Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] (
dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.
Plazmidler; bakteriler, arkeler ve ökaryotlar arasında birçok mikroorganizmada bulunan dairesel veya çizgisel ekstrakromozomal replikonlardır. Bakterilerin genetik bilgiyi aktarması, hızlı evrimleşmelerini ve adaptasyonlarını kolaylaştırması için önemli araçlardır. Hedeflenen genleri ekleyerek, değiştirerek veya silerek mikroorganizmaları manipüle etmek ve analiz etmek için önemli araçlar olarak hizmet eder. Prokaryotik hücrelerde bulunurlar ve kromozomlardan bağımsız olarak çoğalırlar. Ek olarak, plazmidler hücreler arasında aktarılabilir, bu da onları prokaryotik evrimde önemli itici güçler olarak kabul eder ve onları yanal gen aktarımına aracılık eden güçlü ajanlar yapar. Antibiyotik direnci gibi yeni işlevler sağlayarak konakçı evrimini hızlandırmakla kalmazlar, aynı zamanda artan gen ifade seviyeleri ve kopya sayısı değişiklikleri yoluyla mutasyonların edinim oranlarına da yol açabilirler. Plazmid genomları genellikle, aynı aileden ilgili plazmidler arasında korunan ve replikasyon ve hareketlilik gibi önemli plazmide özgü işlevlerle ilişkili çekirdek lokusların bir omurgasını içerir. Etkili yatay gen transfer (HGT) vektörleri olarak görev yapar.
Mikoplazma (Mycoplasma) hücre duvarı bulunmayan bir bakteri cinsidir. Bir hücre duvarı olmadığı için hücre duvarı sentezini engelleyerek etki eden penisilin veya diğer beta-laktam antibiyotikler gibi çok yaygın kullanılan antibiyotiklerden etkilenmezler. Bunlar parazitik veya saprotrofik olabilirler. Çeşitli türleri insanlarda patojeniktir. M. pneumoniae atipik pnömoni ve diğer solunum yolu hastalıklarında ve M. genitalium, pelvik inflamatuar hastalık için etkendir. Mikoplazmalar şimdiye kadar keşfedilmiş en küçük canlı hücrelerdir. Oksijensiz yaşayabilir ve tipik olarak yaklaşık 0,1 mikrometre çapındadırlar.
Mycoplasma hominis, mikoplazma cinsinin üyesi bir bakteri türüdür. M. hominis insan hücrelerinin içerisine girebilme yeteneğindedir. Üreplazmalar ile birlikte mikoplazmalar, bilinen serbest yaşayabilen en küçük canlılardır. Hücre duvarları bulunmamaktadır, Gram boyama ile boyanmaz. M. hominis pelvik inflamatuvar hastalık ve bakteriyel vajina iltihabı hastalıkları ile ilişkilidir. Bu türler cinsel yolla bulaşan hastalıklara neden olmaktadır.
Mycoplasma faucium, Mycoplasma adı verilen bir bakteri cinsinden olan bir türdür. Bu bakteri cinsi, kendi hücre zarlarını çevreleyen bir hücre duvarından yoksundur. Hücre duvarı olmadan, penisilin veya hücre duvarı üretimini hedefleyen diğer beta-laktam antibiyotikler gibi yaygın antibiyotiklerin birçoğundan etkilenmez. Mikoplazmalar; henüz keşfedilmiş en küçük bakteri hücreleridir, oksijen olmaksızın hayatta kalabilir ve genellikle yaklaşık 0.1 µm çapındadır.
Mycoplasma buccale, Mycoplasma adı verilen bir bakteri cinsinden olan bir türdür. Bu bakteri cinsi, kendi hücre zarlarını çevreleyen bir hücre duvarından yoksundur. Hücre duvarı olmadan, penisilin veya hücre duvarı üretimini hedefleyen diğer beta-laktam antibiyotikler gibi yaygın antibiyotiklerin birçoğundan etkilenmez. Mikoplazmalar; henüz keşfedilmiş en küçük bakteri hücreleridir, oksijen olmaksızın hayatta kalabilir ve genellikle yaklaşık 0.1 µm çapındadır.
