İçeriğe atla

Molecular Systems Biology

Molecular Systems Biology
EditörM. Madan Babu
KategorilerSistem biyolojisi
SıklıkSürekli basım
YayımcıEMBO Press
Kuruluş yılı2005
Dilİngilizce
ISSN1744-4292
OCLC numarası58795151
Etki Faktörü8.9 (2019)

Molecular Systems Biology sistem biyolojisi, sentetik biyoloji ve sistemik tıp alanlarında makaleler yayımlayan, hakemli ve açık erişimli (open access) bir bilimsel dergidir.[1] Sistem biyolojisi moleküller, hücreler, organlar ve organizmalar gibi biyolojik varlıklara ait komponentlerin davranış ve etkileşimlerini inceleyen bilim dalıdır.[2] Dergi sitesinde sistem biyolojisi: kompleks biyolojik sistemlerin özelliklerini ve davranışlarını, bu sistemlerin komponentleri ve ilişkilerini kullanarak açıklamaya çalışan bütünleştirici bir bilim dalı olarak tanımlanmakta ve sistem biyolojisine özellikle moleküler seviyede, genomik, proteomik, metabolomik, mikrobiyal sistemler, hücre sinyalizasyonunun ve düzenleyici ağların entegrasyonu gibi konuları içerecek şekilde yer verilmektedir.

Dergi 2005 yılında European Molecular Biology Organization (EMBO) adına Nature Publishing Group tarafından yayınlanarak kurulmuştur. Aralık 2013 tarihinden bu yana ise EMBO Press tarafından yayınlanmaktadır.[3] Dergi Atıf Raporlarına göre derginin 2019 yılı impact faktörü 8,991'dir.[4][5]

Editoryal Süreç

Moleküler Sistem Biyolojisi, hızlı bir yayınlama sürecine sahiptir. Düzenlenmesi tamamlanmış makaleler, kabul edildikten sonra yaklaşık 10 gün içerisinde yayınlanabilir. İnceleme sürecinde editörler revize edilmesini istedikleri noktaları, gerekçelerini sunarak belirtirler. Ayrıca editörler, hakemlerden çalışmaları yorumlamalarını isteyebilirler.[1]

Editoryal süreç, esnek bir düzenleme tekniği, maksimum revizyona izin veren çapraz hakem etkileşimleri ve tek bir revizyon çevriminden oluşur. Molecular Systems Biology, revize edilen makalelerin % 90'ından fazlasını yayınlamaktadır. Ek olarak, makale yazarları editörlere ulaşabilir ve gözden geçirme sürecinde makale taslaklarını editörlerle birlikte değerlendirebilirler.[1]

Kaynakça

  1. ^ a b c "Molecular Systems Biology :". www.embopress.org (İngilizce). 15 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Nisan 2021. 
  2. ^ David Galas (7 Aralık 2018). "Systems biology". Encyclopedia Britannica (İngilizce). 14 Nisan 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Nisan 2021. 
  3. ^ "Interactive timeline". EMBO (İngilizce). 6 Mayıs 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Nisan 2021. 
  4. ^ 2019 Journal Citation Reports. Web of Science (İngilizce). Clarivate Analytics. 2020. 25 Haziran 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Nisan 2021. 
  5. ^ "Molecular Systems Biology Bibliometrics". www.embopress.org (İngilizce). 15 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Nisan 2021. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Biyoloji</span> canlıları inceleyen bilim dalı

Biyoloji ya da dirim bilimi, yaşamın bilimsel olarak incelenmesidir. Geniş bir kapsama sahip bir doğa bilimidir ancak onu tek ve tutarlı bir alan olarak birbirine bağlayan birkaç birleştirici teması vardır. Örneğin, tüm organizmalar, gelecek nesillere aktarılabilen genlerde kodlanmış kalıtsal bilgileri işleyen hücrelerden oluşur. Bir diğer ana tema ise yaşamın birliğini ve çeşitliliğini açıklayan evrimdir. Enerji işleme, organizmaların hareket etmesine, büyümesine ve çoğalmasına izin verdiği için yaşam için de önemlidir. Son olarak, tüm organizmalar kendi iç ortamlarını düzenleyebilmektedir.

<span class="mw-page-title-main">Sitoloji</span> Hücreleri inceleyen biyoloji dalı

Sitoloji veya hücre biyolojisi, kökü Yunancadaki kytos, barındırıcı kelimesidir), hücrelerin fizyolojisini, yapısını, içerdiği organelleri, bulunduğu ortamla olan ilişkisini, yaşam döngüsünü, bölünmesini ve ölümünü inceleyen bir bilim dalıdır. Bu işlem hem moleküler hem de mikroskobik ölçüde gerçekleştirilir. Sitoloji araştırmaları, bakteriler ve protozoa gibi tek hücreli organizmalardan, insan gibi çok hücreli organizmalara kadar büyük bir alana yayılır.

