İçeriğe atla

Oktopin

{{Kimya bilgi kutusu |ResimDosyası=Octopine structure.svg |ResimAdı=Stereo,oktopinin iskelet formülü ((2S)-2-{[(1R)-1-karboksietil]amino}) |IUPACAdı=2-[[1-Karboksietil]amino]-5-(diaminometilideneamino)pentanoik asit[] |Doğrulanmışrevid=477505511 }}

Oktopin arjinin ve alanin amino asitlerinin bir türevi. Opinlerin keşfedilen ilk üyesi. Oktopin ismini ilk kez 1927' de izole edildiği Octopus octopodia' dan alır.[1]

Oktopin, laktik asit için analog olarak görev gördüğü ahtapot, Pecten maximus ve Sipunculus nudus gibi omurgasızların kas dokularından izole edilir.[2] Aynı zamanda Agrobakteri ve bitkide sebep olduğu taç uru tümöründe de bulunur.[3]

Oktopin pirüvik asit ve arjininin, NADH bağımlı oktopin dehidrogenaz (ODH) yardımı ile, indirgen yoğunlaşmasıyla üretilir.[4] Tepkime tersinirdir. Bu nedenle Oktopinden arjinin ve pirüvik asit elde edilebilir.

Kaynakça

  1. ^ Morizawa, Kiyoshi (1927). "The extractive substances in Octopus octopodia". Acta Scholae Medicinalis Universitatis Imperialis in Kioto. Cilt 9. ss. 285-298. 
  2. ^ Hockachka, P.; Hartline, P.; Fields, J. (1977). "Octopine as an end product of anaerobic glycolysis in the chambered nautilus". Science. 195 (4273). ss. 72-4. doi:10.1126/science.831256. PMID 831256. 
  3. ^ Lippincott, James A.; Lippincott, Barbara B. (1970). "Lysopine and octopine promote crown-gall tumor growth in vivo". Science. 170 (3954). ss. 176-177. doi:10.1126/science.170.3954.176. PMID 17833501. 
  4. ^ Smits, Sander H.J.; Mueller, Andre; Schmitt, Lutz; Grieshaber, Manfred K. (2008). "A Structural Basis for Substrate Selectivity and Stereoselectivity in Octopine Dehydrogenase from Pecten maximus". Journal of Molecular Biology. 381 (1). ss. 200-11. doi:10.1016/j.jmb.2008.06.003. PMID 18599075. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">DNA</span> Canlıların genetik bilgilerini barındıran molekül

Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.

<span class="mw-page-title-main">RNA</span> nükleotitlerden oluşan polimer

Ribonükleik asid (RNA), bir nükleik asittir, nükleotitlerden oluşan bir polimerdir. Her nükleotit bir azotlu baz, bir riboz şeker ve bir fosfattan oluşur. RNA pek çok önemli biyolojik rol oynar, DNA'da taşınan genetik bilginin proteine çevirisi (translasyon) ile ilişkili çeşitli süreçlerde de yer alır. RNA tiplerinden olan mesajcı RNA, DNA'daki bilgiyi protein sentez yeri olan ribozomlara taşır, ribozomal RNA ribozomun en önemli kısımlarını oluşturur, taşıyıcı RNA ise protein sentezinde kullanılmak üzere kullanılacak aminoasitlerin taşınmasında gereklidir. Ayrıca çeşitli RNA tipleri genlerin ne derece aktif olduğunu düzenlemeye yarar.

<span class="mw-page-title-main">Amino asit</span> Proteinlerin temel yapı taşı

Amino asitler, proteinleri oluşturan temel yapı taşlarıdır.

<span class="mw-page-title-main">Arjinin</span>

Arginin bir α-aminoasittir. L-arginin, doğada bulunan proteinlerin yapısını oluşturan 20 aminoasitten biridir. Memeli hayvanlarda, arjinin temel aminoasitlerden biri olarak kabul edilmektedir. Organizmanın gelişim safhasına ve sağlık durumuna göre dışarıdan beslenme yoluyla temin edilmesi kaçınılmaz olabilmektedir.

<span class="mw-page-title-main">Miller-Urey deneyi</span> Kimyasal evrimin oluşumunu denemek üzere oluşturulan deney

Miller-Urey Deneyi kimyasal evrimin oluşumunu denemek üzere, 1952'deki bilimsel görüşe göre dünyanın ilk zamanlarında var olduğu koşulların benzetim yöntemiyle oluşturulduğu bir deneydi. Bu deney, özellikle Aleksandr Ivanovich Oparin ve J.B.S. Haldane'in, ilkel dünya üzerindeki koşullarda var olan inorganik öncüllerinin kimyasal tepkimeler yoluyla organik bileşikleri sentezlediği hipotezini sınamak içindi. Abiyogenez konusunda klasik bir deney olduğu kabul edilen bu deney, 1952 yılında Stanley Lloyd Miller ve Harold Urey tarafından Chicago Üniversitesi'nde yapılmıştı.

