İçeriğe atla

Protein Data Bank

Protein Data Bank (PDB[1]),büyük biyolojik moleküllerin, özellikle proteinler ve nükleik asitlerin üç boyutlu yapısal verilerini içeren bir veri tabanı olarak çalışır. Genellikle X-ışını kristalografisi, NMR spektroskopisi gibi tekniklerle elde edilen deneysel verileri, atomların yeri ve konumunu içeren PDB dosya formatında barındırır. Kriyo-elektron mikroskopisi yöntemi de veri elde etmek için kullanılan yöntemlerden biri olarak öne çıkar. PDBe, PDBj, RCSB ve BMRB gibi üye kuruluşların internet siteleri aracılığıyla herkese açık ve erişilebilirdir. PDB'nin yönetimi Dünya Protein Data Bank (wwPDB) tarafından denetlenmektedir.

PDB yapısal genomik gibi yapısal biyoloji alanlarında kilit bir rol oynamaktadır. Önemli bilimsel dergilerin çoğu ve bazı finansman kuruluşları, bilim insanlarını yapısal verilerini PDB'ye göndermeye zorunlu kılmaktadır. Temel işlevinin ötesinde, PDB, diğer veritabanları tarafından içinde kataloglanan protein yapılarının geniş bir bilimsel yapı içinde önemli bir pozisyona sahiptir. Örneğin, SCOP ve CATH protein yapılarını sınıflandırırken, PDBsum ise PDB kayıtlarının görsel bir özetini sunar ve Gene Ontology gibi çeşitli kaynaklardan gelen bilgileri bir araya getirir.

RCSB Protein Data Bank,[2] yapısal biyoloji alanında bir köşe taşı kaynak olarak durur ve dünya çapındaki araştırmacıların biyolojik makromolekül yapılarının sürekli olarak büyüyen depolamasına erişmelerini, analiz etmelerini ve katkıda bulunmalarını sağlar. Zengin bir geçmişe, geniş veri girişi sayılarına ve standartlaştırılmış bir PDB dosya biçimine sahip olan RCSB PDB, yaşamın moleküler temelini anlama ve geniş bir disiplin yelpazesinde bilimsel keşifleri kolaylaştırmada hayati bir rol oynamaya devam eder.

Protein Data Bank'ın (PDB) ortaya çıkışı

X-ışını difraksiyonu ile belirlenen protein yapısı verilerinin tutulması için bir yere ihtayaç doğmaya başladı. Bunun yanı sıra daha sonra deneysel olarak ortaya çıkarılan yapıların 3B olarak görselleştirmek için kullanılabilir hale gelen 1968'de geliştirilen moleküler grafik ekranı olan Brookhaven RAster Display (BRAD) ortaya çıktı. Bu iki gelişme protein yapılarının saklanabileceği ve tekrar kullanılabileceği bir “arşiv” ihtiyacı doğurdu.

1969'da, Brookhaven Ulusal Laboratuvarı'ndaki Walter Hamilton'ın çabasıyla Edgar Meyer (Texas A&M Üniversitesi), bu atom koordinat dosyalarını ortak bir formatta saklamak ve bunları geometrik ve grafiksel değerlendirme için erişilebilir hale getirmek için bir program yazdı. 1971'de, Meyer'in programlarından biri olan SEARCH, araştırmacılara veritabanından bilgiye uzaktan erişim sağladı. SEARCH, ağ oluşturmayı mümkün kılarak PDB'nin işlevsel başlangıcını oluşturdu.

Protein Data Bank, Ekim 1971'de Nature New Biology dergisinde ilan edildi ve İngiltere'deki Cambridge Kristalografi Veri Merkezi ile ABD'deki Brookhaven Ulusal Laboratuvarı arasında bir ortak girişim olarak duyuruldu.

