Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] (
dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.
Escherichia coli (E.coli), Enterobacteriaceae familyasının bir üyesi olup memeli canlıların kalın bağırsağında yaşadığı için bu adı alan bir bakteri türüdür. E.coli çubuk şeklindedir ve gram negatif bakteri olduğundan endospor oluşturmaz. E. coli yaklaşık 2,0 μm uzunluğunda ve 0,5 μm çapındadır. E.coli ilk olarak 1885 yılında Theodor Escherich tarafından bebek dışkısından izole edilmiş ve özellikleri belirlenmiştir. "E. coli, doğumdan birkaç saat sonra bebeklerin mide ve bağırsak sisteminde kolonize olur ve burada yaşar." E.coli suşları insan vücudunda herhangi bir olumsuz etki olmaksızın bir arada bulunur. Bununla birlikte, E. coli gastrointestinal bariyerleri aşınmış ve/ya da bağışıklığı baskılanmış konakçılarda hastalığa neden olabilir. Özellikle bir kısım E. coli, dünya genelinde insanlarda ve hayvanlarda bağırsakta ve bağırsak dışında çeşitli hastalıklara aracılık eder. İnsanlardan izole edilen E. coli suşları ishale ve bir takım bağırsak dışı hastalıklara neden olmaktadır.
Mikrobiyoloji, mikrorganizmaları inceleyen bilim dalıdır. Bakteriler, archaea, virüsler, protistler, mayalar ve küfler gibi mikroorganizmalar mikrobiyolojinin konu alanını oluştururlar. Mikrobiyoloji bilim dalının aktif olarak kullanıldığı uygulama alanları tıp, tarım ve endüstridir.
Penisilinler aslen Penicillium küflerinden, özellikle de P. chrysogenum ve P. rubens'ten elde edilen bir grup β-laktam antibiyotiktir. Klinik kullanımdaki penisilinlerin çoğu P. chrysogenum tarafından derin tank fermantasyonu kullanılarak sentezlenir ve daha sonra saflaştırılır. Bir dizi doğal penisilin keşfedilmiştir, ancak sadece iki saflaştırılmış bileşik klinik kullanımdadır: penisilin G ve penisilin V. Penisilinler, stafilokok ve streptokokların neden olduğu birçok bakteriyel enfeksiyona karşı etkili olan ilk ilaçlar arasındaydı. Günümüzde farklı bakteriyel enfeksiyonlar için hala yaygın olarak kullanılmaktadırlar, ancak birçok bakteri türü yoğun kullanımın ardından direnç geliştirmiştir.
Clostridium, gram pozitif, çoğu hareketli, zorunlu anaerob, katalaz negatif, fermentatif, endospor üreten çubuk şeklinde bakterilerden oluşan bir bakteri cinsidir. Bilimsel yayınlarla doğrulanmış 151 türü bulunmaktadır. Karbonhidratları parçalayarak, butirik asit, asetik asit, aseton, bütanol, izopropanol, etil alkol ve karbondioksit oluştururlar. Ayrıca, proteolitik etkiye sahip türleri de mevcuttur. Psikrotrof, mezofil ve termofil türlere sahiptirler. Endosporlar ısıya karşı çok dayanıklı olduklarından konserve besinlerin üretim teknolojisinde önem taşırlar. Bu özellikleri dolayısıyla bazı besinlerin sterilizasyonu için gerekli ısı-zaman düzenlerinin belirlenmesinde indikatör mikroorganizma olarak kullanılmaktadır.
Legionella, lejyoner hastalığına sebep olan bakterilerin yer aldığı bakteri cinsidir. Legionellaceae familyası sadece Legionella cinsinden ibarettir ve bu cinse ait bugüne kadar bildirilmiş 62 tür bulunmaktadır. En iyi bilinen türü olan Legionella pneumophila, gram negatif, kokobasil formunda, optimum üreme sıcaklığı 20-42 °C olan bir bakteridir. Ribozomal RNA analizi çalışmaları Legionellaceae familyasının Gamma Proteobacteria şubesine dahil olduğunu göstermiştir.
