Gastroenteroloji, sindirim sistemi hastalıklarıyla ilgilenen tıbbi uzmanlık dalıdır. Bu dalın uzmanına gastroenterolog denilmektedir.

Mide; kaslardan oluşan, genişleyebilen bir sindirim sistemi organıdır. Mide sözcüğü Türkçeye Arapçadan geçmiştir. Mide anlamında Türkçede aşkazan sözcüğü de mevcuttur. Yemek borusu ile ince bağırsak arasında bulunur. Omurgalılar, derisidikenliler, haşaratlar ve yumuşakçalarda bulunur. Sindirimin ikinci fazında görev yapar. Yiyeceklerin geçici olarak büyük miktarda depolandığı organdır. Rahatlıkla 1.5 litre sıvıyı içinde tutabildiği gibi, maksimum 4 litre sıvı tutma kapasitesi vardır.

Tetrasiklin, Streptomyces rimosus isimli bakteri tarafından üretilen bir antibiyotiktir. Birçok bakteriyel enfeksiyonlarda kullanılır. Tetrasiklinler bugün bir grup antibiyotiğe verilen genel isimdir, tetrasiklin de bu antibiyotiklerden birisidir.

Kolesterol, hayvanların vücut dokularındaki hücre zarlarında bulunan ve kan plazmasında taşınan bir sterol, yani bir steroid ve alkol birleşimidir. Daha düşük miktarlarda bitkilerde de bulunur. İlk defa 1754'te safra taşlarında kolesterol bulunduğu için bu maddenin ismi Yunanca chole- (safra) ve steros (katı) sözcükleri ile kimyadaki -ol ekinden türetilmiştir.

Sarılık (ikter; icterus), bir hastalık değil, çoğu karaciğerle ilgili olan bazı hastalıkların belirtisidir. İkter tablosunda gözakı (sklera), deri, mukozalar ve organlar sarıya boyanır. En önemli nedeni kandaki bilirubin düzeyinin artmasıdır. Normalde periferik kanın 100 ml’sinde 1 mg kadar bilirubin bulunur. Kandaki bilirubin düzeyinin 2.5 mg’ın üzerine çıkmasına “hiperbilirubinemi”, bunun neden olduğu klinik tabloya "sarılık; ikter (icterus)” adı verilir.

Lipit, tüm canlıların yapısında bulunan temel organik bileşiklerden biridir. Lipitler, doymuş ve doymamış yağlar olarak ayrılır. Doymamış yağlar, oda sıcaklığında sıvı hâlde bulunan lipitler; doymuş yağlar ise oda sıcaklığında katı hâlde bulunan lipitlerdir. Biyolojik önemi olan lipitler için yağ asitleri, nötr lipitler (trigliserit), fosfolipitler ve steroitler örnek gösterilebilir. Lipitler, insan ve hayvanların temel besinleri arasında yer alır.
Panzehir, bir zehirin etkisini önleyen veya yok eden madde. Panzehirler ağız yoluyla zehirlenmelerde emilimi azaltmak amacıyla kullanılanlar ve kan dolaşımına çeşitli yollarla karışmış olan zehire karşı kullanılanlar olmak üzere iki büyük grupta toplanırlar.

Ülser, deri ve mukozaların nekrozlu yangısıdır. Dr. Barry Marshall ve Dr. Robin Warren peptik ülserlerin oluşmasında Helicobacter pylori adı verilen bir bakterinin etkili olduğunu saptamışlar ve bu buluşları nedeniyle 2005 yılı Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü'nü almaya hak kazanmışlardır. Peptik ülser hastalığı ve Helicobacter pylori'nin zaman çizelgesi oldukça ilginç bir süreci göstermektedir.

İnsan sindirim sistemi, gastrointestinal kanal ile dil, tükürük bezleri, pankreas, karaciğer ve safra kesesi gibi sindirime yardımcı organlardan oluşur. Sindirim, yiyeceklerin giderek daha küçük parçalara ayrılması ve bu parçaların vücut tarafından emilmesi ve kullanılmasına kadar süren bir süreçtir. Sindirim süreci üç aşamadan oluşur: sefalik faz, gastrik fazı ve intestinal fazı.

İnce bağırsak, sindirim kanalının mide ile kalın bağırsak arasındaki kısmıdır. Beş yaşından büyük insanlarda boyu 5–6 m arasındadır. Üç kısma ayrılır: duodenum, jejunum ve ileum. Mideden gıdalar duodenuma pilor veya pilorik sfinkter diye adlandırılan bir kas ile girerler. Daha sonra ince bağırsak boyunca peristaltizm olarak adlandırılan kas kasılmaları ile hareket eder.