Mycoplasma amphoriforme, Mycoplasma adı verilen bir bakteri cinsinden olan bir türdür. Bu bakteri cinsi, kendi hücre zarlarını çevreleyen bir hücre duvarından yoksundur. Hücre duvarı olmadan, penisilin veya hücre duvarı üretimini hedefleyen diğer beta-laktam antibiyotikler gibi yaygın antibiyotiklerin birçoğundan etkilenmez. Mikoplazmalar; henüz keşfedilmiş en küçük bakteri hücreleridir, oksijen olmaksızın hayatta kalabilir ve genellikle yaklaşık 0.1 µm çapındadır.
Mycoplasma fermentans, Mollicutes sınıfından çok küçük bir bakteridir. Diğer mikoplazmalar gibi M. fermentans, bir peptidoglikan yapılı hücre duvarının bulunmaması ve birçok antibakteriyel maddeye karşı direnç göstermesi özelliklerine sahiptir. Solunumsal, genital ve romatoid hastalıklar gibi birçok hastalıkta rolleri bulunduğu ileri sürülen olası bir insan patojenidir. Araştırmalar; fibromiyalji, Körfez Savaşı Sendromu ve kronik yorgunluk sendromunun yanı sıra HİV enfeksiyonunda bir kofaktör olmasına yönelik olası bir bağlantıya odaklanmıştır; ancak M. fermentans'ın bu koşullardaki patojenliğinin, bir bağlantı bulmak için çeşitli geniş ölçekli çalışmaların başarısızlığa uğramasının ardından çoğunlukla görmezden gelindiğine inanılmaktadır. İnanılmaz küçük boyutu nedeniyle insan hastalıklarındaki yerinin tam kapsamını belirlemek güçtür, M.Fermentans sayısız hastalıkta rol oynarken güncel araştırmalarda fırsatçı enfeksiyonlar dışında insanlarda patojenitesi kesin olarak kanıtlanmamıştır.
Mikoplazma spumans, Mycoplasma adı verilen bir bakteri cinsinden olan bir türdür. Bu bakteri cinsi, kendi hücre zarlarını çevreleyen bir hücre duvarından yoksundur. Hücre duvarı olmadan, penisilin veya hücre duvarı üretimini hedefleyen diğer beta-laktam antibiyotikler gibi yaygın antibiyotiklerin birçoğundan etkilenmez. Mikoplazmalar; henüz keşfedilmiş en küçük bakteri hücreleridir, oksijen olmaksızın hayatta kalabilir ve genellikle yaklaşık 0.1 µm çapındadır.
Mycoplasma arginini, Mycoplasmataceae ailesinin üyesi olan bir bakteri türüdür. Bu bakteri cinsi, kendi hücre zarlarını çevreleyen bir hücre duvarından yoksundur. Hücre duvarı olmadan, penisilin veya hücre duvarı üretimini hedefleyen diğer beta-laktam antibiyotikler gibi yaygın antibiyotiklerin birçoğundan etkilenmez. Mikoplazmalar; henüz keşfedilmiş en küçük bakteri hücreleridir, oksijen olmaksızın hayatta kalabilir ve genellikle yaklaşık 0,1 µm çapındadır.
Mycoplasma anatis, Mycoplasmataceae ailesinin üyesi olan bir bakteri türüdür.
Mycoplasma spermatophilum, Mycoplasma adı verilen bir bakteri cinsinden olan bir türdür. Bu bakteri cinsi, kendi hücre zarlarını çevreleyen bir hücre duvarından yoksundur. Hücre duvarı olmadan, penisilin veya hücre duvarı üretimini hedefleyen diğer beta-laktam antibiyotikler gibi yaygın antibiyotiklerin birçoğundan etkilenmez. Mikoplazmalar; henüz keşfedilmiş en küçük bakteri hücreleridir, oksijen olmaksızın hayatta kalabilir ve genellikle yaklaşık 0.1 µm çapındadır.
