İçeriğe atla

Protein-protein etkileşimi

At nalına benzeyen ribonükleaz inhibitörü (tel şeklinde gösterilen), ribonükleaz proteiniyle bir protein-protein etkileşimi gerçekleştirmiş. İki protein arasındaki temaslar renkli yamalarla gösterilmiştir.

Protein-protein etkileşimleri (PPE), iki veya daha fazla protein molekülü arasında kurulan yüksek spesifikliğe sahip fiziksel temaslardır. Hidrojen bağı, elektrostatik kuvvetler ve hidrojen bağı gibi etkileşimlerin yönlendirdiği biyokimyasal olaylardır.

Proteinler daha çok düzenleyici işlev gördüğünden nadiren kendi başlarına hareket ettikleri görülür. Bir hücredeki birçok moleküler süreç, kendi PPE'leri tarafından organize edilmiş sayısız proteinden meydana gelen moleküler makineler tarafından gerçekleştirilir. Bu fizyolojik etkileşimler, organizmanın interaktomik yapısını oluşturuken anormal PPE'ler, Creutzfeldt–Jakob ve Alzheimer gibi protein agregasyonu temelli birçok hastalığın nedenidir.

PPE'ler çeşitli metodlarla ve farklı bakış açılarıyla çalışılmıştır: biyokimya, kuantum kimyası, moleküler dinamikler, sinyal transdüksiyonu ve dahası.[1][2][3] Tüm bu bilgi, büyük protein etkileşim ağlarının[4] (metabolik veya genetik/epigenetik ağlara benzer şekilde) oluşturulmasını sağlar. Bu sayede hastalıkların biyokimyasal kaskadı ve moleküler etiyolojisi hakkındaki halihazırda bilinenler artacak.

Kaynakça

  1. ^ Titeca, Kevin; Lemmens, Irma; Tavernier, Jan; Eyckerman, Sven (29 Haziran 2018). "Discovering cellular protein-protein interactions: Technological strategies and opportunities". Mass Spectrometry Reviews. 38 (1). ss. 79-111. doi:10.1002/mas.21574. ISSN 0277-7037. PMID 29957823. 
  2. ^ Herce HD, Deng W, Helma J, Leonhardt H, Cardoso MC (2013). "Visualization and targeted disruption of protein interactions in living cells". Nature Communications. Cilt 4. s. 2660. Bibcode:2013NatCo...4.2660H. doi:10.1038/ncomms3660. PMC 3826628 $2. PMID 24154492. 
  3. ^ Isa, Nur Firdaus; Bensaude, Olivier; Murphy, Shona (5 Şubat 2022). "Amber Suppression Technology for Mapping Site-specific Viral-host Protein Interactions in Mammalian Cells". Bio-protocol. 12 (3). ss. e4315. doi:10.21769/bioprotoc.4315. PMC 8855090 $2. PMID 35284605. 22 Haziran 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 11 Ocak 2024. 
  4. ^ Mashaghi, A.; ve diğerleri. (2004). "Investigation of a protein complex network". European Physical Journal. 41 (1). ss. 113-121. arXiv:cond-mat/0304207 $2. Bibcode:2004EPJB...41..113M. doi:10.1140/epjb/e2004-00301-0. 

