İçeriğe atla

Proteobakteriler

Proteobacteria
Escherichia coli
Biyolojik sınıflandırma Bu sınıflandırmayı düzenle
Üst âlem:Bacteria
Alt âlem:Negibacteria
Şube:Proteobacteria
Garrity et al. 2005[2]
Sınıflar [1]

Proteobakteriler (Proteobacteria), bakteriler üstaleminin ana gruplarından birisini meydana getiren ve önemli cins ve türleri içeren şubesidir. Çeşitli hastalık etmenleri (Escherichia, Salmonella, Vibrio, Helicobacter gibi) ve başka çok bilinen cinsler bu gruba dahildir.[3] Ayrıca doğada serbest yaşayan türleri ve azot fiksasyonundan sorumlu pek çok bakteri türünü de içerir. Bu grup ribozomal RNA (rRNA) dizinlerine göre tanımlanmıştır. Bakteri biçimlerinin çeşitliliğinden dolayı grup, ismini Yunan mitolojisinde yer alan, her şekle girebilen tanrı Proteus'tan almıştır. (Proteus aynı zamanda Proteobakterilerde yer alan bir cinsin de adıdır.)

Proteobakteriler Gram-negatif özelliklidir, dış zarları başlıca lipopolisakkaritlerden oluşur. Çoğu flagella ile hareket eder ama bazıları hareketsizdir veya bakteriyel kayma kullanırlar. Bu sonuncu yöntemi kullananlar arasında bulunan Miksobakteriler, kümeleşerek çok hücreli "meyve gövdeleri" oluştururlar. Metabolizma tipleri bakımından da bu grupta büyük bir çeşitlilik vardır. Çoğu seçmeli veya zorunlu anaerobik ve heterotrofiktir ama pek çok istisna da mevcuttur. Birbiriyle yakın ilişkisi olmayan bazı cinsler fotosentez yoluyla ışığı enerjiye dönüştürürler. Bunlar kırmızımsı pigmentlerini kullanan mor bakterilerdir.

Bölüm veya sınıflar

"Proteobacteria" filogenetik şeması
 

Acidobacteria (Şube)

 
 
 

Deltaproteobacteria

 
 
 

Epsilonproteobacteria

 
 
 

Alphaproteobacteria

 
 
 

Zetaproteobacteria

 
 
 

Gammaproteobacteria

 
 

Betaproteobacteria

 
 
 
 
 
 
ARB living tree, iTOL, Bergey ve diğer kaynaklara göre hazırlanan Proteobacteria filogenetik ağacı.
Acidobacteria şubesi, Proteobacteria şubesine dahil olmayıp dış grup olarak verilmiştir.
Acidithiobacillia, Hydrogenophilalia ve Oligoflexia sınıfları şemada gösterilmemiştir.

Proteobakteriler öncelikli olarak ribozomal RNA dizilimine göre sınıflandırılmıştır. İlk başta yunan harfleri (alfa, beta, delta, epsilon ve gamma) ile isimlendirilen 5 sınıf belirlenmiş, daha sonra (bazıları öncesinde alt sınıf olan) Acidithiobacillia,[4] Oligoflexia,[5] Zetaproteobacteria[6] ve Hydrogenophilalia[7] sınıflarının eklenmesiyle, tamamı monofiletik toplam 9 sınıf olmuştur.[8][9]

Alphaproteobacteria

Alfaproteobakteriler çoğunlukla ışığı kullanarak organik madde üreten (fototrof) bakteri cinslerini içerir, ama bunlara ek olarak azot fiksasyonu yapan bakteri türleri, hayvan ve bitki simbiontları (örn. Rhizobia) ve tehlikeli bir patojen grubu olan Rickettsiaceae 'yı da kapsar. Ökaryotik hücrelerdeki mitokondrinin atasının da bu bakteri grubundan kaynaklandığı düşünülmektedir[10] (bkz. endosimbiont teorisi)

Betaproteobacteria

Bordetella_bronchiseptica

Betaproteobakteriler, yıkım yetenekleri bakımından zengin olan aerobik veya seçmeli anaerobik bakteri gruplarından oluşur, ama kemolitotrofik cinsler (örn. amonyak yükseltgeyen Nitrosomonas) ve bazı fototroflar (Rhodocyclus ve Rubrivivax) de içerir. Çoğu doğada, örneğin atık sularda veya toprakta bulunur. Bu sınıfta yer alan patojen türler Neisseriaceae familyasındaki (frengi ve meningoensefalit etmenleri) ve Burkholderia cinsindeki türlerdir.