Chlamydia trachomatis, Chlamydiaceae familyasında yer alan, gram-negatif, sadece konak hücre içerisinde çoğalabilen zorunlu parazit bir bakteri türüdür. İnsanlarda trahom, lenfogranüloma venereum, non-gonokokkal üretrit, servisit, pelvik inflamatuar hastalık gibi enfeksiyonlarına neden olur. C. trachomatis körlüğe en çok sebep olan enfeksiyon etkenidir ve cinsel yolla en fazla bulaşan bakteridir.
Rickettsia helvetica, Dermacentor reticulatus ve diğer kenelerde bulunan bir bakteri türüdür. İnsanlar için patojen olduğundan şüphelenilmektedir ancak kesin olarak ispatlanamamıştır. İlk olarak 1979'da İsviçre'de Ixodes ricinus türü kenelerde keşfedilmiştir, 1993'te ilk defa izole edilmiştir. Başlangıçta R. helvetica'nın insanlar ve hayvanlar için zararsız olduğu düşünülmesine rağmen, bazı vaka bildirimleri insanlarda nonspesifik bir ateşle seyreden bir hastalığa neden olduğunu göstermektedir. 2010 yılındaki bir vaka raporunda ise kene kaynaklı bir R. helvetica menenjiti bildirilmektedir.
Bartonella henselae, kedi tırmığı hastalığı (bartonellosis) etkeni olan proteobakteri türüdür. Gram-negatif bir basildir. Dünyadaki en yaygın bakteri tiplerinden birisi olan Bartonella cinsinin üyesidir.
Vibrio cholerae, insanlarda koleraya sebep olan bir eğilmiş-çubuk şekilli gram negatif bakteridir. Vibrio cholerae ve diğer türler, Proteobacteria'nın gamma alt bölümüne mensup olan Vibrio cinsine aittir. İlk olarak 1854 yılında İtalyan anatomist Filippo Pacini tarafından koleranın nedeni olarak izole edilmiştir ama Robert Koch'a kadar geniş ölçüde bilinmiş değildi, bağımsız olarak otuz yıl çalıştıktan sonra Koch bu bilgiyi ve hastalıkla savaşmanın yollarını tanıttı.
Tropheryma whipplei ya da Tropheryma whippelii. Whipple hastalığı'na neden olan etken bakteridir. Kültürde üretilmesi zordur ve uzun sürer.
Bakteriler, basit canlılar olmalarına karşın özel birçok biyolojik özelliklerden sorumlu çok iyi gelişmiş hücre yapısına sahiptir. Bu özelliklerden birçoğu sadece bakterilere özeldir ve arkelerde veya ökaryot canlılarda bulunmamaktadır. Bakteriler; kendilerinden daha büyük canlılara kıyasla daha basit yapılara sahip oldukları ve deneysel olarak kolayca değişime uğratılabildikleri için, yapıları çok iyi anlaşılmış ve kendisinden daha gelişmiş canlılarda da bulunan birçok biyokimyasal özelliğin bakterilerde bulunduğu ortaya çıkmıştır.
Ultramikrobakteri, tipik bakteriyel hücrelere göre önemli ölçüde daha küçük olan, çapı 0,3-0,2 mikrometre olan bakterilerdir. Bu terim, ilk kez çapı 0.3 mikrometreden daha az olan ve deniz suyunda bulunan kok morfolojisindeki bakterileri ifade etmek için 1981 yılında kullanılmıştır. Bu bakterilerin daha sonra toprakta da bulunduğu, Gram-pozitif ve negatif türün bir karışımı olduğu ortaya çıkmıştır. Bu küçük bakterilerin hepsi değilse de çoğunun daha büyük hücrelerin açlık koşulları altında hayatta kalmasını sağlayan atıl biçimleri olduğu ortaya çıkmıştır. Bu yöntemde hücreler metabolizmalarını yavaşlatır, büyümelerini durdurur ve DNA'larını stabilize ederek atıl uzamayan hücreler oluşturarak yıllarca canlı kalabilirler. Bu açlık formları deniz suyunda Ultramikrobakterilerin en yaygın türü olabilirler.