Ek okuma

  • Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M (January 2006). "BioGRID: a general repository for interaction datasets". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue). ss. D535-9. doi:10.1093/nar/gkj109. PMC 1347471 $2. PMID 16381927. 
  • Peri S, Navarro JD, Kristiansen TZ, Amanchy R, Surendranath V, Muthusamy B, Gandhi TK, Chandrika KN, Deshpande N, Suresh S, Rashmi BP, Shanker K, Padma N, Niranjan V, Harsha HC, Talreja N, Vrushabendra BM, Ramya MA, Yatish AJ, Joy M, Shivashankar HN, Kavitha MP, Menezes M, Choudhury DR, Ghosh N, Saravana R, Chandran S, Mohan S, Jonnalagadda CK, Prasad CK, Kumar-Sinha C, Deshpande KS, Pandey A (January 2004). "Human protein reference database as a discovery resource for proteomics". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue). ss. D497-501. doi:10.1093/nar/gkh070. PMC 308804 $2. PMID 14681466. 
  • Hermjakob H, Montecchi-Palazzi L, Lewington C, Mudali S, Kerrien S, Orchard S, Vingron M, Roechert B, Roepstorff P, Valencia A, Margalit H, Armstrong J, Bairoch A, Cesareni G, Sherman D, Apweiler R (January 2004). "IntAct: an open source molecular interaction database". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue). ss. D452-5. doi:10.1093/nar/gkh052. PMC 308786 $2. PMID 14681455. 
  • Chatr-aryamontri A, Ceol A, Palazzi LM, Nardelli G, Schneider MV, Castagnoli L, Cesareni G (January 2007). "MINT: the Molecular INTeraction database". Nucleic Acids Research. 35 (Database issue). ss. D572-4. doi:10.1093/nar/gkl950. PMC 1751541 $2. PMID 17135203. 
  • Güldener U, Münsterkötter M, Oesterheld M, Pagel P, Ruepp A, Mewes HW, Stümpflen V (January 2006). "MPact: the MIPS protein interaction resource on yeast". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue). ss. D436-41. doi:10.1093/nar/gkj003. PMC 1347366 $2. PMID 16381906. 
  • Pagel P, Kovac S, Oesterheld M, Brauner B, Dunger-Kaltenbach I, Frishman G, Montrone C, Mark P, Stümpflen V, Mewes HW, Ruepp A, Frishman D (March 2005). "The MIPS mammalian protein–protein interaction database". Bioinformatics. 21 (6). ss. 832-4. doi:10.1093/bioinformatics/bti115. PMID 15531608. 

Dış bağlantılar

Wikimedia Commons'ta Protein-protein etkileşimi ile ilgili ortam dosyaları bulunmaktadır.

İlgili Araştırma Makaleleri

Restriksiyon enzimi veya restriksiyon endonükleazı, çift zincirli DNA moleküllerindeki belli nükleotit dizilerini tanıyan ve her iki zinciri birlikte kesen bir enzim türüdür. Bu özel enzimler, bakteri ve arkelerde bulunurlar ve virüslere karşı bir savunma mekanizmasına aittirler. Konak bakteri hücresinde restriksiyon enzimleri seçici olarak yabancı DNA'ları keserler; konak DNA'yı restriksiyon enziminin etkinliğinden korunmak için bir değiştirme (modifikasyon) enzimi tarafından metillenir. Bu iki süreç toplu olarak restriksiyon modifikasyon sistemi olarak adlandırılır. Bir restriksiyon enzimi DNA'yı kesmek için DNA çift sarmalının her şeker-fosfat omurgasından birer kere olmak üzere iki kesme yapar.

Structural Classification of Proteins veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (domain) elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk kez 1995'te yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.

Bir polimeraz, merkezî işlevi RNA ve DNA gibi nükleik asit polimerleri ile ilgili olan bir enzimdir. Bir polimerazın esas fonksiyonu, mevcut bir DNA veya RNA kalıbı kullanarak, ikileşme veya transkripsiyon süreci içinde, yeni bir DNA veya RNA'nın polimerizasyonudur. Bu enzimler, bir grup başka enzim veya protein eşliğinde, çözeltide bulunan nükleotitleri alırlar ve baz eşleşme etkileşimlerinden yararlanarak, bir polinükleotit iplikçiğin karşısında yeni bir polinükleotit iplikçiğinin sentezini katalizler.

<span class="mw-page-title-main">EcoRV</span>

Escherichia coli' den elde edilen bir kısıtlama enzimi olan EcoRV, en iyi karakterize edilen endonükleazlardan biri olup palindromik (simetrik) dna dizilerini tanıyan ve genellikle homodimerler veya homotetramerler gibi davranan Tip IIP alt sınıfındadır.

