Evrim, popülasyondaki gen ve özellik dağılımının nesiller içerisinde seçilim baskısıyla değişmesidir. Bazen dünyanın evrimi, evrenin evrimi ya da kimyasal evrim gibi kavramlardan ayırmak amacıyla organik evrim ya da biyolojik evrim olarak da adlandırılır. Evrim, modern biyolojinin temel taşıdır. Bu teoriye göre hayvanlar, bitkiler ve Dünya'daki diğer tüm canlıların kökeni kendilerinden önce yaşamış türlere dayanır ve ayırt edilebilir farklılıklar, başarılı nesillerde meydana gelmiş genetik değişikliklerin bir sonucudur.
Kaya balığı, oldukça geniş bir balık türü ailesi olan 200'den fazla cinsi ve 2.000'den fazla türü bulunan Gobiidae familyasından bir balıktır. Çoğunluğu tipik olarak 10 cm büyüklüğünde olup, göreceli olarak oldukça küçüktürler. Bu türden Trimmatom nanus ve Cüce kayabalığı, dünya üzerinde bilinen en küçük omurgalı türlerindendir ve büyüdüklerinde boyları 1 cm'nin (3/8) altında olur. Gobioides ve Periophthalmodon cinsleri gibi bazı kaya balığı türleri ise 30 cm (1 ft) uzunluğa kadar ulaşabilir veya bu boyu da aşabilirler. Az sayıda insan için bir gıda olarak önemi bulunmasına rağmen, özellikle morina, mezgit balığı, barramundi, yassı balıklar kadar ticari açıdan önemi olan balıklardır. Pek çok ülkede önemli bir av türüdürler. Brachygobius gibi bazı kaya balığı türlerine ise, akvaryumlarda beslemek için yoğun ilgi gösterilmektedir.
Doğal seçilim, canlıların fenotiplerindeki farklılıklardan ötürü hayatta kalma şansının ve üreme başarısının değişkenlik göstermesidir. Evrimin esas mekanizmalarından biri olup, bir popülasyonun nesiller boyunca karakteristik olan kalıtsal özelliklerindeki değişimdir. Charles Darwin, kendi görüşüne göre kasıtlı olarak gerçekleştirilen yapay seçilime karşılık kendiliğinden gerçekleşen "doğal seçilim" terimini popülerleştirmiştir.
Popülasyon genetiği, popülasyonlardaki fertlerin benzerlik ve farklılıklarının kaynaklarını, bunun yanında popülasyonlardaki alel frekansının dağılımlarını ve değişimlerini araştıran bir genetik altdalıdır.
Evrim bağlamında bir türün bazı özellikleri veya alelleri seçilime (seleksiyona) uğrayabilir. Seçilim olunca, avantajlı veya "adaptif" özellikli bireyler, diğer bireylerine kıyasla bir üreme avantajına sahip olurlar, yani diğer bireylere kıyasla bir sonraki nesle daha çok sayıda döl verirler. Bu özelliklerin genetik bir temeli olunca, seçilim olması bu özelliklerin yaygınlığını artırır, çünkü döller (yavrular) bu özellikleri ebeveynlerinden kalıt (miras) alırlar. Seçilim sürekli ve etkili olursa, adaptif özellikler topluluk veya tür için evrensel hale gelir, bu durumda o türün evrimleşmiş olduğu söylenir.
Türleşme yeni biyolojik türlerin oluştuğu evrimsel süreçtir. Doğal türleşmenin dört tipi vardır, türleşen toplulukların coğrafi olarak birbirlerinden coğrafi olarak ne kadar izole olduklarına bağlı olarak: allopatrik, peripatrik, parapatrik ve simpatrik. Türleşme, hayvan ıslahı veya laboratuvar yöntemleri yoluyla yapay olarak da sağlanabilir. Türleşme mekanizmalarına örnekler aşağıda verilmiştir.
