İçeriğe atla

PiRNA

Piwi etkileşimli RNA (piRNA), hayvan hücrelerinde eksprese edilen küçük kodlamayan RNA moleküllerinin en büyük sınıfıdır.[1][2] piRNA, piwi proteinleri ile etkileşerek RNA-protein komplekleri oluştururlar. Bu kompleksler, germ çizgi hücrelerinde, özellikle de spermatogenezdeki retrotranspozonların ve diğer genetik elementlerin epigenetik ve transkripsiyon sonrası gen sessizleştirilmesiyle bağlantılıdır. microRNA'lardan büyüklük, dizi koruma eksikliği ve artan karmaşık yapı bakımından farklıdırlar.[1][2] piRNA'ların nasıl üretildiği belirsizliğini korumaktadır, ancak biyogenez yolağı miRNA ve siRNA'dan farklıdır. rasiRNA'lar piRNA'ların alt türleridir.[3]

Özellikler

Önerilen piRNA Yapısı

piRNA'lar hem omurgasızlarda hem de omurgalılarda tespit edilmiştir. Biyogenez ve etki şekilleri türler arasında biraz farklılık göstermesine rağmen bir takım özellikler korunmuştur.[1][4] piRNA'ların net bir sekonder yapısı yoktur, uzunlukları 26 ila 31 nükleotid arasındadır ve 5' uridin hem omurgasızlarda hem de omurgalılarda görülür. Caenorhabditis elegans (yuvarlak solucanlardan olup serbest yaşayan bir nematod) ’daki piRNA’lar 2’ ve 3' oksijeni bloke eden 5' monofosfat ve 3' modifikasyonuna sahiptir.[5] Bu modifikasyonun Drosophila melanogaster (meyve sineği), zebra balığı,,[6] fare[7] ve sıçan[6] larda da var olduğu onaylanmıştır. 3' modifikasyonun nedeni açık değildir ancak piRNA stabilitesini arttırdığı öne sürülmüştür.[8] Memelilerde bulunan yüz binlerce farklı piRNA türünün bulunduğu düşünülmektedir ve şimdiye kadar farelerde 50,000'nin üzerinde farklı piRNA dizisi keşfedilmiştir.[9]

Konum

piRNA'lar genom boyunca kümelerde bulunurlar. Bu kümeler ondan az ya da binlerce piRNA'yı bulundurabilir ve boyutları bir ila yüz kata kadar değişebilir. Biyoinformatik yöntemlere dayanan genomlardaki piRNA kümelerinin algılanması ve açıklanması son yıllarda giderek sofistike hale geldi.[10] piRNA'lar kümelenmesi türler arasında korunmuş diziler değildir.[11] Drosophila melanogaster ve omurgalılardaki piRNA'lar herhangi bir protein kodlayan gen bulunmayan bölgelerde bulunurken,[12] Caenorhabditis elegans'daki piRNA'ların protein kodlayıcı gen bölgelerinde bulunduğu tespit edilmiştir.

Memelilerde, piRNA'lar hem testis[13] lerde hem de yumurtalık,[14] larda bulunur, ancak bunlar sadece erkekler için gerekli gibi gözükmektedir. Omurgasız hayvanlarda, erkek ve kadın bitkilerde tespit edilmiştir.[15]

Hücresel seviyede, hem hücre çekirdeğinde hem de sitoplazmada piRNAlar bulunmuştur, bu da piRNA yollarının bu alanların her ikisinde de işlev görebileceğini ve dolayısıyla birden fazla etkiye sahip olabileceğini düşündürmektedir.[3][16]

Biyogenez

Olası mekanizmalar önerilmiş olmasına rağmen, piRNA'ların biyogenezi henüz tam olarak anlaşılamamıştır. piRNA'lar yalnızca bir DNA sarmalından türetilirler,[1] ve bu onların uzun tek iplikçikli öncü moleküllerin ürünü olduğuna işaret eder.[2] Pakiten piRNA'ları üretmek için kullanılan tek yolun birincil işlem yolu olduğu öne sürülmüştür. Bu mekanizmada, piRNA öncülleri, 5 'uridinleri hedef alma eğilimi gösteren piRNA'lara dönüşür.[17][18] Ayrıca birincil piRNA'larda tamamlayıcı hedeflerini tanıyan ve piwi proteinlerinin alınmasına neden olan bir 'Ping Pong' mekanizması önerildi. Primer piRNA'nın 5' ucundan on nükleotidlik bir noktada transkripsiyonun bölünmesine neden olur ve ikincil piRNA üretilir.[18] İkincil piRNA'lar, onuncu konumda bir adenin dizisine sahiptirler.[17] Ping pong çevriminde yer alan piRNA'lar, saldırılarını transposon transkriptlerine yönlendirdiğinden, ping pong çevrimi yalnızca transkripsiyon seviyesinde etkindir.[11] Bu mekanizmalardan biri veya her ikisi farklı türlerde farklı şekilde bulunabilir. Örneğin; Caenorhabditis elegans piRNA'lara sahip olmasına rağmen ping pong mekanizmasını kullanmaz.[19]