Gelişim biyolojisi, canlıların büyüme ve gelişimlerini inceleyen bilim dalı. Modern gelişim biyolojisi, dokular, organlar ve sistemlerin oluşumunda rol alan hücrelerin gelişimini, değişimini, farklılaşımını ve şekil almasını (morfojenez) inceler. Embriyoloji, gelişim biyolojisinin bir alt birimidir ve tek hücrenin oluşumundan embriyonik gelişim aşamasının sonuna kadarki gelişimi inceler ki serbest yaşam bazen embriyonik gelişimin tamamlanmasından da önce başlar.

Zooloji hayvanların bilimsel olarak incelenmesidir. Çalışmaları, hem yaşayan hem de soyu tükenmiş tüm hayvanların yapısını, embriyolojisini, sınıflandırmasını, alışkanlıklarını ve dağılımını ve ekosistemleriyle nasıl etkileşime girdiklerini içerir. Zooloji, biyolojinin ana dallarından biridir. Terim, Antik Yunanca ζῷον, zōion ('hayvan') ve λόγος, logos kelimelerinden türetilmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Farmakoloji</span> İlaçlarla ilgili biyoloji dalı

Farmakoloji ya da eczabilim günümüzdeki anlamıyla canlı organizmadaki ilaç etkilerini ve canlı organizmaya alınan ilaçların yapısını inceleyen bir bilim dalıdır. Yeni sentezlenmiş veya bitkilerden ayrıştırılmış maddelerin etkilerini biyolojik yapısını laboratuvar çalışmaları ile deney hayvanlarında, klinik araştırmalar ile insanlarda inceleyerek ilaç geliştirme çalışmalarına katkı veren bir tıp ve eczacılık bilimidir. Diğer bir deyişle, ilaçların yapımından, kullanıma sunulmasına, ilaçlar ile biyolojik dizgeler arasındaki etkileşimleri inceleyen bilim dalıdır. Farmakoloji, deneyleri ve canlılar üzerindeki araştırmalardan klinik uygulamaya değin uzanan bu karmaşık ve yoğun süreci birçok alt dalı ve yardımcı bilim dalları ile yakından bağlantılı yürütür.

<span class="mw-page-title-main">Biyofizik</span> Fiziksel bilimlerdeki yöntemleri kullanarak biyolojik sistemlerin incelenmesi

Biyofizik, biyolojik olayları incelemek için fizikte geleneksel olarak kullanılan yaklaşım ve yöntemleri uygulayan disiplinler arası bir bilimdir. Biyofizik, moleküler seviyeden organizma ve popülasyon seviyesine kadar tüm biyolojik organizasyon ölçeklerini kapsar. Biyofiziksel araştırmalar biyokimya, moleküler biyoloji, fizikokimya, fizyoloji, nanoteknoloji, biyomühendislik, hesaplamalı biyoloji, biyomekanik, gelişim biyolojisi ve sistem biyolojisi ile önemli ölçüde örtüşmektedir.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler biyoloji</span> Canlı yapılarını moleküler düzeyde inceleyen bilim dalı.

Moleküler biyoloji, canlılardaki olayları moleküler seviyede inceleyen biyoloji dalıdır.

<span class="mw-page-title-main">Evrimsel biyoloji</span> canlı çeşitliliğini ve gelişimini inceleyen bilim dalı

Evrimsel biyoloji; biyoloji konularını, canlıların evrimini göz önüne alarak inceleyen bilim dalıdır. Taksonomi biliminin temelinde evrimsel biyoloji yer almaktadır. Canlıları sistematik bir şekilde ayırmada, canlıların evrimsel akrabalıkları ve farklılıkları göz önüne alınır. Ayrıca birçok ekolojik ilişkinin açıklanmasında evrimsel biyoloji kullanılır. Moleküler biyolojide DNA ve RNA dizilerinin baz dizilişleri göz önüne alınarak canlıların hatta organellerin mikroorganizmalarla olan akrabalıkları incelenmekte ve bu incelemede evrimsel biyoloji temel alınmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Biyokompleksite</span>

