İçeriğe atla

NAMD

Nanoscale Molecular Dynamics
Geliştirici(ler)University of Illinois at Urbana–Champaign: Teorik ve Hesaplamalı Biyofizik Grubu (Theoretical and Computational Biophysics Group/TCB), Paralel Programlama Labaratuvarı (Parallel Programming Laboratory/PPL)
İlk yayınlanma1995 (29 yıl önce) (1995)
Güncel sürüm2.12 / 22 Aralık 2016 (7 yıl önce) (2016-12-22)
Geliştirme durumuAktif
Programlama diliC++
İşletim sistemiÇapraz platform: Windows, Linux, macOS, Unix
Platformx86, x86-64
Erişilebilirlikİngilizce
TürMoleküler dinamik similasyon
Resmî sitesiks.uiuc.edu/Research/namd
Kod deposu Bunu Vikiveri'de düzenleyin

Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, önceden Not Another Molecular Dynamics Program),[1] Charm ++ paralel programlama modeli kullanılarak yazılmış moleküler dinamik simülasyonu yazılımıdır . Paralel verimliliği ile ön plandadır ve genellikle büyük sistemleri (milyonlarca atom) simüle etmek için kullanılır.[2] University of Illinois at Urbana–Champaign'nde Teorik ve Hesaplamalı Biyofizik Grubu (TCB) ve Paralel Programlama Laboratuvarı (PPL) işbirliği ile geliştirilmiştir.

NAMD, ticari olmayan amaçlar için ücretsiz olarak mevcuttur.

Ayrıca bakınız

Kaynakça

  1. ^ "Flexibility and Interoperability in a Parallel Molecular Dynamics Code". 17 Mayıs 2018 tarihinde kaynağından (postscript) arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Mart 2020. 
  2. ^ "NAMD A Parallel Object-Oriented Molecular Dynamics Program" (PDF). 9 Ekim 2006 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. Erişim tarihi: 14 Mart 2020. 

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">C♯</span> programlama dili

C#; Microsoft tarafından .NET Teknolojisi için geliştirilen modern bir programlama dilidir. Sözdizimi C-like bir deneyim sunar.

<span class="mw-page-title-main">GNU Genel Kamu Lisansı</span>

GNU Genel Kamu Lisansı yaygın kullanılan bir özgür yazılım lisansı. İlk sürümü 1989 yılında Richard Stallman tarafından GNU Tasarısı için kaleme alınmıştır. Üçüncü ve son sürüm ise Richard Stallman'ın yöneticisi olduğu Özgür Yazılım Vakfı (FSF), Eben Moglen ve Yazılım Özgürlüğü Hukuk Merkezi tarafından kaleme alındı ve özgür yazılım topluluklarının çeşitli itiraz ve katkılarıyla son hâlini aldı.

Paralel hesaplama ya da Koşut hesaplama, aynı görevin, sonuçları daha hızlı elde etmek için çoklu işlemcilerde eş zamanlı olarak işletilmesidir. Bu fikir, problemlerin çözümünün ufak görev parçalarına bölünmesi ve bunların eş zamanlı olarak koordine edilmesine dayanır. Paralel hesaplama ile performans artar, büyük sorunlar daha az sürede çözülür ve bilimdeki gelişmeler paralel hesaplamaya gereksinim duyar.

PVM (Parallel Virtual Machine) bilgisayarların paralel bir ağ üzerinden konuşturulması için kullanılan bir yazılım aracıdır. Heterojen makinalardan oluşan bir ağ'ı tek bir dağıtık paralel işlemci olarak kullanmak için geliştirilmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Xmgrace</span>

Grace "GRaphing, Advanced Computation and Exploration of data." cümlesinin kısaltılmasıdır. Bu yazılım, X Pencere Sistemi ve Motif için bir WYSIWYG 2B çizim aracıdır. Grace Unix-benzeri İşletim Sistemleri'nin hepsinde çalışabilir, bunlara ek olarak, VMS, OS/2 ve Win9*/NT/2000/XP İşletim Sistemleri'nde çalışabilir.

<span class="mw-page-title-main">SQLite</span>

SQLite, dünyada en çok dağıtılan ve tavsiye edilen kaynak kodları halka açık, tamamen C/C++ programlama dilleriyle geliştirilmiş sunucu yazılımı ve yapılandırma gereksinimi olmayan, işlemsel ve ilişkisel bir SQL veritabanı motorudur.

Programlama paradigmaları, programlama dillerini özelliklerine göre sınıflandırmanın bir yoludur. Diller birden fazla paradigma içinde sınıflandırılabilir.

<span class="mw-page-title-main">Husûsî pilot lisansı</span> Pilot lisansı

Husûsî pilot lisansı (PPL), herhangi bir hava taşıtında "ticarî olmamak kaydıyla" pilotluk yapılmasına imkân veren pilot lisansı. PPL, İngilizce private pilot licence kavramının akronimidir. PPL alabilmek için gerekli olan şartlar ICAO tarafından belirlenir. PPL kısaltmasının arkasından parantez içinde eklenen harf hava aracının sınıfını belirtir: PPL(A) > uçak, PPL(H) > helikopter vs.

