İçeriğe atla

Kuantum kimyası ve katı hal fiziği yazılımları listesi

Kuantum kimyası bilgisayar programları, kuantum kimyası metodlarını uygulamak için bilgisayarlı kimyada kullanılır. Çoğu program, Hartree-Fock (HF) ve bazı post Hartree-Fock yöntemlerini içerir ve ayrıca yoğunluk fonksiyonları teorisi (DFT), moleküler mekanik veya yarı-ampirik kuantum kimyası metotlarını da içerebilirler. Bahsi geçen programlar arasında açık kaynaklı ve ticari yazılımlar bulunur. Bunların çoğu büyüktür, çoğu zaman birkaç ayrı program içerir ve uzun yıllar boyunca geliştirilmiştir.

Aşağıdaki tabloda bazı çok yönlü yazılım paketlerinin yetenekleri gösterilmektedir.

Program LisansDil Temel seti PeriodikMoleküler Mekanik Yarı ampirik Hartree–Fock Post-Hartree–Fock DFT GPU
ABINIT Ücretsiz, GPL FortranPW 3d EvetHayırHayırHayırEvetEvet
ACES Ücretsiz, GPL Fortran, C++GTOHayır HayırHayırEvetEvetEvetEvet
ACE-MoleculeÜcretsiz, GPL C++Grid, Lagrange (Sinc)Hayır HayırEvetHayırEvetEvetEvet, CUDA
AMPAC AkademikBilinmiyorBilinmiyor HayırEvetHayırHayırHayırHayır
ADF Ticari FortranSTOEvet EvetEvet4EvetHayırEvetEvet
Atomistix ToolKit (ATK) Ticari C++, Python NAO, EHT, PWEvet9EvetEvetHayırHayırEvetHayır
BigDFT Ücretsiz, GPL FortranWaveletEvet EvetHayırEvetHayırEvetEvet
BrianQCTicari C++, CUDAGTOHayır HayırHayırEvetHayırEvetEvet
CADPAC Akademik FortranGTOHayır HayırHayırEvetEvetEvetHayır
CASINO (QMC) Akademik Fortran 95 GTO, PW, Spline, Grid, STOEvet HayırHayırEvetEvetHayırHayır
CASTEP Akademik, ticari Fortran 95, Fortran 2003 PW 3d EvetHayırEvet5HayırEvetHayır
CFOUR Akademik FortranGTOHayır HayırHayırEvetEvetHayırHayır
COLUMBUS Akademik FortranGTOHayır HayırHayırEvetEvetHayırHayır
CONQUEST Akademik Fortran 90 NAO, Spline 3d EvetHayırEvet5HayırEvetHayır
CP2KÜcretsiz, GPL Fortran 95 Hybrid GTO, PWEvet EvetEvetEvetEvetEvetEvet, CUDA and OpenCL
CPMD Akademik FortranPW 3d EvetHayırEvetHayırEvetHayır
CRYSTAL Akedemik (Birleşik Krallık), Ticari (IT) FortranGTOEvet EvetHayırEvetEvet10EvetHayır
DACAPO Ücretsiz, GPL?1FortranPW 3d EvetHayırHayırHayırEvetHayır
Dalton Ücretsiz, LGPL FortranGTOHayır HayırHayırEvetEvetEvetHayır
deMon2kAkademik, ticari FortranGTOHayır EvetHayırHayırHayırEvetHayır
DFTB+Ücretsiz, LGPL Fortran, C, Python NAO, STOEvet EvetEvetHayırHayırHayırEvet, MAGMA
DFT++ (succeeded by JDFTx)Ücretsiz, GPL C++PW, Wavelet 3d EvetHayırHayırHayırEvetHayır
DIRAC Akademik Fortran 77, Fortran 90, C GTOHayır HayırHayırEvetEvetEvetHayır
DMol3 Ticari Fortran 90 NAOEvet HayırHayırHayırHayırEvetHayır
