İçeriğe atla

Mikrobiyal aşılayıcı

Toprak aşılayıcılar veya biyo aşılayıcılar olarak da bilinen mikrobiyal aşılayıcılar, bitki sağlığını geliştirmek için faydalı rizosferik veya endofitik mikropları kullanan tarımsal ıslahlardır. İlgili mikropların çoğu, her iki tarafın da fayda sağladığı hedef ürünlerle simbiyotik ilişkiler kurmaktadır (karşılıklılık). Mikrobiyal aşılayıcılar bitki beslenmesini iyileştirmek için uygulanırken, bitki hormon üretimini uyararak bitki büyümesini teşvik etmek için de kullanılabilmektedirler.[1][2]

Aşıların tarımdaki faydalarına yönelik araştırmalar, biyogübre olarak kapasitelerinin ötesine geçmektedir. Mikrobiyal aşılayıcılar, mahsul türlerinin birkaç yaygın mahsul hastalığına karşı sistemik kazanılmış direncini (SAR) indükleyebilmektedir (patojenlere karşı direnç sağlar).

Ek olarak, mikrobiyal aşılayıcıların, dikkate alınması gereken toprak mikrobiyal topluluğunu sıklıkla değiştirdiği giderek daha fazla kabul edilmektedir (Mawarda ve diğerleri, 2020).

Bakteriyel

Rizobakteri aşıları

Yaygın olarak aşılayıcı olarak uygulanan rizobakteriler, nitrojen sabitleyicileri, fosfat çözücüleri ve makrobesin nitrojen ve fosforun konukçu bitki için kullanılabilirliğini artıran kökle ilişkili diğer faydalı bakterileri içermektedir. Bu tür bakterilere yaygın olarak bitki büyümesini teşvik eden rizobakteriler (PGPR) denir.

Azot sabitleyen bakteriler

En yaygın olarak uygulanan rizobakteriler Rhizobium ve yakından ilişkili cinslerdir. Rhizobium, baklagillerin köklerindeki nodüller içinde simbiyotik ilişkiler oluşturan nitrojen sabitleyici bakterilerdir. Bu, konakçının azot beslemesini artırmaktadır ve soya fasulyesi, nohut ve diğer birçok baklagil mahsulünün yetiştirilmesi için önemlidir. Baklagil olmayan ürünler için, Azospirillum'un bazı durumlarda azot fiksasyonu ve bitki beslemesi için faydalı olduğu kanıtlanmıştır.[1]

Tahıl bitkileri için, diazotrofik rizobakteriler bitki büyümesini,[3] tane verimini (Caballero-Mellado ve diğerleri, 1992), azot ve fosfor alımını,[3] ve azotu (Caballero-Mellado ve diğerleri, 1992), fosforu (Caballero-Mellado ve diğerleri, 1992) arttırmıştır. Caballero-Mellado ve diğerleri, 1992; Belimov ve diğerleri, 1995) ve potasyum içeriği (Caballero-Mellado ve diğerleri, 1992). Rizobakteriler kök düğümlerde yaşamaktadır ve baklagillerle ilişkilidir.

Fosfat çözücü bakteriler

Fosfor beslemesini iyileştirmek için, Agrobacterium radiobacter gibi fosfat çözücü bakterilerin (PSB) kullanımı da dikkat çekmiştir (Belimov ve diğerleri, 1995a; 1995b; Singh & Kapoor, 1999). Adından da anlaşılacağı gibi PSB, inorganik toprak fosfatlarını bitkiler tarafından alımını sağlayan daha basit formlara parçalayan serbest yaşayan bakterilerdir.

