İçeriğe atla

Obelisk (biyoloji)

Obelisk, ilk olarak Ocak 2024 tarihli bir makale çıktısında tanımlanan bir tür “viroid benzeri elementtir” ve makalenin yazarları, bilgisayar destekli metatranskriptomik ile keşfedilen RNA dizilerinin başka hiçbir yaşam formunun genetik koduyla homolog olmaması nedeniyle “Obelisklerin kendi farklı filogenetik gruplarını oluşturduğunu” söylemektedir [1][1][2][3]

Diğer organizmalarla ilişkileri bilinmediğinden, bunlar incertae sedis veya "esrarengiz taksonlar"ın bir örneğidir.

Dağılım ve patoloji

Streptococcus sanguinis'in x 4000 büyütülmesinde Gram Boyaması.

İnsan dışkı örneklerinde ve insan ağzından alınan bir bakteri türü olan Streptococcus sanguinis örneklerinin içinde obeliskler bulunmuştur. Bazı insan denekleri obeliskleri 300 günden fazla barındırdı. İlk çalışma, tüm kıtalarda yaşayan bireylerin dışkı örneklerinin yaklaşık yüzde 7'sinde ve tükürük örneklerinin yaklaşık yüzde 50'sinde obelisklerin varlığını gösterdi.[1]

Obelisklerin insan sağlığı üzerindeki etkisi (eğer varsa) ve yaşam döngüleri, çoğalmalarının hangi faktörlere bağlı olduğu gibi konular [2] belirlenmemiştir.[1]

Genetik ve biyokimya

Obelisklerin özellikleri arasında yaklaşık 1000 baz çiftine sahip dairesel RNA genom düzenekleri ve tüm genomu kapsayan çubuk benzeri ikincil yapılar bulunmaktadır. Viroidlerin aksine, RNA'ları ön baskıda geçici olarak “oblinler” olarak adlandırılan proteinlere çevrilir. Burada listelenen iki protein Oblin-1 ve Oblin-2 olarak adlandırılmıştır.[1]

İlk yapısal tahminler, Oblin-1'in metal iyonlarını bağlayabildiğini ve dolayısıyla hücre sinyalizasyonuna dahil olabileceğini söylüyor. Oblin-2, protein kompleksleri için tipik olan bir bağlanma bölgesine sahiptir ve bu nedenle konakçı hücresinin enzimlerine bağlanabilir.[2]

Ön baskı şöyle diyor: "Güçlü bir şekilde tahmin edilen çubuk benzeri ikincil yapı nedeniyle, bu RNA grubunu Obelisk-alfa olarak adlandırıyoruz."... "1164 nt uzunluğunda, çubuk benzeri ikincil yapı dikkat çekiciydi..." [1] (Dairesel montaj yapısına göre ikincil.)

Kaynakça

  1. ^ a b c d e f Ivan N. Zheludev; Robert C. Edgar; Maria Jose Lopez-Galiano; Marcos de la Peña; Artem Babaian; Ami S. Bhatt; Andrew Z. Fire (21 Ocak 2024), "Viroid-like colonists of human microbiomes", bioRxiv, doi:10.1101/2024.01.20.576352, PMC 10827157 $2, PMID 38293115 , Wikidata Q124389714 Kaynak hatası: Geçersiz <ref> etiketi: "Zheludev-preprint" adı farklı içerikte birden fazla tanımlanmış (Bkz: )
  2. ^ a b c Sidik, Saima (29 Ocak 2024). "'Wildly weird' RNA bits discovered infesting the microbes in our guts". Nature. CiteSeerX live $2 |citeseerx= değerini kontrol edin (yardım). doi:10.1038/d41586-024-00266-7. PMID 38291328. 30 Ocak 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Ocak 2024. 
  3. ^ Pennisi, Elizabeth (26 Ocak 2024). "'It's insane': New viruslike entities found in human gut microbes". Science. CiteSeerX live $2 |citeseerx= değerini kontrol edin (yardım). doi:10.1126/science.znxt3dk. 30 Ocak 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Ocak 2024. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Genetik</span> biyolojinin organizmalardaki kalıtım ve çeşitliliği inceleyen bir dalı

