Fizik, maddeyi, maddenin uzay-zaman içinde hareketini, enerji ve kuvvetleri inceleyen doğa bilimi. Fizik, Temel Bilimler'den biridir. Temel amacı evrenin işleyişini araştırmaktır. Fizik en eski bilim dallarından biridir. 16. yüzyıldan bu yana kendi sınırlarını çizmiş modern bir bilim olmasına karşın, Bilimsel Devrim'den önce iki bin sene boyunca felsefe, kimya, matematik ve biyolojinin belirli alt dalları ile eş anlamlı olarak kullanılmıştır. Buna karşın, matematiksel fizik ve kuantum kimyası gibi alanlardan dolayı fiziğin sınırlarını net olarak belirlemek güçtür.
Microsoft Word, 1983 yılında geliştirilmiş olan merkezi Amerika Birleşik Devletleri'nde bulunan ve Bill Gates'in sahibi olduğu yazılım firması Microsoft tarafından Microsoft Windows ve Apple Macintosh işletim sistemleri tabanında çalışmak üzere yazılan ve dağıtımı yapılan bir sözcük işlemci programıdır. Microsoft Word Viewer ve Office Online, Word'ün sınırlı özelliklere sahip ücretsiz sürümleridir. İnternet tabanlı en güncel sürümü Microsoft 365 olan uygulamanın yazılım versiyonu ise Microsoft Word 2021'dir. İçinde bulunan detaylı metin biçimlendirme seçenekleri, ayrıntılı tablo, şekil ve grafik oluşturma başarıları nedeniyle, kendi türünde şu anda dünyadaki en popüler yazılımlardan biridir.
Google Genel DNS 3 Aralık 2009'da Google tarafından hizmete sokulmuş ücretsiz bir DNS hizmetidir. Google'ın daha hızlı web projesi kapsamında planlanmıştır.
Klasik fizik tamamlanmış veya uygulanabilir olan fiziğin, eski tarihlerde düşünülmüş modern teorilerle ilgilenir. Şu an kabul edilmiş bir teori modern sayılıyorsa ve o teorinin giriş cümlelerinde başlıca paradigma değişiminden bahsediliyorsa, eski teorilere genellikle “klasik” denilir. Bir klasik teorinin tanımı aslında içeriğine bağlıdır. Klasik fizik kavramı, modern fizik için fazlasıyla karmaşık olan belirli durumlarda kullanılır.
Moleküler dinamik (MD), atomların ve moleküllerin fiziksel hareketlerini incelemek için bir bilgisayar simülasyon yöntemidir. Atomların ve moleküllerin sabit bir süre boyunca etkileşime girmesine izin verilir ve bu da sistemin dinamik evrimi hakkında bilgi verir. En yaygın versiyonda, atomların ve moleküllerin yörüngeleri, parçacıklar ve bunların potansiyel enerjileri arasındaki kuvvetlerin çoğu zaman atomlararası potansiyeller veya moleküler mekanik kuvvet alanları kullanılarak hesaplandığı, etkileşen parçacıkların bir sistemi için Newton'un hareket denklemlerinin sayısal olarak çözülmesiyle belirlenir. Metot ilk olarak 1950'lerin sonunda teorik fizik alanında geliştirildi, ancak günümüzde çoğunlukla kimyasal fizik, malzeme bilimi ve biyomoleküllerin modellenmesinde uygulanmaktadır.
Atomik, moleküler ve optik fizik, bir ya da birkaç atomun ölçeğinde, madde-madde ve ışık-madde etkileşimi çalışmadır ve enerji, birkaç elektron voltları etrafında ölçeklenir. Üç alanla yakından ilişkilidir. AMO teorisi, klasik, yarı klasik ve kuantum işlemlerini kapsar. Tipik olarak, teori ve emisyon uygulamaları, elektromanyetik yayılım ve emilme, spektroskopi analizi, lazer ve mazerlerin kuşağı ve genel olarak maddenin optik özellikleri, uyarılmış atom ve moleküllerden, bu kategorilere ayrılır.
Android platformu üzerinde çalışan özgür ve açık kaynak kodlu kayda değer uygulamaların henüz tamamlanmamış listesidir. Bu uygulamaların hemen hepsi ücretsizdir. Uygulamaların daha geniş listesi için aşağıdaki Dış bağlantılar bölümüne bakınız.
Kuantum kimyası bilgisayar programları, kuantum kimyası metodlarını uygulamak için bilgisayarlı kimyada kullanılır. Çoğu program, Hartree-Fock (HF) ve bazı post Hartree-Fock yöntemlerini içerir ve ayrıca yoğunluk fonksiyonları teorisi (DFT), moleküler mekanik veya yarı-ampirik kuantum kimyası metotlarını da içerebilirler. Bahsi geçen programlar arasında açık kaynaklı ve ticari yazılımlar bulunur. Bunların çoğu büyüktür, çoğu zaman birkaç ayrı program içerir ve uzun yıllar boyunca geliştirilmiştir.
Spartan, Wavefunction'ın moleküler modelleme ve bilgisayarlı kimya uygulamasıdır. Moleküler mekanik, yarı-ampirik yöntemler, ab initio modeller, yoğunluklu fonksiyonel modeller, post Hartree-Fock modeller, G3 (MP2) ve T1 içeren termokimyasal tarifler için kodlar içerir.