Mantar aşıları

Mantarlar ve bitki kökleri arasındaki simbiyotik ilişkilere Mikoriza birlikteliği denmektedir.[4] Bu simbiyotik ilişkiler hemen hemen tüm kara bitkilerinde mevcuttur ve hem bitkiye hem de mantarlara hayatta kalma konusunda avantajlar sağlamaktadır.[4] Bitki, aksi halde elde edemeyeceği besinlere bitki erişimi sağlayan hifler ile kök emme alanını artırmak karşılığında enerji üretiminin %5-30'unu mantarlara verebilmektedir.[4][5] En yaygın iki mikoriza, arbusküler mikoriza ve ektomikorizadır. Ektomikoriza birlikleri en yaygın olarak odunsu türlerde bulunur ve tarımsal sistemler için daha az etkiye sahiptir.[6]

Arbusküler mikoriza

Bu diyagram, bir bitki kökleri ile bir mikoriza birliği olarak adlandırılan bir mantar partneri arasındaki faydalı simbiyotik ilişkiyi göstermektedir. Bitkiler, G ile temsil edilen bu ilişkiye fotosentetik üretimlerinin %5-30'undan fazlasını verebilirler, gelişmiş besin alımı karşılığında, bitkilerin kök emilim alanını genişleten ve başka türlü yapamayacağı besinlere erişmesini sağlayan hifler yoluyla.

Arbusküler mikoriza (AM), konukçu bitki fosforuna erişme ve sağlama yeteneği nedeniyle potansiyel bir tarım değişikliği olarak dikkat çekmiştir.[6] AM mantarları ve rizobakteri karışımı ile aşılanmış düşük gübrelemeli sera sistemi altında %100 doğurganlıktan verilen domates verimi %70 verimle elde edilmiştir.[7] Gübre uygulamasındaki bu %30'luk azalma, besin kirliliğinin azaltılmasına ve fosfor (Pik fosfor) gibi sınırlı mineral kaynaklarının uzatılmasına yardımcı olabilmektedir. Diğer etkiler arasında tuzluluk toleransındaki artışlar,[8] kuraklık toleransı[9] ve eser metal toksisitesine karşı direnç yer almaktadır.[10]

Mantar ortakları

Tek başına mantar aşılaması konukçu bitkilere fayda sağlayabilmektedir. Diğer değişikliklerle eşleştirilmiş aşılama, koşulları daha da iyileştirebilir. Kompostla birlikte arbusküler mikorizal aşılama, kişisel bahçeler, tarım ve fidanlıklar için yaygın bir ev değişikliğidir. Bu eşleşmenin, madencilikten etkilenen topraklarda mikrobiyal fonksiyonları da destekleyebildiği gözlemlenmiştir.[11]

Bazı mantar ortakları, belirli ekotonlarda veya belirli mahsullerde en iyisini yapmaktadır. Bitki büyümesini teşvik eden bakterilerle eşleştirilmiş arbusküler mikorizal aşılama, yayla pirinç çeltiklerinde daha yüksek verim ve daha hızlı olgunlaşma ile sonuçlanmıştır.[12]

Mısır büyümesi, arbusküler mikoriza ve biyokömürde yapılan bir değişiklikten sonra düzelmiştir. Bu değişiklik, ekinler tarafından kadmiyum alımını da azaltabilmektedir.[13]

Aşı kullanımı

Mantar aşılayıcılar özel bahçelerde, çiftliklerde, tarımsal üretimde, yerli fidanlıklarda ve arazi restorasyon projelerinde ek değişikliklerle veya değişiklik yapılmadan kullanılabilmektedir.

Kompozit aşılayıcılar

Bitki Büyümesini Destekleyen Rhizobacteria (PGPR) suşlarının kombinasyonunun pirinç ve arpaya fayda sağladığı gösterilmiştir.[14][15] İkili aşılamanın temel faydası, hem topraktan hem de gübreden bitki besin alımının artmasıdır.[14] Birden fazla aşılayıcı suşunun, yalnızca bir suş diazotrofik olduğunda bile, tek aşılayıcı suşlarına kıyasla toplam nitrojenaz aktivitesini arttırdığı gösterilmiştir.[14][16][17]

PGPR ve arbusküler mikoriza kombinasyonu, besin açısından fakir topraklarda buğday büyümesini arttırmada[18] ve gübrelenmiş topraklardan nitrojen ekstraksiyonunu iyileştirmede faydalı olabilmektedir.[19]

