İçeriğe atla

Otofaji

Otofaji (autophagy, "kendini yemek"), yeni ve daha sağlıklı hücreler elde edinmek için vücudun hasarlı hücreleri temizleme yoludur.[1]

Yanlış katlanmış veya kümelenmiş proteinlerin yıkımında, hasarlı organellerin temizlenmesinde ve hücre içi patojenlerin ortadan kaldırılmasında önemli bir rol oynamaktadır. Dolayısıyla, otofaji genellikle "hayatta kalma mekanizması" olarak düşünülmektedir.[2]

Otofaji sürecinde hücreler, organelleri veya makromolekülleri sindirerek enerji ve metabolitler üretir. Böylece, otofaji açlık çeken veya büyüme faktörlerinden yoksun bir hücrenin hayatta kalmasına izin verir. Uzun süre boyunca besinlerden yoksun kalan hücreler ise, mevcut tüm maddeleri sindirerek otofajiye bağlı hücre ölümünden ölmektedir.[3]

Hücrede organellerin veya bileşenlerin yıkımı lizozomlar aracılığı ile gerçekleşmektedir.[4] Materyalin parçalanma veya geri dönüşüm için lizozomlara nasıl verildiğine bağlı olarak üç otofaji alt çeşidi tanımlanmıştır. Makrootofajide, kargo çift membranlı bir yapı ("otofagozom") içinde tutulur ve daha sonra lizozomlarla birleşir. Mikrootofajide, kargo lizozomal zarın yayılmasıyla (invajinasyonla) yutulur. Şaperon aracılı otofajide ise maddeler, ısı şoku kognat proteinler tarafından lizozomlara verilir.[5] Otofaji terimi en önemli yolak olan makrootofajiyi öne çıkarmaktadır.

Şekil 1. Otofajinin moleküler mekanizması. Otofaji, izolasyon membranının oluşması ile başlar. Vezikül uzamasıyla kargoların yutulması gerçekleşir ve otofagozom oluşur. Otofagozom ve lizozomun birleşmesiyle içeriğin parçalanması gerçekleşir. Parçalanma sonucu oluşan amino asitler ve yan ürünler sitoplazmaya gönderilir.

Moleküler mekanizması

Otofajinin lipid çift tabakasından türetilen ve bir fagofor olarak da bilinen izolasyon membranı ile başladığı düşünülmektedir. Bu fagofor, protein birikimleri ve hasarlı organeller gibi hücre içi kargoları yutmak için genişler ve böylece kargoyu çift membranlı bir otofagozomun içine alır. Kargoyu içine almış otofagozom, lizozom ile birleşerek (füzyon) otofagozomal içeriğin lizozomal asit proteazlar tarafından yıkılmasını sağlamaktadır. Lizozomal permeazlar ve taşıyıcılar amino asitleri ve diğer yan ürünlerini sitoplazmaya geri gönderirler. Böylece, bu amino asitler ve yan ürünler, makromolekül oluşturmak ve metabolizma için yeniden kullanılabilirler[6][7] (Şekil 1).

Patolojiye giriş (Hücre hasarı ve ölümü)

Patoloji kelime anlamı olarak, hastalık bilimi ya da hastalıkların araştırılması anlamına gelir (Pathos=hastalık, logos=bilim).

Geleneksel olarak patoloji çalışmaları, genel patoloji ve özel ya da sistemik patoloji olmak üzere ikiye ayrılır.

Bir hastalık olayının, patolojinin de temelini oluşturan 4 yönü vardır.

1- Neden (Etyoloji): MÖ 2500 yıllarında kişiler hasta olduğunda, ya onun kendi hatası ve günahkar olduğu ya da bazı dış etkenler, kötü kokular, soğuk, şeytani ruhlar ya da tanrılar gibi nedenlerden dolayı hastalandığı düşünülürdü.

Bir hastalığın anlaşılması, tanısının koyulabilmesi ve tedavisinin yapılabilmesi için temel koşul primer nedenin bilinmesi ya da keşfedilmesi esasına dayanmaktadır.