Kalıtım, fenotipik özelliklerin ebeveynlerden yavrulara aktarılmasıdır. Oluşan hücreler veya organizmalar, ebeveynlerinin genetik bilgisini eşeysiz üreme ya da eşeyli üreme yoluyla edinirler. Kalıtım yoluyla bireyler arasındaki farklılıklar birikebilir ve bu durum türlerin doğal seçilim yoluyla evrimleşmesine neden olabilir. Biyoloji biliminde kalıtım çalışmaları genetik olarak adlandırılır.
Evrimsel faktör veya evrim faktörü, biyolojide bir popülasyonun gen havuzunu ve sahip olduğu gen varyasyonlarının tümünü etkileyen ve değiştiren tüm faktörlere ve evrimsel süreçlere denir.
Seçilim değeri, kimi Türkçe kaynaklarda "uyum başarısı" ya da "uyum gücü" olarak da geçmektedir, evrim kuramında önde gelen merkezi bir fikirdir. Hem genotipe göre, hem de fenotipe göre tanımlanabilir. Her iki durumda da, hayatta kalma ve üreme kabiliyetini açıklar ve belirgin genotip veya fenotipteki ortalama bir bireyin, bir sonraki neslin gen havuzuna yaptığı katkının ortalamasına eşittir. Eğer belirli bir geni etkileyen aleller arasında farklılıklar mevcutsa, o zaman alellerin frekansları da nesiller boyunca değişim gösterecektir; daha yüksek seçilim değerine sahip olan aleller, daha yaygın hale gelirler. İşte bu sürece, doğal seçilim denir.
Adaptif radyasyon veya adaptif yayılım, evrimsel biyolojide hızlıca çoğalım gösteren bir tür veya soy içinde ekotipler husule getirerek ekolojik ve fenotipik çeşitliliğe yol açan, aynı zamanda yeni türlerin meydana gelmesinde büyük rol oynayarak birçok farklı grupların evrimine hizmet eden olayı tanımlayan terim. Bu süreç, son bir atadan başlayarak türleşmeye ve canlı organizmaların farklı çevre şartlarında ve yaşam ortamlarında yararlanabilecekleri, farklı morfolojik ve fizyolojik özelliklerin fenotipik adaptasyonlarına yol açar. Bu anlamda adaptif yayılım, az çeşitlilik gösteren bir türün çevre şartlarına özel uyumlar geliştirerek daha yüksek oranlarda çeşitlenmesi ve yayılmasıdır. Bunun yanında adoptif yayılım, daha önce işgal edilmemiş ve yararlanılmayan farklı ekolojik nişlerin kullanılabilmesi de sağlar.
Cinsel seçilim veya eşeysel seçilim, Charles Darwin'in 1859 tarihli kitabı Türlerin Kökeni'nde açıkladığı kavramdır. Doğal seçilimin temel dayanaklarından biri olarak kabul edilen cinsel seçilim yaşam erkek bireyler arasında yaşanan dişiye sahip olma savaşından ileri gelmektedir. Charles Darwin'e göre cinsel seçilim: ...hayatta kalma çabasına bağlı değil, fakat erkekler arasında dişilerini baştan çıkarma çabasına bağlıdır, sonuç da başarısız olan rakibin ölümü değildir; ancak daha az veya hiç yavru olmamasıdır. ...herhangi hayvanın dişi ve erkeği ortak genel alışkanlıklara sahipse.. ancak yapı, renk veya desenleri açısından farklılıklar gösteriyorsa, bu tip farklılıklara genel anlamda cinsel seçilim neden olmuş olur.
Yönlendirilmiş seçilim, popülasyon genetiğinde allel frekansının sürekli olarak bir yöne kaymasına neden olarak tek bir fenotipin tercih edildiği bir doğal seçilim türüdür. Yönlendirilmiş seçilimin etkisi altında avantajlı bir alelin görünme sıklığı, diğer aleller üstünde baskın olmasından bağımsız olarak artış gösterir ve böylelikle bu avantajlı alel resesif olsa bile, sonunda gen havuzunda sabit hale gelir. Yönlendirilmiş seçilim, seçilimin birden fazla alel lehine oluduğu dengeleyici seçilimin tersi bir durum olup zararlı mutasyonları popülasyondan uzaklaştıran arıtıcı seçilim ile aynıdır.