Hamilton'ın 1973'teki ölümünün ardından, Tom Koeztle, PDB'nin yönetimini sonraki 20 yıl boyunca devraldı. Ocak 1994'te, İsrail'in Weizmann Bilim Enstitüsü'nden Joel Sussman, PDB'nin başına getirildi. Ekim 1998'de, PDB Araştırma İşbirliği yapısı (RCSB) tarafından devralındı; transfer Haziran 1999'da tamamlandı. 2003'te wwPDB'nin kurulmasıyla birlikte, PDB uluslararası bir kuruluş haline geldi.[3] Kurucu üyeler PDBe (Avrupa),RCSB (ABD) ve PDBj (Japonya)'dir. BMRB 2006 yılında katıldı. wwPDB'nin dört üyesi, PDB verileri için depolama, veri işleme ve dağıtım merkezi olarak hareket edebilir. Veri işlemesi, wwPDB personelinin her gönderilen girdiyi gözden geçirdiği ve açıklama eklediği anlamına gelir. Veriler daha sonra otomatik olarak inandırıcılık açısından kontrol edilir (bu doğrulama yazılımının kaynak kodu kamuya ücretsiz olarak sunulmuştur).

Kronoloji

  • 1970'lerin başları: X-ışını difraksiyonu ile belirlenen protein yapısı verilerinin küçük bir koleksiyonu oluşmaya başladı; aynı dönemde 3B moleküler grafik ekranı Brookhaven RAster Display (BRAD) geliştirildi.
  • 1969: Texas A&M Üniversitesi'nden Edgar Meyer, atom koordinat dosyalarını ortak bir formatta saklamak için yazılım geliştirmeye başladı.
  • 1971: Meyer'in SEARCH programı, araştırmacılara veritabanından bilgiye erişim sağladı ve ağ oluşturmaya imkan tanıdı, böylece PDB'nin işlevsel başlangıcı gerçekleşti.
  • 1971: Protein Data Bank (PDB), İngiltere'deki Cambridge Kristalografi Veri Merkezi ile ABD'deki Brookhaven Ulusal Laboratuvarı arasında ortak bir girişim olarak duyuruldu.
  • 1973: Hamilton'ın ölümünün ardından Tom Koeztle, PDB'nin yönetimini devraldı.
  • 1994: İsrail'in Weizmann Bilim Enstitüsü'nden Joel Sussman, PDB'nin başına getirildi.
  • 1998: PDB Araştırma İşbirliği yapısı (RCSB) tarafından devralındı. Helen M. Berman direktör oldu.[4]
  • 1999: RCSB'ye tamamen transfer tamamlandı.
  • 2003: wwPDB'nin kurulmasıyla PDB uluslararası bir kuruluş haline geldi.
  • 2023: Protein Data Bank Çin (PDBÇ), Dünya Protein Data Bank (wwPDB[5]) Ortaklığının Birleşik Üyesi oldu.[6]

PDB dosya biçimi

Protein Data Bank (PDB) dosya biçimi, Protein Data Bank'ta bulunan moleküllerin üç boyutlu yapılarını açıklayan metin tabanlı bir dosya biçimidir ve daha sonra mmCIF biçimi tarafından takip edilmiştir. Bu nedenle PDB biçimi, protein ve nükleik asit yapılarının açıklaması ve açıklaması için kullanılır; bunlar arasında atom koordinatları, ikincil yapı atamaları ve atom bağlantıları bulunur. Ayrıca deneysel meta veriler de depolanır. PDB biçimi, biyolojik makromoleküllerle ilgili verileri tutan Protein Data Bank'ın eski dosya biçimidir ve daha yeni mmCIF dosya biçiminde veri saklar.[7]

Her PDB dosyası, RCSB PDB'deki tek bir girişe karşılık gelir ve genellikle atomların üç boyutlu koordinatları, bağ uzunlukları ve açıları hakkında bilgiler, simetri operatörleri ve yapıdaki ligandlar ile çözücü molekülleri hakkındaki bilgiler gibi verileri içerir. PDB biçimi, yıllar içinde artan yapısal verilerin karmaşıklığı ve çeşitliliğine uyum sağlamak için birkaç kez revize edilmiş ve genişletilmiştir.