Ayrıca bakınız

  • Etçil mantar
  • Endosimbiyoz
  • Bitki patolojisi
  • Bitki hastalık direnci

Kaynakça

  1. ^ a b Bashan, Yoav; Holguin, Gina (10 Şubat 2011). "Azospirillum – plant relationships: environmental and physiological advances (1990–1996)". Canadian Journal of Microbiology (İngilizce). doi:10.1139/m97-015. 15 Temmuz 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Temmuz 2021. 
  2. ^ "Sullivan, Preston (2001). Alternative Soil Amendments (PDF) (Report). Appropriate Technology Transfer for Rural Areas" (PDF). 24 Ekim 2020 tarihinde kaynağından (PDF) arşivlendi. 
  3. ^ a b Galal, Y. G. M., El-Ghandour, I. A., Osman, M. E. & Abdel Raouf, A. M. N. (2003), The e ffect of inoculation by mycorrhizae and rhizobium on the growth and yield of wheat in relation to nitrogen and phosphorus fertilization as assessed by 15n techniques, Symbiosis, 34(2), 171-183. 
  4. ^ a b c Brady, Nyle C; Weil, Ray R (2010). Elements of the nature and properties of soils (İngilizce). ISBN 978-0-13-501433-2. OCLC 276340542. 15 Temmuz 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Temmuz 2021. 
  5. ^ "Mycorrhiza | David Sylvia's Web Resources". sites.psu.edu. 26 Haziran 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Temmuz 2021. 
  6. ^ a b Chapin, F. Stuart; Matson, Pamela A.; Vitousek, Peter M. (2011). "Principles of Terrestrial Ecosystem Ecology" (İngilizce). doi:10.1007/978-1-4419-9504-9. 
  7. ^ Adesemoye, A. O.; Torbert, H. A.; Kloepper, J. W. (1 Kasım 2009). "Plant Growth-Promoting Rhizobacteria Allow Reduced Application Rates of Chemical Fertilizers". Microbial Ecology (İngilizce). 58 (4): 921-929. doi:10.1007/s00248-009-9531-y. ISSN 1432-184X. 
  8. ^ Hirrel, M.C. and Gerdemann, J.W., 1980. Improved Growth of Onion and Bell Pepper in Saline Soils by Two Vesicular-Arbuscular Mycorrhizal Fungi 1. Soil Science Society of America Journal, 44(3), pp.654-655. 
  9. ^ Ferrazzano, S. and Williamson, P. (2013). Benefits of mycorrhizal inoculation in reintroduction of endangered plant species under drought conditions. Journal of Arid Environments, 98, pp.123-125. 
  10. ^ Firmin, S., Labidi, S., Fontaine, J., Laruelle, F., Tisserant, B., Nsanganwimana, F., Pourrut, B., Dalpé, Y., Grandmougin, A., Douay, F., Shirali, P., Verdin, A. and Lounès-Hadj Sahraoui, A. (2015). Arbuscular mycorrhizal fungal inoculation protects Miscanthus×giganteus against trace element toxicity in a highly metal-contaminated site. Science of the Total Environment, 527-528, pp.91-99. 
  11. ^ Kohler, J., Caravaca, F., Azcón, R., Díaz, G. and Roldán, A. (2015). The combination of compost addition and arbuscular mycorrhizal inoculation produced positive and synergistic effects on the phytomanagement of a semiarid mine tailing. Science of the Total Environment, 514, pp.42-48. 
  12. ^ Diedhiou, A., Mbaye, F., Mbodj, D., Faye, M., Pignoly, S., Ndoye, I., Djaman, K., Gaye, S., Kane, A., Laplaze, L., Manneh, B. and Champion, A. (2016). Field Trials Reveal Ecotype-Specific Responses to Mycorrhizal Inoculation in Rice. PLOS ONE, 11(12), p.e0167014. 
  13. ^ Liu, L., Li, J., Yue, F., Yan, X., Wang, F., Bloszies, S. and Wang, Y. (2018). Effects of arbuscular mycorrhizal inoculation and biochar amendment on maize growth, cadmium uptake and soil cadmium speciation in Cd-contaminated soil. Chemosphere, 194, pp.495-503. 
  14. ^ a b c Belimov, A. A., Kojemiakov, A. P. & Chuvarliyeva, C. V. (1995a) Interaction between barley and mixed cultures of nitrogen fixing and phosphate-solubilising bacteria. Plant and Soil, 173, 29-37. 
  15. ^ Kennedy, Ivan R. (2001). "Biofertilisers in action". Functional Plant Biology (İngilizce). 28 (9): 825-827. doi:10.1071/pp01169. ISSN 1445-4416. 5 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Temmuz 2021. 
  16. ^ Khammas, K. M.; Kaiser, P. (10 Şubat 2011). "Pectin decomposition and associated nitrogen fixation by mixed cultures of Azospirillum and Bacillus species". Canadian Journal of Microbiology (İngilizce). doi:10.1139/m92-129. 
  17. ^ Cacciari, Isabella; Lippi, Daniela; Ippoliti, Silvia; Pietrosanti, Tito; Pietrosanti, Walter (1 Temmuz 1989). "Response to oxygen of diazotrophic Azospirillum brasilense — Arthrobacter giacomelloi mixed batch culture". Archives of Microbiology (İngilizce). 152 (2): 111-114. doi:10.1007/BF00456086. ISSN 1432-072X. 
  18. ^ Singh, S. & Kapoor, K. K. (1999) Inoculation with phosphate-solubilising microorganisms and a vesicular-arbuscular mycorrhizal fungus improves dry matter yield and nutrient uptake by wheat grown in sandy soil. Biology and Fertility of Soils, 28, 139-144. 
  19. ^ Galal, Y. G. M., El-Ghandour, I. A., Osman, M. E. & Abdel Raouf, A. M. N. (2003), The effect of inoculation by mycorrhizae and rhizobium on the growth and yield of wheat in relation to nitrogen and phosphorus fertilization as assessed by 15n techniques, Symbiosis, 34(2), 171-183. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Fermantasyon</span> kimyasal çürüme

