Yeşilova Höyüğü İzmir'in en eski yerleşim birimidir. Bornova ilçesinin Karacaoğlan mahallesinde, Manda çayı kıyısında bulunan bir höyüktür. Yer olarak Işıkkent Eğitim Kampüsü'nün doğusuna, Bornova Anadolu Lisesi'nin güneybatısına düşmektedir. Yerleşim olduğu dönemlerde İzmir Körfezi iki kilometre daha içerideydi, bölge bugünkünden daha sulaktı ve daha zengin bir flora ile faunaya sahipti. Bornova Ovası'nın orta kesimindeki Yeşilova Höyüğü, Yassıtepe Höyüğü ve İpeklikuyu Höyüğü, günümüz İzmir'inde ilk düzenli yerleşimlerin olduğu noktalardır. Diğer yandan alan olarak bakıldığında Batı Anadolu'daki en büyük yerleşimdir. Günümüzde, Bornova Ovası yüzeyinin 4-5 metre altında kalmış durumdadır.
Bakla Tepe Höyüğü, İzmir il merkezinin 30 km. güneyinde, Menderes (Cumaovası) ilçesinde, Tahtalı Barajı nedeniyle terk edilen Bulgurca Çiftlik Köyü'nün hemen yakınında yer alan bir Höyüktür. Yıllardır bakla yetiştirilen bir alan olduğundan Köy'de Bakla Tepe olarak bilinmekteydi. Tarihöncesi bir yerleşimin höyükten köy altına kadar uzandığı, sapılan sondalardan anlaşılmaktadır.
Ziyaret Tepe Höyüğü, Diyarbakır ilinin Bismil ilçesi güneydoğusunda, Dicle ve Batman Çayı'nın birleşme noktasının 20 km. batısında, Dicle'nin güney kıyısında yer alan bir höyüktür. Bölgedeki büyük höyüklerden biri olup, ovadan 22 metre yükseklikte 3 hektarlık bir alandır. Kuzey taraftaki höyüğün (akropol) üç tarafında uzanan "aşağı şehir" ise 29 hektarlık bir alana yayılmıştır. Diyarbakır Arkeoloji Müzesi tarafından Tepe Höyüğü adıyla tescil edilmiştir.
Hakemi Use Tepe, Diyarbakır ili Bismil ilçesi sınırları içinde yer alan bir höyüktür. Aslında biri, günümüzde tarla seviyesine inmiş iki höyükten, kazı yapılan diğeridir. Kazı yapılan höyük, yüzey araştırmaları Orta Çağ seramikleri veren diğer höyük sakinleri tarafından mezarlık olarak kullanılmaktaydı. Höyük, günümüz Suriye sınırında 150 km. içeride, Önasya'nın önemli neolitik yerleşimlerinden biri olan Çayönü'nden kuş uçumu 80 km. doğuda, Ziyaret Tepe Höyüğü'nün 3 km. batısında, Dicle'nin eski yatağının sağ kıyısında yer almaktadır. Tepe, 120 metre çapında ve 4 metre yüksekliğindedir.
Tepecik / Makaraz Tepe Höyüğü, Elazığ İl merkezinin yaklaşık olarak 31 km. doğusunda, günümüzde Keban Baraj Gölü suları altında kalmış olan bir höyüktür. Höyüğün asıl ismi Makaraz Tepe'dir. Fakat arkeolojik yazında daha çok Tepecik olarak geçmektedir. Tepe, 200 metre çapında olup 16-17 metre yüksekliktedir.
Barcın Höyük, Bursa İl merkezinin doğusunda, Yenişehir İlçesi'nin 4 km. batısında, Barcın Köyü'nün 3–4 km. güneyinde yer alan bir höyüktür. Yenişehir Ovası'ndaki tepe 100 metre çapında ve 4 metre yüksekliktedir. Arkeoloji yayınlarında Yenişehir Batı Höyüğü ve Yenişehir 2 olarak da geçmektedir. Esasen bulunduğu bölge Üyecek Mevkii, tepe de Üyecek Tepe olarak bilinmektedir.
Demircihöyük, Bilecik il merkezinin yaklaşık olarak 25 km. batısında, Çukurhisar ilçesinin kuzeybatısında yer alan bir höyüktür. Eskişehir Ovası'nın batı kenarındaki höyük 80 metre çapında, 5 metre yüksekliktedir. Yerleşim gördüğü dönemlerde genişlik ve yüksekliğinin çok daha fazla olduğu yapılan sondajlardan anlaşılmaktadır. Buluntular Eskişehir Arkeoloji Müzesi'nde sergilenmektedir.
Aktopraklık Höyüğü, Bursa İl merkezinin 25 km. güneybatısında, Nilüfer İlçesi'nin batısında, Ulubat Gölü'nün doğu kıyısında yer alan bir höyüktür. Akçaları Sırtı Höyüğü ve Aktopraklık Mevkii olarak da bilinmektedir.
Karaoğlan Höyüğü, Ankara İl merkezinin 25 km. güneyinde, Mogan Gölü'nün güneydoğu ucunda yer alan bir höyüktür. Bulunduğu bölge Ankara bölgesinden güneydoğu ve güneybatı yönlerine uzanan ana ticaret yollarının kavşağı durumundaydı. Tepe, 260 x 180 metre boyutlarında ve 18-20 metre yüksekliğindedir. Höyük Ankara – Konya kara yolu üzerindedir.