PDB dosya formatı belirli değişkenleri belli bir formatta saklar. Bazı değişkenlerin her dosyada bulunması gerekirken bazılarının ise olma zorunluluğu yoktur. Her dosyanın içerdiği satırların açıklamaları aşağıdaki tabloda yer almaktadır:

KAYIT TÜRÜMEVCUTLUKKOŞULLARİSTEĞE BAĞLI
HEADER Zorunlu Giriş başlığı.
OBSLTE İsteğe Bağlı Yenisiyle değiştirilmiş girişlerde kullanılır.
TITLE Zorunlu Giriş başlığı.
SPLIT İsteğe Bağlı Büyük makromoleküler kompleksler birden fazla PDB girişine bölündüğünde kullanılır.
CAVEAT İsteğe Bağlı Hatalar gibi açık durumlar olduğunda kullanılır.
COMPND Zorunlu Bileşik adı ve diğer bileşik bilgileri.
SOURCE Zorunlu Kaynağın adı ve diğer bilgileri.
KEYWDS Zorunlu Anahtar kelimeler.
EXPDTA Zorunlu Deney yöntemi ve diğer ilgili bilgiler.
NUMMDL İsteğe Bağlı NMR ansambl girişleri için gerekli.
MDLTYP İsteğe Bağlı NMR minimize edilmiş ortalama yapıları veya tüm polimer zinciri C alfa veya P atomları içeriyorsa gerekli.
AUTHOR Zorunlu Yazar bilgileri.
REVDAT Zorunlu Revizyon tarihleri ve açıklamaları.
SPRSDE İsteğe Bağlı Yenisiyle değiştirilmiş bir giriş olduğunda gerekli.
JRNL İsteğe Bağlı Deneyi tanımlayan bir yayın olduğunda gerekli.
REMARK 0 İsteğe Bağlı Yeniden düzeltilmiş bir yapı için gerekli.
REMARK 1 İsteğe Bağlı Genel açıklama için kullanılır.
REMARK 2 Zorunlu Giriş hakkında ayrıntılı bilgi.
REMARK 3 Zorunlu Giriş hakkında ek ayrıntılı bilgi.
REMARK N İsteğe Bağlı Belirli koşullar altında kullanılır.
DBREF İsteğe Bağlı Tüm polimer zincirleri için kullanılır.
DBREF1/DBREF2 İsteğe Bağlı Belirli dizi veritabanı erişimi ve/veya sıra numaralandırma uygun değilse kullanılır.
SEQADV İsteğe Bağlı Dizi çakışması varsa kullanılır.
SEQRES Zorunlu ATOM kayıtları varsa kullanılır.
MODRES İsteğe Bağlı Koordinatlarda değiştirilmiş grup varsa kullanılır.
HET İsteğe Bağlı Su dışında standart olmayan grup varsa kullanılır.
HETNAM İsteğe Bağlı Su dışında standart olmayan grup varsa kullanılır.
HETSYN İsteğe Bağlı Standart olmayan grupların senonimleri.
FORMUL İsteğe Bağlı Su dışında standart olmayan grup veya su varsa kullanılır.
HELIX İsteğe Bağlı Alfa sarmal yapısı.
SHEET İsteğe Bağlı Beta yapısı.
SSBOND İsteğe Bağlı Bir disülfit bağı varsa kullanılır.
LINK İsteğe Bağlı Polimer zincirlerinde standart olmayan bileşikler varsa kullanılır.
CISPEP İsteğe Bağlı Sis izomeri bilgisi.
SITE İsteğe Bağlı Bağlama alanları.
CRYST1 Zorunlu Kristal parametreleri.
ORIGX1 ORIGX2 ORIGX3 Zorunlu Koordinat dönüş matrisleri.
SCALE1 SCALE2 SCALE3 Zorunlu Koordinat dönüş matrisleri.
MTRIX1 MTRIX2 MTRIX3 İsteğe Bağlı Asimetrik ünitenin oluşturulması gerekiyorsa kullanılır.
MODEL İsteğe Bağlı Birden fazla model varsa kullanılır.
ATOM İsteğe Bağlı Standart kalıntılar varsa kullanılır.
ANISOU İsteğe Bağlı Birkutuplu atomun termal titreşim bilgisi.
TER İsteğe Bağlı Polimer zincirleri varsa kullanılır.
HETATM İsteğe Bağlı Standart olmayan grup varsa kullanılır.
ENDMDL İsteğe Bağlı MODEL beliriyorsa kullanılır.
CONECT İsteğe Bağlı Standart olmayan grup varsa ve LINK veya SSBOND kayıtları varsa kullanılır.