Fermantasyon, hücre içinde oksijen yokluğunda meydana gelen metabolik bir faaliyet olarak ‘NAD+'yi yeniden oluşturmak için glikozun glikoliz yoluyla kısmi oksidasyonunu takip eden metabolik adımlar’ şeklinde tanımlanmaktadır. Fermantasyon anaerobik şartlarda, yani oksidatif fosforilasyon olamadığı durumlarda, glikoliz yoluyla ATP üretimini sağlayan önemli bir biyokimyasal süreçtir. Biyokimyanın fermantasyonla ilgilenen dalı zimolojidir.

<span class="mw-page-title-main">Floem</span>

Floem veya soymuk borusu, fotosentez sırasında yapılan ve fotosentez olarak bilinen çözünür organik bileşikleri, özellikle şeker sakarozu (sükroz) bitkinin bölümlerine taşıyan vasküler bitkilerdeki canlı dokudur. Bu taşıma işlemine translokasyon denir. Ağaçlarda floem, kabuğun en iç tabakasıdır, dolayısıyla adı Eski Yunanca Grekçe: φλοιός kelimesinden türetilmiştir. (phloiós), "kabuk" anlamına gelir. Terim 1858'de Carl Nägeli tarafından tanıtıldı.

<span class="mw-page-title-main">Bitki</span> ökaryotik, ağaçlar, çiçekler, otlar, yosunlar ve benzeri organizmaları içinde bulunduran çok büyük bir canlılar alemi

Bitkiler, ağırlıklı olarak fotosentetik ökaryot canlılardır. Tarihsel olarak bitkiler alemi, algler ve mantarlar da dahil olmak üzere hayvan olmayan tüm canlıları kapsarken, günümüzde mevcut tüm tanımlamalar prokaryotları, mantarları ve bazı algleri hariç tutar. Tanımlamalardan birine göre: Çiçekli bitkiler, kozalaklı bitkiler ve diğer açık tohumlular, eğrelti otları ve benzerleri, boynuz otları, ciğer otları, kara yosunları ve yeşil algler hep birlikte Viridiplantae adı verilen kladı oluştururlar. Buna kırmızı ve esmer algler dahil değildir.

Programlanmış hücre ölümü, herhangi bir hücrenin, hücre içi bir programla ölmesinin planlaması ve gerçekleştirilmesidir.