Zebra balığı ve D.melanogaster 'de belirlenen önemli sayıda piRNA, onuncu konumda adenin içerir[3] ve bu türler arası korunmuş bir biyosentetik mekanizmanın olası kanıtları olarak yorumlanmıştır.[20]

İşlev

Türler üzerindeki piRNA dizilerindeki ve piwi işlevlerindeki geniş çeşitlilik, piRNA işlevselliğinin saptanmasında zorluk oluşturmaktadır.[21] Bununla birlikte, diğer küçük RNA'larda olduğu gibi, piRNA'ların gen susturulmasında,[1] özellikle transpozonların susturulmasında rol aldığı düşünülmektedir. piRNA'ların çoğunluğu transpozon dizilerine karşı antisens[11] olup transpozonların piRNA hedefi olduğu düşünülmüştür. Memelilerde transpozon susturulmasında piRNA'ların aktivitesinin embiriyo gelişimi boyunca önemli olduğu[17] ve C.elegans ve insanda piRNA'ların spermatogenez için gerekli olduğu görülmektedir.[21]

RNA Susturma

piRNA'lar, RNA ile indüklenen bir susturma kompleksinin (RISC) oluşumu yoluyla RNA sessizleştirmesinde bir role sahiptir. piRNA, argonat protein ailesinden piwi proteinleri ile etkileşir. Bu proteinler memelilerin testislerinde etkindir ve omurgasız hayvanlarda germ hücresi ve kök hücre gelişiminde gereklidir. Farelerde spermatogenez için üç piwi alt proteini (MIWI, MIWI2 ve MILI) gerekli olduğu bulunmuştur. Pıwı proteinleri piRNA'ları transpozon hedeflerine yönlendirir.[17] PIWI gen ekspresyonunun azalması veya yokluğu transpozonların artmış bir ifadesi ile korelasyon gösterir.[3][17] Transpozonlar, konukçuları üzerinde zararlı etkilere neden olma potansiyeline sahiptir.[22] piRNA yolaklarındaki mutasyonların D.melanogaster'lerdeki doğurganlığı azalttığı bulunmuştur. Ayrıca piRNA ve endo-siRNA'nın memeli oositlerinde transpozon kontrolüne benzer işlevselliğe sahip olabileceği düşünülmektedir.[11] PiRNA'lar, transpozonları tanımak ve susturmak için gerekli olan metilasyonu gerçekleştiren belirli metil transferazları etkilemektedir[17] ancak bu ilişki iyi anlaşılmamıştır.

Epigenetik Etkiler

PiRNA'lar maternal olarak iletilebilir[6] ve D. melanogaster'daki araştırmalara dayanarak, piRNA'lar maternal olarak türetilen epigenetik etkilerde rol oynar.[12] Spesifik piRNA'ların epigenetik süreçteki etkinliği ayrıca piwi proteinleri ile HP1a arasındaki etkileşimleri ve diğer faktörleri gerektirir.[9]

piRNA Yolağının Yardımcı Proteinleri

Doğurganlık kusurlarını inceleyen genetik ekranları, Piwi kökenli ve Argonat olmayan, ancak Piwi mutantlarıyla aynı kısırlık fenotiplerini üreten birkaç protein tespit ettiler.

Drosophila Tudor Etki Proteinleri

Drosophila'daki piRNA yolu için gereken birçok faktör, Piwi proteinlerinin metilasyon motiflerinde simetrik olarak dimetilated arginin kalıntılarını (sDMA) bağladığı bilinen Tudor domainlerini içerir. Piwi proteinleri, Valois (MEP50) ve Capsulene'den (dart5; PRMT5) oluşan PRMT5 metilozom kompleksiyle simetrik olarak dimetilasyona tabi tutulur.

