Hokkaido (Japonca: 北海道
Honshū, Japonya'nın en büyük ve en kalabalık adasıdır. Honshū, Tsugaru Boğazı ile Hokkaidō'nun güneyinde, Seto İç Denizi ile Shikoku'nun kuzeyinde ve Kanmon Boğazı ile Kyūshū'nun kuzeydoğusunda yer almaktadır. Yüzölçümü bakımından dünyanın yedinci büyük adası ve Cava'dan sonra ikinci kalabalık adasıdır.
Kyūshū, Japonya'nın dört büyük adası ve sekiz bölgesinden biridir. Kyūshū, Honshū'nun güneybatısında ve Shikoku'nun batısında yer almaktadır ve Honshū'dan Kanmon Boğazı ile ayrılmaktadır. Kyūshū, Fukuoka, Saga, Nagasaki, Kumamoto, Ōita, Miyazaki ve Kagoshima prefektörlüklerinden oluşmaktadır. Ek olarak Ryūkyū Adaları ile Okinawa prefektörlüğü de Kyūshū Bölgesi'ne dahil edilmektedir.
Chūgoku ya da "San'in-San'yō bölgesi", Japonya'nın sekiz bölgesinden biridir. Bölge, Honshū Adası'nın batısında yer almaktadır. Chūgoku bölgesi Hiroşima, Yamaguchi, Shimane ve Tottori prefektörlüklerinden oluşmaktadır.
Çubu, Japonya'nın sekiz bölgesinden biridir. Bölge, Honshū Adası'nın ortasında yer almaktadır. Chūbu bölgesi Aichi, Fukui, Gifu, Ishikawa, Nagano, Niigata, Shizuoka, Toyama ve Yamanashi prefektörlüklerinden oluşmaktadır. Bazen Mie prefektörlüğü de bölgeye dahil edilmektedir. Bölge Honshu adasında bulunan diğer bölgeler içinde yüzölçümü en geniş olanıdır.
Tepeli aynak Threskiornithidae familyasında yer alan bir monotipik kuş cinsi Nipponia içinde sınıflandırılan tek kuş türüdür. 19. yüzyıla kadar Asya'nın doğusunda yaygın olarak bulunmaktaydı ancak 20. yüzyılın ilk yarısından itibaren sayıları giderek azalmıştır. 2010 yılının Aralık ayında Çin, Güney Kore ve Japonya'da 1.814 kuş bulunmaktaydı. Nipponia nippon olan bilimsel adından ötürü Japonya'nın sembol kuşu olarak görülür ancak Japonya'nın ulusal kuşu Japon sülünüdür. Japonya'da Niigata ilinin ve Wajima ile Sado şehirlerinin sembolüdür.
Japonya'nın bölgeleri, Japonya'nın coğrafi bölgeleridir. Resmî bir idari bölüm olmayıp geleneksel olarak birçok bağlamda bölgesel bölümler olarak kullanılmıştır. Örneğin, harita ve coğrafya ders kitapları ülkeyi sekiz bölgeye ayırmakta, hava durumu raporlarında hava durumu genellikle bölgelere göre verilmekte ve birçok işletme ve kurum bulundukları bölgenin adını kendi adlarında kullanmaktadırlar.
Japonya'nın çekirdek şehirleri, Japonya'da Yerel Özerklik Kanunu'nun 252. maddesinin 22. paragrafına göre merkezi hükûmet tarafından belirlenen bir şehir düzeyidir.
Sado, Japonya'nın Niigata prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir, Sado Adası'nda yer almakta olup yönetimsel sınırları adanın tamamını kaplamaktadır. Yüzölçümü 855.26 km² olan şehrin nüfusu 1 Nisan 2011 tarihi itibarı ile 63,231'dir. Şehre, Sado Havalimanı hizmet vermektedir.
Japonya 14.125 adadan oluşan bir ada ülkesidir ve bunların yaklaşık 260'ında yerleşim vardır.
Awaji Adası, Japonya'nın Hyōgo prefektörlüğünde Seto İç Denizi'nin doğusunda bulunan bir adadır. Ada 592.17 km²'lik yüzölçümü ile Seto İç Denizi'ndeki en büyük adadır. Ada idari olarak Awaji, Minamiawaji ve Sumoto şehirleri olmak üzere üç belediyeye ayrılmaktadır.
Okinawa Adası, Ryukyu Adaları'na bağlı Okinawa Adaları'nın baş adasıdır. 1.206,96 km² yüzölçümü ile Ryukyu Adaları'nın en büyük adası olup Okinawa prefektörlüğünün merkezi Naha'ya ev sahipliği yapmaktadır. Adada yerleşim güney tarafında yoğunlaşmıştır.
Echigo vilayeti, Japonya'nın tarihi vilayetlerinden biri idi. Vilayet Honshū adasında, Hokurikudō bölgesinde ve Japon Denizi kıyısı boyunca yer almaktaydı ve sınırları günümüz Niigata prefektörlüğünün güneyini kapsamaktaydı.
Kitadaitō, Ryukyu Adaları'na bağlı Daitō Adaları'nın en kuzeyindeki adasıdır. Ada Filipin Denizi üzerinde yer almakta olup idari olarak Kitadaitō köyüne bağlıdır.
Sado vilayeti veya Sashū (佐州), Japonya'nın tarihi vilayetlerinden biri idi. Vilayet Honshū adasında Hokurikudō bölgesinde yer almaktaydı ve sınırları günümüz Niigata prefektörlüğüne ait olan Sado Adası'nı kapsamaktaydı.
Ōkunoshima, Japonya'da Seto İç Denizi'nde bulunan bir adadır. Ada, Chūgoku bölgesi ile Shikoku adası arasında yer almaktadır. Ada idari olarak Hiroşima prefektörlüğüne bağlı Takehara kentine bağlıdır.
Mitsukejima, Japonya'da Japon Denizi'nde bulunan bir adadır. Ada, Noto Yarımadası açıklarında yer almaktadır. Ada idari olarak Ishikawa prefektörlüğüne bağlı Suzu kentine bağlıdır.
Awashima, Japonya'da Japon Denizi'nde bulunan bir adadır. Ada, Japon Denizi'nin doğu açıklarında Honshū Adası'ndan 30 km uzaklıkta yer almaktadır. Ada idari olarak Niigata prefektörlüğüne bağlı Awashimamura köyüne bağlıdır.
Gotō Adaları, Japon Denizi'nde bulunan Japonya'ya ait bir takımadadır. Adalar, Kyūshū'nun batı kıyısında yer almakta olup güneydoğudan kuzeydoğuya doğru 85 km boyunca uzanmaktadırlar. Ada idari olarak Niigata prefektörlüğüne bağlıdır ve Gotō şehri ile Shin-Kamigotō kasabasından oluşmaktadır.
Aoshima, Japonya'da Seto İç Denizi'nde bulunan bir adadır. Ada, Shikoku'nun batı açıklarında yer almaktadır. İdari olarak, Ehime prefektörlüğüne bağlı Ōzu kentine bağlıdır.