<span class="mw-page-title-main">Orchidaceae</span> bitki familyası

Orkideler, Asparagales takımına bağlı Orchidaceae familyasına ait bitkilerdir. Orkideler, çiçekleri genellikle renkli ve hoş kokulu olan çeşitli ve yaygın çiçekli bir bitki grubudur. Orkideler, buzullar hariç Dünya'daki hemen hemen her yaşam alanında bulunan kozmopolit bitkilerdir. Dünyanın en zengin orkide cinsleri ve türleri tropiklerdedir.

<span class="mw-page-title-main">Denitrifikasyon</span>

Denitrifikasyon ya da nitrat solunumu, nitrat ve nitrit bileşiklerinin, anaerobik koşullarda mikroorganizmalar tarafından redüksiyona Uğratılarak elementer azota dönüştürülmesi olayı.

<span class="mw-page-title-main">Ayrışma (biyoloji)</span> Biyokimyasal bir süreç

Ayrışma veya çürüme, organik maddelerin, maddenin daha basit formlarına ayrıldığı süreçtir. Bu süreç biyomda yer kaplayan sonlu maddelerin geri dönüşümü için gereklidir. Canlı organizmaların organları ölümünden kısa bir süre sonra ayrıştırmaya başlar. Bütün organizmalar aynı yolla ayrışmamalarına rağmen, ölümden sonra aynı aşamalardan geçerler. Ayrışmayı inceleyen bilim olan taponomi, Yunanca’da (τάφος, taphos) (mezar) kelimesinden gelir.

<i>Agrobacterium</i> bitkilerde tümöre sebep olmak için yatay gen transferini kullanan bir cins Gram- negatif bakterisi

Agrobacterium, H. J. Conn tarafından keşfedilmiş, yatay gen transferini kullanarak bitkilerde tümörlere sebep olan bir Gram- negatif bakteri cinsidir. Geçerli 11 türü bulunmaktadır ve bunlar arasında üzerinde en çok çalışma yapılanı ve bilineni A. radiobacter 'dir. Agrobacterium türleri aynı zamanda kendi DNA'larını bitkilerin DNA'sına aktarma yeteneği ile de iyi bilinirler ve bu sebepten dolayı genetik mühendisliğinde önemli bir araç haline gelmişlerdir.

<span class="mw-page-title-main">Nitrojenaz</span> enzim sınıfı

Nitrojenazlar (EC 1.18.6.1EC 1.19.6.1) siyanobakteriler (mavi-yeşil algler) gibi bazı bakteriler tarafından üretilen enzimlerdir. Bu enzimler azot gazının (N2) amonyak (NH3) maddesine indirgenmesinden sorumludur. Nitrojenzlar, azot fiksasyon sürecinde önemli bir adım olan bu reaksiyonu katalize ettiği bilinen tek enzim ailesidir. Azot fiksasyonu tüm yaşam formları için önemlidir, çünkü azot bitkileri, hayvanları ve diğer organizmaları yaratan moleküllerin (nükleotitler, amino asitler) biyosentezi için gereklidir. Nif genleri veya homologları tarafından kodlanırlar. Protoklorofilid redüktaz ile ilgilidir.

<span class="mw-page-title-main">Sürdürülebilir tarım</span> Mümkün olduğunca yenilenebilir kaynaklara dayalı tarım

Sürdürülebilir tarım, gelecek nesillerin ihtiyaçlarını karşılama yeteneğinden ödün vermeden toplumun mevcut gıda ve tekstil ihtiyaçlarını karşılayacak sürdürülebilir yollarla yapılan tarım anlamına gelir. Ekosistem hizmetleri anlayışına dayanabilir. Tarımın sürdürülebilirliğini artırmanın birçok yöntemi vardır. Sürdürülebilir gıda sistemleri içinde tarım geliştirirken, esnek iş süreci ve tarım uygulamalarının geliştirilmesi önemlidir.

Fiziksel olgunluğa ulaşmamış bir organizma tarafından üreme konusu için Pedogenesis sayfasına bakınız.