Spiroketler, "Spirochaetes" şubesinin ‘‘Spirochaetia’’ sınıfında yer alan bakterilerdir. İnsan sağlığı açısından Treponema, Borrelia, Leptospira gibi cinsleri önemlidir.
Alphaproteobacteria, Proteobacteria şubesinde bir bakteri sınıfıdır. Üyeleri son derece çeşitlidir ve çok az benzerliğe sahiptir ancak yine de ortak bir atadandırlar. Tüm Proteobakteriler gibi, üyeleri gram-negatiftir fakat bazı hücre içi parazit üyeleri peptidoglikandan yoksundur ve bu nedenle gram değişkendir.
Campylobacter jejuni ( ) Avrupa ve Amerika Birleşik Devletleri'nde gıda zehirlenmesinin en yaygın nedenlerinden biridir. Vakaların büyük çoğunluğu, tanınan salgınların bir parçası olarak değil, izole olaylar olarak ortaya çıkar. Gıda Kaynaklı Hastalıklar Aktif Gözetim Ağı (FoodNet) aracılığıyla aktif gözetim, ABD'de her 100.000 kişi için her yıl yaklaşık 20 vakanın teşhis edildiğini gösterirken, daha pek çok vaka teşhis edilmemiş veya bildirilmemiştir. CDC, her yıl toplam 1,5 milyon enfeksiyon tahmin etmektedir. Avrupa Gıda Güvenliği Otoritesi 2018'de 246.571 vaka bildirdi ve Avrupa Birliği'nde yılda yaklaşık dokuz milyon insanda kampilobakteriyoz vakası tahmin etti.
Q humması veya Q ateşi, insanları ve diğer hayvanları etkileyen bir bakteri olan Coxiella burnetii'nin, neden olduğu bir hastalıktır. Bu organizma doğada yaygın değildir ancak sığır, koyun, keçi, kedi ve köpekler dahil diğer evcil memelilerde bulunabilir. Enfeksiyon, spor benzeri küçük hücreli bir varyantın solunmasından ve enfekte hayvanların süt, idrar, dışkı, vajinal mukus veya meni ile temastan kaynaklanır. Nadiren hastalık kene kaynaklıdır. Kuluçka süresi 9-40 gündür. İnsanlar Q hummasına karşı savunmasızdır. Ateş ve enfeksiyon birkaç organizmadan bile kaynaklanabilir. Bakteri zorunlu hücre içi bir patojendir.
Pleomorfizm mikrobiyolojide bazı mikroorganizmaların çevresel koşullara tepki olarak morfolojilerini, biyolojik işlevlerini veya üreme modlarını değiştirme yeteneğidir. Deinococcaceae bakteri ailesinin bazı üyelerinde pleomorfizm gözlenmiştir. Bakteriyoloji bağlamında pleomorfizmin modern tanımı daha önce sanıldığı gibi bu karakterlerin kalıtsal bir değişikliğinden ziyade tek tek hücrelerin morfolojisinin veya fonksiyonel işlevlerinin varyasyonuna dayanmaktadır.
Kan dolaşımı enfeksiyonları, enfeksiyonlar bakteriyelolduğunda bakteriyemileri ve enfeksiyonlar mantar olduğunda fungemileri içeren septisemi, kan'da oluşan enfeksiyonlardır. Kan normalde steril bir ortamdır bu nedenle kandaki mikrop'ların bulunması daima anormal bir durumdur. Kan dolaşımı enfeksiyonu, konakçının bakterilere verdiği tepki olan sepsis'ten farklıdır.
Hücre zarfı, bir bakterinin iç hücre zarını ve hücre duvarını içerir. Gram-negatif bakterilerde bir dış zar da bulunur. Bu zarf, hücre duvarının bulunmadığı Mollicute'lerde mevcut değildir.