Kaynakça

  1. ^ "Protein Data Bank". 11 Kasım 1998 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  2. ^ "Protein Data Bank – Protein Data Bank Tanıyalım". 15 Ağustos 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  3. ^ Berman, Helen; Henrick, Kim; Nakamura, Haruki (2003). "Announcing the worldwide Protein Data Bank". Nature Structural & Molecular Biology (İngilizce). 10 (12): 980-980. doi:10.1038/nsb1203-980. ISSN 1545-9985. 3 Şubat 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 19 Ağustos 2023. 
  4. ^ eresblog (15 Ağustos 2023). "Protein Data Bank - Protein Data Bank Tanıyalım". ERES Biyoteknoloji. 15 Ağustos 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 19 Ağustos 2023. 
  5. ^ "wwPDB". 27 Kasım 2003 tarihinde kaynağından arşivlendi. 
  6. ^ "Wenqing Xu, Sameer Velankar, Ardan Patwardhan, Jeffrey C. Hoch, Stephen K. Burley, Genji Kurisu. (2023) Announcing launch of Protein Data Bank China (PDBc) as an Associate Member of the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) Partnership Acta Cryst. D, submitted" (PDF). 19 Ağustos 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 19 Ağustos 2023. 
  7. ^ Burley, S.K., Berman, H.M., Kleywegt, G.J., Markley, J.L., Nakamura, H., Velankar, S. (2017). Protein Data Bank (PDB): The Single Global Macromolecular Structure Archive. In: Wlodawer, A., Dauter, Z., Jaskolski, M. (eds) Protein Crystallography. Methods in Molecular Biology, vol 1607. Humana Press, New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7000-1_26

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Protein</span> polipeptitlerin işlevsellik kazanması sonucu oluşan canlıların temel yapı birimi

Proteinler, bir veya daha fazla uzun amino asit artık zincirini içeren büyük biyomoleküller ve makromolekül'lerdir. Proteinler organizmalar içinde, hücrelere yapı ve organizmalar sağlayarak ve molekülleri bir konumdan diğerine taşıyarak metabolik reaksiyonları katalizleme, DNA kopyalama, uyaranlara yanıt verme dahil olmak üzere çok çeşitli işlevler gerçekleştirir. Proteinler, genlerinin nükleotit dizisi tarafından dikte edilen ve genellikle faaliyetini belirleyen özel 3D yapıya protein katlanmasıyla sonuçlanan amino asit dizilimlerinde birbirlerinden farklıdır.

<span class="mw-page-title-main">DNA</span> Canlıların genetik bilgilerini barındıran molekül

Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.

JPEG, Joint Photographic Experts Group tarafından standartlaştırılmış bir sayısal görüntü kodlama biçimidir. Bu biçim, 1994 yılında ISO 10918-1 adıyla standartlaşmıştır.

<span class="mw-page-title-main">FLAC</span> ses kodlama formatı

FLAC dijital sesin kayıpsız olarak sıkıştırılması için kullanılan bir ses kodlama formatıdır ve aynı zamanda referans kod çözümü uygulamasının adıdır. FLAC algoritması ile sıkıştırılmış sayısal ses orijinal boyutunun% 50-60'ına kadar indirgenebilir ve orijinal ses verilerinin özdeş bir kopyasına dek sıkıştırma yapabilir. Örneğin sıkıştırılmamış 1 dakikalık WAV dosyası boyutu yaklaşık 10 MB iken, FLAC dosyası 4,2-6,3 MB arasındadır.