<span class="mw-page-title-main">Mikrobiyota</span> Mikroorganizma topluluğu

Mikrobiyota, "kommensal, simbiyotik ve patojenik mikroorganizmaların oluşturduğu ekolojik komünitelerdir" ve bitkilerden hayvanlara kadar incelenmiş tüm çok hücreli organizmaların iç ve dış yüzeylerinde bulunurlar. Mikrobiyota, bakteriler, arkeler, protistler, mantarlar ve virüsleri içerir. Mikrobiyotanın, konak canlının immünolojik, hormonal ve metabolik homeostazı açısından çok önemli olduğu bulunmuştur. Mikrobiyom terimi, ekolojik bir nişteki yaşayan mikroorganizmaların genomlarının toplamını ya da mikroorganizmaların kendilerini tanımlamak amacıyla kullanılmaktadır.

<span class="mw-page-title-main">Organik gübre</span> Fertilizer developed from natural processes

Organik gübreler, doğal olarak üretilebilen ve karbon (C) içeren gübrelerdir. Gübreler, besin sağlamak ve büyümeyi sürdürmek için toprağa veya bitkilere verilebilen maddelerdir. Tipik organik gübreler, mineral kaynakları, et işleme, gübre, bulamaç ve guano dahil tüm hayvansal atıkları içerirken kompost gibi bitki bazlı gübreler ve biyokatıları içerir. Bir gübrenin ticari organik tarım için kullanılıp kullanılamayacağını belirleyen Organik Tarım İlkelerini karşılayan başka abiyotik kimyasal olmayan gübre yöntemleri de vardır.

<span class="mw-page-title-main">Hayvan gübresi</span> çoğunlukla canlılar tarafından üretilen/üreyen organik madde

Gübre, tarımda organik gübre olarak kullanılan organik bir maddedir. Çoğu gübre hayvan dışkısından oluşur; diğer kaynaklar kompost ve yeşil gübre içerir. Gübreler, topraktaki bakteri, mantar ve diğer organizmalar tarafından kullanılan azot gibi organik madde ve besinleri ekleyerek toprağın verimliliğine katkıda bulunur. Daha yüksek organizmalar, daha sonra toprak besin ağını içeren bir yaşam zincirinde mantarlar ve bakterilerle beslenir.

<span class="mw-page-title-main">Tıbbi mikrobiyoloji</span> tıbbi uzmanlık

Tıbbi mikrobiyoloji veya Klinik Mikrobiyoloji mikroorganizmaları inceleyen bilim dalı olan mikrobiyoloji'nin, insan sağlığı ve tıp alanındaki uygulamalarını içeren dalıdır. Özellikle enfeksiyon hastalıklarının önlenmesi, teşhisi (diagnostik) ve tedavisi konuları üzerine odaklanır. Ayrıca, mikroorganizmaların insan sağlığını geliştirmek için kullanılmasını amaçlayan pek çok uygulamaları da içerir. İnsanlarda hastalığa sebep olan ve Tıbbi mikrobiyolojinin konu alanına giren mikroorganizmalar: bakteriler, mantarlar, Protistler ve virüslerdir. Ayrıca mikroorganizma olmasalar da, enfesiyöz proteinler olan prionlar ve insanlarda parazit olan bitki ve hayvan türleri de Tıbbi mikrobiyoloji'nin çalışma alanına girerler.

<span class="mw-page-title-main">Pachycereus pringlei</span>

'Pachycereus pringlei', ayrıca Meksika dev cardon' veya fil kaktüsü olarak da bilinir, Baja California, Baja California Sur ve Sonora eyaletlerindeki kuzeybatı Meksika'ya özgü bir kaktüs türüdür. Genellikle "deve dikeni" anlamına gelen İspanyolca "cardo" kelimesinden türetilen bir isim olan 'cardón olarak bilinir.