ELKÜcretsiz, GPL Fortran 95 FP-LAPW 3d HayırHayırEvetHayırEvetHayır
EmpireAkademik, ticari FortranMinimal STOEvet HayırEvetHayırHayırHayırHayır
EPW 6Ücretsiz, GPL FortranPW 2d, 3d HayırHayırHayırHayırEvetHayır
ErgoSCFÜcretsiz, GPL C++GTOHayır HayırHayırEvetHayırEvetHayır
ERKALEÜcretsiz, GPL C++GTOHayır HayırHayırEvetHayırEvetHayır
Exabyte.ioBulut, Ücretsiz katman Python PW 3d YesBilinmiyorBilinmiyorBilinmiyorYesYes
EXCITINGÜcretsiz, GPL Fortran 95 FP-LAPW 3d HayırHayırEvetHayırEvetHayır
FLEURÜcretsiz, MIT Lisansı Fortran 95 FP-(L)APW+lo 1d, 2d, 3d HayırHayırEvetEvetEvetEvet
FHI-aims Akademik, ticari FortranNAOEvet EvetHayırEvetEvetEvetEvet
FPLO 13Ticari Fortran 95, C++, PerlLO+minimum-basis, NAOEvet HayırHayırHayırHayırEvetHayır
FreeON Ücretsiz, GPL Fortran 95 GTOEvet EvetHayırEvetEvetEvetHayır
Firefly, PC GAMESS Akademik Fortran, C, Assembly GTOHayır Evet3EvetEvetEvetEvetEvet
GAMESS (UK) Akademik (Birleşik Krallık), ticari FortranGTOHayır HayırEvetEvetEvetEvetEvet
GAMESS (US) Akademik FortranGTOHayır Evet2EvetEvetEvetEvetEvet
Gaussian Ticari FortranGTOEvet EvetEvetEvetEvetEvetEvet
GPAWÜcretsiz, GPL Python, C Grid, NAO, PWEvet EvetHayırEvet5HayırEvetEvet
HiLAPWBilinmiyorBilinmiyor FLAPW 3d HayırHayırHayırHayırEvetHayır
HelFEMÜcretsiz, GPL C++Sonlu elementlerHayır HayırHayırEvetHayırEvetHayır
HORTON Ücretsiz, GPL Python, C++GTOHayır HayırHayırEvetEvetEvetHayır
HyperChemTicari C++STO, GTOEvet EvetEvetEvetEvetEvetHayır
Jaguar Ticari Fortran, C GTOHayır EvetHayır11EvetEvetEvetHayır
JDFTxÜcretsiz, GPL C++PW 3d HayırHayırEvetHayırEvetEvet, CUDA
LOWDINAkademik Fortran 95, 03 GTOHayır EvetHayırEvetEvetEvetHayır
MADNESS Ücretsiz, GPL C++WaveletHayır HayırHayırEvetEvetEvetHayır
Maple Quantum Chemistry PackageTicari Maple, C, Fortran, Python GTOHayırHayırHayırEvetEvetEvetHayır
MISSTEP Ücretsiz, GPL C++PWHayır HayırHayırHayırHayırEvetHayır
MOLCAS Akademik, ticari[1] 14Fortran, C, C++, Python, PerlGTOHayır EvetEvetEvetEvetEvetEvet
OpenMOLCAS Ücretsiz,14 LGPL Fortran, C, C++, Python, PerlGTOHayır EvetEvetEvetEvetEvetEvet
MolDSÜcretsiz, GPL C++STO, GTOHayır HayırEvetHayırHayırHayırHayır
MOLGWÜcretsiz, GPL FortranGTOHayır HayırHayırEvetEvetEvetHayır
MOLPRO Ticari FortranGTOHayır HayırHayırEvetEvetEvetEvet
MONSTERGAUSSÜcretsiz FortranGTOHayır HayırHayırEvetEvetHayırHayır
MOPAC Akademik, ticari FortranMinimal GTOEvet HayırEvetHayırHayırHayırEvet
MPQC Ücretsiz, LGPL C++GTOHayır HayırHayırEvetEvetEvetHayır
MRCCAkademik FortranGTOHayır EvetHayırEvetEvetEvetHayır
NRLMOLBilinmiyor FortranGTOHayır HayırHayırHayırHayırEvetHayır