  • Tudor (Tud)
  • Qin/Kumo
  • Spindle-E (SpnE)
  • Krimper
  • Tejas (Tej)
  • Vreteno (Vret)
  • Papi
  • Yb (fs(1)Yb)
  • Brother of Yb (BoYB)
  • Sister of Yb (SoYB)

Drosophila Tudor Olmayan piRNA Yolağı Proteinleri

  • Vasa
  • Maelstrom (Mael)

Drosophila Nükleer piRNA Yolağı Proteinleri

  • Rhino (HP1D)
  • Deadlock
  • Cutoff
  • SetDB1 (Eggless)
  • SuVar3-9

Araştırma

piRNA alanındaki büyük ilerlemeler, Solexa, 454 ve Illumina gibi yeni nesil sıralama teknikleri sayesinde sağlanmıştır. Bu teknikler, piRNA'lar gibi çok karmaşık ve heterojen RNA popülasyonlarının analiz edilmesine izin vermektedir. Küçük boyutları nedeniyle, küçük RNA'ların ekspresyonu ve amplifikasyonu zor olabilir, bu nedenle zorluklara yanıt olarak özelleştirilmiş PCR tabanlı yöntemler geliştirilmiştir.[23]

Kaynakça

  1. ^ a b c d e Molecular Biology Select. Cell, 2006. 126(2): p. 223, 225-223, 225.
  2. ^ a b c Seto, A.G., R.E. Kingston, and N.C. Lau, The Coming of Age for Piwi Proteins. Molecular Cell, 2007. 26(5): p. 603-609.
  3. ^ a b c d Klattenhoff, C. and W. Theurkauf, Biogenesis and germline functions of piRNAs. Development, 2008. 135(1): p. 3-9.
  4. ^ Kandhavelu M; * Lammi C; Buccioni M; Dal Ben D; Volpini R; Marucci G (2009). "Existence of snoRNA, microRNA, piRNA characteristics in a novel non-coding RNA: x-ncRNA and its biological implication in Homo sapiens". Journal of Bioinformatics and Sequence Analysis. 1 (2). ss. 031-040. 
  5. ^ Ruby, J.G., et al., Large-Scale Sequencing Reveals 21U-RNAs and Additional MicroRNAs and Endogenous siRNAs in C. elegans. 2006. 127(6): p. 1193-1207.
  6. ^ a b c Houwing, S., et al., A Role for Piwi and piRNAs in Germ Cell Maintenance and Transposon Silencing in Zebrafish. Cell, 2007. 129(1): p. 69-82. .
  7. ^ Kirino, Y. and Z. Mourelatos, Mouse Piwi-interacting RNAs are 2[prime]-O-methylated at their 3[prime] termini. Nat Struct Mol Biol, 2007. 14(4): p. 347-348.
  8. ^ Vagin, V.V., et al., A Distinct Small RNA Pathway Silences Selfish Genetic Elements in the Germline. Science, 2006. 313(5785): p. 320-324.
  9. ^ a b Lin, H., et al., The role of the piRNA pathway in stem cell self-renewal. Developmental Biology, 2008. 319(2): p. 479-479.
  10. ^ Rosenkranz, David; Zischler, Hans (10 Ocak 2012). "proTRAC - a software for probabilistic piRNA cluster detection, visualization and analysis". BMC Bioinformatics. 13 (5). doi:10.1186/1471-2105-13-5. 23 Eylül 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 19 Aralık 2016. 
  11. ^ a b c d Malone, C.D. and G.J. Hannon, Small RNAs as Guardians of the Genome. Cell, 2009. 136(4): p. 656-668.
  12. ^ a b Brennecke, J., et al., An Epigenetic Role for Maternally Inherited piRNAs in Transposon Silencing. Science, 2008. 322(5906): p. 1387-1392.
  13. ^ Aravin, A., et al., A novel class of small RNAs bind to MILI protein in mouse testes. Nature, 2006. 442(7099): p. 203-207.
  14. ^ Tam, Oliver H.; Aravin, Alexei A.; Stein, Paula; Girard, Angelique; Murchison, Elizabeth P.; Cheloufi, Sihem; Hodges, Emily; Anger, Martin; Sachidanandam, Ravi; Schultz, Richard M.; Hannon, Gregory J. (2008). "Pseudogene-derived small interfering RNAs regulate gene expression in mouse oocytes". Nature. 453 (7194). ss. 534-538. doi:10.1038/nature06904. ISSN 0028-0836. PMC 2981145 $2. PMID 18404147. 
  15. ^ Siomi MC, Sato K, Pezic D, Aravin AA: PIWI-interacting small RNAs: the vanguard of genome defence. Nat Rev Mol Cell Biol 2011, 12:246-258.
  16. ^ Ruvkun, G (2008). "Tiny RNA: Where do we come from? What are we? Where are we going?". Trends in Plant Science. 13 (7). ss. 313-316. doi:10.1016/j.tplants.2008.05.005. 
  17. ^ a b c d e f Aravin, Alexei A.; Sachidanandam, Ravi; Bourc'his, Deborah; Schaefer, Christopher; Pezic, Dubravka; Toth, Katalin Fejes; Bestor, Timothy; Hannon, Gregory J. (2008). "A piRNA Pathway Primed by Individual Transposons Is Linked to De Novo DNA Methylation in Mice". Molecular Cell. 31 (6). ss. 785-799. doi:10.1016/j.molcel.2008.09.003. ISSN 1097-2765. 
  18. ^ a b Brennecke, Julius; Aravin, Alexei A.; Stark, Alexander; Dus, Monica; Kellis, Manolis; Sachidanandam, Ravi; Hannon, Gregory J. (2007). "Discrete Small RNA-Generating Loci as Master Regulators of Transposon Activity in Drosophila". Cell. 128 (6). ss. 1089-1103. doi:10.1016/j.cell.2007.01.043. ISSN 0092-8674. PMID 17346786. 
  19. ^ Das, P.P., et al., Piwi and piRNAs Act Upstream of an Endogenous siRNA Pathway to Suppress Tc3 Transposon Mobility in the Caenorhabditis elegans Germline. Molecular Cell, 2008. 31(1): p. 79-90.
  20. ^ Faehnle, C.R. and L. Joshua-Tor, Argonautes confront new small RNAs. Current Opinion in Chemical Biology, 2007. 11(5): p. 569-577.
  21. ^ a b Wang, G. and V. Reinke, A C. elegans Piwi, PRG-1, Regulates 21U-RNAs during Spermatogenesis. Current Biology, 2008. 18(12): p. 861-867.
  22. ^ O'Donnell, K.A. and J.D. Boeke, Mighty Piwis Defend the Germline against Genome Intruders. Cell, 2007. 129(1): p. 37-44.
  23. ^ Tang, F., et al., A sensitive multiplex assay for piRNA expression. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2008. 369(4): p. 1190-1194.