<span class="mw-page-title-main">Biyogübre</span>

Biyogübre, tohumlara, bitki yüzeylerine veya toprağa uygulandığında rizosferi veya bitkinin içini kolonize eden ve birincil gübrelerin arzını veya mevcudiyetini artırarak büyümeyi destekleyen canlı mikroorganizmalar içeren bir maddedir. Konukçu bitkiye besin sağlamaktadır. Biyogübreler, azot fiksasyonu, fosforun çözülmesi ve büyümeyi teşvik eden maddelerin sentezi yoluyla bitki büyümesinin uyarılması gibi doğal süreçler yoluyla besin maddeleri eklemektedir. Biyogübrelerdeki mikroorganizmalar, toprağın doğal besin döngüsünü eski haline getirmektedir ve toprak organik maddesini oluşturmaktadır. Biyogübrelerin kullanımı sayesinde, toprağın sürdürülebilirliğini ve sağlığını arttırırken sağlıklı bitkiler yetiştirilebilir. Biyogübrelerin sentetik gübre ve pestisit kullanımını azaltması beklenebilmektedir ancak henüz kullanımlarının yerini alamamaktadırlar. Birkaç rol oynadıklarından, bu tür faydalı bakteriler için tercih edilen bilimsel terim "bitki büyümesini teşvik eden rizobakteriler"dir.

<span class="mw-page-title-main">Rizobakteriler</span>

Rizobakteriler, birçok bitki ile simbiyotik ilişkiler oluşturan kökle ilişkili bakterilerdir. Adı, kök anlamına gelen Yunanca rhiza'dan gelmektedir. Rizobakterilerin parazitik çeşitleri mevcut olmasına rağmen, terim genellikle her iki taraf için de faydalı bir ilişki oluşturan bakterilere atıfta bulunmaktadır. Biyogübrede kullanılan önemli bir mikroorganizma grubudur. Biyo-gübreleme, dünya çapında mahsullere sağlanan azotun yaklaşık %65'ini oluşturmaktadır. Rizobakterilere genellikle bitki büyümesini teşvik eden rizobakteriler veya PGPR'ler denmektedir. PGPR terimi ilk olarak 1970'lerin sonlarında Joseph W. Kloepper tarafından kullanılmış ve bilimsel literatürde yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır. PGPR'lerin farklı konukçu bitki türleri ile farklı ilişkileri vardır. İki ana ilişki sınıfı rizosferik ve endofitiktir. Rizosferik ilişkiler, kökün yüzeyini kolonize eden PGPR'lerden veya konakçı bitkinin yüzeysel hücreler arası boşluklarından oluşmaktadır ve genellikle kök nodülleri oluşturmaktadır. Rizosferde bulunan baskın tür, Azospirillum cinsinden bir mikroptur. Endofitik ilişkiler, apoplastik uzayda konukçu bitki içinde yaşayan ve büyüyen PGPR'leri içermektedir.

Saprotrofik beslenme veya lizotrofik beslenme, çürümüş organik maddelerin işlenmesinde yer alan kemoheterotrofik hücre dışı sindirim sürecidir. Çoğunlukla mantarlar ve toprak bakterilerini kapsayan ve saprotrof olarak adlandırılan organizmalarca gerçekleştirilir. Saprotrofik mikroskobik mantarlara bazen saprobes denir; saprotrofik bitkiler veya bakteriyel flora, saprofit olarak adlandırılır, ancak şimdi daha önce saprotrofik olduğu düşünülen tüm bitkilerin aslında mikroskobik mantarların veya diğer bitkilerin parazitleri olduğuna inanılmaktadır. İşlem çoğunlukla, bu tür malzemelerin iç miselyum ve onu oluşturan hifler içindeki endositoz yoluyla aktif taşınması yoluyla kolaylaştırılır.

Eskiden Bayer kodu olarak bilinen bir EPPO kodu, Avrupa ve Akdeniz Bitki Koruma Örgütü (EPPO) tarafından, tarım ve mahsul koruma için önemli olan organizmaları benzersiz şekilde tanımlamak için tasarlanmış bir sistemde kullanılan kodlanmış bir tanımlayıcıdır. EPPO kodları, hem bilimsel hem de yerel adlardan oluşan bir veritabanının temel bileşenidir. Başlangıçta Bayer Corporation tarafından başlatılmış olmasına rağmen, resmi kod listesi artık EPPO tarafından sağlanmaktadır.