NTChemBilinmiyorBilinmiyor GTOHayırHayırHayırEvetEvetEvetHayır
NWChemÜcretsiz, ECL v2 Fortran 77, C GTO, PW Evet (PW), Hayır (GTO) EvetHayırEvetEvetEvetEvet, CUDA
Octopus Ücretsiz, GPL Fortran 95, C GridEvet EvetHayırEvetHayırEvetEvet, CUDA ve OpenCL
ONETEP Akademik (Birleşik Krallık), ticari FortranPW 3d EvetHayırEvet5HayırEvetEvet, CUDA
OpenAtom Akademik Charm++ (C++) PW 3d EvetHayırHayırHayırEvetEvet
OpenMXÜcretsiz, GPL C NAO 3d EvetHayırHayırHayırEvetHayır
ORCA Akademik, ticari C++GTOHayır EvetEvetEvetEvetEvetHayır
phase0Ücretsiz, GPL PW [2]Bilinmiyor EvetEvet
PLATO AkademikBilinmiyor NAOEvet EvetHayırHayırHayırEvetHayır
PQS TicariBilinmiyor BilinmiyorBilinmiyor EvetEvetEvetEvetEvetHayır
PrirodaAkademik C GTOHayır HayırEvetEvetEvetEvetHayır
PSI Ücretsiz, GPL C, C++, Python GTOHayır HayırHayırEvetEvetEvetHayır
PUPILÜcretsiz, GPL Fortran, C GTO, PWEvet EvetEvetEvetEvetEvetEvet
PWmatTicari FortranPW 3d EvetHayırEvetEvetEvetEvet
PWscf6Ücretsiz, GPL FortranPW 3d HayırHayırEvetHayırEvetHayır
PyQuante Ücretsiz, BSD Python GTOHayır HayırEvetEvetEvetEvetHayır
PySCF Ücretsiz, BSD Python GTOEvet HayırHayırEvetEvetEvetHayır
QboxÜcretsiz, GPL C++PW 3d EvetHayırEvetHayırEvetHayır
Q-Chem Ticari Fortran, C++GTOHayır EvetEvetEvetEvetEvetEvet
QMCPACK (QMC) Ücretsiz, U. Illinois Open SourceC++GTO, PW, Spline, Grid, STOEvet HayırHayırEvetEvetHayırEvet, CUDA
Quantemol-N Akademik, ticari FortranGTOHayır EvetEvetEvetEvetHayırHayır
QSiteBilinmiyorBilinmiyor GTOHayır EvetHayır11EvetEvetEvetHayır
Quantum ESPRESSO Ücretsiz, GPL FortranPW 3d EvetHayırEvetHayırEvetEvet, CUDA
RMG Ücretsiz, GPL C, C++GridEvet EvetHayırHayırHayırEvetEvet, CUDA
RSPtAkademik Fortran, C FP-LMTO 3d HayırHayırHayırHayırEvetEvet
SAMSON Ücretsiz C++, Python ÇokluHayır EvetEvetHayırHayırEvetHayır
Scigress Ticari C++, C, Java, FortranGTOEvet EvetEvetHayırHayırEvetHayır
Spartan Ticari Fortran, C, C++GTOHayır EvetEvetEvetEvetEvetHayır
Siam QuantumÜcretsiz, GPL C GTOHayır EvetHayırEvetEvetEvetHayır
SIESTA Ücretsiz, GPL FortranNAO 3d12EvetHayırHayırHayırEvetHayır
TB-LMTOAkademik FortranLMTO 3d HayırHayırHayırHayırEvetHayır
TeraChem 8Ticari C, CUDAGTOHayır EvetHayırEvetEvetEvetEvet
TURBOMOLE Ticari FortranGTOEvet EvetHayırEvetEvetEvetHayır
VASP Akademik (AT), ticari FortranPW 3d EvetHayırEvetEvetEvetEvet
WIEN2k Ticari Fortran, C FP-(L)APW+lo 3d EvetHayırEvetHayırEvetHayır
xtbAkademik FortranMinimal GTO 3d HayırEvetHayırHayırHayırHayır
Yambo Code Ücretsiz, GPL FortranPW 3d HayırHayırEvetEvetHayırHayır

