Yokohama, Japonya'nın Kanagawa prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehir Tokyo Körfezi'nin batısında ve Tokyo'nun yaklaşık 30 km güneyinde yer almaktadır.
Nagoya Chūbu bölgesi'nin en büyük şehri, en çok nüfuslu dördüncü şehri ve 2020'de 2.3 milyonluk nüfusuyla Japonya'nın en kalabalık üçüncü kentsel bölgesidir. Ülkenin en büyük adası Honshū'adasının orta-güney kesiminde ve Pasifik Okyanusunun kıyısındadır. Nagoya, Aichi Eyaleti'nin başkenti ve en kalabalık şehridir. Şehir, Tokyo, Osaka, Kobe, Yokohama ve Chiba ve Hakata birlikte Japonya'nın en önemli liman şehirlerinden biridir. Nagoya, 2020'deki 10.11 milyon nüfuslu Japonya'nın en kalabalık üçüncü metropolitan alanı Chūkyō metropolitan alanının ana şehridir.
Gifu, Japonya'nın Gifu prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 202,89 km² olan şehrin nüfusu Haziran 2011 tarihi itibarı ile 412.895'tir.
Okinawa, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir Okinawa Adası'nın ortasında yer almaktadır. Yüzölçümü 49.00 km² olan şehrin nüfusu Aralık 2012 itibarı ile 138,431 olup Okinawa'nın ikinci büyük şehridir.
Naha, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehir Okinawa Adası'nın güney kısmında Doğu Çin Denizi kıyısında yer almaktadır. Yüzölçümü 38,99 km² olan şehrin nüfusu Kasım 2012 tarihi itibarı ile 321.467'dir.
Toyota, Japonya'nın Aichi prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün kuzey orta kesiminde Nagoya şehrinin doğusunda yer almaktadır. Yüzölçümü 918.32 km² olan şehrin nüfusu Mayıs 2015 tarihi itibarı ile 420,076'dır. Toyota otomobiller şehri olarak bilinmekte olup şehirde Toyota Motor Company'nin merkezi yer almaktadır.
Urasoe, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir, Okinawa Adası'nın güneyinde yer almakta olup Naha, Ginowan ve Nishihara belediyeleri ile komşudur. Yüzölçümü 19.09 km² olan şehrin nüfusu Eylül 2014 tarihi itibarı ile 113,992'dir.
Japonya'nın bölgeleri, Japonya'nın coğrafi bölgeleridir. Resmî bir idari bölüm olmayıp geleneksel olarak birçok bağlamda bölgesel bölümler olarak kullanılmıştır. Örneğin, harita ve coğrafya ders kitapları ülkeyi sekiz bölgeye ayırmakta, hava durumu raporlarında hava durumu genellikle bölgelere göre verilmekte ve birçok işletme ve kurum bulundukları bölgenin adını kendi adlarında kullanmaktadırlar.
Toyohashi, Japonya'nın Aichi prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün güneydoğusunda, Atsumi Yarımadası'nın girişinde ve Mikawa Körfezi kıyısında yer almakta olup Shizuoka prefektörlüğü ile komşudur. Yüzölçümü 261.86 km² olan şehrin nüfusu 1 Ocak 2010 itibarı ile 372,710'dur. Toyohashi, 1 Ağustos 1906 tarihinde kurulmuştur.
Ichinomiya, Japonya'nın Aichi prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün kuzeybatısında yer almaktadır. Yüzölçümü 113.82 km² olan şehrin nüfusu Mart 2015 tarihi itibarı ile 378,829'dur.
Takikawa, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Sorachi alt prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Yüzölçümü 115.82 km² olan şehrin nüfusu 31 Ocak 2012 tarihi itibarı ile 43,270'tir. Takikawa 1 Temmuz 1958 tarihinde şehir statüsü almıştır.
Tōkai, Japonya'nın Aichi prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün güneyinde Chita Yarımadası'nın kuzeyinde yer almaktadır. Yüzölçümü 43.43 km² olan şehrin nüfusu Mayıs 2015 tarihi itibarı ile 111,950'dir.
Komaki, Japonya'nın Aichi prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün kuzeybatısında yer almaktadır. Yüzölçümü 62.82 km² olan şehrin nüfusu Şubat 2012 tarihi itibarı ile 147,055'tir. Komaki, 1 Ocak 1955 tarihinde şehir statüsü almıştır.
Ishigaki, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir Yaeyama Adaları'na bağlı Ishigaki Adası'nda yer almakta olup şehrin sınırları Ishigaki Adası'nın tamamı ile tartışmalı Senkaku Adaları'nı kapsamaktadır. Yüzölçümü 229.00 km² olan şehrin nüfusu Aralık 2012 tarihi itibarı ile 48,816'dır.
Miyakojima, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir Miyako Adaları'nda yer almakta olup şehrin sınırları Miyako Adası ile çevresindeki altı adayı kapsamaktadır. Yüzölçümü 204.54 km² olan şehrin nüfusu Aralık 2012 tarihi itibarı ile 54,908'dir. Miyakojima 1 Ekim 2005 tarihinde kurulmuştur.
Ginowan, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir Okinawa Adası'nın güneyinde Doğu Çin Denizi kıyısında yer almaktadır. Yüzölçümü 19.51 km² olan şehrin nüfusu Aralık 2012 tarihi itibarı ile 94,405'tir.
Nanjō, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir Okinawa Adası'nın güneyinde yer almaktadır. Yüzölçümü 49.69 km² olan şehrin nüfusu Aralık 2012 tarihi itibarı ile 41,305'tir. Nanjō 1 Ocak 2006 tarihinde kurulmuştur.
Tomigusuku, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Yüzölçümü 19.25 km² olan şehrin nüfusu Aralık 2012 tarihi itibarı ile 60,004'tür.
Itoman, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir Okinawa Adası'nın güney ucunda yer almaktadır. Yüzölçümü 46.63 km² olan şehrin nüfusu Nisan 2013 tarihi itibarı ile 59,605'tir.
Chiryū, Japonya'nın Aichi prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Yüzölçümü 16,31 km2 olan şehrin nüfusu Mayıs 2015 itibarı ile 69.458'dir.