<span class="mw-page-title-main">Optik disk</span>

Bilgisayarcılık, seslerin çoğaltılması ve video sektöründe optik disk düz, çembersel, genellikle polikarbonat bir disktir ve bunun üstündeki veriler depolanmış olarak çıkıntılar halinde içerisindeki düz bir yüzeyde bulunmaktadır. Bu verilere genellikle, disk üzerindeki özel bir maddenin bir lazer diyot vasıtasıyla ışıma yaptırılmasıyla erişilir. Çıkıntılar yansıyan lazer ışığının biçimini bozar.

Anlamsal ağ, web içeriklerinin sadece doğal dillerde değil, aynı zamanda ilgili yazılımlar tarafından anlaşılabilir, yorumlanabilir ve kullanılabilir bir biçimde ifade edilebileceği, böylece bu yazılımların veriyi kolayca bulmasını, paylaşmasını ve bilgiyi birleştirmesini sağlamayı amaçlayan, gelişen bir internet eklentisidir.

<span class="mw-page-title-main">Alfa sarmal</span>

Protein ikincil yapısında yaygın bir motif olan alfa sarmal (α-sarmal), sağ-elli burgulu bir biçimdir, omurgadaki her bir N-H grubu, kendinden dört amino asit kalıntısı gerideki omurgadaki C=O grubuna bir hidrojen bağı verir. Bu ikincil yapı bazen klasik Pauling-Corey-Branson alfa sarmalı olarak da adlandırılır. Proteinlerin lokal yapı tipleri arasında α-sarmal, en düzenli olan, diziden öngörüsü yapılması en kolay olan ve ayrıca en yaygın olandır.

Biyomoleküler yapı biyomoleküllerin yapısıdır. Bu moleküllerin yapısı genelde birincil, ikincil, üçüncül ve dördüncül yapı olarak ayrılır. Bu yapının iskeleti, molekül içinde birbirine hidrojen bağları ile bağlanmış ikincil yapı elemanları tarafından oluşturulur. Bunun sonucunda protein ve nükleik asit yapı bölgeleri oluşur.

Proteinler her organizmada bulunan önemli bir makromolekül sınıfıdır. Proteinler, 20 farklı tip L-α-amino asitten meydana gelen polimerlerdir. Amino asitler birbiriyle reaksiyona girdikten sonra meydana gelen polimerde bu amino asitlerden arta kalan birimlere amino asit kalıntısı denir. 40 kalıntıdan daha kısa olan zincirler için protein yerine genelde peptit terimi kullanılır. Biyolojik fonksiyonlarını yerine getirebilmek için proteinler uzay içinde belli bir biçim alacak şekilde katlanırlar. Bu katlanmayı yönlendiren güçler, protein atomları arasındaki hidrojen bağı, iyonik etkileşimler, van der Waals kuvvetleri ve hidrofobik istiflenme gibi, kovalent olmayan etkleşimlerdir. Proteinlerin işlevlerini moleküler düzeyde anlayabilmek için genelde onları üç boyutlu yapısının çözülmesi gerekir. Protein yapısını çözmek için X-ışını kristalografisi ve NMR spektroskopisi kullanılır, bunlar yapısal biyolojinin başlıca yöntemleri arasında yer alır.

<span class="mw-page-title-main">Protein ikincil yapısı</span>

Biyokimya ve yapısal biyolojide ikincil yapı, protein veya nükleik asit (DNA/RNA) gibi biyopolimerlerin yerel parçalarının genel, üç boyutlu biçimleridir. Buna karşın, atomlarının üç boyutlu uzaydaki konumları üçüncül yapı tanımlamasına girer.