Ayrıca bakınız

  • Lau, N. C. (2006). "Characterization of the piRNA Complex from Rat Testes". Science. 313 (5785). ss. 363-367. doi:10.1126/science.1130164. ISSN 0036-8075. 
  • Kim, V.N. (2006). "Small RNAs Just Got Bigger: Piwi-Interacting RNAs (piRNAs) in Mammalian Testes". Genes Dev. Cilt 20. ss. 1993-1997. doi:10.1101/gad.1456106. PMID 16882976. 
  • Girard, Angélique; Sachidanandam, Ravi; Hannon, Gregory J.; Carmell, Michelle A. (2006). "A germline-specific class of small RNAs binds mammalian Piwi proteins". Nature. Cilt 442. ss. 199-202. doi:10.1038/nature04917. ISSN 0028-0836. PMID 16751776. 
  • Grivna, S. T. (2006). "A novel class of small RNAs in mouse spermatogenic cells". Genes & Development. 20 (13). ss. 1709-1714. doi:10.1101/gad.1434406. ISSN 0890-9369. 
  • Watanabe, T. (2006). "Identification and characterization of two novel classes of small RNAs in the mouse germline: retrotransposon-derived siRNAs in oocytes and germline small RNAs in testes". Genes & Development. 20 (13). ss. 1732-1743. doi:10.1101/gad.1425706. ISSN 0890-9369. 
  • Carmell, Michelle A.; Girard, Angélique; van de Kant, Henk J.G.; Bourc'his, Deborah; Bestor, Timothy H.; de Rooij, Dirk G.; Hannon, Gregory J. (2007). "MIWI2 Is Essential for Spermatogenesis and Repression of Transposons in the Mouse Male Germline". Developmental Cell. 12 (4). ss. 503-514. doi:10.1016/j.devcel.2007.03.001. ISSN 1534-5807. 