Vibrio cholerae

Gammaproteobacteria

Gammaproteobakteriler arasında, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae ve Pseudomonadaceae gibi tıbben ve bilimsel olarak önemli sayılan gruplar bulunur. Çok büyük sayıda patojen bu gruba aittir, örneğin Salmonella (enterit and tifo etmeni), Yersinia (veba), Vibrio (kolera), Pseudomonas aeruginosa (hastanede yatan veya kistik fibroz hastalarında görülen akciğer enfeksiyonu).

Desulfovibrio vulgaris

Deltaproteobacteria

Deltaproteobakteriler büyük oranda aerobik cinslerden, meyve gövdesi oluşturan miksobakteriler ve zorunlu anaerobik cinslerin bir dalından oluşur. Bu gruba ait zorunlu anaeroblar arasında sülfat indirgeyici (Desulfovibrio, Desulfobacter, Desulfococcus, Desulfonema, vs.) ve kükürt indirgeyici (örn., Desulfuromonas) bakteriler ve farklı fizyolojileri olan bazı başka anaerobik bakteriler (örn., demir-III indirgeyici Geobacter ve sintrofik Pelobacter ve Syntrophus türleri) bulunur.

Helicobacter pylori

Epsilonproteobacteria

Epsilonproteobakteriler yalnızca birkaç cinsten oluşurlar bunlar başlıca burgulu Wolinella, Helicobacter ve Campylobacter 'dir. Bunlarin hepsi insan ve hayvan sindirim sisteminde ya simbiont olarak (ineklerde Wollinella) ya da patojen olarak (midede Helicobacter, duodenumda Campilobacter) yaşarlar.

Zetaproteobacteria

Demir oksitleyen, nötrofilik, kemoototrof, tüm tatlı su ve deniz ekosistemlerinde yaygın bulunan bakterilerdir. Tip ordosu Mariprofundales'dir.

Hydrogenophilalia

Zorunlu termofildirler. Heterotrof veya ototrof olabilirler. Tip ordosu Hydrogenophilales'dir.

Acidithiobacillia

Sülfür, demir ve uranyumu oksitleyebilen ototrof bakterilerdir. Acidithiobacillus gibi ekonomik olarak önemli mikroorganizmaları içeren Acidithiobacillales tip ordosudur.

Oligoflexia

Filamentöz aeroblardır. Tip ordosu Oligoflexales, tip cinsi Oligoflexus'dur.

Kaynakça

  1. ^ "Phylum "Proteobacteria"". LPSN. 19 Nisan 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 12 Temmuz 2021. 
  2. ^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn T. (2005). "Phylum XIV. Proteobacteria phyl. nov.". In: Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM, (Ed.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd edn, vol. 2 (The Proteobacteria), part B (The Gammaproteobacteria),. Springer, New York,. s. 1. 
  3. ^ Madigan, M. and J. Martinko. (eds.) (2005). Brock Biology of Microorganisms. Prentice Hall. ISBN 978-0-13-144329-7. 
  4. ^ Williams KP, Kelly DP. (2013). "Proposal for a new class within the phylum Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., with the type order Acidithiobacillales, and emended description of the class Gammaproteobacteria". Int J Syst Evol Microbiol. 63: 2901-2906. 
  5. ^ Nakai R, Nishijima M, Tazato N, Handa Y, Karray F, Sayadi S, Isoda H, Naganuma T. (2014). "Oligoflexus tunisiensis gen. nov., sp. nov., a Gram-negative, aerobic, filamentous bacterium of a novel proteobacterial lineage, and description of Oligoflexaceae fam. nov., Oligoflexales ord. nov. and Oligoflexia classis nov". Int J Syst Evol Microbiol. 64: 3353-3359. 
  6. ^ Makita H, Tanaka E, Mitsunobu S, Miyazaki M, Nunoura T, Uematsu K, Takaki Y, Nishi S, Shimamura S, Takai K. (2017). "Mariprofundus micogutta sp. nov., a novel iron-oxidizing zetaproteobacterium isolated from a deep-sea hydrothermal field at the Bayonnaise knoll of the Izu-Ogasawara arc, and a description of Mariprofundales ord. nov. and Zetaproteobacteria classis nov". Arch Microbiol. 199: 335-346. 
  7. ^ Boden R, Hutt LP, Rae AW. (2017). "Reclassification of Thiobacillus aquaesulis (Wood & Kelly, 1995) as Annwoodia aquaesulis gen. nov., comb. nov., transfer of Thiobacillus (Beijerinck, 1904) from the Hydrogenophilales to the Nitrosomonadales, proposal of Hydrogenophilalia class. nov. within the 'Proteobacteria', and four new families within the orders Nitrosomonadales and Rhodocyclales". Int J Syst Evol Microbiol. 67: 1191-1205. 
  8. ^ Noel R. Krieg, Don J. Brenner, James T. Staley (2005). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology: The Proteobacteria. Springer. ISBN 978-0-387-95040-2. 
  9. ^ Ciccarelli FD, Doerks T, Von Mering C, Creevey CJ, Snel B, Bork P (2006). "Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life". Science. 311: 1283-1287. doi:10.1126/science.1123061. PMID 16513982. 
  10. ^ Roger AJ, Muñoz-Gómez SA, Kamikawa R (2017). "The origin and diversification of mitochondria". Current Biology. 27 (21): R1177-R1192. doi:10.1016/j.cub.2017.09.015. PMID 29112874. 
  • Madigan, Michael; Martinko, John (editors) (2005). Brock Biology of Microorganisms, 11th ed., Prentice Hall ISBN 0-13-144329-1