Çöpçü reseptör sınıf B, tip I, çeşitli hücrelerde görülen bir entegral membran proteinidir. Yüksek yoğunluklu lipoproteinlerdeki (HDL) kolesteril esterin karaciğer tarafından alınmasını sağlar. Vücuttaki diğer dokulardan karaciğere doğru, vücuttan atılmak üzere, giden kolesterolün bu hareketi bu süreç sayesinde sürdürülür. Kolesterolün bu gidişi "ters kolesterol taşıması" olarak adlandırılır ve ateroskleroz oluşumuna karşı koruyucu bir mekanizma olarak işler.

<span class="mw-page-title-main">Genetik kod</span> genetik materyal içinde kodlanan bilginin proteinlere çevrildiği kurallar

Genetik kod, genetik malzemede kodlanmış bilginin canlı hücreler tarafından proteinlere çevrilmesini sağlayan kurallar kümesidir. Kod, kodon olarak adlandırılan üç nükleotitlik diziler ile amino asitler arasındaki ilişkiyi tanımlar. Bir nükleik asit dizisindeki üçlü kodon genelde tek bir amino asidi belirler. Genlerin çok büyük çoğunluğu aynı kodla şifrelendiği için, özellikle bu koda kuralsal veya standart genetik kod olarak değinilir, ama aslında pek çok kod varyantı vardır. Yani, standart genetik kod evrensel değildir. Örneğin, insanlarda, mitokondrilerdeki protein sentezi kuralsal koddan farklı bir genetik koda dayalıdır.

<span class="mw-page-title-main">Okyanusların asitlenmesi</span> Okyanustaki pH seviyelerinde iklim değişikliği kaynaklı düşüş

Okyanus asitlenmesi, okyanusların atmosferden antropojenik karbondioksit emmesi sebebiyle pH'ının düşmesi yani asitlenmesidir.

<span class="mw-page-title-main">Alfa sarmal</span>

Protein ikincil yapısında yaygın bir motif olan alfa sarmal (α-sarmal), sağ-elli burgulu bir biçimdir, omurgadaki her bir N-H grubu, kendinden dört amino asit kalıntısı gerideki omurgadaki C=O grubuna bir hidrojen bağı verir. Bu ikincil yapı bazen klasik Pauling-Corey-Branson alfa sarmalı olarak da adlandırılır. Proteinlerin lokal yapı tipleri arasında α-sarmal, en düzenli olan, diziden öngörüsü yapılması en kolay olan ve ayrıca en yaygın olandır.

Dünyadaki yaşamın evrimsel tarihi, fosil ya da günümüz yaşayan canlı organizmaların evrildiği süreçlerin izlerini takip eder. Yaşamın evrimsel tarihi, yeryüzünde yaşamın kökeninden, günümüzden yaklaşık 4,5 milyar yıl önceki bir tarihten, günümüze kadar uzanmaktadır. Günümüz tüm canlı türleri arasındaki benzerlikler, bilinen tüm canlı türlerin, evrim süreçleri içinde giderek birbirlerinden ayrıldığı ortak bir ataya sahip olduklarına işaret etmektedir.

Moleküler saat, moleküler saat hipotezi (MSH) temelinde, jeolojik geçmişte iki türün veya diğer taksonların birbirinden ne zaman ayrıldıklarını tespit etmek için fosil sabitleri ve moleküler değişim oranlarının moleküler evrimde kullanıldığı bir tekniktir. Moleküler saat, türleşme ya da radyasyon olarak adlandırılan olayların ortaya çıkma zamanlarını tahmin etmek için kullanılır. Bu tür hesaplamalar için kullanılan moleküler veriler, DNA'larda genellikle nükleotid dizileri veya proteinlerdeki amino asit dizileridir. Moleküler saate, bazen gen saati, genetik saat ya da evrimsel saat dendiği de olur.

<span class="mw-page-title-main">Phillip Allen Sharp</span> Amerikalı biyolog

Phillip Allen Sharp, Amerikan genetikçi ve moleküler biyolog. RNA bağlanmasının kaşiflerinden biridir. Richard J. Roberts ile birlikte ökaryot hücrelerinin DNA dizelerindeki genlerin bitişik sırada olmadığını, aralarda intron denilen okunmayan ve protein sentezine katılmayan bölümlerin olduğunu keşfettiler. Bu sayede mRNA'lar aynı DNA dizesinden bu bölümleri farklı şekilde silmeleri ile farklı proteinleri kodlayabilmektedir. İkili bu keşifleri ile 1993 Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülünü kazanmışlardır.