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">DNA</span> Canlıların genetik bilgilerini barındıran molekül

Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.

<span class="mw-page-title-main">RNA</span> nükleotitlerden oluşan polimer

Ribonükleik asid (RNA), bir nükleik asittir, nükleotitlerden oluşan bir polimerdir. Her nükleotit bir azotlu baz, bir riboz şeker ve bir fosfattan oluşur. RNA pek çok önemli biyolojik rol oynar, DNA'da taşınan genetik bilginin proteine çevirisi (translasyon) ile ilişkili çeşitli süreçlerde de yer alır. RNA tiplerinden olan mesajcı RNA, DNA'daki bilgiyi protein sentez yeri olan ribozomlara taşır, ribozomal RNA ribozomun en önemli kısımlarını oluşturur, taşıyıcı RNA ise protein sentezinde kullanılmak üzere kullanılacak aminoasitlerin taşınmasında gereklidir. Ayrıca çeşitli RNA tipleri genlerin ne derece aktif olduğunu düzenlemeye yarar.

<span class="mw-page-title-main">Ribozom</span> Tüm canlı hücrelerde bulunan zarsız organel.

Ribozom, tüm canlı hücrelerde bulunan karmaşık moleküler yapıya sahip ve protein oluşturma sürecinde hayati bir rol oynayan bir organeldir. Bu süreç, mRNA çevirisi olarak bilinen bir biyolojik mekanizma aracılığıyla gerçekleşir. Kısaca ribozomlar, haberci RNA (mRNA) molekülleri tarafından sağlanan talimatları takip ederek amino asitleri birbirine bağlar ve polipeptit adı verilen amino asit zincirlerini oluşturur.

<span class="mw-page-title-main">Mesajcı RNA</span> Bir protein üretmek için ribozom tarafından okunan RNA

Mesajcı RNA (mRNA), sentezlenecek bir proteinin amino asit dizisine karşılık gelen kimyasal şifreyi taşıyan bir moleküldür. mRNA, bir DNA kalıptan transkripsiyon yoluyla sentezlenir ve protein sentez yeri olan ribozomlara, protein kodlayıcı bilgiyi taşır. Burada, çevirim (translasyon) süreci sonucu, RNA polimerindeki bilgi ile bir amino asit polimeri üretilir. Nükleik asitlerin amino asit dizilerine karşılık gelen bölgelerindeki her üç baz, proteindeki bir amino asite karşılık gelir. Bu üçlülere kodon denir, her biri bir amino asit kodlar, bitiş kodonu ise protein sentezini durdurur. Bu işlem iki diğer RNA türünü daha gerektirir: taşıyıcı RNA (tRNA) kodonun tanınmasına aracılık eder ve ona karşılık gelen amino asiti getirir; ribozomal RNA (rRNA) ise ribozomdaki protein imalat mekanizmasının kataliz merkezidir.

<span class="mw-page-title-main">Taşıyıcı RNA</span> protein sentezinde görevli bir RNA

Taşıyıcı RNA hücrelerde protein sentezi sırasında büyüyen polipeptit zincirine spesifik bir amino asit ekleyen küçük bir RNA molekülüdür. Amino asidin bağlanması 3' ucundadır. Bu kovalent bağlantı aminoasil tRNA sentetaz tarafından katalizlenir. Ayrıca, antikodon olarak adlandırılan üç bazlık bir bölge vardır, bu bölge mRNA üzerinde kendisine karşılık gelen üç bazlık bir kodon bölgesi ile baz eşleşmesi yapar. Her tip tRNA molekülü sadece tek tip bir amino asite bağlanabilir, ama genetik kod aynı amino asite karşılık gelen birden çok kodon bulunduğu için, farklı antikodonlara sahip tRNA'lar aynı amino asidi taşıyabilir.

<span class="mw-page-title-main">Ribozomal RNA</span> Ribozomun RNA bileşeni

Ribozomal RNA (rRNA), ribozomlarda bulunan bir RNA tipidir, ribozomun protein senteziyle ilişkili katalitik fonksiyonundan sorumludur. Ribozomal RNA'nın görevi, mRNA'daki bilginin translasyon süreci sırasında amino asit dizisine çevrilmesi için taşıyıcı RNA (tRNA) ile etkileşmek ve uzayan peptit zincirine amino asit takmaktır. Hücre sitoplazmasında serbest halde bulunan RNA'nın %80'i rRNA'dan oluşur.

