İçeriğe atla

Protein-ligand yanaştırma (moleküler) yazılımlarının listesi

Halihazırda mevcut olan protein-ligand yanaştırma programlarının sayısı yüksektir ve son on yılda giderek artmıştır. Aşağıdaki liste, en yaygın yanaştırma programlarının bir listesidir. Bu liste programların ilgili yayın yılı, ilgili kuruluş veya kurumu, web hizmetinin kullanılabilirliği ve lisansı ile alakalı genel bir bakış sunmaktadır.

Program Yayımlanma Yılı Organizasyon Web Hizmeti Lisans
1-Click Docking 2011 MculeEvetKullanımı ücretsiz
AADS 2011 Hindistan Teknoloji EnstitüsüEvetKullanımı ücretsiz
ADAM 1994 IMMD Inc.HayırTicari
AutoDock1990 Scripps Araştırma EnstitüsüHayırAçık Kaynak(GNU GPL)
AutoDock Vina2010 Scripps Araştırma EnstitüsüHayırAçık Kaynak (Apache Lisansı)
BetaDock 2011 Hanyang ÜniversitesiHayırÜcretsiz yazılım
Blaster 2009 Kaliforniya San Francisco ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım
BSP-SLIM 2012 Michigan ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım
CABS-dock[1]2015 Varşova ÜniversitesiMevcutAçık Kaynak(MIT Lisansı) (bağımsız uygulama)
Akademik kullanım için ücretsiz (web sunucusu)
DARWIN 2000 Wistar EnstitüsüHayırÜcretsiz yazılım
DIVALI 1995 Kaliforniya San Francisco ÜniversitesiHayırÜcretsiz yazılım
DOCK 1988 Kaliforniya San Francisco ÜniversitesiHayırAkademik kullanım için ücretsiz
DockingServer 2009 Virtua Drug LtdEvetTicari
Docking Study with HyperChem[2]2006 Motonori TsujiHayırTicari
DockVision 1992 DockVisionHayırTicari
DOLINA 2014 Basel ÜniversitesiHayırAkademik
EADock 2007 İsviçre Biyoinformatik EnstitüsüMevcutÜcretsiz yazılım
eHiTS 2006 SymBioSys IncHayırTicari
EUDOC 2001 Mayo Klinik Kanser MerkeziHayırAkademik
FDS 2003 Southampton ÜniversitesiHayırAkademik
Fitted[3]2010 Molecular Forecaster Inc.HayırAkademik kullanım için ücretsiz
FlexX 2001 BioSolveITHayırTicari
FlexAID 2015 Sherbrooke ÜniversitesiHayırAçık Kaynak (Apache Lisansı)
FlexPepDock 2010 Hebrew ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım
FLIPDock 2007 Scripps Araştırma EnstitüsüHayırAkademik kullanım için ücretsiz
FLOG 1994 Merck Araştırma LaboratuvarlarıHayırAkademik
FRED 2003 OpenEye ScientificHayırAkademik kullanım için ücretsiz
FTDOCK 1997 Biyomoleküler Modelleme LaboratuvarıHayırÜcretsiz yazılım
GalaxyPepDock 2018 Seul Ulusal ÜniversitesiMevcutAçık Kaynak(GNU GPL) (bağımsız uygulama)
Akademik kullanım için ücretsiz (web sunucusu)
GEMDOCK 2004 Ulusal Chiao Tung ÜniversitesiHayırÜcretsiz yazılım
Glide 2004 SchrödingerHayırTicari
GOLD 1995 Sheffield Üniversitesi, GlaxoSmithKline plc ve CCDC arasında işbirliği ileHayırTicari
GPCRautomodel 2012 INRAMevcutAkademik kullanım için ücretsiz
HADDOCK[4]2003 Center Bijvoet Biyomoleküler Araştırma MerkeziMevcutAkademik [5]
(Ücretsiz Web hizmeti mevcut)
Hammerhead 1996 Arris Pharmaceutical CorporationHayırAkademik
ICM-Dock 1997 MolSoftHayırTicari
idTarget 2012 Ulusal Tayvan ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım
iScreen 2011 Çin Tıp ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım
Lead finder 2008 MolTechHayırTicari
LigandFit 2003 BioViaHayırTicari
LigDockCSA 2011 Seul Ulusal ÜniversitesiHayırAkademik
LightDock 2018 Barselona Süper Bilgisayar MerkeziHayırAçık Kaynak (GNU GPL)
LIGIN 1996 Weizmann Bilim EnstitüsüHayırTicari
LPCCSU 1999 Weizmann Bilim EnstitüsüMevcutÜcretsiz yazılım
MCDOCK 1999 Georgetown Üniversitesi Tıp MerkeziHayırAkademik
MEDock 2007 SIGMBIMevcutÜcretsiz yazılım
Molecular Operating Environment (MOE) 2008 Chemical Computing GroupHayırTicari
Molegro Virtual Docker 2006 MolexusHayırAkademik
MOLS 2.0 2016 Madras ÜniversitesiHayırAçık Kaynak (GNU LGPL)
MS-DOCK 2008 INSERMHayırAkademik
Ticari
ParaDockS 2010 Halle-Wittenberg Martin Luther Üniversitesi ve Bilgisayarlı Biyoloji Partner EnstitüsüHayırAçık Kaynak(GNU GPL)
ParDOCK 2007 Hindistan Teknoloji EnstitüsüMevcutÜcretsiz yazılım
PatchDock 2002 Tel Aviv ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım
PLANTS 2006 Konstanz ÜniversitesiHayırAkademik kullanım için ücretsiz
PLATINUM 2008 Moskova Fizik ve Teknoloji Enstitüsü (Devlet Üniversitesi)MevcutÜcretsiz yazılım
PRODOCK 1999 Cornell ÜniversitesiHayırAkademik
PSI-DOCK 2006 Peking ÜniversitesiHayırAkademik
PSO@AUTODOCK 2007 Leipzig ÜniversitesiHayırAkademik
PythDock 2011 Hanyang ÜniversitesiHayırAkademik
Q-Dock 2008 Georgia Teknoloji EnstitüsüHayırÜcretsiz yazılım
QXP 1997 NovartisHayırAkademik
rDock 1998 (Ticari)