2- Patogenez : Hastalık etkenine karşı hücre, doku ve tüm organizmanın cevabındaki bulgular zincirine verilen isimdir (Başlangıç uyarısından hastalığın son bulgularına kadar).

19. yüzyılın sonlarından 1950'lere kadar patoloji büyük oranda hastalığın morfolojik bulgularını araştırmakla sınırlı idi.

3- Morfolojik değişiklikler: Morfolojik değişiklikler hem etyolojik olaya tanı koydurucu hem de hastalığın karakteristikleri olan hücre ve dokulardaki fonksiyonel değişikliklerle birlikte yapısal değişikliklere verilen isimdir.

4- Fonksiyonel bozukluklar ve klinik önemi: Morfolojik değişikliklerin değişik organ ve dokulardaki dağılımı ve doğası, normal fonksiyonel yetersizlikleri ile hastalığın klinik özellikleri (Belirti ve semptom), gidiş ve prognozu belirler.

Doku hasarının tüm formlarda bozukluklar hücrelerde yapısal ya da moleküler değişikliklerle başlar bu kavram ilk defa 19. yüzyılda Rudolf Virchow tarafından ortaya konmuştur.

Kaynakça

  1. ^ "Autophagy: Definition, Diet, Fasting, Cancer, Benefits, and More". Healthline (İngilizce). 23 Ağustos 2018. 28 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Mayıs 2021. 
  2. ^ Glick, Danielle; Barth, Sandra; Macleod, Kay F. (1 Nisan 2010). "Autophagy: cellular and molecular mechanisms". The Journal of Pathology (İngilizce). 221 (1): 3-12. doi:10.1002/path.2697. PMC 2990190 $2. PMID 20225336. 
  3. ^ Hotchkiss, Richard S.; Strasser, Andreas; McDunn, Jonathan E.; Swanson, Paul E. (15 Ekim 2009). "Cell Death". New England Journal of Medicine (İngilizce). 361 (16): 1570-1583. doi:10.1056/NEJMra0901217. ISSN 0028-4793. PMC 3760419 $2. PMID 19828534. 
  4. ^ Kroemer, Guido; Mariño, Guillermo; Levine, Beth (22 Ekim 2010). "Autophagy and the Integrated Stress Response". Molecular Cell (İngilizce). 40 (2): 280-293. doi:10.1016/j.molcel.2010.09.023. PMC 3127250 $2. PMID 20965422. 10 Nisan 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 Mayıs 2021. 
  5. ^ Klionsky, Daniel J. (Kasım 2007). "Autophagy: from phenomenology to molecular understanding in less than a decade". Nature Reviews Molecular Cell Biology (İngilizce). 8 (11): 931-937. doi:10.1038/nrm2245. ISSN 1471-0072. 10 Mart 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 8 Mayıs 2021. 
  6. ^ Mizushima, N. (15 Kasım 2007). "Autophagy: process and function". Genes & Development (İngilizce). 21 (22): 2861-2873. doi:10.1101/gad.1599207. ISSN 0890-9369. 
  7. ^ Ravanan, Palaniyandi; Srikumar, Ida Florance; Talwar, Priti (1 Kasım 2017). "Autophagy: The spotlight for cellular stress responses". Life Sciences. 188: 53-67. doi:10.1016/j.lfs.2017.08.029. ISSN 0024-3205. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Sitoloji</span> Hücreleri inceleyen biyoloji dalı

Sitoloji veya hücre biyolojisi, kökü Yunancadaki kytos, barındırıcı kelimesidir), hücrelerin fizyolojisini, yapısını, içerdiği organelleri, bulunduğu ortamla olan ilişkisini, yaşam döngüsünü, bölünmesini ve ölümünü inceleyen bir bilim dalıdır. Bu işlem hem moleküler hem de mikroskobik ölçüde gerçekleştirilir. Sitoloji araştırmaları, bakteriler ve protozoa gibi tek hücreli organizmalardan, insan gibi çok hücreli organizmalara kadar büyük bir alana yayılır.