<span class="mw-page-title-main">Sentriyol</span> Alglerde bulunan organel

Sentriyol, varil biçimindeki hücre organelleridir. Ökaryotik hücrelerin çoğunda bulunsalar da damarlı bitkilerde ve mantarlarda bulunmazlar. Nöron, olgun yumurta, çizgili kas hücresi hücrelerinde de yokturlar. Alglerde görülürler.

<span class="mw-page-title-main">Çekirdekçik</span>

Çekirdekçik ya da nükleolus, ökaryot hücrelerin çekirdeklerinin içinde bulunan zarsız bir yapıdır.

<span class="mw-page-title-main">Transpozon</span>

Transpozonlar bir hücrenin genomunda farklı yerlere, transpozisyon olarak adlandırılan bir süreçle hareket edebilen DNA dizileridir. Bu süreç ile mutasyonlara ve genomdaki DNA miktarının değişmesine neden olurlar. Çeşitli hareketli genetik elemanlar mevcuttur, bunlar transpozisyon mekanizmalarına göre sınıflandırılırlar. Retrotranspozonlar bir RNA ara ürün aracılığıyla kendilerini kopyalayarak hareket ederler. DNA transpozonları bir RNA ara ürün kullanmaz. Tranpozonların kimi kendini kopyalayarak, kimi kendini çevreleyen DNA'dan kesip çıkarıp başka bir yere taşıyarak hareket eder. Bu özelliklerinden dolayı, bilim insanları transpozonları canlılardaki DNA'yı değiştirmek için bir araç olarak kullanırlar.

<span class="mw-page-title-main">MikroRNA</span> yaklaşık 21-23 nükleotit uzunluğunda tek iplikli RNA molekülü türü

Genetikte, mikroRNA (miRNA) yaklaşık 21-23 nükleotit uzunluğunda tek iplikli RNA molekülü türüdür, gen ifadesinin düzenlenmesinde rol oynar. miRNA'lar kodlamayan RNA'lardandır, yani DNA'dan transkripsiyonu yapılan ama proteine çevirisi yapılmayan genler tarafından kodlanırlar. Pri-miRNA olarak adlandırılan primer transkriptler işlenerek, önce pre-miRNA adlı kısa sap-ilmik yapılarına, sonra da fonksiyonel miRNA'ya dönüşürler. Olgun miRNA moleküller bir veya daha çok mesajcı RNA (mRNA) ile kısmî tamamlayıcıdır ve başlıca işlevleri gen ifadesini aşağı ayarlamaktır. 1993'te Lee ve çalışma arkadaşları tarafından Victor Ambros laboratuvarında keşfedilmişlerdir, ancak mikroRNA terimi ilk 2001'de kullanıma girimiştir.

Kodlamayan RNA, proteine çevirisi yapılmayan işlevsel bir RNA molekülüdür. İngilizce literatürde non-coding RNA''nın kısaltması olan ncRNA olarak anılırlar, daha az sıklıkla kullanılan diğer adları non-protein-coding RNA, non-messenger RNA, small non-messenger RNA, functional RNA. Küçük RNA terimi bakterilerde kullanılır. Kodlamayan RNA'nın yazıldığı DNA dizileri RNA geni veya kodlamayan RNA geni olarak adlandırılır.

Biyomoleküler yapı biyomoleküllerin yapısıdır. Bu moleküllerin yapısı genelde birincil, ikincil, üçüncül ve dördüncül yapı olarak ayrılır. Bu yapının iskeleti, molekül içinde birbirine hidrojen bağları ile bağlanmış ikincil yapı elemanları tarafından oluşturulur. Bunun sonucunda protein ve nükleik asit yapı bölgeleri oluşur.

<span class="mw-page-title-main">RNA interferaz</span>

RNA interferaz veya RNA girişimi (RNAi), canlı hücreler içinde yer alan ve hangi genlerin aktif olacağını ve nasıl aktif olacaklarını belirleyen ve kontrol eden bir sistemin ismi. Küçük RNA moleküllerinin iki tipi, -mikroRNA (miRNA) ve küçük interferans RNA'sı (siRNA)- RNA interferaz için büyük önem taşır. RNA'lar genlerin doğrudan ürünü olup bu küçük RNA'lar, ya faaliyetlerini artırmak veya azaltmak suretiyle, örneğin bir mesajcı RNA'nın protein üretmesini engelleyerek diğer özel RNA'lar (mRNA) ile bağlanabilirler. RNA interferaz, hücreyi parazitik genlere - virüs ve transpozonlar - karşı savunmada, bunun yanında genel olarak gelişmeyi yönlendirmede olduğu gibi gen ifadesinden de önemli bir role sahiptir.

