Memeli Promotörleri Veri Tabanı (MPromDb)

Memeli Promotör Veritabanı (MPromDb) ChIP-SEQ sayesinde belirlenmiş gen promoterlerini içeren bir veriritabanıdır ^[1] Yakın promotör bölgesi (akışyukarısına çekirdek promotör bölgesinin yukarısa) çoğu transkripsiyon faktörlerinin (TFS) cis-düzenleyici elementlerini ihtiva eder.^[2]

Son zamanlarda, aktif promotörlerü açımlamak için ChIP-seq ve hesaplama tekniklerinin karışımıolan daha iyi bir teknik gösterilmiştir.^[3] Bu teknik, memeli sistemlerinde TF'lerin hedef genlerini bulmak için kullanılmıştır.^[4] MPomDb bu teknolojiye dayanmaktadır. Ökaryotik organizmalar için küratörlü promotör dizileri, bir EPD veri tabanı tarafından sağlanır;^[5] ancak doku / hücre merkezli düzeyde promotör aktivite bilgisi sunulmaz.

MPromDb veri tabanı, RNAP-II antikorları ve altı farklı insan hücre tipi ile gerçekleştirilen on farklı fare hücresi/doku ChIP -seq deneyini analiz ettikten sonra tanımlanan aktif RNAP-II promotörlerini eklemiştir.^[6] Veriler, yüksek kaliteyi sağlamak için manuel düzeltmenin ardından bir dizi hesaplama yöntemiyle elde edilmiştir.^[7] MPomDb'nin en yeni sürümünde, yaklaşık 507 milyon benzersiz şekilde hizalanmış RNA Pol-II ChIP-seq okumaları, altı insan hücre tipi ve 10 farklı fare hücresi/dokusu dahil olmak üzere 26 farklı veri tabanı üzerinden analiz edilmiştir.Kaynak hatası: Açılış <ref> etiketi hatalı biçimlendirilmiş veya hatalı bir ada sahip (Bkz: )

Kaynakça

^ Gupta (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. İngiltere. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732 $2. PMID 21097880.
^ Sun (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98-103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458 $2. PMID 16381984.
^ Sun (Jan 2011). "Genome-wide mapping of RNA Pol-II promoter usage in mouse tissues by ChIP-seq". Nucleic Acids Res. 39 (1): 190-201. doi:10.1093/nar/gkq775. PMC 3017616 $2. PMID 20843783.
^ Weinmann (2002). "Isolating human transcription factor targets by coupling chromatin immunoprecipitation". Genes Dev. 16 (2): 235-244. doi:10.1101/gad.943102. PMC 155318 $2. PMID 11799066.
^ Schmid (2006). "EPD in its twentieth year: towards complete promoter coverage of selected model organisms". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): 82-85. doi:10.1093/nar/gkj146. PMC 1347508 $2. PMID 16381980.
^ Gupta (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. İngiltere. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732 $2. PMID 21097880. Gupta, Ravi; Bhattacharyya Anirban; Agosto-Perez Francisco J; Wickramasinghe Priyankara; Davuluri Ramana V (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732. PMID 21097880.
^ Sun (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98-103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458 $2. PMID 16381984. Sun, Hao; Palaniswamy, Saranyan K.; Pohar, Twyla T. (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98–103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458. PMID 16381984.

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

Restriksiyon enzimi veya restriksiyon endonükleazı, çift zincirli DNA moleküllerindeki belli nükleotit dizilerini tanıyan ve her iki zinciri birlikte kesen bir enzim türüdür. Bu özel enzimler, bakteri ve arkelerde bulunurlar ve virüslere karşı bir savunma mekanizmasına aittirler. Konak bakteri hücresinde restriksiyon enzimleri seçici olarak yabancı DNA'ları keserler; konak DNA'yı restriksiyon enziminin etkinliğinden korunmak için bir değiştirme (modifikasyon) enzimi tarafından metillenir. Bu iki süreç toplu olarak restriksiyon modifikasyon sistemi olarak adlandırılır. Bir restriksiyon enzimi DNA'yı kesmek için DNA çift sarmalının her şeker-fosfat omurgasından birer kere olmak üzere iki kesme yapar.

