Sapporo, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğünün merkezi ve bölgenin en büyük şehridir.
Kobe, Japonya'nın Hyōgo prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehir Kansai bölgesinde, Osaka Körfezi'nin kuzeyinde Osaka'nın 30 km batısında yer almaktadır. 1868 yılı itibarıyla ticari anlamda batıya açılan ilk Japon şehirlerden biridir. Kobe yaklaşık 1,5 milyon nüfusu ile Japonya'nın altıncı büyük şehri olup Osaka ve Kyoto ile birlikte Keihanshin metropol alanını oluşturmaktadır. Bu kozmopolit liman kenti, 100'den fazla ülkeden gelen yaklaşık 45.000 yabancı kişiye ev sahipliği yapmaktadır.
Nagasaki, Japonya'nın Nagasaki prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 406,35 km² olan şehrin nüfusu 1 Ocak 2009 tarihi itibarı ile 446.007'dir.
Nagoya Chūbu bölgesi'nin en büyük şehri, en çok nüfuslu dördüncü şehri ve 2020'de 2.3 milyonluk nüfusuyla Japonya'nın en kalabalık üçüncü kentsel bölgesidir. Ülkenin en büyük adası Honshū'adasının orta-güney kesiminde ve Pasifik Okyanusunun kıyısındadır. Nagoya, Aichi Eyaleti'nin başkenti ve en kalabalık şehridir. Şehir, Tokyo, Osaka, Kobe, Yokohama ve Chiba ve Hakata birlikte Japonya'nın en önemli liman şehirlerinden biridir. Nagoya, 2020'deki 10.11 milyon nüfuslu Japonya'nın en kalabalık üçüncü metropolitan alanı Chūkyō metropolitan alanının ana şehridir.
Okayama, Japonya'nın Okayama prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 789.92 km² olan şehrin nüfusu Ekim 2014 tarihi itibarı ile 714,583'tür.
Nara, Japonya'nın Nara prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehir, prefektörlüğün kuzeyinde yer almaktadır. Yüzölçümü 276,84 km² olan şehrin nüfusu 1 Ocak 2010 itibarı ile 368.636'dır. Şehirdeki sekiz tapınak, mabet ve kalıntı olan Tōdai-ji, Saidai-ji, Kōfuku-ji, Kasuga-taisha, Gangō-ji, Yakushi-ji, Tōshōdai-ji ve Heijō Sarayı, Kasugayama Ormanı ile birlikte UNESCO Dünya Mirası olan "Antik Nara'nın Tarihi Anıtları"'nı oluşturmaktadır.
Niigata Japonya'nın Niigata prefektörlüğünin merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 726,09 km² olan şehrin nüfusu 31 Ocak 2012 tarihi itibarı ile nüfusu 804.193'tür.
Kumamoto, Japonya'nın Kumamoto prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 389.53 km² olan şehrin nüfusu 1 Mart 2010 tarihi itibarı ile 731,286'dır. Kumamoto 1 Nisan 1889 yılında kurulmuş olup 1 Nisan 2012 yılında belirlenmiş şehir statüsü almıştır.
Toyama, Japonya'nın Toyama prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 1.241,85 km² olan şehrin nüfusu 31 Mayıs 2011 tarihi itibarı ile 417.324'tür.
Asahikawa, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Kamikawa alt prefektörlüğünün merkezi ve Hokkaidō'nun ikinci büyük şehridir. Yüzölçümü 747.6 km² olan şehrin nüfusu 30 Temmuz 2011 tarihi itibarı ile 352.105'tir.
Nagano, Japonya'nın Nagano prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehir, prefektörlüğün kuzeyinde Chikuma ve Sai nehirlerinin birleştiği noktada yer almaktadır. Yüzölçümü 834,85 km² olan şehrin nüfusu 1 Nisan 2011 itibarı ile 387.146'dır.
Yamagata, Japonya'nın Yamagata prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 381,34 km² olan şehrin nüfusu Kasım 2013 itibarı ile 254.146'dır.
Tottori, Japonya'nın Tottori prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 765,66 km² olan şehrin nüfusu 31 Ocak 2012 itibarı ile 196.353'tür.
Kōfu, Japonya'nın Yamanashi prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 212,47 km² olan şehrin nüfusu 1 Kasım 2015 tarihi itibarı ile 193.127'dir.
Otaru, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Shiribeshi alt prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Yüzölçümü 243.13 km² olan şehrin nüfusu 31 Temmuz 2011 itibarı ile 131,706'dır. Otaru, pek çok tarihi binaları ile birlikte popüler bir turistik yerdir.
Kushiro, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Kushiro alt prefektörlüğünün merkezi olan şehirdir. Yüzölçümü 1362,75 km² olan şehrin nüfusu 31 Ağustos 2011 itibarı ile 183.757'dir. Kushiro, Doğu Hokkaido'nun en büyük şehridir.
Akita, Japonya'nın Akita prefektörlüğünün merkezi olan şehirdir. Yüzölçümü 905,67 km² olan şehrin nüfusu 1 Ekim 2015 tarihi itibarı ile 316.808'dir.
Kagoshima, Japonya'nın Kagoşima prefektörlüğünün merkezi olan şehirdir. Yüzölçümü 547,05 km² olan şehrin nüfusu 1 Ocak 2010 itibarı ile 605.855'tir. Şehir resmî olarak 1 Nisan 1889 yılında kurulmuştur.
Obihiro, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Tokachi alt prefektörlüğünün merkezi olan şehirdir. Yüzölçümü 618,94 km² olan şehrin nüfusu 31 Ağustos 2011 tarihi itibarı ile 168.546'dır.
Kitami, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Ohotsk alt prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Yüzölçümü 1,427.56 km² olan şehrin nüfusu 1 Mart 2012 itibarı ile 124,789'dur.