2006 (Akademik)

2013 (Açık Kaynak) 		Vernalis R&D (Ticari)

York Üniversitesi (Ticari)

Barcelona Üniversitesi (Açık Kaynak)		HayırAçık Kaynak(GNU LGPL)
SANDOCK 1998 Edinburgh ÜniversitesiHayırAkademik
Score 2004 Alessandro Pedretti & Giulio VistoliMevcutÜcretsiz yazılım
SEED[6]1999 Zürih ÜniversitesiHayırAçık Kaynak(GNU GPL)
smina[7]2012 Pittsburgh ÜniversitesiHayırAçık Kaynak (Apache Lisansı)
SODOCK 2007 Feng Chia Üniversitesi (Tayvan)HayırAkademik
SOFTDocking 1991 Kaliforniya Üniversitesi, BerkeleyHayırAkademik
Surflex-Dock 2003 TriposHayırTicari
SwissDock 2011 İsviçre Biyoinformatik EnstitüsüMevcutWeb hizmeti akademik kullanım için ücretsiz
VoteDock 2011 Varşova ÜniversitesiHayırAkademik
YUCCA 2005 Virginia TechHayırAkademik

Kaynakça

  1. ^ "Arşivlenmiş kopya". 21 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020. 
  2. ^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020. 
  3. ^ "Arşivlenmiş kopya". 9 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020. 
  4. ^ "Arşivlenmiş kopya". 8 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020. 
  5. ^ "HADDOCK2.2 licensing". Bonvin Lab (İngilizce). Erişim tarihi: 24 Mayıs 2019. 
  6. ^ "Arşivlenmiş kopya". 23 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020. 
  7. ^ "Arşivlenmiş kopya". 26 Kasım 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020. 