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Bakteri</span> mikroorganizma üst âlemi

Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] ( dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.

<span class="mw-page-title-main">Bacillaceae</span>

Bacillaceae Bacillales takımına bağlı bir bakteri familyasıdır. Gıda mikrobiyolojisi açısından önemli bir bakteridir.Endospor oluşturmaları ve sıcaklık uygulamarına dayanıklı olmalarından dolayı diğer bakterilerden belirgin bir şekilde ayrılırlar. Spor oluşturmalarının yanı sıra enzimleri nedeniyle proteinlerin parçalanmasına neden olurlar. Bu familya içerisinde aerob özellikteki Bacillus ve anaerob Clostridium cinsleri ile beraber 106 farklı cins yer almaktadır. Hareketli türlerinde peritriş flagella karakteristik olarak bulunur. Çoğu patojenik değildir, fakat Bacillus ve Clostridium türleri insanlarda hastalık yaparlar.

<span class="mw-page-title-main">Gram negatif bakteri</span> Bakteri ayrımında kullanılan Gram boyasını tutmayan bakteri grubu

Gram-negatif bakteriler Gram boyama prosedürü sırasında kristal viyole boyasını tutmayan bakterilerdir. Gram-pozitif bakteriler, alkolle yıkandıktan sonra mavi rengi tutmaya devam ederlerken, Gram-negatif bakteriler mavi rengi kaybederler. Gram boyama testinde kristal viyoleden sonra bir karşı boya eklenir. Bu boya Gram-negatif bakterileri kırmızı-pembe renge boyar. Bu test, hücre duvarlarının türüne göre çok farklı olan iki bakteri tipini ayırmakta son derece faydalıdır.

<span class="mw-page-title-main">Enterobacterales</span>

Enterobacterales, enterik bakterileri içeren 7 adet familyadan oluşan, Proteobacteria şubesi, Gammaproteobacteria sınıfının içinde yer alan bakteri takımıdır. Takıma ait tipik özellikleri taşıyan familyası Enterobacteriaceae'dir

<i>Cutibacterium acnes</i> Bakteri

Cutibacterium acnes, gram-pozitif, yavaş çoğalan, cildin normal florasında da bulunan bir bakteri türüdür. Akne oluşumunda rol oynadığı bilinmektedir.

<i>Sphingobium</i> Bakteri cinsi

Sphingobium, Proteobacteria şubesinin Sphingomonadaceae familyasından bir bakteri cinsidir. Sphingobium türleri, diğer Sphingomonadales türlerinin aksine, genellikle topraktan izole edilmişlerdir, sadece Sphingobium yanoikuyae klinik bir örnekten elde edilmiştir. Çevresel ortamlarda aromatik ve kloroaromatik bileşikler, nonylfenol ve pentaklorofenol gibi fenoller, (RS)-2-(4-chloro-2-metilfenoksi), propiyonik asit ve heksaklorosiklohekzan gibi herbisitler ve polisiklik aromatik hidrokarbonlar gibi çeşitli kimyasal bileşikleri indirgeyebilirler.

<i>Mycobacterium bovis</i> Bakteri türü

Mycobacterium bovis, yavaş büyüyen, aerobik bir bakteridir ve sığırlarda tüberküloz hastalığı etkenidir. Mycobacterium bovis sığırlardan insanlara geçerek tüberküloz hastalığı oluşturabilmektedir.