"Akademik": talep üzerine akademik (ücretsiz) lisans sağlanabilir; "Ticari": ticari olarak dağıtılır.

Periyodik sistemler için destek (3d kristaller, 2d plakalar, 1d çubuklar ve izole moleküller): 3d-periyodik kodlar her zaman bir süper hücre içinde düşük boyutsallığa sahip sistemlerin simülasyonuna izin verir. Burada belirtilen, düşük periyodiklik içinde simüle etme yeteneğidir.

1 CAMPOS projesi (Dacapo dahil) tüm kodların GPL olduğunu belirtir. Dacapo dağıtım hiçbir lisans bilgisi içermiyor.

2 QuanPol, GAMESS-US' e entegre tam bir spektrum ve kesintisiz (HF, MCSCF, GVB, MP2, DFT, TDDFT, CHARMM, AMBER, OPLSAA) QM/MM paketidir.[3]

3 Ascalaph yardımı ile

4 MOPAC arayüzü yoluyla

5 Tam değişim DFT kullanarak

6 Quantum ESPRESSO ile birlikte dağıtılır

7 MPQC' yi entegre eden web servisi

8 TeraChem, ilk tamamen GPU ile hızlandırılmış kuantum kimya yazılımıdır

9 Atomistix ToolKit ayrıca açık sınır koşullarında sonlu önyargılı NEGF elektron taşıma hesaplamaları içerir

10 CRYSCOR programı ile

11 Ancak, Schrödinger Süitinde mevcuttur

12 SIESTA, ayrıca TranSIESTA kullanarak açık sınır koşullarında sonlu önyargılı NEGF elektron taşıma hesaplamaları içerir

13 FPLO tamamen göreceli bir hesaplamaya sahiptir

14 Eylül 2017'de, MOLCAS' ın büyük bölümü LGPL kapsamında yayınlandı

Diğer programlar

Ayrıca bakınız

  • Monte Carlo moleküler modelleme için yazılım listesi
  • Moleküler mekanik modelleme yazılımlarının karşılaştırması
  • Moleküler tasarım yazılımı
  • Molekül editörü
  • GPU' larda moleküler modelleme
  • Nanoyapı modelleme yazılımları listesi
  • Yarı-ampirik kuantum kimyası yöntemleri
  • Katı hal fiziğinde bilgisayarlı kimya yöntemleri (periyodik sınır koşulları ile)
  • Değer bağı programları
  • Araba-Parrinello moleküler dinamiği

Kaynakça

  1. ^ "Order MOLCAS". 18 Mayıs 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Kasım 2019. 
  2. ^ Kaneko, Tomoaki; Tajima, Nobuo; Yamasaki, Takahiro; Nara, Jun; Schimizu, Tatsuo; Kato, Koichi; Ohno, Takahisa (2018). "Hybrid density functional analysis of distribution of carbon-related defect levels at 4H-SiC(0001)/SiO2 interface". Applied Physics Express. 11 (1). s. 011302. Bibcode:2018APExp..11a1302K. doi:10.7567/APEX.11.011302. ISSN 1882-0778. 
  3. ^ "Change History of GAMESS". 1 Ekim 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Kasım 2019. 

Konuyla ilgili yayınlar


İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Elektron dizilimi</span>

Elektron dizilimi, atom fiziği ve kuantum kimyasında, bir atom ya da molekülün elektronlarının atomik ya da moleküler orbitallerdeki dağılımıdır. Örneğin Neon atomunun elektron dizilimi 1s2 2s2 2p6 olarak gösterilir.

<span class="mw-page-title-main">Linus Pauling</span>

Linus Carl Pauling, Amerikalı kuantum kimyageri ve biyokimyager. Ayrıca kristalografer, moleküler biyolog ve tıp araştırmacısı olarak da bilinmektedir.

