Biyolojide taksonomi , ortak özelliklere dayalı olarak biyolojik organizma gruplarını adlandırma, tanımlama (sınırlandırma) ve sınıflandırma bilimsel çalışmasıdır. Organizmalar taksonlar halinde gruplandırılır ve bu gruplara taksonomik bir seviye verilir; belirli bir seviyedeki gruplar daha yüksek rütbeli daha kapsayıcı bir grup oluşturmak için toplanabilir, böylece taksonomik bir hiyerarşi oluşturulur. Modern kullanımdaki başlıca sıralamalar üst âlem, âlem, şube, sınıf, takım, familya, cins ve türdür. İsveçli botanikçi Carl Linnaeus, organizmaları kategorize etmek için Linnaean taksonomisi olarak bilinen sıralı bir sistem ve organizmaları adlandırmak için ikili adlandırma geliştirdiği için mevcut taksonomi sisteminin kurucusu olarak kabul edilir.
Biyolojide filogenetik çeşitli organizma grupları arasındaki evrimsel ilişkinin araştırmasıdır. Bu ilişkiler filogeni olarak adlandırılır. Filogenetik terimi Yunanca kökenlidir, "kabile, ırk" anlamına gelen file veya filon (φυλή/φῦλον) ve doğumla ilişkili anlamındaki genetikos (γενετικός) terimlerinden türetilmiştir. Organizmaların sınıflandırması ve adlandırması olan taksonomi, filogenetikten büyük miktarda etkilenmiştir ama yöntemsel ve mantıksal olarak farklıdır. Bu iki saha, "kladizm" veya "kladistik" olarak bilinen filogenetik sistematik bilim dalında örtüşürler. Filogenetik sistematikte taksonları birbirinden ayırt etmek için sadece filogenetik ağaçlar kullanılır. Evrimsel hayat ağacının araştırılması için filogenetik analiz yöntemleri vazgeçilmez hâle gelmiştir.
Doğal seçilim, canlıların fenotiplerindeki farklılıklardan ötürü hayatta kalma şansının ve üreme başarısının değişkenlik göstermesidir. Evrimin esas mekanizmalarından biri olup, bir popülasyonun nesiller boyunca karakteristik olan kalıtsal özelliklerindeki değişimdir. Charles Darwin, kendi görüşüne göre kasıtlı olarak gerçekleştirilen yapay seçilime karşılık kendiliğinden gerçekleşen "doğal seçilim" terimini popülerleştirmiştir.
Primatlar veya iri beyinli yüksek memeliler, memeliler sınıfının Euarchontoglires üst takımına ait bir takımdır. Maymun adı kimi zaman bütün primatları kapsarken yalnızca simiyenler için de kullanılabilir. Primatları inceleyen bilim dalı primatolojidir.
Simpatrik türleşme, aynı coğrafi bölgede yaşayan tek bir atasal türden yeni türlerin evrilerek oluştuğu süreçtir. Simpatrik ve simpatri terimleri, evrimsel biyolojide ve biyocoğrafyada yaşam alanlarının birbirleriyle örtüştüğü, hatta aynı olduğu, en azından bu yaşam alanlarının bazı yerlerinde birlikte var olabildikleri organizmaları tanımlar. Bu organizmalar birbirleriyle yakından akraba olduğu durumlarda, böyle bir dağılım simpatrik türleşmenin bir sonucu olabilir. Etimolojik olarak simpatri kelimesinin kökeni Yunanca olup συν (birlikte) ve πατρίς kelimelerinden türetilmiştir. Bu kavram ilk olarak, türemeyi açıklayan İngiliz evrimsel biyolog Sir Edward Bagnall Poulton tarafından, 1904 yılında icat edilmiştir.
Tip tür, zoolojik adlandırmada, ait olduğu cinsin sınıflandırmada gözlemlenen önemli, belirleyici özelliklerin atfedilen türde birebir gözlemlenmesi durumudur. Benzer bir kavram, tip cins adı verilen suprajenerik gruplar için kullanılır.
Tür kompleksi biyolojide görünüş olarak birbirine çok benzeyen ve aralarında ayrım yapılmasının oldukça güç olduğu ve bu ayrımların tam olarak ne olduğu belirli olmayan birbirleriyle yakın akraba türlerden oluşan bir grubu anlatmak için kullanılan terimdir.
Filogenetikte, bir soy ya da taksonun ilkel özelliği bir kladın ya da klad grubunun ortak atasından kalıtsal olarak geçmiş ve o zamandan beri de çok az değişikliğe uğramış bir özelliktir. Buna karşın klad grubunun içinde olduğu görünen bir özellik ise yani kladın içinde herhangi bir alt grupta görülen ama tamamında görülmeyen özellik ise gelişmiş ya da türemiş bir özelliktir. Klad, ortak ataları ve onun soyundan gelen organizmaların tamamının oluşturduğu bir gruptur.
Botanik isimlendirmesinde yazar alıntısı, geçerli bir botanik adı yayınlayan, yani adı alg, mantar ve bitkiler için Uluslararası İsimlendirme Kanunu'nda (ICN) belirtilen resmi gereklilikleri yerine getirirken ilk kez yayınlayan kişi veya gruba atıfta bulunmak anlamına gelir. Bir türün artık orijinal jenerik yerleşiminde olmadığı durumlarda, hem orijinal cins yerleşiminin yazarları hem de yeni kombinasyonun yazarları verilir.