Mycoplasma ovipneumoniae, en yaygın olarak küçükbaş hayvanlarda yaşayan ve bu hayvanları etkileyen mikoplazma cinsinin üyesi olan bir bakteri türüdür. M. ovipneumoniae, hem primer atipik pnömoniye neden olabilen, hem de enfekte olmuş hayvanları Mannheimia haemolytica da içinde olmak üzere başka etkenlerle ikincil pnömoniye yatkın hale getirebilen evcil koyunlar, evcil keçiler, Amerika yaban koyunları, dağ keçileri ve diğer Caprinae ailesi üyelerinin solunum patojenidir. M. ovipneumoniae'nın patojenitesine katılan mekanizmaları içerisinde, M. ovipneumoniae'nin kendi polisakkarit kapsülü aracılığıyla geviş getiren hayvanların silli epitellerine tutunan makrofaj etkinliğini değiştirme, siliyer antijenler için otoantikor üretimi ve lenfositlerde etkinliğin baskılanması gösterilebilir; bunların hepsi, koyun ve öteki geviş getirenlerde gelişen hastalıklara katkıda bulunan önemli etkenlerdir. Bu bakteri, ayrıca diğer bakteriyel ve viral enfeksiyonlara zemin hazırlayan bir etken davranışı sergileme yeteneğine sahiptir.
Mycoplasma mobile, tatlı su balıklarının solungaçlarında nekroza neden olan parazitik bir bakteri türüdür. Parazitik veya komensal olabilen azaltılmış genom boyutlarına sahip bakterileri kapsayan Mollicutes sınıfına aittir. Gram pozitif bir bakteridir, ancak hücrelerinde peptidoglikan katmanı yoktur. M. mobile hücreleri, nesneler ile yüzeylere tutunmadan ve yüzey proteinlerinin konağın bağışıklık yanıtlarından kurtulmasına olanak sağlayan bir düzenek olan antijenik çeşitlilikten sorumlu yüzey proteinlerini de içeren membrana bağlanmış proteinlerle kaplıdır. M. mobile hayatta kalması; konak hücrelerini bağlayıp enfekte etmesine, konağın bağışıklık sisteminden kaçmak için kendi yüzey proteinlerini değiştirmesine ve besinler ile iyonları taşımasına izin veren yüzey proteinlerine bağlıdır.
Mycoplasma hyopneumoniae, domuzları etkileyen oldukça bulaşıcı ve kronik bir hastalık olan enzootik domuz pnömonisine neden olduğu bilinen bir bakteri türüdür. Diğer molliküt (mollicute) türleri gibi, M. hyopneumoniae'nin boyutu küçüktür (400-1200 nm), küçük bir genomu vardır ve hücre duvarından yoksundur. Karmaşık beslenme gereksinimleri ve mikoplazma kültürü ile ilişkili yüksek bulaşma olasılığı nedeniyle laboratuvarlarda büyütmek zordur. Bakteriyi başarıyla büyütmek için, %5-10'luk karbondioksitli ortam gereklidir ve ortam, asit renk kayması göstermelidir.
Mycoplasma orale, Mollicutes sınıfında bulunan küçük bir bakteridir. İnsanlarda yaşayan, özellikleri iyi bilinen bir zorunlu hücre içi parazit grubu olan Mycoplasma cinsine aittir. Ayrıca bağışıklık sistemi yetmezliği olan insanlarda fırsatçı bir patojen olduğu bilinmektedir. Diğer Mycoplasma türlerinde olduğu gibi M. orale, peptidoglikan hücre duvarından yoksun olmasından dolayı birçok antibiyotikle kolayca tedavi edilmez. Bundan dolayı bu tür tıp alanı ile ilgilidir, çünkü doktorlar bu mikrop ile enfeksiyondan muzdarip hastaları tedavi etme göreviyle karşı karşıyadır. Küçük bir fiziksel boyut, küçük bir genom boyutu ve sınırlı bir metabolizma özelliklerine sahiptir. Laboratuvar deneylerini sık sık kontamine ettiği de bilinmektedir. Bu bakteriler fizyolojik ve morfolojik olarak Mycoplasma cinsindeki kardeş türlerine çok benzer; ancak son keşifler bu mikroba ilişkin hala yanıtlanmamış birçok soru bırakmaktadır.