Yoğun madde fiziği, maddenin yoğun hallerinin fiziksel özellikleriyle ilgilenen bir fizik dalıdır. Yoğun madde fizikçileri bu hallerin davranışını fizik kurallarını kullanarak anlamaya çalışır. Bunlar özellikle kuantum mekaniği kuralları, elektromanyetizma ve istatistiksel mekaniği içerir. En bilinen yoğun fazlar katı ve sıvılardır, harici yoğun fazlar ise düşük sıcaklıktaki bazı materyaller tarafından gösterilen üstünileten faz, atom kafeslerindeki dönüşlerin ferromanyetik ve antiferromanyetik fazları ve soğuk atom sistemlerinde bulunan Bose-Einstein yoğunlaşması. Araştırma için uygun sistemlerin ve fenomenlerin çeşitliliği yoğun madde fiziğini modern fiziğinin en aktif alanı yapıyor. Her 3 Amerikan fizikçiden biri kendini yoğun madde fizikçisi olarak tanımlıyor ve Yoğun Madde Fiziği Bölümü Amerikan Fizik Topluluğu’ndaki en geniş bölümdür. Bu alan kimya, malzeme bilimi ve nano teknoloji ile örtüşür ve atom fiziği ve biyofizikle de yakından ilgilidir. Teorik yoğun madde fiziği teorik parçacık ve nükleer fizikle önemli kavramlar paylaşır.

Kuantum Kimyası diğer adıyla Yeni Nicem, Kuantum mekaniğinin atom ve moleküllere uygulanması ile ilgilenen Kimya altdalıdır. Temel bir dal, yani saf Kimya olan Kuantum Mekaniği'nin bir uygulaması olduğundan uygulamalı Kimya dalı olarak değerlendirilebilir. Kuantum Kimyası'nda Schrödinger, Dirac, vb dalga denklemlerinin çözümüyle ilgilenilir. Ancak genellikle en çok tercih edilen, EM alan yokluğunda, spinsiz ve rölativistik olmayan Schrödinger denkleminin çözümüdür. Tek elektronlu sistemler dışında Schrödinger denklemi analitik olarak çözülemediğinden, çok elektronlu sistemler için nümerik çözümler yapılır. Kuantum Kimyası'nda bu nümerik çözümleri yapmak üzere çeşitli yöntemler vardır. Bunlar;

Deneysel verilerin kullanılmadığı, teorik ilkeler üzerine kurulu kuantum kimyasal hesaplamalara ab initio denir. Ab initio yönteminde genellikle karmaşık bir fonksiyonun daha basit fonksiyonlara indirgenmesi gibi matematiksel yaklaşımlar kullanılır.

Per-Olov Löwdin İsveçli fizikçi, Uppsala Üniversitesi'nde profesör, paralel olarak 1993'e kadar Florida Üniversitesi'nde profesör. Ivar Waller adı altındaki eski lisans öğrencisi, Löwdin 1950 yılında moleküler orbital hesaplamalar için simetrik ortogonalizasyon düzenlemeleri yapmıştır. Bu şema Yarı-ampirik teorileri kullanılan sıfır diferansiyel örtüşme (ZDO) yaklaşım temelidir. Löwdin ayrıca kolay kuantum mekaniğinin çeşitli teoremlerin türetmelerini matrisleri için sembolleri kullanarak oluşturmuştur. ROHF,UHF ve RES-GVB teorilerinde kullanılan meşhur “Löwdin’s pairing theorem” onun değildir. Kendisine göre George G. Hall ve King Löwdin 'in resmi olmayan önerisinden sonra resmi bir sunum yapmışlardır. 1963 ve 1971 yılları arasında yayınlanmış pertürbasyon teorisi üzerindeki 14 sayfa dizi kuantum kimyası için en iyi bölümleme tekniği olarak görülmüştür. Löwdin ayrıca 1958 yılında Uppsala'da kuantum kimyası yaz okulundan başlayarak çok etkili ve aktif bir öğretmendir. 1958 ve 1960'ta Uppsala Üniversitesi kuantum kimyası grubuna kardeş olarak Florida Üniversitesi'nde kuantum teorisi projesine başlamıştır. Uluslararası Kış Enstitüleri yüzlerce Latin Amerikanların seksenler ve doksanlar boyunca katılımlarını sağladı. 1960 yılında Kış Enstitüsünün içindeki birleşimde Sanibel sempozyumunu kurdu. 1960'tan sonra her yıl düzenlenmiştir. Löwdin 1969'da İsveç Kraliyet Bilimler Akademisi üyesi olarak seçilmiş ve 1972'den 1984'e kadar Fizik Nobel Ödülü komitesinde bulunmuştur. Kuantum kimyası uluslararası gazetesi ve kuantum kimyası gelişmeler serisi kurucudur. Uluslararası Kuantum Moleküler Bilimler Akademisi'nin de vakıf üyesidir.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler dinamik</span>