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Hacettepe Üniversitesi</span> Ankarada kurulu devlet üniversitesi

Hacettepe Üniversitesi (HÜ), 8 Temmuz 1967 tarihinde, 892 sayılı kanun ile Türkiye'nin başkenti Ankara'da kurulmuş olan bir devlet üniversitesidir. Merkez kampüsü Sıhhiye'de, en geniş yüzölçümüne sahip yerleşkesi ise Beytepe Kampüsü'nde olan üniversitenin toplamda beş adet yerleşkesi bulunmaktadır. Sıhhiye ve Beytepe dışındaki kampüslerde çeşitli meslek yüksekokulları ve araştırma merkezleri bulunmaktadır. 2019 yılında Ankara Devlet Konservatuvarı binasının da Beytepe Kampüsü'ne taşınması sonucunda Beşevler'deki kampüs tamamen boş kalmıştır. 2020 yılı itibarıyla üniversitenin rektörü, 24 Haziran 2020 tarihinde Cumhurbaşkanlığı tarafından atanmış olan Prof. Dr. Mehmet Cahit Güran'dır.

<span class="mw-page-title-main">İstanbul Teknik Üniversitesi</span> İstanbulda kurulu devlet üniversitesi

İstanbul Teknik Üniversitesi (İTÜ), kökleri 1773 yılına dayanan İstanbul'da yer alan bir devlet üniversitesi.

Koç Üniversitesi, 1993 yılında İstanbul'da eğitime başlamış olan bir vakıf üniversitesidir. Faaliyetlerine 400 öğretim üyesi ve yaklaşık 6900 öğrenciyle devam etmektedir. Üniversite; İnsani Bilimler ve Edebiyat, İktisadi ve İdari Bilimler, Fen, Mühendislik, Hukuk, Tıp ve Hemşirelik Fakülteleri'nde 22 lisans, 32 yüksek lisans ve 26 doktora programı ile eğitim vermektedir.

<span class="mw-page-title-main">Kara Harp Okulu</span> Türk Kara Kuvvetlerine muvazzaf subay yetiştiren lisans seviyesinde eğitim veren askerî okul, harbiye

Kara Harp Okulu (KHO) ya da geleneksel adıyla Harbiye; Ankara'da bulunan ve Türk Kara Kuvvetlerinin muvazzaf subay kaynağı olan, lisans seviyesinde eğitim veren askerî okuldur.

<span class="mw-page-title-main">Gebze Teknik Üniversitesi</span> Kocaelide kurulu devlet üniversitesi

Gebze Teknik Üniversitesi veya kısaca GTÜ, 3 Temmuz 1992 tarihinde Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü adıyla kurulan, Türkiye'deki iki yüksek teknoloji enstitüsünden birisiydi. 22 Ekim 2014 tarihinde TBMM tarafından kabul edilen yasa teklifiyle Gebze Teknik Üniversitesi olarak yeniden yapılandırılmasına karar verildi. Üniversite Çayırova yerleşkesinden oluşmaktadır. Üniversite günümüzde 1.370.070 m2 toplam açık alanı ve 26.612 m2 toplam kapalı alanı bulunan Çayırova Kampüsü'nden oluşmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Sabancı Üniversitesi</span> İstanbulda kurulu vakıf üniversitesi

Sabancı Üniversitesi, 1999 yılında İstanbul'da kurulmuş bir vakıf üniversitesidir.

<span class="mw-page-title-main">1. Lig</span> Türkiyenin ikinci seviye futbol ligi

1. Lig ya da sponsorluk anlaşması gereği Trendyol 1. Lig, Türkiye'deki ikinci seviye futbol ligi.

<span class="mw-page-title-main">Demet Akbağ</span> Türk tiyatro, sinema ve dizi oyuncusu

Demet Akbağ, doğum adıyla Demet İybar, Türk oyuncudur.