Listeria monocytogenes, listeriosis enfeksiyonuna neden olan bir patojenik bakteri türü. Oksijenin varlığında veya yokluğunda hayatta kalabilen bir fakültatif anaerobik bakteridir. Konakçı hücrelerin içinde büyüyebilen ve üreyebilen bakteri, en virülan gıda kaynaklı patojenlerden biridir. Yüksek riskli bireylerde gıda kaynaklı listeriosis enfeksiyonlarının %20'si ila %30'u ölümcül olabilir. Amerika Birleşik Devletleri'nde yılda yaklaşık 1.600 hastalık ve 260 ölümden sorumlu olan listeriosis, gıda kaynaklı bakteriyel patojenler arasında toplam ölüm sayısında üçüncü sırada olup, ölüm oranı bakımından Salmonella spp. ve Clostridium botulinum patojenlerinden daha yukarıda yer almaktadır. Avrupa Birliği'nde listeriosis, 2008 yılında başlayan yükseliş eğilimini takip ederek, 2014 yılında 2.161 teyit edilmiş vaka ve 210 ölüm bildirimine neden olarak 2013'e göre %16 artış göstermiştir. AB'de Listeriosis mortalite oranları diğer gıda kaynaklı patojenlere göre daha yüksektir.
Pelvik inflamatuar hastalık (PİH), kadın üreme sisteminin üst kısmının, yani uterus, fallop tüpleri ve overlerin ve pelvis içinin enfeksiyonudur. Sıklıkla semptomsuz olabilir. Eğer bulgu ve semptomlar varsa, alt karın ağrısı, vajinal akıntı, ateş, idrara çıkma ile yanma, ağrılı cinsel ilişki, cinsel ilişki sonrası kanama veya düzensiz adet kanaması olabilir. Tedavi edilmeyen PİH, infertilite, ektopik gebelik, kronik pelvik ağrı ve kanser gibi uzun süreli komplikasyonlara neden olabilir.
Moleküler klonlamada vektör, yabancı bir nükleik diziyi yapay olarak çoğaltılabileceği ve/veya ifade edilebileceği başka bir hücreye taşımak için bir araç olarak kullanılan herhangi bir parçacıktır. Yabancı DNA içeren bir vektör rekombinant DNA olarak adlandırılır. Dört ana vektör türü plazmidler, viral vektörler, kozmidler ve yapay kromozomlardır. Bunlar arasında en yaygın kullanılan vektörler plazmidlerdir. Tüm tasarlanmış vektörlerde ortak olan bir replikasyon orijini, bir çoklu klonlama bölgesi ve seçilebilir bir işaretleyicidir.
Ekzotoksin, bakteriler tarafından salgılanan bir çeşit toksindir. Bir ekzotoksin, hücreleri yok ederek veya normal hücresel metabolizmayı bozarak konakçıya zarar verebilir. Oldukça güçlüdürler ve konakçıya zararları büyük olabilir. Ekzotoksinler salgılanabilir veya endotoksinlere benzer şekilde hücrenin parçalanması sırasında salınabilir. Gram negatif bakteriler, lipopolisakkarit endotoksin ve bazı virülans proteinleri içeren dış zar veziküllerini vezikül içi içerikler olarak diğer bazı toksinlerle birlikte salgılayabilir. Böylece iyi bilinen ökaryot membran vezikül trafiği sürecine önceden öngörülemeyen bir boyut ekler. Konak-patojen arayüzünde oldukça aktiftir.