Structural Classification of Proteins veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (domain) elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk kez 1995'te yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.

Moleküler biyolojide bir transkripsiyon faktörü genlerin transkripsiyonunu düzenlemek için DNA üzerinde belli bir diziye bağlanabilen bir proteindir. Bunlar diziye-özgün DNA bağlanma proteini olarak da adlandırılır. Transkripsiyon faktörleri tek başına veya bir komplekste yer alan başka proteinlerle beraber, RNA polimeraz tarafından bir genin transkripsiyonunu ya kolaylaştırırlar veya engeller.

Bir polimeraz, merkezî işlevi RNA ve DNA gibi nükleik asit polimerleri ile ilgili olan bir enzimdir. Bir polimerazın esas fonksiyonu, mevcut bir DNA veya RNA kalıbı kullanarak, ikileşme veya transkripsiyon süreci içinde, yeni bir DNA veya RNA'nın polimerizasyonudur. Bu enzimler, bir grup başka enzim veya protein eşliğinde, çözeltide bulunan nükleotitleri alırlar ve baz eşleşme etkileşimlerinden yararlanarak, bir polinükleotit iplikçiğin karşısında yeni bir polinükleotit iplikçiğinin sentezini katalizler.

Escherichia coli' den elde edilen bir kısıtlama enzimi olan EcoRV, en iyi karakterize edilen endonükleazlardan biri olup palindromik (simetrik) dna dizilerini tanıyan ve genellikle homodimerler veya homotetramerler gibi davranan Tip IIP alt sınıfındadır.

Chargaff kuralları, Avusturyalı biyokimyacı Edwin Chargaff tarafından 1949-1951'de yayımlanan, DNA'daki çeşitli azotlu bazların miktarları arasındaki ilişkileri ifade eden empirik kurallardır.

TERC olarak da bilinen telomeraz RNA bileşeni ökaryotlarda bulunan ve telomerazın bir bileşeni olan Kodlamayan RNA'dır. TERC, telomeraz ile telomer replikasyonu için bir kalıp görevi görür. Telomeraz RNA'ları dizi ve yapı açısından omurgalılar, siliatlar ve mayalar arasında büyük farklılıklar gösterir, ancak şablon dizisine yakın bir 5 'sahte düğüm yapıyı paylaşmaktadırlar. Omurgalı telomeraz RNA'larının, 3 'H / ACA snoRNA benzeri alanı vardır.

Küçük çoklu ilaç dayanıklılık protein birçok toksik bileşiğin hücre dışına çıkararak, ilaç dayanaklılığı sağlayan bir integral membran protein ailesi. Bu çıkarma işlemi sırasında aynı vakitte protonların içeri pompalanması olayı gerçekleşir. Örnek olarak Escherichia coli mvrC P23895 metil violojenin hücreye girişini engeller ve etidyum bromidin dışarı atılmasında rol oynar.

<span class="mw-page-title-main">I-TASSER</span>

I-TASSER amino asit sekanslarından protein moleküllerinin üç boyutlu yapısını tahmin etmek için kullanılan bir biyoinformatik yöntemi. Katlama tanıma adı verilen bir teknikle Protein Veri Bankası'ndan yapı şablonlarını algılar. Kopya değiştirme Monte Carlo simülasyonları kullanılarak katlanma şablonlarından yapısal parçalar yeniden bir araya getirilerek tam uzunlukta yapı modelleri oluşturulur. I-TASSER, topluluk çapındaki CASP deneylerine göre en başarılı protein yapısı tahmin yöntemlerinden biridir.

Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.