Hücre bir canlının yapısal ve işlevsel özellikler gösterebilen en küçük birimidir. Hücre kelimesi, ; Latince küçük odacık anlamına gelen "cellula" kelimesinden Robert Hooke tarafından türetilmiştir. Hücrenin içerisinde "Solunum, Boşaltım, Beslenme, Sindirim" gibi yaşamsal faaliyetler gerçekleşir.

<span class="mw-page-title-main">Mitokondri</span> Ökaryotik hücrelerde solunumdan sorumlu organel

Mitokondri, hücre organellerinden biridir. Yunanca mitos (iplik) ve khondrion (tane) sözcüklerinden türetilmiştir. Boyları 0,2-5 mikron arasında değişir. Şekilleri ise ovalden çubuğa kadar değişkenlik göstermektedir. Bazı hücreler tek bir büyük mitokondri içerebilse de mitokondriler hücrelerde çoğunlukla fazla sayılardadır. Sayıları hücrenin enerji ihtiyacına göre değişir. Özellikle kas ve sinir hücreleri gibi enerji ihtiyacı fazla olan hücrelerde çok sayıda mitokondri bulunur. Bir karaciğer hücresinde sayıları 2500 civarına ulaşabilir.

<span class="mw-page-title-main">Alyuvar</span>

Alyuvar, kırmızı kan hücresi veya eritrosit, en yaygın kan hücresi türüdür. Çağdaş bilim insanları laboratuvarda alyuvar geliştirebilmeyi başarmışlardır.

<span class="mw-page-title-main">Ribozom</span> Tüm canlı hücrelerde bulunan zarsız organel.

Ribozom, tüm canlı hücrelerde bulunan karmaşık moleküler yapıya sahip ve protein oluşturma sürecinde hayati bir rol oynayan bir organeldir. Bu süreç, mRNA çevirisi olarak bilinen bir biyolojik mekanizma aracılığıyla gerçekleşir. Kısaca ribozomlar, haberci RNA (mRNA) molekülleri tarafından sağlanan talimatları takip ederek amino asitleri birbirine bağlar ve polipeptit adı verilen amino asit zincirlerini oluşturur.

<span class="mw-page-title-main">Golgi aygıtı</span> Proteinleri ihraç için paketleyen hücre organeli

Golgi aygıtı, çoğu ökaryotik hücrede bulunan bir organeldir. 1897'de, Golgi aygıtı isminin kaynağı olan, İtalyan tabip Camillo Golgi tarafından keşfedilmiştir.

Proteaz, proteolizi katalize eden, proteinleri daha küçük polipeptitlere veya tekil amino asitlere ayıran ve yeni protein ürünlerinin oluşumunu teşvik eden bir enzimdir. Bunu, su ile kimyasal bağların parçalandığı hidroliz işlemiyle proteinlerin içerisinde yer alan peptit bağlarını kırarak yapar. Proteazlar, proteinlerin sindirilmesi, protein katabolizması ve hücre sinyalizasyonu dahil olmak üzere çok sayıda biyolojik süreçte yer alır.

<span class="mw-page-title-main">Patoloji</span> hastalıkla ilgili hücrelerdeki, dokulardaki ve organlardaki yapısal ve işlevsel değişikliklerin tanınması, araştırılması ve incelenmesiyle ilgilenen bilim dalı

Patoloji , hastalık çalışması ve bilimi kelimelerinin birleşmesi ile oluşmuş hastalıklar bilimi anlamına gelen bir sözcüktür. Ayrıca belirli bir bozukluğun tipik özellikleriyle birlikte bütününe patoloji denilebilir.

