal, safrayı karaciğerin sağ fonksiyonel lobundan drene eden sağ hepatik kanal ile karaciğerin sol fonksiyonel lobundan safrayı drene eden sol hepatik kanalın birleşmesiyle oluşan, safra sisteminin bir parçasıdır. Latince ductus hepaticus communis ismiyle de bilinen ortak hepatik kanal, safra kesesinden gelen sistik kanala bağlanarak ortak (ana) safra kanalını oluşturur. Kanal genellikle 6–8 cm uzunluğundadır.
Bilom veya biloma, karın boşluğu içinde safra birikmesidir. Safranın drenajı sağlanamadığında ya da drenaj için yerleştirilen drenlerin çalışmaması durumunda gelişir. Safra kaçağına yol açabilecek bir işlem yapıldığında, örneğin safra kesesinin çıkarılması ameliyattından sonra %0.3-2 sıklıkta meydana gelir. Diğer nedenler biliyer cerrahi, karaciğer biyopsisi, abdominal travma ve nadiren spontan perforasyondur.
Safra yolu yaralanmaları, safra yollarında genellikle laparoskopik kolesistektomi sonucu meydana gelen iyatrojenik yaralanmalardır. Ana safra kanalı, sistik kanal ve ortak hepatik kanalı kapsayan ekstrahepatik safra yollarında gerçekleşen yaralanmalar yüksek morbidite ve mortalite oranlarına sahiptir. Laparoskopik kolesistektominin 1987'de uygulanmaya başlamasından sonra bu komplikasyonların görülme sıklığı artmış olup, deneyim elde edilmesi sonucunda bile hastaların %0.5'inde görülmeye devam etmektedir. Yaralanmalar intraoperatif ya da postoperatif olarak ayrılmaktadır.
Postkolesistektomi sendromu (PKS), kolesistektomiden iki yıl sonra karında hala devam eden semptomların var olduğu bir durumdur. Semptomlar, kolesistektomi geçirmiş hastaların yaklaşık yüzde 5 ila 40'ında meydana gelir, ve geçici, kalıcı veya ömür boyu olabilir. Kronik durum, postkolesistektomi vakalarının yaklaşık %10'unda teşhis edilir.

Safra çamuru, safradan türemiş küçük parçacıkları belirtir. Bu çökeltiler kolesterol kristalleri, kalsiyum tuzları, kalsiyum bilirubinat, müsin ve diğer maddelerden oluşur.

Kolesistit veya safra kesesi iltihabı, karnın sağ üst kısmında ağrı, mide bulantısı, kusma ve bazen yüksek ateş belirtlerine sahip olan ve safra kesesinin iltihaplanmasını tanımlayan durumdur. Bir ağrı türü olan biliyer kolik genellikle akut kolesistitten önce meydana gelir, ancak kolesistitte ağrı, tipik bir biliyer kolik atağına göre daha uzun sürer. Eğer uygun tedavi uygulanmazsa tekrarlayan kolesistit atakları sıkça görülebilir. Akut kolesistit komplikasyonları arasında pankreatit, ana safra kanalı taşları veya iltihabı bulunur. Safra kesesi alındıktan sonra sonuçlar genellikle iyidir. Tedavi olunmazsa kronik kolesistit ortaya çıkabilir.

Kolesistektomi, safra kesesinin cerrahi olarak çıkarılmasıdır. Kolesistektomi, safra taşlarının neden olduğu biliyer kolik, kolesistit, pankreatit ve kolanjit gibi ağrı ve komplikasyonlar başta olmak üzere biliyer diskinezi ve safra kesesi kanseri durumlarında da tavsiye edilen bir tedavidir. 2011 yılında kolesistektomi, Amerika Birleşik Devletleri'ndeki hastanelerde uygulanan en yaygın 8. ameliyathane prosedürü olmuştur. Kolesistektomi, bir video kamera kullanılarak laparoskopi yoluyla veya açık cerrahi teknikleri ile gerçekleştirilebilir.

Erozyon (erosion) ve Ülser (ulcus), deri ve mukozaların nekrozlu yangısıdır. Deri ve mukozalardaki yüzeysel nekrozla erozyon (erosion) denir. Yalnız epitel tabakası ortadan kalkmıştır. Rejenerasyonla iz bırakmadan iyileşir ya da derinleşerek ülser halini alır. Bir ülserde, deri ve mukozanın epitel örtüsüyle birlikte daha derin katmanlar da nekroza uğrar, erir ve yerinde defekt bırakır.