Genetik ya da kalıtım bilimi, biyolojinin organizmalardaki kalıtım ve genetik varyasyonu inceleyen bir dalıdır. Türkçeye Almancadan geçen genetik sözcüğü 1831 yılında Yunanca γενετικός - genetikos ("genitif") sözcüğünden türetildi. Bu sözcüğün kökeni ise γένεσις - genesis ("köken") sözcüğüne dayanmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Protein</span> polipeptitlerin işlevsellik kazanması sonucu oluşan canlıların temel yapı birimi

Proteinler, bir veya daha fazla uzun amino asit artık zincirini içeren büyük biyomoleküller ve makromolekül'lerdir. Proteinler organizmalar içinde, hücrelere yapı ve organizmalar sağlayarak ve molekülleri bir konumdan diğerine taşıyarak metabolik reaksiyonları katalizleme, DNA kopyalama, uyaranlara yanıt verme dahil olmak üzere çok çeşitli işlevler gerçekleştirir. Proteinler, genlerinin nükleotit dizisi tarafından dikte edilen ve genellikle faaliyetini belirleyen özel 3D yapıya protein katlanmasıyla sonuçlanan amino asit dizilimlerinde birbirlerinden farklıdır.

<span class="mw-page-title-main">DNA</span> Canlıların genetik bilgilerini barındıran molekül

Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.

<span class="mw-page-title-main">RNA</span> nükleotitlerden oluşan polimer

Ribonükleik asid (RNA), bir nükleik asittir, nükleotitlerden oluşan bir polimerdir. Her nükleotit bir azotlu baz, bir riboz şeker ve bir fosfattan oluşur. RNA pek çok önemli biyolojik rol oynar, DNA'da taşınan genetik bilginin proteine çevirisi (translasyon) ile ilişkili çeşitli süreçlerde de yer alır. RNA tiplerinden olan mesajcı RNA, DNA'daki bilgiyi protein sentez yeri olan ribozomlara taşır, ribozomal RNA ribozomun en önemli kısımlarını oluşturur, taşıyıcı RNA ise protein sentezinde kullanılmak üzere kullanılacak aminoasitlerin taşınmasında gereklidir. Ayrıca çeşitli RNA tipleri genlerin ne derece aktif olduğunu düzenlemeye yarar.

<span class="mw-page-title-main">Mesajcı RNA</span> Bir protein üretmek için ribozom tarafından okunan RNA

Mesajcı RNA (mRNA), sentezlenecek bir proteinin amino asit dizisine karşılık gelen kimyasal şifreyi taşıyan bir moleküldür. mRNA, bir DNA kalıptan transkripsiyon yoluyla sentezlenir ve protein sentez yeri olan ribozomlara, protein kodlayıcı bilgiyi taşır. Burada, çevirim (translasyon) süreci sonucu, RNA polimerindeki bilgi ile bir amino asit polimeri üretilir. Nükleik asitlerin amino asit dizilerine karşılık gelen bölgelerindeki her üç baz, proteindeki bir amino asite karşılık gelir. Bu üçlülere kodon denir, her biri bir amino asit kodlar, bitiş kodonu ise protein sentezini durdurur. Bu işlem iki diğer RNA türünü daha gerektirir: taşıyıcı RNA (tRNA) kodonun tanınmasına aracılık eder ve ona karşılık gelen amino asiti getirir; ribozomal RNA (rRNA) ise ribozomdaki protein imalat mekanizmasının kataliz merkezidir.

