
Kyoto, Japonya'nın Kyoto prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehrin nüfusu yaklaşık 1,5 milyondur. 794-1868 yılları arasında ülkenin başkenti olup bin yıllık başkent olarak anılmaktadır. Kyoto, Osaka ve Kobe ile birlikte Keihanshin metropolitan alanını oluşturur. Ayrıca Kyoto protokolü de ismini bu şehirden almaktadır.

Sapporo, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğünün merkezi ve bölgenin en büyük şehridir.

Saitama, Japonya'nın Saitama prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehir 1 Mayıs 2001 tarihinde Urawa, Omiya ve Yono şehirlerinin birleşmesiyle kurulmuş olup 1 Nisan 2003 tarihinde belirlenmiş şehir statüsü almıştır. 2005'te de Iwatsuki şehri Saitama ile birleşti. Şehir Büyük Tokyo Metropolü'nün bir parçası olup birçok sakini Tokyo'ya iş için gidip gelmektedir. Yüzölçümü 217.43 km2 olan şehrin nüfusu 1 Şubat 2016 tarihi itibarı ile 1.266.656'dır.

Okayama, Japonya'nın Okayama prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 789.92 km² olan şehrin nüfusu Ekim 2014 tarihi itibarı ile 714,583'tür.

Şizuoka Japonya'nın Şizuoka prefektörlüğünde merkezi ve ikinci büyük şehridir. Yüzölçümü 1.411,90 km² olan şehrin nüfusu 1 Eylül 2015 tarihi itibarı ile nüfusu 703.393'tür.

Kumamoto, Japonya'nın Kumamoto prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 389.53 km² olan şehrin nüfusu 1 Mart 2010 tarihi itibarı ile 731,286'dır. Kumamoto 1 Nisan 1889 yılında kurulmuş olup 1 Nisan 2012 yılında belirlenmiş şehir statüsü almıştır.

Utsunomiya, Japonya'nın Tochigi prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 416,85 km² olan şehrin nüfusu Şubat 2016 tarihi itibarı ile 519.461'dir.

Takamatsu, Japonya'nın Kagawa prefektörlüğünin merkezi ve en büyük şehridir. Şehir Shikoku adasında Seto İç Denizi kıyısında yer almaktadır. Yüzölçümü 375,11 km² olan şehrin nüfusu 1 Ekim 2010 tarihi itibarı ile 419.429'dur.

Yamagata, Japonya'nın Yamagata prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 381,34 km² olan şehrin nüfusu Kasım 2013 itibarı ile 254.146'dır.

Miyazaki, Japonya'nın Miyazaki prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehir 1 Nisan 1924 tarihinde kurulmuştur. Yüzölçümü 286,96 km² olan şehrin nüfusu Kasım 2010 itibarı ile 399.834'tür.

Naha, Japonya'nın Okinawa prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Şehir Okinawa Adası'nın güney kısmında Doğu Çin Denizi kıyısında yer almaktadır. Yüzölçümü 38,99 km² olan şehrin nüfusu Kasım 2012 tarihi itibarı ile 321.467'dir.

Hachinohe, Japonya'nın Aomori prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Yüzölçümü 305.40 km² olan şehrin nüfusu 1 Nisan 2012 tarihi itibarı ile 235,464 olup Aomori'nin ikinci büyük şehridir.

Kōriyama, Japonya'nın Fukuşima prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün ortasında yer almaktadır. Yüzölçümü 757.06 km² olan şehrin nüfusu Şubat 2015 tarihi itibarı ile 329,339'dur.

Kawaguchi, Japonya'nın Saitama prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir 1 Nisan 1933 tarihinde kurulmuştur. Yüzölçümü 61.97 km² olan şehrin nüfusu 1 Mart 2012 itibarı ile 579,069'dir. Şehre JR East'in Keihin-Tohoku ve Musashino hatları ile Saitama Rapid Railway hizmet vermektedir. Bölgede yoğun bir Türkiye'den gelen nüfus vardır. Ocak 2021 nüfus sayımına göre milliyetlere göre, Çin en yüksek sayıya sahiptir (22.386) ve ardından Vietnam(4.187), Koreliler(2.993), Filipinler(2.602) ve Türkiye(1.742) gelir,.

Toyohashi, Japonya'nın Aichi prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün güneydoğusunda, Atsumi Yarımadası'nın girişinde ve Mikawa Körfezi kıyısında yer almakta olup Shizuoka prefektörlüğü ile komşudur. Yüzölçümü 261.86 km² olan şehrin nüfusu 1 Ocak 2010 itibarı ile 372,710'dur. Toyohashi, 1 Ağustos 1906 tarihinde kurulmuştur.

Japonya'nın şehirleri, Japonya'nın yerel idari bölümlerinden biridir. Şehirler, kasaba ve köyler ile birlikte belediye düzeyinde idari bölümlerdir ancak ilçelere bağlı değildirler. Şehirler diğer idari bölümler gibi 1947 Yerel Özerklik Kanunu ile tanımlanırlar.

Mino, Japonya'nın Gifu prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir, 1 Nisan 1954 tarihinde kurulmuştur. Yüzölçümü 117.05 km² olan şehrin nüfusu Temmuz 2011 tarihi itibarı ile 22,447'dir.

Yanagawa, Japonya'nın Fukuoka prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir 1 Nisan 1952 tarihinde kurulmuştur. Yüzölçümü 76.88 km² olan şehrin nüfusu 20 Nisan 2011 tarihi itibarı ile 71,848'dir.

Katsuura, Japonya'nın Chiba prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir, Boso Yarımadası'nın güneydoğusunda Pasifik Okyanusu'nun kıyısında yer almaktadır. Yüzölçümü 94.20 km² olan şehrin nüfusu Nisan 2012 tarihi itibarı ile 20,030'dur.

Kawachinagano, Japonya'nın Osaka prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir 1 Nisan 1954 tarihinde kurulmuştur. Yüzölçümü 109.61 km² olan şehrin nüfusu Ocak 2010 tarihi itibarı ile 112,696'dır. Şehre Nankai Electric Railway'in Kōya ile Kintetsu'nun Nagano hatları hizmet vermektedir.