Kapadokya Meslek Yüksekokulu (KMYO) değişen unvanı ile Kapadokya Üniversitesi, 16 Eylül 2005 tarihinde İlke Eğitim ve Sağlık Vakfı'na bağlı olarak Yükseköğretim Kurulu Kararı doğrultusunda bölge kalkınma hedefleri paralelinde belirlenmiş olan beş programla eğitim - öğretim faaliyetlerine başlamıştır. Bakanlar Kurulunun 03.07.2008 tarihli kararı ile yeniden kurulan yüksekokulun öğretim programlarının temelini bölge kalkınma programları, havacılık programları ve sağlık programları oluşturmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Şahan Gökbakar</span> Türk komedyen ve oyuncu

Şahan Gökbakar, Türk komedyen ve oyuncu; Recep İvedik film serisinin yapımcısı, senaristi ve oyuncusu. İlk rol aldığı film 2006 yapımı Gen, ilk başrol oynadığı filmi ise 2008 yapımı Recep İvedik'tir. Yarattığı film serisinden Recep İvedik 5 ise Türkiye'de tüm zamanların en çok izlenen ve sinemada en çok gişe yapan film rekoruna sahiptir.

Işılay Saygın, Türk mimar, siyasetçi ve Türkiye'nin ilk kadın turizm bakanı ve ilk kadın çevre bakanı. 51. hükûmetten 55. hükûmete kadar aralıksız bakan olarak görev yapmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Windows 7</span> 2009 yılında piyasaya sürülen Windows sürümü

Windows 7, Microsoft tarafından geliştirilen Windows NT işletim sisteminin önemli bir sürümüdür. 22 Temmuz 2009'da RTM olarak piyasaya sunuldu ve 22 Ekim 2009'da genel kullanıma sunuldu. Windows 7'den yaklaşık 3 yıl önce piyasaya sürülen Windows Vista'nın halefidir. Ev ve iş masaüstü bilgisayarları, dizüstü bilgisayarlar, tablet bilgisayarlar ve HTPC bilgisayarlar da dahil olmak üzere; kişisel bilgisayarlarda kullanılan bir işletim sistemidir. Yerini, Kasım 2012'de Windows 8 almıştır. 9 Nisan 2013'e kadar Windows 7 RTM; güvenlik güncellemeleri, yazılım güncellemeleri, sürücü güncellemeleri ve teknik destek gibi içerikler sağlıyordu. Ancak artık kullanıcıların destek ve güncellemeleri alabilmesi için Service Pack 1'i yüklemeleri gerekiyor. Windows 7'nin sunucu muadili Windows Server 2008 R2, Windows 7'yle aynı zamanda piyasaya sürüldü. Windows'un bu işletim sistemini temel alan son sürümü, 1 Temmuz 2011'de yayınlanan Windows Embedded POSReady 7'dir. 12 Ocak 2016'da Microsoft, Windows 7'de Internet Explorer 11'den eski olan tüm Internet Explorer sürümlerinin desteğini sonlandırdı. Temel desteği 13 Ocak 2015'te sona eren işletim sistemi, 5 yıl daha güvenlik güncellemeleri almaya devam etti. Genişletilmiş destek ise 14 Ocak 2020'de sona erdi. Bundan sonra işletim sistemi çoğu kullanıcı için daha fazla destek veya güvenlik güncelleştirmesi almayı bıraktı. Buna rağmen, son Windows 7 çeşidi olan Windows Embedded POSReady 7, Ekim 2021'e kadar güvenlik güncellemeleri almaya devam etti. 15 Ocak 2020'den beri, Mayıs 2019'da yayımlanan KB4499164'ten daha yeni Windows 7 sürümlerinde Windows Update'i engelleyen tüm bilgisayarlar, bir yükseltme uyarı bildirimi görüntülüyor.

Bu liste İstanbul Teknik Üniversitesinin kuruluşundan bugüne rektörlük yapmış akademisyenlerin listesidir. Yüksek Mühendis Mektebi, 1944 yılında İstanbul Teknik Üniversitesine dönüştürülünce Yüksek Mühendis Mektebi müdürü Ord. Prof. Osman Tevfik Taylan da İTÜ'nün ilk rektörü olmuştur. Hâlen görevde olan rektör ise Prof. Dr. Hasan Mandal'dır.