<span class="mw-page-title-main">Peroksizom</span> Bir organel türü

Peroksizom, hemen hemen tüm ökaryotik hücrelerde bulunan bir organeldir. Çok uzun zincirli yağ asitlerinin, dallı zincirli yağ asitlerinin, D amino asitlerinin, poliaminlerin katabolizmasında ve memelilerin beyin ve akciğerlerinin normal fonksiyonu için önem taşıyan bir eterfosfolipid olan plazmalojenlerin biyosentezi için gereklidir. Ayrıca enerji metabolizması için önemli olan pentoz fosfat yolundaki iki enzimin toplam aktivitesinin yaklaşık olarak %10'unu içerir. Peroksizomların, hayvanlardaki izoprenoid veya kolesterol senteziyle ilişkili olup olmadığı tartışılmaktadır. Filizlenen tohumlardaki glioksilat döngüsü ("glioksizom"), yapraklardaki fotosolunum, tripanazomatidlerdeki glikoliz ("glikozom") ve bazı mayalardaki metanol veya amin oksidasyonu ile asimilasyonu bilinen diğer peroksizomal işlevlerdir.

<span class="mw-page-title-main">Hücre iskeleti</span> Hücrelerin iç iskeletini oluşturan ipliksi protein ağı

Hücre iskeleti, bakteriler haricinde tüm hücrelerin sitoplazmasında bulunan, hücre çekirdeğinden hücre zarına uzanan ve protein filamentlerinin birbirine bağlayan kompleks ve dinamik bir ağıdır. Farklı organizmaların hücre iskeleti sistemleri benzer proteinlerden oluşur. Ökaryotlarda hücre iskeleti matrisi, hücrenin gereksinimlerine bağlı olarak hızlı büyüme veya küçülme yeteneğine sahip üç ana proteinden oluşan dinamik bir yapıdır.

Proteoglikanlar, çokça glikozillenmiş olan özel bir glikoprotein sınıfını temsil eder. Bir veya daha fazla kovalent bağla eklenmiş glikozaminoglikan (GAG) zincirli bir çekirdek (core) proteinden oluşur. Bu glikozaminoglikan zincirleri, sülfat ve üronik asit gruplarının ortamda bulunmasıyla ilişkili fizyolojik koşullar altında negatif yüklü olan uzun, doğrusal/çizgisel karbonhidrat polimerleridir. Bu proteoglikanlar insan bağ dokusundaki zemin maddesinde bulunabilirler.

<span class="mw-page-title-main">Aksonem</span>

Eksenel filament olarak da adlandırılan bir aksonem, bir siliyer veya kamçının çekirdeğini oluşturan mikrotübül bazlı hücre iskeleti yapısıdır. Kirpikler ve flagella, hareketlilik sağlamak için birçok hücre, organizma ve mikroorganizmada bulunmaktadır. Aksonem, bu organellerin "iskeleti" olarak hizmet eder, hem yapıya destek verir hem de bazı durumlarda bükülme yeteneği sağlamaktadır. Kirpikler ve flagella arasında işlev ve uzunluk ayrımları yapılabilse de, aksonemin iç yapısı her ikisinde de ortaktır.

<span class="mw-page-title-main">Ana Maria Cuervo</span> İspanyol Bilim İnsanı

Ana Maria Cuervo, İspanyol bilim insanı. Albert Einstein Tıp Koleji bünyesindeki Geleşimsel ve Moleküler Biyoloji, Anatomi ve Yapısal Biyoloji bölümünde profesör olarak görev yapmaktadır. Hücre içindeki atık madde çevrimini konu alan çalışmalarıyla tanınmıştır.

Atrofi ya da körelme, normal büyüklükteki bir organın sonradan küçülmesidir; edinsel bir olgudur. İrileşim ve aşırı gelişim (hiperplazi), körelmenin karşıtı olan olgulardır.