Memeliler, sürüngenler ve kuşlar dahil olmak üzere yüksek omurgalılarda duodenum veya oniki parmak bağırsağı, ince bağırsağın ilk ve en kısa bölümüdür. Balıkta, ince bağırsağın bölünmeleri o kadar net değildir ve duodenum yerine "ön bağırsak" veya "proksimal bağırsak" terimleri kullanılabilir.
Çok Düşük Yoğunluklu Lipoproteinler plazma lipoproteinlerinin yoğunluğu 0,95-1,006 g/mL arasında olan bir alt grubudur. VLDL, karaciğerde oluştuktan sonra taşıdıkları trigliseritleri vücuttaki çeşitli dokulara aktarırlar, bu sürecin sonunda LDL'ye dönüşürler.
Safra asitleri, memeli hayvanların safrasında bulunan steroit asitlerdir. Karaciğerde kolesterolun oksidasyonu sonucu oluşurlar, safra kesesinde depolanıp ince bağırsağa salgılanırlar. Surfaktan olarak etki ederler, lipitleri çözüp onların emilmesi ve sindirimine yardım ederler. Taurin ve glisin ile konjuge safra asitleri safra tuzları olarak isimlendirilen artıklar bırakırlar. Çeşitli safra tuzları arasındaki kimyasal farklılıklar çok ufaktır, 3,7,12 pozisyonlarında hidroksil gruplarının olup olmamasıyla birbirlerinden fark ederler.

Tıpta safra taşları (kolelit) normal veya anormal safra bileşenlerinin büyüme veya birleşme yoluyla vücutta oluşan kristal yapılardır.

Bilirubin, çok büyük bölümü (%90) parçalanan alyuvarlardan (eritrosit) kökenlidir. Kan kökenli (hematojen) bir pigment olmasına karşın demir içermez. Safranın ana pigmentidir. Normal yaşam süresi olan 120 günü dolduran eritrositler dalak, kemik iliği ve karaciğerdeki fagositler tarafından dolaşımdan alınır ve parçalanırlar. Alyuvarların yıkımı sırasında hemoglobin moleküllerinin parçalanmasıyla açığa çıkan serbest bilirubin albumin aracılığıyla karaciğere taşınır ve burada işlenir. Bilirubin karaciğerde üretilir, safra kesesinde depolanır ve duodenumdaki Vater papillasına açılan safra kanalı aracılığıyla bağırsaklara akıtılır. Safradaki konjuge bilirubin bağırsaktaki bakterilerin etkisiyle “stercobilinogen”e dönüşür. Sterkobilinojenin büyük bölümü dışkıyla atılır. Kalanı bağırsaktan emilerek yeniden karaciğere gelir ve işlenerek konjuge bilirubine dönüştürülür. Kana geçen konjuge bilirubin ise idrarla atılır (urobilinogen). Bilirubin pigmentiyle ilgili olan en önemli patoloji "sarılık " tablosudur.
Yağ asitleri birçok organizma için önemli enerji kaynaklarıdır.Artmış glukoz sıklıkla yağ asidine çevrilerek depo edilmektedir. Trigliserdiler aynı miktardaki karbonhidrat ve proteinlerden yaklaşık 2 kat daha fazla enerji vermektedirler. Tüm hücre zarları iki tabakalı fosfolipitlerden oluşur. Yağ asitleri aynı zamanda protein modifikasyonunda da kullanılırlar. Bu nedenle yağ asidi metabolizması, yağ asitlerinin primer metabolitlerinin ve enerjinin oluştuğu katabolizmalarını ve biyolojik olarak oldukça önemli bileşiklerin sentez edildiği anabolizmalarını kapsar.
Kolesistokinin, sindirim sisteminde peptid hormon. Yağ ve protein sindiriminde rol oynar. Geçmişte "pankreatozimin" adı verilen kolesistokinin, ince bağırsağın ilk bölümü olan oniki parmak bağırsağındaki hücrelerce salgılanır. Pankreastan sindirim enzimlerinin ve safra kesesinden safranın salınmasını sağlar ve açlık bastırıcı rol oynar.

Safra kesesi ya da öd kesesi, bazı omurgalı canlılarda safranın ince bağırsağa salınmadan önce depolandığı ve konsantre edildiği küçük ve içi boş bir organdır. İnsanlarda armut şeklindeki safra kesesi karaciğerin altında bulunur, ancak kesenin yapısı ve konumu hayvan türleri arasında önemli ölçüde farklılık gösterebilir. Safra kesesi karaciğer tarafından üretilen safrayı ortak hepatik kanal yoluyla alır ve depolar, safranın yağların sindirilmesine yardımcı olması için oniki parmak bağırsağına salınması ise koledok olarak da adlandırılan ana safra kanalı yoluyla gerçekleştirilir.

Safra ağacı ya da safra sistemi, karaciğeri, safra kesesini ve safra yollarını kapsayan bir sistemdir. Safra, su, elektrolitler, safra asitleri, kolesterol, fosfolipitler ve konjuge bilirubinden oluşur. Bu bileşenlerden bazıları hepatositler tarafından sentezlenir, geri kalanlar ise kan yolu ile karaciğere alınır.
Safra reflü gastriti veya alkalen reflü gastrit, karaciğerde üretilen safra ve duodenumda yer alan diğer bileşenlerin ince bağırsaklardan mideye sızarak mide mukozasında iltihaplanmaya yol açtığı bir gastrit türü.