Biyokompleksite, aktif biyoajanların lineer olmayan (nonlinear) etkileşimlerinden ortaya çıkan karmaşık yapı ve davranışları çalışan disiplindir. Neredeyse bütün biyolojik sistemler karmaşıktır. Karmaşık sistemlerde bir bütün olarak sistem, kendisini oluşturan parçaların özellikleri toplamından daha fazla özelliğe sahiptir. Biyolojik ajanlar arasında benzer bir ilişkiye örnek olarak biyolojik organizmanın, kendisini oluşturan dokuların özellikleri toplamından daha farklı özelliklere de sahip olması verilebilir. Moleküler düzeyde klasik örnekler ise hücre içi moleküllerin; bir bütün olarak hücre hareketi, hücre bölünmesi, nörolojik ağ ve embriyolojik gelişme esnasındaki hücrelerin organize olması ile olan ilişkisidir. Son zamanlarda biyokompleksite terimi evrim, biyolojik çeşitlilik ve ekoloji çalışmalarında da kullanılmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Gen düzenleyici ağ</span>

Gen düzenleyici ağ veya genetik düzenleyici ağ (GRN), bir hücre içinde (RNA ve protein ifadesinin ürünleri yoluyla) dolaylı olarak birbirleri ile etkileşim gösteren DNA bölümlerinin ve hücre içindeki diğer maddelerin bir koleksiyonu veya derlemesi olup ağlardaki hangi genlerin transkripsiyon sonucu mRNA'ya dönüştürüleceğini belirler. Genel olarak, her mRNA molekülü, belirli bir protein (veya protein dizilerinin) oluşturmak için yola çıkar. Bazı durumlarda bu protein, yapısal proteine dönüşür ve belirli yapısal özellikler oluşturmak için hücre zarında veya hücre içerisinde birikmeye başlar. Başka durumlarda protein bir enzim olacaktır ve bir besin kaynağını veya toksini parçalayarak yıkıma uğratmak gibi belirli bir tepki için kataliz görevini gören bir mikro-makineye dönüşecektir. Bazı proteinler ise sadece diğer genleri uyararak onları aktive etmek görevine sahip olup transkripsiyon faktörleri olarak düzenleyici ağlarda veya ardışık bağlantılardaki ana aktivatörlerdir. Diğer genlerin başlangıç uçlarındaki promotör bölgeye bağlanma ve böylece başka bir proteinin üretimini başlatma suretiyle onları etkinleştirirler ve bu, bu şekilde devam eder. Bazı transkripsiyon faktörleri önleyici olup inhibitör'dür.

<span class="mw-page-title-main">Sistem biyolojisi</span>

Sistem biyolojisi biyomedikal ve biyolojik bilimsel araştırma uygulanan gelişmekte olan bir yaklaşımdır. Sistem biyolojisi biyolojik ve biyomedikal araştırma daha bütünsel bir bakış açısı ile, biyolojik sistemleri içinde karmaşık etkileşimler üzerinde yaklaşım odaklanan bir çalışma biyoloji tabanlı disiplinler arası bir alandır. Özellikle 2000 yılından itibaren, kavram bağlamlarda çeşitli biyolojik bilimler alanında yaygın olarak kullanılmaktadır.Outreaching biri sistem biyolojisi amacı acil özellikleri, olan teorik açıklamalar sistemleri biyoloji havale giren teknikleri kullanarak mümkündür bir sistem olarak işleyen hücre, doku ve organizmaların özellikleri modeli ve keşfetmektir. Bunlar tipik olarak metabolik ağların veya hücre sinyalizasyon ağları içerir.

Biyosemiyotik semiyotik ve biyoloji içerisinde büyüyen bir alandır. Biyoloji bilim dalı kapsamındaki göstergeler ve kodların üretilmesi ve yorumlaması üzerine çalışır. Biyosemiyoloji, biyoloji ile semiyotik bulgularının birleştirilmesine teşebbüs eder. Batı dünyasının bilimsel hayat görüşünde, semiyozisi hayat kavramının içten ve değişmez bir kısmı olarak göstererek, bir paradigma kayması önerir. “Biyosemiyotik” terimi ilk defa Friedrich S. Rothschild tarafından 1962'de kullanılmıştır fakat Thomas Sebeok ve Thure von Uexküll bu terimi kendi alanında uygulamışlardır. Biyolojinin normatif bakış açılarını zorlayan bu alan, genellikle teorik ve uygulamalı biyosemiyotik olarak ikiye ayrılır.