<span class="mw-page-title-main">Venkatraman Ramakrishnan</span>

Venkatraman "Venki" Ramakrishnan Hindistan doğumlu ABD ve Birleşik Krallık vatandaşı yapısal biyolog. 2009 yılında "ribozomun yapısı ve fonksiyonu" konulu çalışmalarıyla Thomas A. Steitz ve Ada E. Yonath ile birlikte Nobel Kimya Ödülü'nü kazandı. Ramakrishnan halihazırda MRC'in Moleküler biyoloji laboratuvarında Cambridge, İngiltere'de çalışmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">OpenMP</span>

OpenMP; Solaris, IBM AIX, HP-UX, GNU/Linux, MAC OS X ve Windows işletim sistemleri üzerinde çoğu işlemci mimarisi üzerinde Fortran, C++, C programlama dillerinde çoklu platform paylaşımlı bellek çoklu işlemeyi destekleyen bir uygulama geliştirme arayüzüdür, yani bir API'dir. OpenMP derleyici yönergelerinin kütüphane rutinlerini ve ortam değişkenlerinin çalışma zamanı davranışını etkileyen bir kümesini içerir.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler dinamik</span>

Moleküler dinamik (MD), atomların ve moleküllerin fiziksel hareketlerini incelemek için bir bilgisayar simülasyon yöntemidir. Atomların ve moleküllerin sabit bir süre boyunca etkileşime girmesine izin verilir ve bu da sistemin dinamik evrimi hakkında bilgi verir. En yaygın versiyonda, atomların ve moleküllerin yörüngeleri, parçacıklar ve bunların potansiyel enerjileri arasındaki kuvvetlerin çoğu zaman atomlararası potansiyeller veya moleküler mekanik kuvvet alanları kullanılarak hesaplandığı, etkileşen parçacıkların bir sistemi için Newton'un hareket denklemlerinin sayısal olarak çözülmesiyle belirlenir. Metot ilk olarak 1950'lerin sonunda teorik fizik alanında geliştirildi, ancak günümüzde çoğunlukla kimyasal fizik, malzeme bilimi ve biyomoleküllerin modellenmesinde uygulanmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Adobe Muse</span>

Adobe Muse Adobe Systems'in bir ürünüdür. Yazılım web tasarımcıları herhangi bir kod yazmak zorunda kalmadan web siteleri oluşturmak için programlanmıştır.

Kuantum kimyası bilgisayar programları, kuantum kimyası metodlarını uygulamak için bilgisayarlı kimyada kullanılır. Çoğu program, Hartree-Fock (HF) ve bazı post Hartree-Fock yöntemlerini içerir ve ayrıca yoğunluk fonksiyonları teorisi (DFT), moleküler mekanik veya yarı-ampirik kuantum kimyası metotlarını da içerebilirler. Bahsi geçen programlar arasında açık kaynaklı ve ticari yazılımlar bulunur. Bunların çoğu büyüktür, çoğu zaman birkaç ayrı program içerir ve uzun yıllar boyunca geliştirilmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler modelleme</span> Fiziksel simülasyonlarla kimyasal özellikleri keşfetme

Moleküler modelleme, moleküllerin davranışını modellemek veya taklit etmek için kullanılan teorik ve bilgisayarlı tüm yöntemleri kapsar. Bu yöntemler, küçük kimya sistemlerinden büyük biyolojik moleküllere ve malzeme gruplarına kadar değişen moleküler sistemleri incelemek için bilgisayarlı kimya, ilaç tasarımı, bilgisayarlı biyoloji ve malzeme bilimi alanlarında kullanılmaktadır. En basit hesaplamalar elle yapılabilir, ancak kaçınılmaz olarak makul büyüklükteki herhangi bir sistemin moleküler modellemesini bilgisayarların yapması gerekir. Moleküler modelleme yöntemlerinin ortak özelliği, moleküler sistemlerin atom düzeyinde tanımlanmasıdır. Bu, atomları en küçük bireysel birim olarak muamele edilmesini içerebilir veya protonları ve nötronları kuarkları, kuarkları, gluonlarıyla beraber ve elektronları da fotonlarıyla beraber açıkça modellemeyi içerebilir.

<span class="mw-page-title-main">CP2K</span>

CP2K, katı hal, sıvı, moleküler ve biyolojik sistemlerin atomistik simülasyonlarını gerçekleştirmek için Fortran 2003'te yazılan serbestçe kullanılabilen (GPL) bir programdır.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler mekanik</span>

Moleküler mekanik moleküler sistemleri modellemek için klasik mekaniği kullanır. Born-Oppenheimer yaklaşımının geçerli olduğu varsayılır ve tüm sistemlerin potansiyel enerjisi, kuvvet alanları kullanılarak nükleer koordinatların bir fonksiyonu olarak hesaplanır. Moleküler mekanik, boyutu birkaç atom büyüklüğünde olan sistemlerden tutun da milyonlarca atomdan oluşan büyük sistemlere kadar uygulanabilir.

LAMMPS, Sandia Ulusal Laboratuvarları'nın ürünü olan moleküler dinamik programıdır. LAMMPS, paralel iletişim için İleti Geçiş Arabirimi'ni (MPI) kullanır ve GNU Genel Kamu Lisansı koşulları altında dağıtılan ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılımdır.

James E. Rumbaugh, Nesne Modelleme Tekniği ve Birleşik Modelleme Dilini (UML) oluşturmadaki çalışmaları ile tanınan Amerikalı bir bilgisayar bilimcisi ve nesne yönelimli metodologdur.

Brook programlama dili ve BrookGPU adlı uygulaması grafik işleme birimlerinde genel amaçlı hesaplama yapmak için geliştirilmiştir. Stanford Üniversitesi grafik grubunda geliştirilen Brook, ATI veya Nvidia grafik kartlarında bulunanlar gibi modern, son derece paralel GPU'ları hedefleyen bir akış programlama dilinin derleyicisi ve çalışma zamanı uygulamasıdır.

Paralel evrim, birbiriyle yakından ilişkili olmayan canlıların benzer evrimsel baskılar sonucu benzer karakteristikler geliştirmesidir.