Naci Ağbal, Türk bürokrat, siyasetçi, Hazine ve Maliye Bakanlığı eski müşaviri. Maliye bakanı, Cumhurbaşkanlığı Strateji ve Bütçe başkanı ve Türkiye Cumhuriyet Merkez Bankası başkanı olarak görev yapmıştır. Maliye bakanlığı görevini 2015-2018 yılları arasında sürdüren Ağbal, Haziran 2015 ve Kasım 2015 Türkiye genel seçimlerinde Adalet ve Kalkınma Partisi Bayburt milletvekili olarak meclise girdi. Bu görevinden önce 2009-2015 yılları arasında maliye bakanlığı müsteşarlığı görevini üstlendi.

<span class="mw-page-title-main">Can Bonomo</span> Türk şarkıcı

Can Bonomo, Türk şarkıcı-şarkı yazarı ve oyuncu.

<span class="mw-page-title-main">Nurettin Canikli</span> Türk politikacı

Nurettin Canikli, Türk siyasetçi, Adalet ve Kalkınma Partisi milletvekili, Başbakan Yardımcısı ve bakan. 24 Mayıs 2016 tarihinde Binali Yıldırım tarafından kurulan 65. Türkiye Hükûmeti'nde önce Başbakan Yardımcısı, daha sonra da Millî Savunma Bakanı görevlerine getirildi. Adalet ve Kalkınma Partisi'nden 2002, 2007, 2011 ve Kasım 2015 genel seçimlerinde Giresun; 2018 genel seçimlerinde İstanbul milletvekili olarak meclise girdi.

Patrick Clark Jr., Amerikalı profesyonel güreşçi. Şu anda WWE'nin gelişim aşaması olan NXT'de Velveteen Dream ring adıyla güreşmektedir.

AutoDock moleküler modelleme simülasyon yazılımıdır. Protein-ligand yanaştırma için özellikle etkilidir. AutoDock 4, GNU Genel Kamu Lisansı altındadır. AutoDock, araştırma topluluğunda en çok alıntı yapılan yanaştırma yazılımı uygulamalarından biridir. Bu program aynı zamanda World Community Grid tarafından yürütülen FightAIDS@Home projesi için bir üstür. Şubat 2007'de, ISI Atıf Dizini'nde yapılan bir araştırma, birincil AutoDock yöntem kağıtları kullanılarak 1.100'den fazla yayınının Autodock'a atıfta bulunduğunu gösterdi. 2009 itibarıyla bu sayı 1.200'ü aştı.

Country Airplay, 20 Ocak 1990'dan beri Amerika Birleşik Devletleri'nde Billboard dergisi tarafından haftalık olarak yayınlanan bir listedir.

World Digital Song Sales listesi, Nielsen SoundScan tarafından derlenen ve 23 Ocak 2010 sayısında Billboard dergisi tarafından yayınlanan haftalık bir müzik listesidir. Billboard'un 2010 yılında piyasaya sürdüğü 21 özel tür şarkı listesinden biri olan liste, dünya müziği kategorisinde en çok satan 25 uluslararası dijital single'ı sıralamaktadır. Hawaiili şarkıcı-söz yazarı ve müzisyen Israel Kamakawiwoʻole'un Somewhere Over the Rainbow'un kaydı, varlığının çoğunda listeye hakim oldu, toplam 336 hafta en üst sırada yer aldı ve listenin 566 haftalık sayısının hepsinde yer aldı. Bir diğer önemli liste başı da "Gangnam Style" şarkısı ile Psy, 2012 ile 2014 arasında 50 hafta ile bir numarada ve toplamda 349 hafta ile listede üçüncü sırada yer alıyor. Yıllar boyunca birçok K-pop sanatçısı listede yer aldı ve bazıları en üst sıraya ulaştı, özellikle de en çok bir numaralı single (23) rekorunu elinde tutan BTS oldu. Listede 7 tane bir numara single bulunan K-pop grubu ise Blackpink oldu.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.