Current Biology, biyolojinin tüm dallarını ve özellikle de moleküler biyoloji, hücre biyolojisi, genetik, nörobiyoloji, ekoloji ve evrimsel biyoloji alanlarını kapsayan, iki haftada bir yayımlanan, akran denetimli bilimsel dergidir. İçinde araştırma makaleleri ve çeşitli derleme makalelerin yanı sıra editoryal dergi bölümü de bulunur. 1991 yılında Current Science grubu tarafından kurulan dergi 1998 yılında Elsevier tarafından alınmış ve 2001 yılında beri Elsevier'in bir alt bölümü olan Cell Press tarafından yayımlanmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Hesaplamalı biyoloji</span> biyolojik, davranışsal ve sosyal sistemlerin incelenmesinde veri-analitik ve teorik yöntemler, matematiksel modelleme ve hesaplamalı simülasyon teknikleri

Hesaplamalı biyoloji veya bilişimsel biyoloji, biyolojik, ekolojik, davranışsal ve sosyal sistemlerin araştırılmasında veri analitik ve teorik yöntemlerin, matematiksel modelleme ve hesaplamalı simülasyon tekniklerinin geliştirilmesini ve uygulanmasını içerir. Disiplinlerarası bir alandır ve de farklı disiplinleri kucaklar. Temelinde biyoloji, uygulamalı matematik, istatistik, biyokimya, kimya, biyofizik, moleküler biyoloji, genetik, genomik, bilgisayar bilimi ve evrim yer almaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Yapısal biyoloji</span>

Yapısal biyoloji, biyolojinin özellikle amino asitlerden yapılmış olan proteinler, nükleotitlerden yapılmış RNA ve DNA gibi nükleik asitler ve lipitlerden oluşmuş membranlar olmak üzere biyolojik makromoleküllerin yapılarını ve uzamsal dizilişlerini inceleyen bir dalıdır. Yapısal biyoloji asıl olarak biyofizik yöntemleri ile makromoleküllerin atom düzeyinde üç boyutlu yapılarının belirlenmesi, yapısal değişikliklerinin temel prensipleri, moleküler hareketlerin analizi ve bu yapıların dinamiği ile ilgilenir. Makromoleküller hücrelerin hemen hemen tüm işlevlerini yerine getirir ve bunu da yapabilmek için belirli üç boyutlu şekillere girerler. Moleküllerin "üçüncül yapı"sı olarak adlandırılan bu yapılar her molekülün temel bileşimi ya da "birincil yapı"ları ile karmaşık bir şekilde bağlantılıdır.

<span class="mw-page-title-main">Matematiksel ve teorik biyoloji</span>

Matematiksel ve teorik biyoloji, biyolojinin bilimsel teorileri kanıtlamak için gerekli deneyleri yapmakla uğraşan deneysel biyoloji dalının aksine biyolojik sistemlerin yapılarının, gelişimlerinin ve davranışlarının altında yatan ilkeleri araştırmak için yaşayan organizmaların teorik analizlerini, matematiksel modellerini ve soyutlamalarını kullanan bir dalıdır. Bu alan aynı zamanda matematiksel yanını vurgulamak için matematiksel biyoloji ya da biyomatematik ya da biyolojik yanını vurgulamak için ise teorik biyoloji olarak da adlandırılır. Teorik biyolojinin odak noktası daha çok biyolojinin teorik ilkelerinin geliştirilmesi iken matematiksel biyoloji biyolojik sistemlerin incelenmesinde matematiği kullanır ama her iki terim de bazen birbirinin yerine kullanılabilmektedir.

<span class="mw-page-title-main">Hücre biyolojisinin ana hatları</span>

Aşağıdaki özet, hücre biyolojisine genel bir bakış ve topikal kılavuz olarak verilmiştir:

Moleküler tıp, moleküler ve hücresel biyoloji, biyokimya ve ilgili alanlardaki gelişmelerden yararlanarak normal hücresel olayların nasıl değiştiğini, hastalıkta nasıl bozulduğunu molekül düzeyinde inceleyen, son yıllarda büyük ivme kazanmış bir bilim dalıdır. Moleküler tıpın bakış açısı; hastalar ve organları üzerinde önceki kavramsal ve gözlemsel odaktan ziyade hücresel ve moleküler olayları ve müdahaleleri vurgulamaktır.

<span class="mw-page-title-main">Santral dogma (moleküler biyoloji)</span> Biyolojik bir sistem içindeki genetik bilgi akışının açıklanması

Moleküler biyolojinin santral (merkezi) dogması, biyolojik bir sistem içindeki genetik bilgi akışının bir açıklamasıdır. Orijinal anlamı bu olmasa da, genellikle "DNA RNA'yı, RNA proteini yapar" şeklinde ifade edilir İlk olarak 1957'de Francis Crick tarafından ifade edilmiş, 1958'de ise yayınlanmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Biyolojinin ana hatları</span> Vikimedya liste maddesi

Biyoloji - Yaşamı inceleyen doğa bilimi. Odaklandığı alanlar arasında yapı, işlev, büyüme, köken, evrim, dağılım ve taksonomi yer alır.