Bir açık dosya biçimi, sayısal verileri saklamak için genellikle standart organizasyonları tarafından yayımlanmış ve herkesçe kullanılıp uyarlanılabilicek belirtimlerdir. Örneğin açık biçimler hem sahipli hem de ücretsiz ve özgür yazılımlarda her birinde kullanılan tipik yazılım lisanslarıyla birlikte kullanılabilir. Açık biçimlerin aksine kapalı biçimlerde ticari sırlar olduğu kabul edilir. Açık biçimler eğer telif hakkı, patent, ticari marka ve benzeri diğer kısıtlamalar içermiyor ve herkes istediği amaçla maddi bir maliyet olmaksızın kullanabiliyorsa özgür dosya biçimleri olarak anılır.

<span class="mw-page-title-main">X ışını kristalografisi</span> bir kristalin atomik veya moleküler yapısını belirlemek için kullanılan, sıralanmış atomların gelen X-ışınları demetinin belirli yönlere kırılmasına neden olduğu teknik

X ışını kristalografisi bir kristalin atomik ve moleküler yapısını incelemek için kullanılan ve kristalleşmiş atomların bir X-ışını demetindeki ışınların kristale özel çeşitli yönlerde kırınımı olayına dayanan, bir yöntemdir. Kırınıma uğrayan bu demetlerin açılarını ve genliklerini ölçerek bir kristalografi uzmanı kristaldeki elektronların yoğunluğunun üç boyutlu bir görüntüsünü elde edebilir. Bu elektron yoğunluğundan kristaldeki atomların kimyasal bağları, kristal yapıdaki düzensizlikler ve bazı başka bilgilerle birlikte ortalama konumları tespit edilebilir.

<span class="mw-page-title-main">Yapısal biyoinformatik</span>

Yapısal biyoinformatik bir biyoinformatik dalı. Protein, RNA ve DNA gibi biyoloji makromolekülleriin 3D yapılarının tahmini ve analizi ile ilgilenir.

<span class="mw-page-title-main">Yapı</span> bir nesne veya sistemdeki birbiriyle ilişkili unsurların düzenlenmesi ve organizasyonu veya bu şekilde organize edilmiş nesne veya sistem

Yapı, maddi bir nesne veya sistemdeki birbiriyle ilişkili unsurların düzenlenmesi ve organizasyonu veya bu şekilde organize edilmiş nesne veya sistemdir. Maddi yapılar, binalar ve makineler gibi insan yapımı nesneleri ve biyolojik organizmalar, mineraller ve kimyasallar gibi doğal nesneleri içerir. Soyut yapılar bilgisayar bilimlerindeki veri yapılarını ve müzik formunu içerir. Yapı türleri arasında bir hiyerarşi, çoktan çoğa bağlantılar içeren bir bağlantı veya uzayda komşu olan bileşenler arasındaki bağlantıları içeren bir kafes bulunur.

<span class="mw-page-title-main">I-TASSER</span>

I-TASSER amino asit sekanslarından protein moleküllerinin üç boyutlu yapısını tahmin etmek için kullanılan bir biyoinformatik yöntemi. Katlama tanıma adı verilen bir teknikle Protein Veri Bankası'ndan yapı şablonlarını algılar. Kopya değiştirme Monte Carlo simülasyonları kullanılarak katlanma şablonlarından yapısal parçalar yeniden bir araya getirilerek tam uzunlukta yapı modelleri oluşturulur. I-TASSER, topluluk çapındaki CASP deneylerine göre en başarılı protein yapısı tahmin yöntemlerinden biridir.

<span class="mw-page-title-main">Açık veri</span>

Açık veriler, bazı verilerin telif hakkı, patent veya diğer kontrol mekanizmaları kısıtlaması olmaksızın herkesin istediği gibi kullanması ve yeniden yayınlaması için serbestçe erişilebilir olması gerektiği fikridir. Açık kaynaklı veri hareketinin amaçları, açık kaynaklı yazılım, donanım, açık içerik, açık eğitim, açık eğitim kaynakları, açık hükûmet, açık bilgi, açık erişim, açık bilim ve açık web gibi diğer "açık (-kaynak)" hareketlerininkine benzerdir. Paradoksal olarak, açık veri hareketinin büyümesi, fikrî mülkiyet haklarındaki artışla paraleldir. Açık verinin arkasındaki felsefe uzun süredir kurulmuştur, ancak internet ve World Wide Web'in yükselişi ve özellikle Data.gov, Data.gov.uk ve Data.gov.in gibi açık veri yönetimi girişimlerinin lansmanları ile popülerlik kazanan "açık veri" terimi günceldir.