Nörodejenerasyon, nöronların ölümü de dahil olmak üzere nöronların ilerleyen yapı veya fonksiyon kaybıdır. Nörodejeneratif süreçlerin bir sonucu olarak amiyotrofik lateral skleroz, Parkinson hastalığı, Alzheimer hastalığı, ölümcül ailesel uykusuzluk ve Huntington hastalığı gibi birçok nörodejeneratif hastalık ortaya çıkar. Bu tür hastalıklar tedavi edilemez ve nöron hücrelerinin ilerleyici dejenerasyonu ve / veya ölümüyle sonuçlanır. Araştırmalar ilerledikçe, bu hastalıkları hücre altı düzeyde birbirleriyle ilişkilendiren birçok benzerlik ortaya çıkmaktadır. Bu benzerliklerin keşfedilmesi, birçok hastalığı aynı anda iyileştirebilecek terapötik ilerlemeler için umut vermektedir. Atipik protein düzenekleri ve uyarılmış hücre ölümü dahil olmak üzere farklı nörodejeneratif bozukluklar arasında birçok paralellik vardır. Nörodejenerasyon, molekülerden sistemik olana kadar birçok farklı nöronal devre seviyesinde bulunabilir.

Moleküler patoloji, organlar, dokular veya vücut sıvıları içindeki genetik düzeydeki değişimlerin moleküler yöntemler aracılığıyla incelenmesi yoluyla hastalıkların araştırılmasına ve teşhisine odaklanan patoloji'nin yeni gelişmekte olan bir alt dalıdır Moleküler patoloji; tanıyı en uygun hale getirmek, tedaviyi ve hastalığın seyrini en iyi şekilde belirlemek için standart patolojik parametrelere ek olarak, genetik verilerin kullanımı olarak da tanımlanabilmektedir. Önemli bir husus, tanı hem dokulardaki morfolojik değişikliklere hem de moleküler testlere dayandığında daha hassas tanının mümkün olmasıdır.

Biyolojide, hücre sinyalizasyonu veya hücre iletişimi, hücrelerin çevresi ve kendisi arasında sinyalleri alma, işleme ve iletme yeteneğidir. Bakteriler, bitkiler ve hayvanlar gibi her canlı organizmadaki tüm hücrelerin temel bir özelliğidir. Bir hücrenin dışından kaynaklanan sinyaller mekanik basınç, voltaj, sıcaklık, ışık veya kimyasal sinyaller gibi fiziksel ajanlar olabilir. Kimyasal sinyaller hidrofobik veya hidrofilik olabilir. Hücre sinyalleri kısa veya uzun mesafelerde meydana gelebilir ve sonuç olarak otokrin, jukstakrin, intrakrin, parakrin veya endokrin olarak sınıflandırılabilir. Sinyal molekülleri çeşitli biyosentetik yollardan sentezlenebilir ve pasif veya aktif taşıma yoluyla ve hatta hücre hasarından sonra salınabilirler.

Hücrelerin evrimi, hücrelerin evrimsel kökenini ve daha sonraki evrimsel gelişimini ifade eder. Hücreler ilk olarak en az 3,8 milyar yıl önce, dünya oluştuktan yaklaşık 750 milyon yıl sonra ortaya çıktı.

<span class="mw-page-title-main">Santral dogma (moleküler biyoloji)</span> Biyolojik bir sistem içindeki genetik bilgi akışının açıklanması

Moleküler biyolojinin santral (merkezi) dogması, biyolojik bir sistem içindeki genetik bilgi akışının bir açıklamasıdır. Orijinal anlamı bu olmasa da, genellikle "DNA RNA'yı, RNA proteini yapar" şeklinde ifade edilir İlk olarak 1957'de Francis Crick tarafından ifade edilmiş, 1958'de ise yayınlanmıştır.

Biyosentez, substratların canlı organizmalarda daha karmaşık ürünlere dönüştürüldüğü çok aşamalı, enzim katalizli bir süreçtir. Biyosentezde basit bileşikler modifiye edilir, diğer bileşiklere dönüştürülür veya makromoleküller oluşturmak üzere birleştirilir. Bu süreç genellikle metabolik yollardan oluşur. Bu biyosentetik yollardan bazıları tek bir hücresel organel içinde yer alırken diğerleri birden fazla hücresel organel içinde yer alan enzimleri içerir. Bu biyosentetik yolların örnekleri arasında çift katlı lipit katmanının bileşenlerinin ve nükleotidlerin üretimi yer alır. Biyosentez genellikle anabolizma ile eş anlamlıdır ve bazı durumlarda birbirinin yerine kullanılır.