Adenin, toplam iki tane olan pürin bazlarından biri olan moleküldür. DNA ve RNA nükleik asitlerinin nükleotidlerinde bulunur. Adenin, DNA'da timine, RNA'da ise urasile hidrojen bağlarıyla bağlanarak içinde bulunduğu nükleik asidin yapısını sabitleştirir.
Karbon, doğada yaygın bulunan ametal kimyasal elementtir. Evrende bolluk bakımından altıncı sırada yer alan karbon, kızgın yıldızlarda hidrojenin termonükleer yanmasında temel rol oynar. Dünyada hem doğal halde, hem de başka elementlerle bileşik halinde bulunan karbon, ağırlık olarak Dünya'nın yerkabuğunun yaklaşık %0,2'sini oluşturur. En arı (katışıksız) biçimleri elmas ve grafittir; daha düşük arılık derecelerinde maden kömürünün, kok kömürünün ve odun kömürünün bileşeni olarak bulunur. Atmosferin yaklaşık % 0,05'ini oluşturan ve bütün doğal sularda erimiş olarak bulunan karbon dioksit, kireç taşı ve mermer gibi karbonat mineralleri, kömürün, petrolün ve doğalgazın başlıca yapıtaşları olan hidrokarbonlar, en bol bulunan bileşikleridir.
Deoksiriboz veya bilinen adlarıyla D-Deoksiriboz ve 2-deoksiriboz, beş karbon atomu içeren ve aldehit grubu barındıran aldopentozların bir üyesidir. Deoksiriboz, penton riboz şekerinin 2 pozisyonundaki hidroksil grubunun hidrojen ile yer değiştirmesiyle oluşur, yani bu bir oksijen atomunun kaybı ile sonuçlanır. Hidroksil grubunun değişmesi aynı zamanda, halka yapısını C3'-endo pozisyonundan C2'-endo olacak şekilde değiştirir. Bu molekül, 1929 yılında Phoebus Levene tarafından keşfedilmiştir ve DNA nükleik asidinin önemli bir yapıtaşıdır.
Nükleik asitler, bütün canlı hücrelerde ve virüslerde bulunan, nükleotid birimlerden oluşmuş polimerlerdir. En yaygın nükleik asitler deoksiribonükleik asit (DNA) ve ribonükleik asit (RNA)'dır. İnsan kromozomlarını oluşturan DNA milyonlarca nükleotitten oluşur. Nükleik asitlerin başlıca işlevi genetik bilgi aktarımını sağlamaktır.
Monosakkaritler, su ile daha küçük birimlere parçalanamadıklarından basit şekerler, tek şekerler, monozlar olarak da bilinir ler. Bu şekerler karbonhidratların en küçük yapı birimidir. Çoğu Cn(H2O)n formülüne uyar. Bazı monosakkaritler tatlıdır. Zincir veya halkalı yapıya sahip olup, genellikle 3-6 arasında karbon (C) atomu taşırlar. Moleküllerindeki karbon sayılarının Latincelerinin sonuna -oz eki getirilerek gruplandırılırlar. Üç karbonlu olanlar trioz, dört karbonlular teroz, beş karbonlular pentoz, altı karbonlular heksoz adını alırlar. Pentozlardan riboz (C5H10O5) ve deoksiriboz (C5H10O4) nükleik asitlerin yapısına girer. Hücre zarından difüzyon ile kolay geçebilirler.
'Adenozin trifosfat, hücre içinde bulunan çok işlevli bir nükleotittir. İngilizce Adenosine Triphosphateden ATP olarak kısaltılır. En önemli işlevi hücre içi biyokimyasal reaksiyonlar için gereken kimyasal enerjiyi taşımaktır. Fotosentez ve hücre solunumu sırasında oluşur. ATP bunun yanı sıra RNA sentezinde gereken dört monomerden biridir. Ayrıca ATP, hücre içi sinyal iletiminde protein kinaz reaksiyonu için gereken fosfatın kaynağıdır. 3 tane fosfattan oluşur.
Pürin (1), heterosiklik, aromatik bir organik bileşik bir molekül. Birbiriyle kaynaşmış imidazol ve pirimidin halkalarından oluşur. Pürin molekülü türevleri genel olarak "pürinler" olarak adlandırılır. Pürinler ve pirimidinler azotlu bazlar arasında yer alan iki gruptur. Bu bazlar deoksiribonükleotitler ve ribonükleotitlerin içinde yer alarak hücrelerdeki genetik bilginin kodlanmasında önemli bir rol oynarlar. DNA ve RNA'nın canlılardaki yaygınlığı nedeniyle, pürinler doğada en çok görülen azotlu heterosiklik bileşiklerdir.