<span class="mw-page-title-main">Çinko parmak</span>

Çinko parmak, ait olduğu proteindeki katlanmayı stabilize etmek için bir veya daha fazla çinko iyonunun (Zn2+) koordinasyonu ile karakterize edilen küçük bir protein yapısal motifidir. Genellikle çok domainli proteinlerde metal bağlayıcı bir alan olarak görülür.

<span class="mw-page-title-main">Yapısal biyoloji</span>

Yapısal biyoloji, biyolojinin özellikle amino asitlerden yapılmış olan proteinler, nükleotitlerden yapılmış RNA ve DNA gibi nükleik asitler ve lipitlerden oluşmuş membranlar olmak üzere biyolojik makromoleküllerin yapılarını ve uzamsal dizilişlerini inceleyen bir dalıdır. Yapısal biyoloji asıl olarak biyofizik yöntemleri ile makromoleküllerin atom düzeyinde üç boyutlu yapılarının belirlenmesi, yapısal değişikliklerinin temel prensipleri, moleküler hareketlerin analizi ve bu yapıların dinamiği ile ilgilenir. Makromoleküller hücrelerin hemen hemen tüm işlevlerini yerine getirir ve bunu da yapabilmek için belirli üç boyutlu şekillere girerler. Moleküllerin "üçüncül yapı"sı olarak adlandırılan bu yapılar her molekülün temel bileşimi ya da "birincil yapı"ları ile karmaşık bir şekilde bağlantılıdır.

<span class="mw-page-title-main">Helen M. Berman</span> Amerikalı kimyager

Helen Miriam Berman, Rutgers Üniversitesi'nde Kimya ve Kimyasal Biyoloji alanında Yönetim Kurulu Profesörü ve RCSB Protein Veri Bankası'nın eski yöneticisidir. Yapısal bir biyolog olan çalışmaları, protein-nükleik asit komplekslerinin yapısal analizini ve suyun moleküler etkileşimlerdeki rolünü içermektedir. Aynı zamanda Nükleik Asit Veritabanının kurucusu ve yöneticisidir ve Protein Yapısı Girişimi Yapısal Genomik Bilgi Tabanını yönetmiştir.

IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY, ruhsatlı ilaçların ve diğer küçük moleküllerin biyolojik hedefleri hakkında bilgi sağlayan bir portal görevi gören açık erişimli bir web sitesidir. Guide to PHARMACOLOGY Uluslararası Temel ve Klinik Farmakoloji Birliği (IUPHAR) ve Britanya Farmakoloji Topluluğu (BPS) arasında ortak bir girişim olarak geliştirilmiştir. Bu, orijinal 2009 IUPHAR Veritabanının yerini almakta ve onu genişletmektedir. Guide to PHARMACOLOGY, tüm farmakolojik hedeflere ilişkin kısa ve öz bir genel bakış sunmayı, bilimsel ve klinik toplulukların tüm üyeleri ve ilgili kamuoyu tarafından erişilebilir olmayı ve seçilmiş bir dizi hedefe ilişkin ayrıntılara bağlantılar sağlamayı amaçlamaktadır. Sunulan bilgiler arasında farmakolojik veriler, hedef ve gen isimlendirmesinin yanı sıra ligandlar için düzenlenmiş kimyasal bilgiler de yer almaktadır. Her bir hedef ailesine ilişkin genel bakışlar ve yorumlar, temel referanslara bağlantılar ile birlikte yer almaktadır.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.