<i>Spirillum</i>

Spirillum, Proteobacteria şubesinden, sarmal şeklinde kıvrılmış hücre morfolojisine sahip bir bakteri cinsidir. Bu hücre morfolojisi tipi, bakteriler için, koklar ve basiller ile birlikte üçüncü belirgin hücre tipidir. Spirillum türleri mikroaerofildirler ve organik madde bakımından zengin, durgun, tatlı sularda bol bulunurlar.

<span class="mw-page-title-main">Yeşil kükürt bakterileri</span>

Yeşil kükürt bakterileri, hareketsiz, anoksijenik, fotoototrofik bakterilerdir. Bu yüzden onlar filogenetik olarak farklı gruplandırılırlar.

<span class="mw-page-title-main">Micrococcineae</span>

Micrococcineae, Actinomycetales takımına bağlı bir bakteri alttakımıdır. Bu alttakımın üyeleri Gram-pozitiflerdir.

Paenarthrobacter, Aktinobakteriler sınıfından, Micrococcaceae familyasına ait bir bakteri cinsidir.

Paenarthrobacter ureafaciens, Paenarthrobacter cinsine ait bir bakteri türü. Bu türün polar lipid profili hakkında bilgi mevcut değildir.

Paenarthrobacter ilicis, Paenarthrobacter cinsine üye bir bakteri türüdür. 2016 yılından önce Arthrobacter cinsinin bir üyesi iken, 2016 yılındaki bir düzenleme ile Paenarthrobacter cinsine aktarılmış ve Paenarthrobacter ilicis ismini almıştır.

Paeniglutamicibacter cryotolerans, Aktinobakteriler sınıfından bir bakteri türüdür. Psikrotolerant, halotolerant, Gram-pozitif, hareketli ve fakültatif anaerobiktir. Bir basil-kok döngüsüne sahiptir.

Paeniglutamicibacter, Aktinobakteriler sınıfının Micrococcaceae familyasından bir bakteri cinsidir. 7 türü bulunmaktadır.

<i>Sporohalobacter</i> Bakteri cinsi

Sporohalobacter, Firmicutes şubesi, Halobacteroidaceae familyasına ait anaerobik bir bakteri cinsidir. Aşırı tuzlu ortamlarda yaşayabilen, spor oluşturan bakterilerdir.

<span class="mw-page-title-main">Alphaproteobacteria</span>

Alphaproteobacteria, Proteobacteria şubesinde bir bakteri sınıfıdır. Üyeleri son derece çeşitlidir ve çok az benzerliğe sahiptir ancak yine de ortak bir atadandırlar. Tüm Proteobakteriler gibi, üyeleri gram-negatiftir fakat bazı hücre içi parazit üyeleri peptidoglikandan yoksundur ve bu nedenle gram değişkendir.

<span class="mw-page-title-main">Neomura</span>

Neomura, Arkea ve Ökaryotlar üst âlemlerinden oluşan olası bir kladdır. Grup, 2002 yılında Thomas Cavalier-Smith tarafından adlandırıldı. Adı, bakteriden evrimleştiği hipotezini yansıtan "yeni duvarlar" anlamına gelir ve en büyük değişikliklerden biri, peptidoglikan hücre duvarlarının diğer glikoproteinlerle yer değiştirmesiydi. 2017 Ağustos ayından beri neomuran hipotezi bilim insanları tarafından genel kabul görmüş değildir. Moleküler filogenezler, ökaryotların tüm arkelerle bir klad oluşturmak yerine, bir arke grubuyla yakından ilişkili olduğunu, onlardan evrimleştiğini ve Arkeler ile Bakteriler'in kardeş gruplar olduğunu ortaya koymaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Gammaproteobacteria</span>

Gammaproteobacteria, Pseudomonadota şubesinde yer alan bir bakteri sınıfıdır. Yaklaşık 250 cins içerir ve böylece Prokaryotların cins açısından en zengin taksonunu oluşturur. Tıbbi, ekolojik ve bilimsel açıdan önemli birçok bakteri grubu bu sınıfta yer alır. Tümü Gram-negatif bakterilerden oluşur ve filogenetik ve fizyolojik olarak en çeşitli Proteobacteria sınıfıdır.

Leptospira az sayıda patojenik ve saprofitik türü içeren bir spiroket bakteri cinsidir. Leptospira ilk kez 1907'de "sarı humma"dan öldüğü açıklanan bir leptospiroz kurbanının böbrek dokusu dilimlerinde gözlemlenmiştir.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.