AutoDock moleküler modelleme simülasyon yazılımıdır. Protein-ligand yanaştırma için özellikle etkilidir. AutoDock 4, GNU Genel Kamu Lisansı altındadır. AutoDock, araştırma topluluğunda en çok alıntı yapılan yanaştırma yazılımı uygulamalarından biridir. Bu program aynı zamanda World Community Grid tarafından yürütülen FightAIDS@Home projesi için bir üstür. Şubat 2007'de, ISI Atıf Dizini'nde yapılan bir araştırma, birincil AutoDock yöntem kağıtları kullanılarak 1.100'den fazla yayınının Autodock'a atıfta bulunduğunu gösterdi. 2009 itibarıyla bu sayı 1.200'ü aştı.
Protein–ligand yanaştırma bir moleküler modelleme tekniğidir. Protein–ligand yanaştırmanın amacı, bir ligandın bir protein reseptörüne veya enzime bağlandığındaki konumunu ve oryantasyonunu tahmin etmektir. Farmasötik araştırma, çeşitli amaçlarla, özellikle de olası ilaç adaylarını seçmek için mevcut kimyasalların geniş veritabanlarının sanal taranmasında, yanaştırma tekniklerini kullanır.
Moleküler modelleme, moleküllerin davranışını modellemek veya taklit etmek için kullanılan teorik ve bilgisayarlı tüm yöntemleri kapsar. Bu yöntemler, küçük kimya sistemlerinden büyük biyolojik moleküllere ve malzeme gruplarına kadar değişen moleküler sistemleri incelemek için bilgisayarlı kimya, ilaç tasarımı, bilgisayarlı biyoloji ve malzeme bilimi alanlarında kullanılmaktadır. En basit hesaplamalar elle yapılabilir, ancak kaçınılmaz olarak makul büyüklükteki herhangi bir sistemin moleküler modellemesini bilgisayarların yapması gerekir. Moleküler modelleme yöntemlerinin ortak özelliği, moleküler sistemlerin atom düzeyinde tanımlanmasıdır. Bu, atomları en küçük bireysel birim olarak muamele edilmesini içerebilir veya protonları ve nötronları kuarkları, kuarkları, gluonlarıyla beraber ve elektronları da fotonlarıyla beraber açıkça modellemeyi içerebilir.
CP2K, katı hal, sıvı, moleküler ve biyolojik sistemlerin atomistik simülasyonlarını gerçekleştirmek için Fortran 2003'te yazılan serbestçe kullanılabilen (GPL) bir programdır.
Moleküler mekanik moleküler sistemleri modellemek için klasik mekaniği kullanır. Born-Oppenheimer yaklaşımının geçerli olduğu varsayılır ve tüm sistemlerin potansiyel enerjisi, kuvvet alanları kullanılarak nükleer koordinatların bir fonksiyonu olarak hesaplanır. Moleküler mekanik, boyutu birkaç atom büyüklüğünde olan sistemlerden tutun da milyonlarca atomdan oluşan büyük sistemlere kadar uygulanabilir.
Nanoscale Molecular Dynamics, Charm ++ paralel programlama modeli kullanılarak yazılmış moleküler dinamik simülasyonu yazılımıdır. Paralel verimliliği ile ön plandadır ve genellikle büyük sistemleri simüle etmek için kullanılır. University of Illinois at Urbana–Champaign'nde Teorik ve Hesaplamalı Biyofizik Grubu (TCB) ve Paralel Programlama Laboratuvarı (PPL) işbirliği ile geliştirilmiştir.
LAMMPS, Sandia Ulusal Laboratuvarları'nın ürünü olan moleküler dinamik programıdır. LAMMPS, paralel iletişim için İleti Geçiş Arabirimi'ni (MPI) kullanır ve GNU Genel Kamu Lisansı koşulları altında dağıtılan ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılımdır.
Hibrid QM/MM yaklaşımı, QM (doğruluk) ve MM (hız) yaklaşımlarının gücünü birleştiren ve böylece çözelti ve proteinlerdeki kimyasal olayların incelenmesine izin veren bir moleküler simülasyon yöntemidir. QM/MM yaklaşımı ilk kez Warshel ve Levitt'in 1976 yılındaki makalesinde tanıtıldı. Warshel ve Levitt, Martin Karplus ile birlikte, 2013 yılında “karmaşık kimyasal sistemler için çok ölçekli modellerin geliştirilmesi” alanında Nobel Kimya Ödülü'nü kazandılar.
Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.
Hesaplamalı biyoloji veya bilişimsel biyoloji, biyolojik, ekolojik, davranışsal ve sosyal sistemlerin araştırılmasında veri analitik ve teorik yöntemlerin, matematiksel modelleme ve hesaplamalı simülasyon tekniklerinin geliştirilmesini ve uygulanmasını içerir. Disiplinlerarası bir alandır ve de farklı disiplinleri kucaklar. Temelinde biyoloji, uygulamalı matematik, istatistik, biyokimya, kimya, biyofizik, moleküler biyoloji, genetik, genomik, bilgisayar bilimi ve evrim yer almaktadır.
Jmol, kimyasal yapıların 3 boyutlu moleküler modellenmesine yönelik bir bilgisayar yazılımıdır. Jmol, bir öğretim aracı olarak veya örneğin kimya ve biyokimya araştırmaları için kullanılabilecek bir molekülün 3 boyutlu temsilini döndürür. Java programlama dilinde yazılmıştır, dolayısıyla Java yüklüyse Windows, MacOS, Linux ve Unix işletim sistemlerinde çalışabilir. GNU Kısıtlı Genel Kamu Lisansı (LGPL) sürüm 2.0 kapsamında yayımlanan ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılımdır.