İçeriğe atla

Molekül düzenleyici

Bir molekül düzenleyici, kimyasal yapıların gösterimlerini oluşturmak ve değiştirmek için kullanılan bir bilgisayar programıdır.

Molekül editörleri, kimyasal yapı gösterimlerini sırasıyla 2B bilgisayar grafikleri veya 3B bilgisayar grafikleri aracılığıyla simüle edilmiş iki boyutlu uzay veya üç boyutlu uzay içinde manipüle edebilir. İki boyutlu çıktı resim olarak veya kimyasal veri tabanlarını sorgulamak için kullanılır. Üç boyutlu çıktı, genellikle moleküler modelleme yazılım paketlerinin bir parçası olarak moleküler modeller oluşturmak için kullanılır.

Leatherface,[1] RECAP[2] ve Molecule Slicer[3] gibi veri tabanı moleküler düzenleyicileri, çok sayıda molekülün kullanıcı tarafından belirlenebilen 'karboksilik asitleri deprotonlama' veya 'ekzosiklik bağları kırma' gibi kurallara göre otomatik olarak değiştirilmesine olanak tanır.

Molekül editörleri genel olarak en az bir dosya biçimi veya satır gösterimi okumayı ve yazmayı destekler. Her birine örnek olarak sırasıyla Molfile ve SMILES (basitleştirilmiş moleküler girdi satırı giriş belirtimi) verilebilir.

Molekül düzenleyicileri tarafından oluşturulan dosyalar moleküler grafik araçları tarafından görüntülenebilir.

Bağımsız programlar

ProgramGeliştirici(ler)LisansPlatform(lar)Bilgi
ACD/ChemSketchACD/LabsTescilliWindowsOrganikler, organometalikler, polimerler ve Markush yapıları dahil olmak üzere hemen hemen her kimyasal yapının çizilmesine izin veren kimyasal olarak akıllı bir çizim ara yüzü. Freeware sürümü mevcut
Amira (yazılım)Visage Imaging
Zuse Institute Berlin		TescilliWindows, macOS, Linux14 günlük deneme sürümü mevcut
Ascalaph DesignerAgile MoleculeGNU GPLWindows, LinuxFreeware
AvogadroAvogadro project teamGNU GPLWindows, macOS, Linux3B molekül düzenleyici, görselleştirici
BALLViewBALL project teamGNU GPL-LGPLWindows, macOS, LinuxGörüntüleyici, editör, simülasyon aracı
BioclipseBioclipse DevelopersEPLÇapraz-platformJava, Eclipse Rich Client Platform (RCP) tabanlı
Biovia DrawMDL Information SystemsTescilliWindowsŞu anda Dassault Systèmes'e ait olan ISIS/Draw olarak geliştirildi[4]
ChemDoodle iChemLabsTescilli Çapraz-platform Java
ChemDrawPerkinElmerTescilliWindows, macOSKimyasal yapıları ve reaksiyonları düzenlemek için
DenebAtelGraphicsTescilliWindows, LinuxDeneme sürümü mevcuttur; SIESTA, VASP, QE vb. paketler için kullanımı kolay masaüstü grafik kullanıcı ara yüzü.
ChemWindowWileyTescilliWindowsKnowItAll yazılım ortamının bir parçası olarak kullanılabilir; akademik araştırma ve öğretim için ücretsizdir.
GabeditAbdulrahman AlloucheBSDWindows, macOS, Linux3B molekül düzenleyici, görselleştirici
JChemPaintGNU LGPLÇapraz-platformJava ile yazılmış 2B yapısal formül düzenleyici
Molecular Operating Environment (MOE)Chemical Computing GroupTescilliWindows, macOS, Linux; SVL programlama dili3B moleküler çizim ve düzenleme, 2B betimleme ve 2B'den 3B'ye dönüştürme ile moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları için platformdur.
SAMSONInriaTescilliWindows, macOS, LinuxBütünleşik hesaplamalı nanobilim için yazılım platformudur. SAMSON Elements (SAMSON için modüller) ile özelleştirilmiştir.
SpartanWavefunction, Inc.TescilliWindows, macOS, Linux
XDrawChemGNU GPLWindows, macOS, LinuxOpenBabel tabanlı

Java Appletleri

AppletGeliştirici(ler)LisansBilgi
JChemPaintGNU LGPLEditör ve görüntüleyici uygulamaları
JME Molecule EditorPeter ErtlTescilliMolinspiration adresinden temin edilebilen ücretsiz yazılım; Ticari olmayan kullanım için Freeware

JavaScript gömülebilir düzenleyiciler

ProgramGeliştirici LisansMasaüstü Tarayıcı
IE6-7-8		Masaüstü Tarayıcı
diğer		iPadiPhoneAndroid Bilgi
Kekulé ProgramKekule.js Lab MIT LisansıEvetEvetBilinmiyorBilinmiyorBilinmiyor
Ketcher EPAM Systems Apache LisansıBilinmiyorEvet BilinmiyorBilinmiyorBilinmiyorbaşlangıçta EPAM Systems tarafından satın alınmadan önce GGA Software Services tarafından geliştirilmiştir.

Ayrıca bakınız

  • ChemSpider
  • Moleküler mekanik modelleme yazılımları karşılaştırması
  • Moleküler tasarım yazılımı

Kaynakça

  1. ^ Kenny, Peter W.; Sadowski, Jens (2005). "Structure Modification in Chemical Databases". Chemoinformatics in Drug Discovery. Methods and Principles in Medicinal Chemistry. ss. 271-285. doi:10.1002/3527603743.ch11. ISBN 9783527307531. 
  2. ^ Lewell, Xiao Qing; Judd, Duncan B.; Watson, Stephen P.; Hann, Michael M. (1998). "RECAP-Retrosynthetic Combinatorial Analysis Procedure: A Powerful New Technique for Identifying Privileged Molecular Fragments with Useful Applications in Combinatorial Chemistry". Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 38 (3): 511-522. doi:10.1021/ci970429i. PMID 9611787. 
  3. ^ Vieth, Michal; Siegel, Miles G.; Higgs, Richard E.; Watson, Ian A.; Robertson, Daniel H.; Savin, Kenneth A.; Durst, Gregory L.; Hipskind, Philip A. (2004). "Characteristic Physical Properties and Structural Fragments of Marketed Oral Drugs". Journal of Medicinal Chemistry. 47 (1): 224-232. doi:10.1021/jm030267j. PMID 14695836. 
  4. ^ "Biovia Draw datasheet" (PDF). Dassault Systemes. 25 Nisan 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 25 Nisan 2023. 

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Kovalent bağ</span> İki atom arasında elektronun paylaşılması

Kovalent bağ, atomlar arasında elektron çiftleri oluşturmak için elektronların paylaşımını içeren kimyasal bağdır. Bu elektron çiftlerine paylaşılan çiftler veya bağ çiftleri denir. Atomlar arasında elektronları paylaştıklarında çekici ve itici kuvvetlerin kararlı dengesine kovalent bağ denir. Birçok molekül için elektronların paylaşılması her atomun kararlı elektronik gruplaşmasına denk gelen tam değerlik kabuğunun eşdeğerine ulaşmasına olanak tanır.

<span class="mw-page-title-main">Hermann Staudinger</span> Nobel Kimya Ödülü sahibi Alman kimyager

Hermann Staudinger, plastiklerle ilgili çalışmaları sebebiyle 1953 yılında Nobel Kimya Ödülü'nü almış olan Alman kimyager.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler tanıma</span>

Moleküler tanıma, iki veya daha çok molekül arasında kovalent olmayan bağlanma yoluyla spesifik etkileşime değinmek için kullanılan bir terimdir. Moleküler tanımada konak ve konuk moleküler tamamlayıcılık gösterirler.

DNA nanoteknolojisi nanoteknolojinin bir alt sahasıdır, DNA ve diğer nükleik asitlerin moleküler tanıma özelliklerini kullanarak yeni moleküler yapılar oluşturmayı amaçlar. Bu sahada, DNA kalıtsal bilgi taşıyıcısı olarak değil, yapısal bir malzeme olarak kullanılır. Bunun uygulaması moleküler özbirleşme ve DNA hesaplamasıdır.

<span class="mw-page-title-main">Azot triklorür</span>

Azot triklorür, trikloramin olarak da bilinen formülü NCl3 olan kimyasal bileşik. Sarı, yağımsı, keskin kokulu bir sıvıdır. En sık amonyak türevleri ve klor arasındaki kimyasal reaksiyon sonrası oluşmaktadır, yüzme havuzlarındaki oluşumu buna bir örnektir.

<span class="mw-page-title-main">Dörtyüzlü moleküler geometri</span>

Dörtyüzlü veya tetrahedral molekül geometrisi, merkezi atomun, dört yüzlünün ortasında, dört köşede ise sübstitüentlerin yer aldığı molekül geometrisidir. Bağ açıları, dört sübstitüent aynı olduğunda (örn. metan CH4 ya da daha ağır analogları) cos−1 (-⅓) = 109,4712206 ...° ≈ 109.5° olur. Metan veya diğer simetrik yüzlü moleküller Td nokta grubuna aittir, ama dörtyüzlü moleküller genellikle düşük simetriye sahiptir. Tetrahedral moleküller kiral olabilir.

<span class="mw-page-title-main">Trioksidan</span>

Trioksidan, hidrojen trioksit veya dihidrojen trioksit olarak da adlandırılan, H[O]3H (H2O3 olarak da yazılır) kimyasal formülüne sahip bir inorganik bileşiktir. Kararsız hidrojen polioksitlerdendir. Sulu çözeltilerde, trioksidan su ve tekli oksijen oluşturmak için ayrışır:

Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.

<span class="mw-page-title-main">Yapısal biyoloji</span>

Yapısal biyoloji, biyolojinin özellikle amino asitlerden yapılmış olan proteinler, nükleotitlerden yapılmış RNA ve DNA gibi nükleik asitler ve lipitlerden oluşmuş membranlar olmak üzere biyolojik makromoleküllerin yapılarını ve uzamsal dizilişlerini inceleyen bir dalıdır. Yapısal biyoloji asıl olarak biyofizik yöntemleri ile makromoleküllerin atom düzeyinde üç boyutlu yapılarının belirlenmesi, yapısal değişikliklerinin temel prensipleri, moleküler hareketlerin analizi ve bu yapıların dinamiği ile ilgilenir. Makromoleküller hücrelerin hemen hemen tüm işlevlerini yerine getirir ve bunu da yapabilmek için belirli üç boyutlu şekillere girerler. Moleküllerin "üçüncül yapı"sı olarak adlandırılan bu yapılar her molekülün temel bileşimi ya da "birincil yapı"ları ile karmaşık bir şekilde bağlantılıdır.

<span class="mw-page-title-main">Tropinon</span>

Tropinon, bir alkaloiddir. Atropinin sentetik habercisi olarak 1917 yılında, Robert Robinson tarafından sentezlenmesiyle I. Dünya Savaşı sırasında az bulunan bir malzeme olarak ün kazanmıştır. Tropinon, kendisi gibi birer alkaloid olan kokain ve atropin ile aynı tropan çekirdek yapısını paylaşır. pH 7,3 'te karşılık gelen konjuge asidi, tropiniumon olarak bilinir.

<span class="mw-page-title-main">Matriks-destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu</span>

Kütle spektrometrisinde, matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu (MALDI), minimum parçalanma ile büyük moleküllerden iyonlar oluşturmak için bir lazer enerjisi emici matris kullanan bir iyonizasyon tekniğidir. Daha geleneksel iyonizasyon yöntemleriyle iyonize edildiğinde kırılgan olma ve parçalanma eğiliminde olan biyomoleküllerin ve büyük organik moleküllerin analizinde uygulanmıştır. Gaz fazında büyük moleküllerin iyonlarını elde etmenin nispeten yumuşak bir yolu olması bakımından elektrosprey iyonizasyonuna (ESI) benzer, ancak MALDI tipik olarak çok daha az sayıda çok-yüklü iyon üretir.

<span class="mw-page-title-main">Kimyasal iyonizasyon</span>

Kimyasal iyonizasyon, kütle spektrometresinde kullanılan yumuşak bir iyonizasyon tekniğidir. İlk olarak Burnaby Munson ve Frank H. Field tarafından 1966'da tanıtıldı. Bu teknik, gaz iyon molekülü kimyasının bir dalıdır. Reaktif gaz molekülleri elektron iyonizasyonu ile iyonize edilir ve bunu takiben iyonlaşmayı sağlamak için gaz fazındaki analit molekülleri ile reaksiyona girerler. Negatif kimyasal iyonizasyon, yük değişimli kimyasal iyonizasyon ve atmosferik basınçlı kimyasal iyonizasyon, bu tekniğin yaygın varyasyonlarından bazılarıdır. CI, organik bileşiklerin tanımlanması, yapılarının aydınlatılması ve miktar tayininde birkaç önemli uygulamaya sahiptir. Analitik kimyadaki uygulamaların yanı sıra, kimyasal iyonizasyonun faydaları biyokimyasal, biyolojik ve tıbbi alanlara da uzanmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Kimyasal yapı</span> Moleküllerin organize edilmiş hali

Kimyasal yapının belirlemesi, bir kimyagerin hedef molekülün moleküler geometrisini ve -uygun ve gerekli olduğunda- elektronik yapısını belirlemesini içerir. Moleküler geometri, bir moleküldeki atomların uzamsal düzenini ve atomları bir arada tutan kimyasal bağları ifade eder ve yapısal formüller ile moleküler modeller kullanılarak temsil edilebilir; eksiksiz elektronik yapı açıklamaları, bir molekülün moleküler orbitallerinin konumunun belirlenmesini içerir. Yapı belirleme, çok basit moleküllerden çok karmaşık olanlara kadar bir dizi hedefe uygulanabilir.

Organik sentez, kimyasal sentezin özel bir dalıdır ve organik bileşiklerin kasıtlı olarak yapılandırılmasıyla ilgilidir. Organik moleküller genellikle inorganik bileşiklerden daha karmaşıktır ve sentezleri organik kimyanın en önemli dallarından biri haline gelmiştir. Genel organik sentez alanı içinde birkaç ana araştırma alanı vardır: tam sentez, yarı sentez ve metodoloji.

ChemSpider, kimyasal maddelerin bir veritabanıdır. ChemSpider, Kraliyet Kimya Derneği'ne aittir.

<span class="mw-page-title-main">Peter Colman</span>

Peter Malcolm Colman, Melbourne, Avustralya'daki Walter ve Eliza Hall Tıbbi Araştırma Enstitüsü'nün yapısal biyoloji bölümünün başkanıdır.

Kuantum biyolojisi, kuantum mekaniğinin ve teorik kimyanın biyolojik nesnelere ve problemlere uygulamalarının incelenmesidir. Birçok biyolojik süreç, enerjinin kimyasal dönüşümler için kullanılabilen biçimlere dönüştürülmesini içerir ve doğası gereği kuantum mekaniktir. Bu tür süreçler, kimyasal reaksiyonları, ışık emilimini, uyarılmış elektronik durumların oluşumunu, uyarma enerjisinin aktarımını ve fotosentezi, koku almayı ve hücresel solunum gibi kimyasal süreçlerde elektron ve protonların aktarımını içerir.

<span class="mw-page-title-main">Jmol</span>

Jmol, kimyasal yapıların 3 boyutlu moleküler modellenmesine yönelik bir bilgisayar yazılımıdır. Jmol, bir öğretim aracı olarak veya örneğin kimya ve biyokimya araştırmaları için kullanılabilecek bir molekülün 3 boyutlu temsilini döndürür. Java programlama dilinde yazılmıştır, dolayısıyla Java yüklüyse Windows, MacOS, Linux ve Unix işletim sistemlerinde çalışabilir. GNU Kısıtlı Genel Kamu Lisansı (LGPL) sürüm 2.0 kapsamında yayımlanan ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılımdır.

<span class="mw-page-title-main">JChemPaint</span> kimyasal yapılar için çizim yazılımı

JChemPaint, 2B bilgisayar grafikleri kullanan kimyasal yapılar için bir molekül düzenleyici ve dosya görüntüleyici olan bilgisayar yazılımıdır.

Bu, makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.