Moleküler biyolojide 7SK, metazoan'da bol bulunan küçük bir nükleer RNA`dır. Pozitif transkripsiyon uzatma faktörünün P-TEFb kontrol transkripsiyonunu düzenlemede önemli bir rol oynar. 7SK kompleksinin stabilitesi ve fonksiyonunu düzenleyen diğer proteinler küçük bir nükleer ribonükleoprotein kompleksinde (snRNP) bulunur.

TERC olarak da bilinen telomeraz RNA bileşeni ökaryotlarda bulunan ve telomerazın bir bileşeni olan Kodlamayan RNA'dır. TERC, telomeraz ile telomer replikasyonu için bir kalıp görevi görür. Telomeraz RNA'ları dizi ve yapı açısından omurgalılar, siliatlar ve mayalar arasında büyük farklılıklar gösterir, ancak şablon dizisine yakın bir 5 'sahte düğüm yapıyı paylaşmaktadırlar. Omurgalı telomeraz RNA'larının, 3 'H / ACA snoRNA benzeri alanı vardır.

Küçük çoklu ilaç dayanıklılık protein birçok toksik bileşiğin hücre dışına çıkararak, ilaç dayanaklılığı sağlayan bir integral membran protein ailesi. Bu çıkarma işlemi sırasında aynı vakitte protonların içeri pompalanması olayı gerçekleşir. Örnek olarak Escherichia coli mvrC P23895 metil violojenin hücreye girişini engeller ve etidyum bromidin dışarı atılmasında rol oynar.

<span class="mw-page-title-main">I-TASSER</span>

I-TASSER amino asit sekanslarından protein moleküllerinin üç boyutlu yapısını tahmin etmek için kullanılan bir biyoinformatik yöntemi. Katlama tanıma adı verilen bir teknikle Protein Veri Bankası'ndan yapı şablonlarını algılar. Kopya değiştirme Monte Carlo simülasyonları kullanılarak katlanma şablonlarından yapısal parçalar yeniden bir araya getirilerek tam uzunlukta yapı modelleri oluşturulur. I-TASSER, topluluk çapındaki CASP deneylerine göre en başarılı protein yapısı tahmin yöntemlerinden biridir.

Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.

Oligonükleotitler, genetik test, araştırma ve adli tıpta geniş bir uygulama alanına sahip olan kısa DNA veya RNA molekülleri, oligomerleridir. Laboratuvarda katı faz kimyasal sentezi ile yaygın olarak yapılan bu küçük nükleik asit bitleri, herhangi bir kullanıcı tanımlı diziye sahip tek sarmallı moleküller olarak üretilebilir ve bu nedenle yapay gen sentezi polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) DNA dizileme moleküler klonlama ve moleküler problar için hayati öneme sahiptir. Doğada oligonükleotitler genellikle gen ekspresyonunun düzenlenmesinde işlev gören küçük RNA molekülleri olarak bulunur veya daha büyük nükleik asit moleküllerinin parçalanmasından türetilen bozunma ara maddeleri olarak bulunur.

LPSN, Prokaryotların nomenklatür ve taksonomileri hakkında bilgi sağlayan, taksonomik gereklilikleri ve Prokaryotların isimlendirilmesi için Uluslararası kuralları izleyen online bir veritabanıdır

Memeli Promotör Veritabanı (MPromDb) ChIP-SEQ sayesinde belirlenmiş gen promoterlerini içeren bir veriritabanıdır Yakın promotör bölgesi (akışyukarısına çekirdek promotör bölgesinin yukarısa) çoğu transkripsiyon faktörlerinin (TFS) cis-düzenleyici elementlerini ihtiva eder.

KEGG, genomlar, biyolojik yollar, hastalıklar, ilaçlar ve kimyasal maddelerle ilgili bir veritabanı koleksiyonudur. KEGG, genomik, metagenomik, metabolomik ve diğer omik çalışmalarındaki veri analizi, sistem biyolojisinde modelleme ve simülasyon ve ilaç geliştirmede translasyonel araştırma dahil olmak üzere biyoinformatik araştırma ve eğitim için kullanılır.