Moleküler dinamik (MD), atomların ve moleküllerin fiziksel hareketlerini incelemek için bir bilgisayar simülasyon yöntemidir. Atomların ve moleküllerin sabit bir süre boyunca etkileşime girmesine izin verilir ve bu da sistemin dinamik evrimi hakkında bilgi verir. En yaygın versiyonda, atomların ve moleküllerin yörüngeleri, parçacıklar ve bunların potansiyel enerjileri arasındaki kuvvetlerin çoğu zaman atomlararası potansiyeller veya moleküler mekanik kuvvet alanları kullanılarak hesaplandığı, etkileşen parçacıkların bir sistemi için Newton'un hareket denklemlerinin sayısal olarak çözülmesiyle belirlenir. Metot ilk olarak 1950'lerin sonunda teorik fizik alanında geliştirildi, ancak günümüzde çoğunlukla kimyasal fizik, malzeme bilimi ve biyomoleküllerin modellenmesinde uygulanmaktadır.

Atomik, moleküler ve optik fizik, bir ya da birkaç atomun ölçeğinde, madde-madde ve ışık-madde etkileşimi çalışmadır ve enerji, birkaç elektron voltları etrafında ölçeklenir. Üç alanla yakından ilişkilidir. AMO teorisi, klasik, yarı klasik ve kuantum işlemlerini kapsar. Tipik olarak, teori ve emisyon uygulamaları, elektromanyetik yayılım ve emilme, spektroskopi analizi, lazer ve mazerlerin kuşağı ve genel olarak maddenin optik özellikleri, uyarılmış atom ve moleküllerden, bu kategorilere ayrılır.

Hesaplamalı kimya, kimya problemlerini çözmeye yardımcı olmak için bilgisayar simülasyonunu kullanan bir kimya dalıdır. Moleküllerin, katıların yapı ve özelliklerini hesaplamak için verimli bilgisayar programlarına dahil edilmiş teorik kimya yöntemlerini kullanır. Bu yöntemlerin kullanılmasının nedeni, hidrojen moleküler iyonu ile ilgili nispeten yeni sonuçlar dışında, kuantum çok-gövdeli(many-body) problemlerin analitik olarak çözülemez oluşudur. Hesaplama sonuçları normal olarak kimyasal deneylerle elde edilen bilgileri tamamlarken, bazı durumlarda gözlemlenmeyen kimyasal olayları da tahmin edebilmektedir. Yeni ilaç ve materyallerin tasarımında yaygın olarak kullanılmaktadır.

Journal of Computational Chemistry, 1980'den bu yana John Wiley & Sons tarafından yayınlanan akran denetimli hakemli bir bilimsel dergidir. Bilgisayarlı kimya adına her alandaki araştırma, teori ve metodoloji, çağdaş gelişmeleri ve uygulamaları kapsar.

<span class="mw-page-title-main">Spartan (kimya yazılımı)</span>

Spartan, Wavefunction'ın moleküler modelleme ve bilgisayarlı kimya uygulamasıdır. Moleküler mekanik, yarı-ampirik yöntemler, ab initio modeller, yoğunluklu fonksiyonel modeller, post Hartree-Fock modeller, G3 (MP2) ve T1 içeren termokimyasal tarifler için kodlar içerir.

Katı hâl fiziğindeki hesaplamalı kimya yöntemleri, moleküller için uyguladıkları aynı yaklaşımı katı hâl fiziğinde de takip eder, ancak bu durumda iki farklılık gösterirler. Birincisi, katının translasyon simetrisinin kullanılması şarttır ve ikincisi, moleküler atom merkezli temel fonksiyonlara bir alternatif olarak düzlem dalgalar gibi tamamen dağılmış taban fonksiyonlarını kullanmak mümkündür. Bir kristalin elektronik yapısı genel olarak Brillouin kuşağındaki her nokta için elektron orbitallerinin enerjilerini tanımlayan bir bant yapısı ile tanımlanmaktadır. Ab initio ve yarı-ampirik hesaplamalar yörünge enerjilerini verir, bu nedenle bant yapı hesaplamalarına uygulanabilirler. Bir molekül için enerjiyi hesaplamak zaman alıcı olduğu için, Brillouin bölgesindeki tüm noktaların listesi için hesap yapmak daha da zaman alıcıdır.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler modelleme</span> Fiziksel simülasyonlarla kimyasal özellikleri keşfetme