<span class="mw-page-title-main">Taşıyıcı RNA</span> protein sentezinde görevli bir RNA

Taşıyıcı RNA hücrelerde protein sentezi sırasında büyüyen polipeptit zincirine spesifik bir amino asit ekleyen küçük bir RNA molekülüdür. Amino asidin bağlanması 3' ucundadır. Bu kovalent bağlantı aminoasil tRNA sentetaz tarafından katalizlenir. Ayrıca, antikodon olarak adlandırılan üç bazlık bir bölge vardır, bu bölge mRNA üzerinde kendisine karşılık gelen üç bazlık bir kodon bölgesi ile baz eşleşmesi yapar. Her tip tRNA molekülü sadece tek tip bir amino asite bağlanabilir, ama genetik kod aynı amino asite karşılık gelen birden çok kodon bulunduğu için, farklı antikodonlara sahip tRNA'lar aynı amino asidi taşıyabilir.

<span class="mw-page-title-main">Virüs</span> canlı ve ya cansız arası mikroskobik enfeksiyon etkeni

Virüs, sadece canlı hücreleri enfekte edebilen ve böylece replike olabilen mikroskobik enfeksiyon etkenleri. Virüsler; hayvanlardan ve bitkilerden, bakterilerin ve arkelerin de içinde bulunduğu mikroorganizmalara kadar her türlü canlı şekillerine bulaşabilirler.

<span class="mw-page-title-main">Çekirdekçik</span>

Çekirdekçik ya da nükleolus, ökaryot hücrelerin çekirdeklerinin içinde bulunan zarsız bir yapıdır.

<span class="mw-page-title-main">Transpozon</span>

Transpozonlar bir hücrenin genomunda farklı yerlere, transpozisyon olarak adlandırılan bir süreçle hareket edebilen DNA dizileridir. Bu süreç ile mutasyonlara ve genomdaki DNA miktarının değişmesine neden olurlar. Çeşitli hareketli genetik elemanlar mevcuttur, bunlar transpozisyon mekanizmalarına göre sınıflandırılırlar. Retrotranspozonlar bir RNA ara ürün aracılığıyla kendilerini kopyalayarak hareket ederler. DNA transpozonları bir RNA ara ürün kullanmaz. Tranpozonların kimi kendini kopyalayarak, kimi kendini çevreleyen DNA'dan kesip çıkarıp başka bir yere taşıyarak hareket eder. Bu özelliklerinden dolayı, bilim insanları transpozonları canlılardaki DNA'yı değiştirmek için bir araç olarak kullanırlar.

Moleküler biyolojide bir transkripsiyon faktörü genlerin transkripsiyonunu düzenlemek için DNA üzerinde belli bir diziye bağlanabilen bir proteindir. Bunlar diziye-özgün DNA bağlanma proteini olarak da adlandırılır. Transkripsiyon faktörleri tek başına veya bir komplekste yer alan başka proteinlerle beraber, RNA polimeraz tarafından bir genin transkripsiyonunu ya kolaylaştırırlar veya engeller.

<span class="mw-page-title-main">Nükleoit</span> Prokaryotik bir hücre içinde genetik materyal içeren bölge

Nükleoit veya nükleoid, prokaryotların genetik materyalinin bulunduğu, düzenli bir biçime sahip olmayan, hücre içi bölgeleridir.

Moleküler biyolojide anlam, DNA ve RNA gibi nükleik asit moleküllerinde bulunan bilginin yönünün (polaritesinin) başka nükleik asitlerle karşılaştırılmasında kullanılan bir kavramdır. Hangi bağlamda kullanıldığına bağlı olarak "anlam" terimi farklı manalara gelebilir. Bir manasıyla "anlam", bir nükleik asidin protein kodlama özelliğidir. Bir diğer manasıyla "anlam", tek iplikli RNA virüslerinde, viriondan çıkan genomik RNA'nın doğrudan protein kodlayabilme özelliğidir. "Antianlamlı" nükleik asitlerden söz edilince, anlamlı bir mRNA'nın ifadesini engelleyen, komplemanter dizili bir nükleik asit kastedilir.