Yıkıcı seçilim, çeşitlendirici seçilim ya da dallanan seçilim, popülasyon genetiğinde ekstrem ve uç değerdeki fenotiplere sahip olan bireylerin ortalama fenotipe sahip olan bireylere tercih edildiği değişiklikleri tanımlar. Bu durumda, özelliğin varyansı artar ve popülasyon iki ayrı gruba ayrılır. Bu evrimsel sürecin simpatrik türleşme arkasındaki itici güç olduğu düşünülmektedir.
Sabitleyici seçilim veya dengelenmiş seçilim, bazen de çift yönlü seçilim, popülasyonun belli bir özellik değerinin dengelenerek istikrarlaşması ile genetik çeşitliliğin azaldığı bir doğal seçilim türüdür. Bu muhtemelen doğal seçilimin en sık olarak görüldüğü ve işlediği mekanizmadır. Dengelenmiş seçilim, ekstrem uç özellik değerlerini elemede yaygın olarak negatif seçilimi kullanır.
Allopatrik türleşme veya coğrafi türleşme ; aynı türün biyolojik popülasyonu, dağ oluşumu gibi coğrafi veya göç gibi sosyal değişimlere bağlı olarak yalıtıldığında meydana gelen evrilmedir. Türleşmede ve yeni türlerin ortaya çıkmasında oldukça önemli bir faktördür. Yalıtılan popülasyon genotipik ve/veya fenotipik başkalaşım geçirir. Farklı seçilimsel baskılara, genetik sürüklenmeye ve mutasyonlara maruz kalırlar.
Hibrit türleşmesi veya melez türleşme, birbirleriyle yakın akraba olan iki farklı tür arasında melezleme veya hibritleşmenin farklı bir fenotiplerin ortaya çıkmasına yol açtığı sürece verilen isim. Çok nadir durumlarda bu fenotipler geldikleri ebeveyn soydan daha sağlıklı veya biyolojik uyum açısından daha yetenekli olabilir ve yeni avanatajlara sahip bu bireyler doğal seçilim tarafından tercih edilebilirler. Eğer bu bireyler, daha sonra herhangi bir şekilde diğerlerinden ayrılmak zorunda kalıp eşleşme açısından önüne engeller çıkar ve bu şekilde üreme yalıtımına maruz kalırsa bu durum ayrı bir türün ortaya çıkmasına yol açabilir. Ancak, hibritler ve ebeveynleri arasındaki üreme yalıtımlarının oluşmasına yol açan olaylar özellikle zor ve nadir olarak gerçekleştikleri için melez türleşme son derece nadir bir olay olarak kabul edilir.
Mikro evrim, tek bir canlı türü ve bu türün popülasyonları içinde çeşitli seleksiyonlar sonucu oluşan tüm küçük değişimler ve evrimleşme olayları. Bu anlamda mikro evrim, bir popülasyonun gen sıklığında küçük ölçekte oluşan değişimlerin evrimidir.
Parapatrik veya parapatri, yaşam alanları belirgin bir şekilde örtüşmeyen ama birbirine bitişik olan ve en azından dar bir temas bölgesinde birlikte görülebilen organizmaları ifade eden bir biyocoğrafya terimi.
Biyolojide klin, bir türün coğrafi dağılımının tamamında tek bir özelliğinin ya da biyolojik niteliğinin ölçülebilir gradyanıdır. İlk olarak Julian Huxley tarafından 1938 yılında kullanılan klin terimi genellikle gen frekansı, kan grubu gibi genetik ya da vücut boyutları, deri pigmentasyonu gibi fenotipik özelliklerin değişimini kastetmekteydi. Klinler bir özelliğin sürekli ama derece derece değişmesi gibi bir coğrafi bölgeden diğerine geçerken birdenbire aniden de değişebilmesi için de kullanılır.
Negatif veya arındırıcı seçilim, zararlı alelleri ortadan kaldıran seçilim türüdür. Rastgele ortaya çıkan mutasyonların sebep olduğu zararlı genetik polimorfizmlerin temizlenmesi yoluyla sabitleyici seçilimle sonuçlanabilir