Kladistik ya da filogenetikte, bir dış grup incelenen organizma grubu içindeki evrimsel ilişkileri belirlerken daha uzaktan ilişkili olan ve referans grubu olarak kullanılan organizmalar grubudur. Dış grup, iç grup için bir karşılaştırma noktası olarak kullanılır ve özel olarak da filogeninin kökünün olmasını sağlar. Özellik değişikliğinin yönü yalnızca kökü olan bir filogeni sayesinde belirlenebildiği için dış grubun seçimi bir filogeni içinde özelliklerin evrimini anlayabilmek için gereklidir.
Mesonychia, erken Paleosen ila Oligosen dönemleri arasında yaşamış arkaik toynaklı memelileri kapsayan bir etçil memeli grubudur.
Mezonikidler, Paleosen ile Oligosen devirleri arasında Avrupa, Asya ve Kuzey Amerika'da yaşamış etçil toynaklıları içeren bir familyadır.
Lepidosauria, üst üste binen pullara sahip sürüngenlerdir. Üst takımda, Squamata (pullular) ve Rhynchocephalia takımları bulunur. Monofiletik bir gruptur ve bu nedenle ortak bir atadan gelen tüm torunları barındırır. Squamata, yılanları, kertenkeleleri ve Amphisbaenia'yı içerir. Rhynchocephalia 220-100 milyon yıl önce yaygın ve çeşitli bir gruptu; bununla birlikte, şimdi sadece Yeni Zelanda'ya özgü tek bir tuatara türünü içeren Sphenodon cinsi ile temsil edilmektedir. Lepidosauria, Aves (kuşlar) ve Crocodilia'yı (timsahlar) içeren Archosauria'nın kardeş taksonudur. Kertenkeleler ve yılanlar, lepidozorların tür bakımından en zengin grubudur ve toplamda 9.000'den fazla tür içerir. Kertenkeleler, tuataralar ve yılanlar arasında birçok göze çarpan ayırt edici morfolojik farklılıklar vardır.
Megalosauroidea, Orta Jura'dan Geç Kretase dönemine kadar yaşayan tetanuran theropod dinozorlarının bir üst ailesidir. Gruptaki tüm taksonlar, tip tür Megalosaurus bucklandii ile Allosaurus fragilis veya Passer domesticus'tan daha yakın bir ortak ataya sahiptir. Grubun üyeleri arasında Spinosaurus, Megalosaurus ve Torvosaurus bulunur.
Sphenacodontoidea, Sphenacodontidae familyasını ve memelilerin dahil olduğu terapsitleri içeren bir sinapsit grubudur. Taksonun monofiletik bir grup olarak geçerliliği konusunda bilim insanları arasında genel bir fikir birliği yoktur.
Bir organizma grubu için kladistikte, monofili, klad olmanın koşuludur - yani, yalnızca ortak bir atadan ve onun tüm soyundan oluşan bir grup taksondur. Monofiletik gruplar tipik olarak, daldaki organizmaları diğer organizmalardan ayıran ortak türetilmiş özellikler (sinapomorfiler) ile karakterize edilir. Eşdeğer bir terim holofilidir.
Filogenetikte, apomorfi ve sinapomorfi bir kladın türemiş karakterlerini işaret eder; bu karakterler ya da özellikler evrimsel süreç boyunca atasal karakterlerden türemiştir. Apomorfi, soyun atasında bulunan biçimden farklı bir karakterdir ve kladı diğer kladlardan ayırt etmeye yarar. Sinapomorfi ise kladı diğer organizmalardan ayırt etmeye yarayan ve paylaşılan apomorfidir. Diğer bir deyişle sinapomorfi, monofiletik bir grubun üyeleri tarafından paylaşılan bir apomorfidir ve dolayısıyla en son ortak atada da bulunduğu varsayılır.
Filogenetikte plesiomorfi atasal karakter durumudur. Simplesiomorfi, klad içinde öncekiler de dahil olmak üzere, iki ya da daha fazla takson tarafından paylaşılan plesiomorfidir. Psödoplesiomorfi ise ne bir plesiomorfi ne de bir apomorfi olarak tanımlanamayan karakterlerdir.
Taksonomide eğer bir grup en son ortak atası ve soyundan gelenlerin tamamını içeriyor ama genellikle bir ya da iki monofiletik alt grubu kapsamıyorsa bu grup dışarıda bırakılan alt gruplara nazaran parafiletik olarak adlandırılır. Parafiletik bir grup bir klad ya da ortak ata ile birlikte soyundan gelen tüm türlerin yer aldığı bir tür grubu olan monofiletik bir grup olamaz. Parafiletik grubun bir ya da daha fazla üyesi, dışarıda bırakılan grup ya da gruplara, parafiletik gruptan daha yakın akrabadır. Terim filogenetikte ve dilbilimde yaygın olarak kullanılır. Parafiletik gruplar sinapomorfiler ve simplesiomorfilerin birleşimi ile tanımlanırlar.
Hadrosauromorpha, 2014 yılında David B. Norman tarafından Hadrosauroidea'yı sıkıştırılmış manuel kemikler ve bir poleks ile bazal taksonlara ve bunlardan yoksun türetilmiş taksonlara bölmek için tanımlanan iguanodontian ornithopodların bir kohortudur. Klad, Edmontosaurus regalis'e Probactrosaurus gobiensis'ten daha yakın olan tüm taksonlar olarak tanımlanır. Bu, analize bağlı olarak farklı taksonların dahil edilmesine neden olur.