Gözlükule Höyüğü, Mersin İl merkezinin 30 km. doğusunda Tarsus İlçesi'nin güneybatısında, günümüzde İlçe'nin bir parkı olarak kullanılan bir höyüktür. Tepe, 300 metre çapında olup 25 metre yüksekliktedir. Bir Klasik Çağ kenti olan Tarsu ya da Tarse, hem tepede hem de günümüz Tarsus İlçesi'nin altındadır. Günümüz Tarsus'unu oluşturan ilk yerleşimin, Toroslar'dan gelen bir akarsuyun kıyısında, MÖ 7. binyılda bir köy olarak kurulduğu belirtilmektedir.Höyük, Orta Anadolu'dan Akdeniz kıyılarına doğal bir geçiş olan Gülek Boğazı çıkışında, Antik Kilikya ovasında yer almaktadır. Diğer yandan Gülek Boğazı çıkışından Amik Ovası yoluyla Kuzey Suriye'ye ulaşımın da kavşağındadır.
Pekmez Höyük, Aydın ili Karacasu İlçesi yakınlarındaki Afrodisyas antik kenti içinde yer alan bir höyüktür. Afrodisyas, Büyük Menderes Nehri'nin güney kollarından birinin oluşturduğu vadidedir. Pekmez Höyük, antik kent alanı içinde prehistorik dönemlerden itibaren iskan gören üç höyükten biridir. Diğer höyükler Akropolis ve Kuşkalesi adlarıyla bilinmektedir. Tepe, 125 metre çapında olup 13 metre yüksekliktedir.
Dedecik-Heybelitepe Höyüğü, İzmir ili'nin yaklaşık 35 km. güneyinde, Torbalı Ovası'nın batı kenarında, Metropolis Antik Kenti'nin 2 km. kadar güneyinde, Özbey ve Yeniköy köyleri arasında yer alan bir höyüktür.
Araptepe Höyüğü, İzmir İl merkezinin kuzeyinde, Menemen İlçesi'nin yaklaşık olarak 13 km. kuzeybatısında, Eski Foça'ya giden yol üzerinde yer alan bir höyüktür. Helvacı Höyücek Höyüğü'nün 2 km. kadar batısında, Bekirler Düz Yerleşmesi'nin 500-600 metre kuzeyindedir. Helvacı Köyü'nün batısındadır. Helvacı Ovası'ndaki yerleşme, daha çok dağlara yakındır.
Arvalya Höyük, İzmir ili Selçuk ilçesinin ve antik Efes kentinin güneybatısında, Selçuk - Kuşadası kara yolunun hemen kenarında yer alan bir höyüktür. Gülhanım ya da Gül Hanım olarak bilinen bir tarlanın güney kesiminde bulunması nedeniyle bazı kaynaklarda bu adla geçmektedir. Yerleşimin iskan edildiği dönemlerde Ege Denizi kıyısında olduğu anlaşılmaktadır. Selçuk'a yaklaşık 4 km. mesafededir. Eski adı Kenchios olan Arvalya Çağı kenarında, Küçük Menderes Deltası'na açılan bir vadidedir.
Arpalı Höyükleri, Manisa il merkezinin kuzeydoğusunda, Saruhanlı İlçesi'nin doğusunda, Burhaniye Köyü'nün 2 km. güneyinde yer alan bir höyüktür. Yan yana iki tepe şeklindedir. Tepelerden kuzeydeki 50 metre çapında, bir metre yükseklikte, güneydeki ise 80 metre çapında ve 3 metre yüksekliktedir. Bazı kaynaklarda sadece Arpalı 2 olarak geçmektedir.
Karaağaçtepe Höyüğü, Çanakkale il merkezinin güneybatısında, Seddülbahir Köyü'nün yaklaşık olarak 3 km. kuzey-kuzeydoğusunda, Morto Koyu'ndan 1 km. mesafede, Kirte Deresi'nin sağ tarafında yer alan bir höyüktür. Bazı kaynaklarda, Heinrich Schliemann tarafından bu şekilde tanımlanmış olmasına dayanılarak Protesilaos Tümülüsü olarak da görülmektedir. Tepe, 100 metre çapında olup 8 metre yüksekliktedir. Günümüzde sahilden 1 km. kadar içeride olan Höyük'ün iskan edildiği dönemde deniz kenarında olduğu belirtilmektedir.
Maydos Kilisetepe Höyüğü, Çanakkale İli sınırları içinde, Gelibolu Yarımadası'nın Çanakkale Boğazı'na bakan tarafında, Eceabat İlçesi içinde yer alan bir höyüktür. Maydos Kale olarak da bilinmektedir. Tepe üzerinde Çanakkale Savaşı sırasında tahrip olan bir Orta Çağ kalesinin kalıntıları vardır. Tepe, 200 x 180 metre boyutlarında ve 33 metre yüksekliktedir. Günümüzde denizden yaklaşık olarak 200 metre ilçeride bulunmaktadır.
Hacıhamza Höyüğü, Kütahya il merkezinin güneydooğusunda, Altıntaş İlçesi'nin 4 km. kuzeyinde, Alibey Köyü'nün 1,4 km. batısında yer alan bir höyüktür. Tepe, 82 metre çapında ve 4,5 metre yüksekliğindedir.
Yüğücek, Bursa il merkezinin kuzeydoğusunda, İznik İlçesi'nin 1 km. güneyinde, İznik - Yenişehir, İznik karayolunun hemen batısında yer alan bir höyüktür. İznik Gölü'ne 1 km. mesafedeki tepe 100 metre çapında ve 3 metre yüksekliğindedir.
Eyice Höyük, Afyonkarahisar ilinin, Sinanpaşa İlçesi'nin Eyice köyünün 2 km güney – güneybatısında, Mercimek Tepe Yamaç Yerleşmesi'nin 1,5 km güneyinde yer alan bir höyüktür. Mevkiinin yerel adı "Höyüğün Dibi"'dir.