Moleküler modelleme, moleküllerin davranışını modellemek veya taklit etmek için kullanılan teorik ve bilgisayarlı tüm yöntemleri kapsar. Bu yöntemler, küçük kimya sistemlerinden büyük biyolojik moleküllere ve malzeme gruplarına kadar değişen moleküler sistemleri incelemek için bilgisayarlı kimya, ilaç tasarımı, bilgisayarlı biyoloji ve malzeme bilimi alanlarında kullanılmaktadır. En basit hesaplamalar elle yapılabilir, ancak kaçınılmaz olarak makul büyüklükteki herhangi bir sistemin moleküler modellemesini bilgisayarların yapması gerekir. Moleküler modelleme yöntemlerinin ortak özelliği, moleküler sistemlerin atom düzeyinde tanımlanmasıdır. Bu, atomları en küçük bireysel birim olarak muamele edilmesini içerebilir veya protonları ve nötronları kuarkları, kuarkları, gluonlarıyla beraber ve elektronları da fotonlarıyla beraber açıkça modellemeyi içerebilir.

Jaguar hem gaz hem de çözelti fazları için ab initio kuantum kimya hesaplamalar yapmak amacıyla kullanılan bir bilgisayar yazılımı paketidir. Schrödinger şirketi tarafından pazarlanan ticari bir yazılımdır. Program, Richard Friesner ve William Goddard'ın araştırma grupları tarafından üretildi ve başlangıçta PS-GVB olarak adlandırıldı.

Gaussian ilk kez Gauss 70 adında 1970 yılında Carnegie Mellon Üniversitesi'ndeki John Pople ve araştırma grubu tarafından yayınlanan genel amaçlı bilgisayarlı kimya yazılım paketi. 1970'ten beri sürekli olarak güncellendi. Programın güncel sürümü Gaussian 16'dır. Başlangıçta Quantum Chemistry Program Exchange aracılığıyla yayınlanan program, daha sonra Carnegie Mellon Üniversitesi'ne lisanslanmıştır ve 1987'den beri Gaussian, Inc. tarafından geliştirilmiştir.

<span class="mw-page-title-main">CP2K</span>

CP2K, katı hal, sıvı, moleküler ve biyolojik sistemlerin atomistik simülasyonlarını gerçekleştirmek için Fortran 2003'te yazılan serbestçe kullanılabilen (GPL) bir programdır.

NWChem, hem kuantum kimyasal ve hem de moleküler dinamik işlevselliği içeren ab initio bilgisayarlı kimya yazılımıdır. Geleneksel iş istasyonu kümelerinin yanı sıra yüksek performanslı paralel süper bilgisayarlarda da çalışacak şekilde tasarlanmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Moleküler mekanik</span>

Moleküler mekanik moleküler sistemleri modellemek için klasik mekaniği kullanır. Born-Oppenheimer yaklaşımının geçerli olduğu varsayılır ve tüm sistemlerin potansiyel enerjisi, kuvvet alanları kullanılarak nükleer koordinatların bir fonksiyonu olarak hesaplanır. Moleküler mekanik, boyutu birkaç atom büyüklüğünde olan sistemlerden tutun da milyonlarca atomdan oluşan büyük sistemlere kadar uygulanabilir.

Teorik ve hesaplamalı kimyada temel seti, Hartree Fock yöntemi veya yoğunluk fonksiyonel teorisinde kullanılan bir dizi fonksiyondur. Temel setleri Hartree Fock yöntemi veya yoğunluk fonksiyonel teorisindeki elektronik dalga fonksiyonunu temsil etmeyi amaçlarlar. Modelin kısmi diferansiyel denklemlerinin bilgisayarda verimli uygulanması amacı ile uygun cebirsel denklemlere dönüştürülmesinde kullanılırlar.

Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.