<span class="mw-page-title-main">César Milstein</span> Arjantinli biyolog (1927-2002)

César Milstein, Arjantinli biyokimyacı. Antikor araştırmalarıyla tanınmıştır. 1984 yılında Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülünü Niels Kaj Jerne ve Georges J. F. Köhler ile birlikte antikor araştırmaları nedeniyle kazanmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Frederick Sanger</span>

Frederick Sanger, İngiliz biyokimyager. 1958 ve 1980 yıllarında 2 kez Nobel Kimya Ödülü kazanmıştır. 1958 yılında "proteinlerin, özellikle de insülinin yapısı üzerine çalışmaları için" Nobel Kimya Ödülü kazanmıştır ve bu ödülü aynı kategoride 2 kez kazanan tek kişidir. 1980 yılında da "nükleik asitlerdeki baz dizilerinin belirlenmesiyle ilgili katkıları nedeniyle" Walter Gilbert ile birlikte bu ödülü kazanmıştır. Aynı yıl ayrıca Paul Berg, "nükleik asitlerin, özellikle de rekombinant DNA'nın biyokimyası üzerine temel çalışmaları için" ödülü kazanan diğer isim olmuştur.

<span class="mw-page-title-main">Pirolizin</span>

Pirolizin Pyl ya da O şeklinde kısaltılır. Bu amino asit doğal olarak karşımıza çıkan genetik codlardan biri olup L-Lisinn'in türevlerindendir.

Moleküler evrim, nesiller boyu aktarılacak şekilde, DNA, RNA ve protein gibi hücresel moleküllerin diziliminin değiştirilmesi işlemidir ya da bununla ilgilenen bilim dalıdır. Moleküler evrimin alanı, bu değişimlerdeki kalıpları açıklamak için evrimsel biyoloji ve popülasyon genetiği ilkelerini kullanır. Moleküler evrim başlıca, nükleotid değişimlerinin oranları ve etkilerini, nötr evrimi, doğal seçilimi, yeni genlerin kökenlerini, karmaşık özelliklerin genetik yapısını, türleşmenin genetik temelini, gelişim evrimini ve evrimin genomik ve fenotipik değişikliklere neden olan etkilerini inceler.

Amino asit permeazlar amino asitlerin hücre içine taşınmasında rol alan membran permeazlarıdır. Bu proteinlerin evrimsel olarak bağlantılı oldukları ortaya çıkarılmıştır. Bu proteinler 12 transmembran segment içerirler.

<span class="mw-page-title-main">Tyrannoraptora</span> teropod kladı

Tyrannoraptora, "Tyrannosaurus rex ve Passer domesticus'un son ortak atasının tüm torunları" olarak tanımlanan bir teropod dinozor kladıdır. Klad, ilk kez 1999 yılında Amerikalı paleontolog Paul Sereno tarafından tanımlandı; ancak ilk başta Tyrannoraptora, sadece Tyrannosauroidea ve Pennaraptora'yı içeriyordu. Filogenetik analizlerle birklikte; Compsognathidae, Ornithomimosauria, Alvarezsauroidea ve Therizinosauria kladları da bu klada dahil edildi.

<span class="mw-page-title-main">Ramnoz</span>

Ramnoz, doğal olarak oluşan bir deoksi şekerdir. Metilpentoz veya 6-deoksiheksoz olarak sınıflandırılabilir Ramnoz ağırlıklı olarak doğada L -formunda L -ramnoz olarak bulunur. Bu olağandışı bir durumdur çünkü doğal olarak oluşan şekerlerin çoğu D -formundadır. İstisnaları, metil pentozlar, L - fukoz, L -ramnoz ve pentoz ve L - arabinozdur. Bununla birlikte, doğal olarak oluşan D-ramnoz örnekleri, Pseudomonas aeruginosa ve Helicobacter pylori gibi bazı bakteri türlerinde bulunur.

<span class="mw-page-title-main">Klavulanik asit</span> bakterilerdeki antibiyotik direncinin üstesinden gelmek için β-laktamaz inhibitörü olarak kullanılan β-laktam molekülü

Klavulanik asit, mekanizma bazlı bir β-laktamaz inhibitörü olarak işlev gören bir β-laktam ilaçtır. Tek başına bir antibiyotik olarak etkili olmasa da penisilin grubu antibiyotiklerle kombine edildiğinde, β-laktamaz salgılayan bakterilerde antibiyotik direncinin üstesinden gelebilir, aksi takdirde β-laktamaz çoğu penisilini etkisiz hale getirir.