Kordalılar, sırt iplikliler veya kordatlar olarak da bilinir, tulumlularda (Tunicata) yaşamın belirli bir evresinde, omurgalılar (Vertebrata) ve kafatassızlarda (Cephalochordata) ise bütün yaşam süresince vücuda desteklik yapan bir notokordaya, yutağa, solungaç yarıklarına, sırt tarafında ortası boş sinir şeridine ve kuyruğa sahip hayvan şubesidir.
Omurgalılar, hayvanlar aleminin kordalılar şubesine ait bir alt şubedir.
Biyolojide filogenetik çeşitli organizma grupları arasındaki evrimsel ilişkinin araştırmasıdır. Bu ilişkiler filogeni olarak adlandırılır. Filogenetik terimi Yunanca kökenlidir, "kabile, ırk" anlamına gelen file veya filon (φυλή/φῦλον) ve doğumla ilişkili anlamındaki genetikos (γενετικός) terimlerinden türetilmiştir. Organizmaların sınıflandırması ve adlandırması olan taksonomi, filogenetikten büyük miktarda etkilenmiştir ama yöntemsel ve mantıksal olarak farklıdır. Bu iki saha, "kladizm" veya "kladistik" olarak bilinen filogenetik sistematik bilim dalında örtüşürler. Filogenetik sistematikte taksonları birbirinden ayırt etmek için sadece filogenetik ağaçlar kullanılır. Evrimsel hayat ağacının araştırılması için filogenetik analiz yöntemleri vazgeçilmez hâle gelmiştir.
Gerçekçeneliler ya da çeneliler, gerçek çeneleri ve çift halde üyeleri bulunan omurgalı grubudur. Gnathostomata, yaşayan tüm omurgalıların %99'unu oluşturan yaklaşık 60.000 türden oluşur.
Miacidae veya Miacoidea, ilk olarak geç Paleosen'de Çin ve ABD'de ortaya çıkan, Eosen döneminde Avrasya ve Kuzey Amerika'da yayılan bazal carnivoraform memeli grubudur. Etçiller, kuzey yarım kürede, karışık atalardan gelen et yiyiciler olan miacoidlerden evrimleştiler.
Brankial kemerler ya da solungaç kemerleri, balıklarda solungaçları destekleyen bir dizi kemikli "ilmek"dir. Solungaçlar omurgalıların ilkel bir haline ait olduğundan, tüm omurgalı embriyoları faringeal kemerler geliştirir, ancak bu kemerlerin nihai kaderi taksonlar arasında değişir. Çeneli balıklarda, ilk kemer çeneye, ikincisi hyomandibular komplekse dönüşür, arka kemerler de solungaçları destekler. Amfibiler ve sürüngenlerde, solungaç kemerleri de dahil olmak üzere birçok yapı kaybolur, bu da sadece oral çeneler ile hyoid düzeneğin kalmasına neden olur. Memelilerde ve kuşlarda, hyoid düzenek daha da yalın hale gelmiştir.
Filogenetikte, bir soy ya da taksonun ilkel özelliği bir kladın ya da klad grubunun ortak atasından kalıtsal olarak geçmiş ve o zamandan beri de çok az değişikliğe uğramış bir özelliktir. Buna karşın klad grubunun içinde olduğu görünen bir özellik ise yani kladın içinde herhangi bir alt grupta görülen ama tamamında görülmeyen özellik ise gelişmiş ya da türemiş bir özelliktir. Klad, ortak ataları ve onun soyundan gelen organizmaların tamamının oluşturduğu bir gruptur.
Balıkların evrimi, yaklaşık 530 milyon yıl önce Kambriyen patlaması sırasında başladı. Bu süre zarfında erken kordalılar kafatasını ve omur sütununu geliştirerek ilk kranatlara ve omurgalılara yol açtı. İlk balık soyları ya da çenesiz balıklara aitti. İlk örnekler; Haikouichthys adlı bir kraniat cinsini de içeriyordu. Geç Kambriyen Dönemi'nde yılan balığı gibi çenesiz olan balık Konodontlar ve küçük, zırhlı balıklar (ostracodermler), ilk defa ortaya çıktı. Çoğu çenesiz balık yok oldu; ancak taşemenler eski çeneli balıklara yaklaşabildi. Taşemenler yılan balığını da içeren Yuvarlak ağızlılar grubuna aitti ve bu grup diğer agnathanlardan erken bölünmüş olabilir.
Biyolojik sistematik, geçmişte yaşamış ve günümüzde yaşayan canlıların çeşitlenmesi ve zaman içinde bu canlılar arasındaki ilişkileri inceleyen bir alandır. Bu ilişkiler evrim ağaçları, filogenetik ağaçları ya da kladogramlar (filogeniler) olarak görsel hâle getirilir. Filogenilerin iki bileşeni vardır: Gruplar arasındaki ilişkileri gösteren dallanma sırası ve evrim için geçen süreyi gösteren dal uzunluğu. Tür ve daha yüksek taksonların filogenetik ağaçları anatomik ya da moleküler özellikler gibi karakter özelliklerinin evrimi ve organizmaların dağılımını araştıran biyocoğrafya üzerine yapılan çalışmalarda kullanılır. Diğer bir deyişle sistematik, Dünya üzerinde yaşamın evrimsel tarihçesini anlamak için kullanılır.