<span class="mw-page-title-main">İnsan genomu</span>

İnsan genomu Homo sapiens'in genomudur. 23 kromozom çifti üzerinde bulunur, bunlardan 22 çifti otozomal kromozomdur, kalan çift ise cinsiyeti belirler. Haploit insan genomu toplam 3 milyar DNA baz çiftinden biraz fazla uzunluktadır. İnsan Genom Projesi ile elde edilen ökromatik insan genom referans dizisi biyomedikal bilimlerde kullanılmaktadır.

Gen bulma, genomik DNA'da biyolojik olarak işlevsel olan dizileri algoritmik olarak tespit etmekle ilgili hesaplamalı biyolojinin bir sahasıdır. İşlevsel dizilerden kastedilen genelde protein kodlayıcı genler olmakla beraber, RNA genleri ve düzenleyici bölgeler de dahil edilir. Bir organizmanın genomu dizilendikten sonra bu genomun anlaşılabilmesi için ilk ve en önemli adım gen bulmadır.

<span class="mw-page-title-main">Poliovirüs</span> virüs çeşidi

Çocuk felcinin etkeni olan poliovirüs veya çocuk felci virüsü, Picornaviridae ailesinde yer alan Enterovirüs C türünün bir serotipidir. Üç poliovirüs serotipi vardır: tip 1, 2 ve 3.

<span class="mw-page-title-main">Hepatit D</span>

Hepatit D, hem viroid hem de virüsoid ile benzerlikler paylaşan küçük, küresel zarflı bir partikül olan hepatit delta virüsünün (HDV) neden olduğu bir viral hepatittir HDV, bilinen beş hepatit virüsünden biridir: A, B, C, D ve E. HDV, yalnızca hepatit B virüsü (HBV) varlığında yayılabildiği için bir uydu virüs olarak kabul edilir. HDV bulaşı eş zamanlı olarak HBV enfeksiyonu yoluyla gerçekleşebilir (birlikte-enfeksiyon) ya da kronik hepatit B veya hepatit B taşıyıcılığında sonradan gelişebilir.

Hücrelerin evrimi, hücrelerin evrimsel kökenini ve daha sonraki evrimsel gelişimini ifade eder. Hücreler ilk olarak en az 3,8 milyar yıl önce, dünya oluştuktan yaklaşık 750 milyon yıl sonra ortaya çıktı.

<span class="mw-page-title-main">Santral dogma (moleküler biyoloji)</span> Biyolojik bir sistem içindeki genetik bilgi akışının açıklanması

Moleküler biyolojinin santral (merkezi) dogması, biyolojik bir sistem içindeki genetik bilgi akışının bir açıklamasıdır. Orijinal anlamı bu olmasa da, genellikle "DNA RNA'yı, RNA proteini yapar" şeklinde ifade edilir İlk olarak 1957'de Francis Crick tarafından ifade edilmiş, 1958'de ise yayınlanmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Hücresel olmayan yaşam</span> hücresel bir yapı olmadan var olan yaşam

Aselüler yaşam olarak da bilinen hücresel olmayan yaşam, yaşam döngüsünün en azından bir kısmında hücresel bir yapı olmadan var olan yaşamdır. Tarihsel olarak, çoğu yaşam tanımı bir organizmanın bir veya daha fazla hücreden oluşması gerektiğini varsaymıştır, ancak bazıları için bu, artık gerekli görülmemektedir ve modern kriterler diğer yapısal düzenlemelere dayanan yaşam biçimlerine izin vermektedir.

İnsan hücre tiplerinin listesi, insan vücudunda bulunan çeşitli hücrelerin birbirinden ayrılmasını ve tanımlanmasını sağlayarak farklı işlevlerini, özelliklerini ve genel fizyolojik süreçlere katkılarını vurgular. Hücreler fizyolojik fonksiyonları, histolojileri soyları veya gen ekspresyonu ile sınıflandırılabilir.