LPSN, Prokaryotların nomenklatür ve taksonomileri hakkında bilgi sağlayan, taksonomik gereklilikleri ve Prokaryotların isimlendirilmesi için Uluslararası kuralları izleyen online bir veritabanıdır

Bir sigma faktörü, bakterilerde transkripsiyonun başlatılması için gerekli olan bir proteindir. RNA polimerazın (RNAP) gen promotörlerine spesifik bağlanmasını sağlayan bir bakteriyel transkripsiyon başlatma faktörüdür. Archaeal transkripsiyon faktörü B ve ökaryotik faktör TFIIB ile homologdur. Belirli bir genin transkripsiyonunu başlatmak için kullanılan spesifik sigma faktörü, gene ve o genin transkripsiyonunu başlatmak için gereken çevresel sinyallere bağlı olarak değişecektir. RNA polimeraz tarafından promotörlerin seçimi, onunla ilişkili sigma faktörüne bağlıdır. Ayrıca bitki kloroplastlarında bakteri benzeri plastid kodlu polimerazın (PEP) bir parçası olarak bulunurlar.

KEGG, genomlar, biyolojik yollar, hastalıklar, ilaçlar ve kimyasal maddelerle ilgili bir veritabanı koleksiyonudur. KEGG, genomik, metagenomik, metabolomik ve diğer omik çalışmalarındaki veri analizi, sistem biyolojisinde modelleme ve simülasyon ve ilaç geliştirmede translasyonel araştırma dahil olmak üzere biyoinformatik araştırma ve eğitim için kullanılır.

Chemical Entities of Biological Interest, kısaca ChEBI, Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü'ndeki (EBI) Açık Biyomedikal Ontolojiler (OBO) çabasının bir parçası olan, 'küçük' kimyasal bileşiklere odaklanan moleküler varlıkların bir kimyasal veritabanı ve ontolojisidir. "Moleküler varlık" terimi, ayrı ayrı ayırt edilebilir bir varlık olarak tanımlanabilen, yapısal veya izotopik olarak farklı herhangi bir atom, molekül, iyon, iyon çifti, radikal, radikal iyon, kompleks, konformer vb. anlamına gelir. Söz konusu moleküler varlıklar ya doğal ürünler ya da potansiyel biyoaktiviteye sahip sentetik ürünlerdir. Proteolitik bölünme yoluyla proteinlerden türetilen nükleik asitler, proteinler ve peptidler gibi doğrudan genom tarafından kodlanan moleküller, kural olarak ChEBI'ye dâhil değildir.

<span class="mw-page-title-main">Helen M. Berman</span> Amerikalı kimyager

Helen Miriam Berman, Rutgers Üniversitesi'nde Kimya ve Kimyasal Biyoloji alanında Yönetim Kurulu Profesörü ve RCSB Protein Veri Bankası'nın eski yöneticisidir. Yapısal bir biyolog olan çalışmaları, protein-nükleik asit komplekslerinin yapısal analizini ve suyun moleküler etkileşimlerdeki rolünü içermektedir. Aynı zamanda Nükleik Asit Veritabanının kurucusu ve yöneticisidir ve Protein Yapısı Girişimi Yapısal Genomik Bilgi Tabanını yönetmiştir.

Protein-protein etkileşimleri (PPE), iki veya daha fazla protein molekülü arasında kurulan yüksek spesifikliğe sahip fiziksel temaslardır. Hidrojen bağı, elektrostatik kuvvetler ve hidrojen bağı gibi etkileşimlerin yönlendirdiği biyokimyasal olaylardır.

Bu, makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir.

ChEMBL veya ChEMBLdb, biyoaktif moleküllerin manuel olarak küratörlüğünü yapılan bir kimyasal veritabanıdır.

BacDive, bakteriyel ve arkeal biyoçeşitlilik hakkında suş bağlantılı bilgi sağlayan bir bakteriyel metaveritabanıdır.

Biyolojik veritabanları, bilimsel deneylerden, yayınlanmış literatürden, yüksek verimli deney teknolojisinden ve hesaplamalı analizlerden toplanan biyolojik bilimler kütüphaneleridir. Genomik, proteomik, metabolomik, mikroarray gen ifadesi ve filogenetik gibi araştırma alanlarından bilgiler içerirler. Biyolojik veritabanlarında yer alan bilgiler arasında gen fonksiyonu, yapısı, lokalizasyonu, mutasyonların klinik etkilerinin yanı sıra biyolojik dizilerin ve yapıların benzerlikleri yer almaktadır.

Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.