Chemical Entities of Biological Interest, kısaca ChEBI, Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü'ndeki (EBI) Açık Biyomedikal Ontolojiler (OBO) çabasının bir parçası olan, 'küçük' kimyasal bileşiklere odaklanan moleküler varlıkların bir kimyasal veritabanı ve ontolojisidir. "Moleküler varlık" terimi, ayrı ayrı ayırt edilebilir bir varlık olarak tanımlanabilen, yapısal veya izotopik olarak farklı herhangi bir atom, molekül, iyon, iyon çifti, radikal, radikal iyon, kompleks, konformer vb. anlamına gelir. Söz konusu moleküler varlıklar ya doğal ürünler ya da potansiyel biyoaktiviteye sahip sentetik ürünlerdir. Proteolitik bölünme yoluyla proteinlerden türetilen nükleik asitler, proteinler ve peptidler gibi doğrudan genom tarafından kodlanan moleküller, kural olarak ChEBI'ye dâhil değildir.

<span class="mw-page-title-main">Helen M. Berman</span> Amerikalı kimyager

Helen Miriam Berman, Rutgers Üniversitesi'nde Kimya ve Kimyasal Biyoloji alanında Yönetim Kurulu Profesörü ve RCSB Protein Veri Bankası'nın eski yöneticisidir. Yapısal bir biyolog olan çalışmaları, protein-nükleik asit komplekslerinin yapısal analizini ve suyun moleküler etkileşimlerdeki rolünü içermektedir. Aynı zamanda Nükleik Asit Veritabanının kurucusu ve yöneticisidir ve Protein Yapısı Girişimi Yapısal Genomik Bilgi Tabanını yönetmiştir.

Unique Ingredient Identifier, bir maddenin moleküler yapısına veya tanımlayıcı bilgisine bağlı alfasayısal bir tanımlayıcıdır ve ABF Gıda ve İlaç İdaresi'nin (FDA) Küresel Madde Kayıt Sistemi (GSRS) tarafından oluşturulur. Maddeleri kimyasal, protein, nükleik asit, polimer, yapısal olarak çeşitli veya karışım olarak sınıflandırır. UNII'ler tescilli değildir, benzersizdir, açıktır ve oluşturulması ve kullanılması ücretsizdir. Bir UNII, "atomdan organizmaya kadar herhangi bir maddeyi" kapsayacak kadar geniş olan, herhangi bir karmaşıklık düzeyindeki maddeler için oluşturulabilir.

ChEMBL veya ChEMBLdb, biyoaktif moleküllerin manuel olarak küratörlüğünü yapılan bir kimyasal veritabanıdır.

<span class="mw-page-title-main">BacDive</span> farklı kaynaklardan tür düzeyinde araştırma verilerini harekete geçirmek, entegre etmek ve serbestçe erişilebilir hale getirmek için standartlaştırılmış bakteri bilgileri veritabanı

BacDive, bakteriyel ve arkeal biyoçeşitlilik hakkında suş bağlantılı bilgi sağlayan bir bakteriyel metaveritabanıdır.

<span class="mw-page-title-main">Biyolojik veritabanı</span> biyolojik bilgi veritabanı

Biyolojik veritabanları, bilimsel deneylerden, yayınlanmış literatürden, yüksek verimli deney teknolojisinden ve hesaplamalı analizlerden toplanan biyolojik bilimler kütüphaneleridir. Genomik, proteomik, metabolomik, mikroarray gen ifadesi ve filogenetik gibi araştırma alanlarından bilgiler içerirler. Biyolojik veritabanlarında yer alan bilgiler arasında gen fonksiyonu, yapısı, lokalizasyonu, mutasyonların klinik etkilerinin yanı sıra biyolojik dizilerin ve yapıların benzerlikleri yer almaktadır.

Moleküler biyolojide 5' başlığı ökaryotlarda mRNA'ların 5' ucuna ters 5'-5'-trifosfat bağıyla eklenen bir 7-metilguanozin molekülüyken bakterilerde NADP gibi dinükleotit polifosfatlar bu işi görür. Transkripsiyonda mRNA'ya yapılan ilk değişikliktir.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.