Oksidatif fosforilasyon, canlılarda enerji kaynağı olarak kullanılan ATP sentezinde kullanılan yollardan biridir. Fosforilasyon olarak da adlandırılan ATP sentezi başlıca dört yoldan gerçekleştirilir.
- Oksidatif fosforilasyon
- Substrat düzeyinde fosforilasyon
- Fotofosforilasyon (fotosentezde)
- Kemofosforilasyon (kemosentezde)
Nükleotit, bir fosfat, beş karbonlu bir şeker ve bir azotlu organik bazdan oluşan bir kimyasal bileşiktir. En yaygın nükleotitler nükleik asitlerin yapı taşlarıdır. Ayrıca koenzim A, flavin adenin dinükleotit, flavin mononükleotit, adenozin trifosfat ve nikotinamid adenin dinükleotid fosfat gibi koenzimler de nükleotittir. Koenzimlerin hücre metabolizması ve sinyal iletiminde önemli rolleri vardır.
Nikotinamid adenin dinükleotid (NAD+) hücrelerde bulunan önemli bir koenzimdir. Elektron taşıyarak indirgenme potansiyelinin moleküller arasında aktarılmasında rol oynar.
Fosforilasyon, bir fosfat grubunun organik moleküle bağlanmasıdır. Fosfat grubunun ayrılması ise defosforilasyon olarak adlandırılır.
Pentoz beş karbon atomlu bir monosakkarittir.
Bir deoksiribonükleotit, DNA'nın, yani deoksiribonükleik asidin, bir monomeri veya bir tek birimidir. Her deoksribonüklotit üç bölümden oluşur: Bir azotlu baz (nükleobaz), bir deoksiriboz şekeri ve bir veya daha fazla fosfat grubu. Deoksiribozun ribozdan farkı, 2' konumlu karbonda bir -OH grubu yerine bir proton (hidrojen) bulunmasıdır. Nükleobaz, deoksiribozun 1' konumuna bağlıdır. Fosfat grubu şekerin 5' karbonuna bağlıdır.
Ribuloz, bir tür beş karbon atomuna sahip monosakkarittir. Bir ketoz grubu barındırdığı için ribuloz bir ketopentozdur. Ribulozun kimyasal formülü C5H10O5 şeklindedir. Molekülün iki farklı enantiyomeri mevcuttur. Bunlar:
- D-ribuloz (D-eritro-pentuloz)
- L-ribuloz (L-eritro-pentuloz) şeklindedir. D-ribuloz, D-ksiluloz'un diastereomeridir.
Ksiluloz, beş karbonlu bir monosakkarittir. Beş karbona ek olarak bir keton grubu barındırdığından ötürü, ksiluloz bir ketopentozdur. Kimyasal formülü C5H10O5 şeklindedir. Doğada ksilulozun L- ve D-enantiyomerleri mevcuttur.
Arabinoz, beş karbon içeren aldozlar anlamına gelen aldopentozların bir üyesidir. Bu molekülün formülü C5H10O5 olup, bir aldehit (CHO) grubu içerir. Molekül ağırlığı 150.13 g/mol'dür.
Liksoz, beş karbon içeren aldozlar anlamına gelen aldopentozların bir üyesidir. Bu molekülün formülü C5H10O5 olup, bir aldehit (CHO) grubu içerir. Molekül ağırlığı 150.13 g/mol'dür. Liksoz, doğada çok nadir bulunan bir karbonhidrat olup bilinen en yaygın kaynağı bakteriyel glikolipitlerdir.
Deoksi şekeri, hidroksil grubu yerine bir hidrojen atomu içeren şekerlerdir. Örnekleri aşağıdaki gibidir;
Nükleotit trifosfat, üç fosfatlı bir nükleotittir. Doğal nükleotit trifosfatlar arasında adenozin trifosfat (ATP), guanozin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), timidin trifosfat (TTP) ve üridin trifosfat (UTP) bulunur. Bu terimler riboz içeren nükleotit trifosfatlar için kullanılır. Deoksiriboza içeren nükleotit trifosfatların adında ise deoksi- öneki bulunur: deoksiadenozin trifosfat (dATP), deoksiguanozin trifosfat (dGTP), deoksisitidin trifosfat (dCTP), deoksitimidin trifosfat (dTTP) ve deoxyüridin trifosfat. Nükleotit maddesine bakıp bu bileşiklerin ayrıntılı tanımlarını görebilirsiniz.
Nükleozit veya nükleosit, azot içeren halka yapılı bir bileşiğin, bir şeker molekülüne glikosidik bağla bağlanarak oluşturduğu yapı. En yaygın nükleozitlerde şeker genellikle riboz veya deoksiriboz, azot bileşiği ise pirimidin veya pürin bazlarıdır. Fosforilasyona uğramaları halinde bir nükleotit oluşturan nükleozitler, nükleik asitlerin temel yapıtaşlarından biridir.