<span class="mw-page-title-main">Phillip Allen Sharp</span> Amerikalı biyolog

Phillip Allen Sharp, Amerikan genetikçi ve moleküler biyolog. RNA bağlanmasının kaşiflerinden biridir. Richard J. Roberts ile birlikte ökaryot hücrelerinin DNA dizelerindeki genlerin bitişik sırada olmadığını, aralarda intron denilen okunmayan ve protein sentezine katılmayan bölümlerin olduğunu keşfettiler. Bu sayede mRNA'lar aynı DNA dizesinden bu bölümleri farklı şekilde silmeleri ile farklı proteinleri kodlayabilmektedir. İkili bu keşifleri ile 1993 Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülünü kazanmışlardır.

Tekrar ilişkili küçük müdahale RNA (rasiRNA) RNA interferaz(RNAi) mekanizmasında yer alan küçük RNA sınıfındandır. RasiRNA aslında Piwi proteinleri ile etkileşen küçük RNA molekülleri olan Piwi Etkileşimli RNA(piRNA)lardandır. Piwi proteinleri Argonat ailesinden oluşur. RasiRNA’lar, heterokromatin yapısını kurmak ve sürdürmek, tekrar dizilerinden çıkan kopyaları kontrol etmek transpozonları ve retrotranspozonları susturmakla ilgilenmektedir.

Moleküler biyolojide 7SK, metazoan'da bol bulunan küçük bir nükleer RNA`dır. Pozitif transkripsiyon uzatma faktörünün P-TEFb kontrol transkripsiyonunu düzenlemede önemli bir rol oynar. 7SK kompleksinin stabilitesi ve fonksiyonunu düzenleyen diğer proteinler küçük bir nükleer ribonükleoprotein kompleksinde (snRNP) bulunur.

TERC olarak da bilinen telomeraz RNA bileşeni ökaryotlarda bulunan ve telomerazın bir bileşeni olan Kodlamayan RNA'dır. TERC, telomeraz ile telomer replikasyonu için bir kalıp görevi görür. Telomeraz RNA'ları dizi ve yapı açısından omurgalılar, siliatlar ve mayalar arasında büyük farklılıklar gösterir, ancak şablon dizisine yakın bir 5 'sahte düğüm yapıyı paylaşmaktadırlar. Omurgalı telomeraz RNA'larının, 3 'H / ACA snoRNA benzeri alanı vardır.

İşleme cisimciği ökaryot hücrelerin sitoplazmasındaki mRNA döngüsünde birçok enzim içeren ayrı odaklardır. P cisimciği, omurgalılar ve omurgasızların somatik hücrelerinde, bitkiler ve mantarlarda gözlenmiştir. Bugüne kadar, P cisimciği genel mRNA bozulmasında, anlamsız aracılı mRNA bozulmasında, adenilat üridilat zengin element aracılıklı mRNA bozulması ve microRNA tetikli mRNA susturulmasında önemli rol oynar. P cisimciğine giren bütün mRNAlar sindirilmezler. Bazıları P cisimciğinde kalabilir ve translasyonu yeniden başlatabilirler. Saflaştırılmış P cisimciğindeki mRNAların saflaştırılması ve sekanslanması bu mRNAların çoğunlukla translasyonel olarak bastırıldığını ve 5' mRNA bozulmasından korunduğunu gösterdi.

<span class="mw-page-title-main">Santral dogma (moleküler biyoloji)</span> Biyolojik bir sistem içindeki genetik bilgi akışının açıklanması

Moleküler biyolojinin santral (merkezi) dogması, biyolojik bir sistem içindeki genetik bilgi akışının bir açıklamasıdır. Orijinal anlamı bu olmasa da, genellikle "DNA RNA'yı, RNA proteini yapar" şeklinde ifade edilir İlk olarak 1957'de Francis Crick tarafından ifade edilmiş, 1958'de ise yayınlanmıştır.

<span class="mw-page-title-main">40S ribozomal protein S3</span>

40S ribozomal protein S3, insanların 11. kromozomunda yer alan RPS3 geni tarafından kodlanan bir proteindir.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.