Averostra, çoğu theropod dinozorun içinde bulunduğu, Ceratosauria ve Tetanurae'yi içeren bir teropod dinozor kladıdır. Her iki klad'da Kretase dönemine kadar hayatta kaldı. Kretase-Paleojen neslinin tükenmesi olayı meydana geldiğinde, ceratosaurianlar ve Tetanurae grubundan, tyrannosauroidler ve Maniraptoriformlar hala mevcuttu. Ancak yok oluştan sadece bir Maniraptoran alt grubu olan Aves, sağ çıktı ve özellikle Kretase Paleojen yok oluşu sonrası türleşerek günümüzedeki kuşları oluşturdu.
Archosauromorpha, lepidozorlardan ziyade arkozorlarla daha yakından ilişkili tüm sürüngenleri içeren bir diapsid sürüngen kladıdır. Archosauromorflar ilk olarak Orta Permiyen döneminde ortaya çıktı ancak Triyas devrinde çok daha yaygın ve çeşitli hale geldiler.
Omurgalıların evrimi, 665 milyon yıl önce ortaya çıktığı düşünülen hayvanlardan, kökeni Kambriyen dönem'e dayanan kordalıların omurga geliştirmesini ve ana omurgalı gruplarının oluşumunu konu alır.
Kuadrat kemiği, amfibiler, sauropsidler ve erken sinapsidler dahil olmak üzere çoğu tetrapodda bulunan bir kafatası kemiğidir.
Bir organizma grubu için kladistikte, monofili, klad olmanın koşuludur - yani, yalnızca ortak bir atadan ve onun tüm soyundan oluşan bir grup taksondur. Monofiletik gruplar tipik olarak, daldaki organizmaları diğer organizmalardan ayıran ortak türetilmiş özellikler (sinapomorfiler) ile karakterize edilir. Eşdeğer bir terim holofilidir.
Filogenetikte otapomorfi yalnızca belirli bir taksona özgü, türemiş karakter olarak bilinen ayırt edici bir özelliktir. Yani yalnızca bir taksonda bulunur ve diğerlerinde ya da dış grup taksonlarında ve hatta en yakından ilişkili diğer taksonlarda ya da genel olarak başka bir kladda bulunmaz. Dolayısıyla tek bir takson ile ilişkili bir apomorfi olarak kabul edilebilir.
Filogenetikte, apomorfi ve sinapomorfi bir kladın türemiş karakterlerini işaret eder; bu karakterler ya da özellikler evrimsel süreç boyunca atasal karakterlerden türemiştir. Apomorfi, soyun atasında bulunan biçimden farklı bir karakterdir ve kladı diğer kladlardan ayırt etmeye yarar. Sinapomorfi ise kladı diğer organizmalardan ayırt etmeye yarayan ve paylaşılan apomorfidir. Diğer bir deyişle sinapomorfi, monofiletik bir grubun üyeleri tarafından paylaşılan bir apomorfidir ve dolayısıyla en son ortak atada da bulunduğu varsayılır.
Homoplasi, biyoloji ve filogenetikte, evrim boyunca farklı soylarda birbirinden bağımsız olarak kazanılan ya da kaybedilen karakterleri tanımlamak için kullanılan terimdir. Ortak atadan kalma oldukları yakınlık analizi ile açıklanabilen homolojiden farklıdır. Homoplasi hem uyum sağlayan türlerde etkin olan benzer seçilim baskıları hem de genetik sürüklenme etkileri ile ortaya çıkabilir.
Filogenetikte taç grup bir türler topluluğudur ve o topluluğun yaşayan üyeleri, topluluğun en son ortak atası ile birlikte en son ortak atanın soyundan gelen tüm türler bu topluluğu oluşturur. Dolayısıyla, bir tür ile birlikte onun soyundan gelen tüm yaşayan ve soyu tükenmiş türleri de içine alan bir grup olarak bir klad tanımlama yöntemidir. Örneğin, tüm günümüz kuşlarının en son ortak atası ile birlikte onun soyundan gelen tüm yaşayan ve soyu tükenmiş türleri de içine alan Neornithes bir taç grup olarak tanımlanabilir.
Taksonomide eğer bir grup en son ortak atası ve soyundan gelenlerin tamamını içeriyor ama genellikle bir ya da iki monofiletik alt grubu kapsamıyorsa bu grup dışarıda bırakılan alt gruplara nazaran parafiletik olarak adlandırılır. Parafiletik bir grup bir klad ya da ortak ata ile birlikte soyundan gelen tüm türlerin yer aldığı bir tür grubu olan monofiletik bir grup olamaz. Parafiletik grubun bir ya da daha fazla üyesi, dışarıda bırakılan grup ya da gruplara, parafiletik gruptan daha yakın akrabadır. Terim filogenetikte ve dilbilimde yaygın olarak kullanılır. Parafiletik gruplar sinapomorfiler ve simplesiomorfilerin birleşimi ile tanımlanırlar.
Archosauriformes, Geç Permiyen'de bir süre önce arkozoromorf atalarından gelişen diapsid sürüngenlerin bir kladıdır. Jacques Gauthier (1994) tarafından, Proterosuchidae ve Archosauria'nın [timsahları, teruzorları ve dinozorları içeren grup] son ortak atası ve tüm soyundan gelenler olarak tanımlandı. Phil Senter (2005), onu Proterosuchus ve Archosauria'yı içeren özel klad olarak tanımlar.
