Elektron dizilimi, atom fiziği ve kuantum kimyasında, bir atom ya da molekülün elektronlarının atomik ya da moleküler orbitallerdeki dağılımıdır. Örneğin Neon atomunun elektron dizilimi 1s2 2s2 2p6 olarak gösterilir.
Porfirin, dört metiliden (-CH=) köprüsüyle birbirine bağlı dört pirol halkasından ibaret olan porfin halka sistemi ihtiva eden molekül sistemidir. Bu molekül inorganik yapının organik yani canlı yaşamına nasıl evrildiğinin anlaşılmasını da sağlamıştır. Yani dünyadaki yaşam cansızdan canlıya bu madde ile geçmiştir. Doğada genellikle I ve III numaralı porfirin şekli bulunur. Porfirinlerdeki yan grupların dizilimi simetrik olduğu takdirde Tip I; asimetrik olduğu takdirde Tip III izomerleri oluşur. Tip III izomerleri en fazla bulunan ve önemli olan tiptir.
Molekül, birbirine bağlı gruplar halindeki atomların oluşturduğu kimyasal bileşiklerin en küçük temel yapısına verilen addır. Diğer bir ifadeyle bir molekül bir bileşiği oluşturan atomların eşit oranlarda bulunduğu en küçük birimdir. Moleküller yapılarında birden fazla atom içerirler. Bir molekül aynı iki atomun bağlanması sonucu ya da farklı sayılarda farklı atomların bağlanması sonucunda oluşabilirler. Bir su molekülü 3 atomdan oluşur; iki hidrojen ve bir oksijen. Bir hidrojen peroksit molekülü iki hidrojen ve 2 oksijen atomundan oluşur. Diğer taraftan bir kan proteini olan gamma globulin 1996 sayıda atomdan oluşmakla birlikte sadece 4 çeşit farklı atom içerir; hidrojen, karbon, oksijen ve nitrojen. Molekülleri oluşturan kimyasal bağlara Moleküler bağlar denir. Bunlar kovalent, iyonik ve metalik bağlardır.
İyonik bağ, zıt yüklü iyonlar arasındaki elektrostatik kuvvetlere dayanan bir kimyasal bağ türüdür.
Kimyasal bağ, atomların veya iyonların molekülleri, kristalleri ve diğer yapıları oluşturmak üzere birleşmesidir. Bağ, iyonik bağlar'da olduğu gibi zıt yüklü iyonlar arasındaki elektrostatik kuvvetten veya kovalent bağ'larda olduğu gibi elektronların paylaşılmasından veya bu etkilerin bazı kombinasyonlarından kaynaklanabilir. Açıklanan kimyasal bağların farklı mukavemetleri vardır: kovalent, iyonik ve metalik bağlar gibi "güçlü bağlar" veya "birincil bağlar" ve dipol-dipol etkileşimleri, London dağılım kuvveti ve hidrojen bağı gibi "zayıf bağlar" veya "ikincil bağlar" vardır.
Koordine kovalent bağ, ametal-ligand arasındaki bağın, sadece ligand üzerindeki elektronlar ile oluşması durumunda oluşan kovalent bağ türü. Elektron ortaklaşması göstermemektedir.
Salen, organometalik kimyada ve koordinasyon kimyasında kullanılan bir bileşiktir. İsmi salisilik aldehit ve etilendiamin kelimelerinin birleşmesinden meydana gelen bir kısaltmadır, çünkü bu bileşiklerin birleşmesi ile oluşmaktadır.
Kompleks veya karmaşık birden çok parçadan oluşan, bu parçaların birbiriyle bağlantılı ve ilişkili olduğu bir bütündür. Aşağıdaki anlamlara sahiptir:
- Kompleks (psikoloji), kişinin tutum ve davranışını etkileyen, kişinin belli bir konuyla eşleştirdiği bir grup zihinsel faktör.
- Kompleks (kimya), metal kompleks veya koordinasyon bileşiği olarak da adlandırılır, merkezi bir atom veya molekül ve ona zayıf şekilde bağlanmış olan çevresindeki atom veya moleküllerden oluşmuş yapı.
- Kompleks (taksonomi), birbirlerinden farklılığı kesin olmayan, birbiriyle üreyebilen bir türler grubu.
- Kompleks sayı veya karmaşık sayı, a+bi olarak ifade edilen, a ve b'nin gerçek, i'nin ise sanal olduğu sayı.
Ligand aşağıdaki anlamları taşıyabilir:
- Ligand (kimya), koordine kovalent bağ aracılığıyla bir veya daha çok elektronunu bir veya daha çok merkez atom veya iyona veren, atom, iyon veya fonksiyonel grup.
- Ligand (biyokimya), reseptörlere bağlanan hücre dışında bir bileşik.
Ligand ya da ligant, merkezî bir metale bağlanan bir atom, iyon veya moleküldür. Bu bağ genelde bir veya birkaç elektron verilmesiyle oluşur, kovalent de olabilir iyonik de. Ayrıca, metal-ligand bağ değeri birden üçe kadar uzanabilir. Ligandlar genelde Lewis bazı(en) olarak sayılırlar ama ender olarak Lewis asidi ligandlar da olabilir.
Ligand ya da ligant, bir biyomoleküle bağlanarak bir kompleks oluşturan bir bileşiktir. Genelde, iyonik bağlar, hidrojen bağları veya Van der Waals güçleri ile hedef bir proteindeki bağlanma yerine bağlanır. Ligand molekülün bağlanma yerine yanaşması genelde tersinir, yani birleşme ve ayrışma arasında bir denge vardır. Biyolojik sistemlerde bir ligandın hedef molekülü ile tersinmez kovalent bağlanması enderdir. İnorganik kimyadaki ligand tanımından farklı olarak, ligandın mutlaka bir metale bağlanması şart değildir. Sinyal reseptörlerine bir ligand bağlanınca reseptör proteinin üç boyutlu şekli değişebilir, bu da onun işlevsel özelliğini değiştirir. Bağlanma eğilimi veya gücüne "afinite" denir. Ligand tipleri arasında substratlar, inhibitörler, aktivatörler ve nörotransmitterler sayılabilir. Radyoligandlar, radyoizotopla işaretlenmiş bileşiklerdir, ligand bağlanma ölçümlerinde kullanılırlar.
Kimyada dişlilik, bir koordinasyon kompleksindeki merkezî metale bağ kurmuş ligand atomlarının sayısıdır.
Organik kimyada bazı atom halkalarının yapısı beklenenin üstünde kararlıdır. Doymamış bağlar, yalın elektron çiftleri veya boş orbitallerden oluşan konjüge bir halkanın konjüge olmasından beklenecek kararlılıktan daha yüksek bir kararlılık gösterme özelliğine aromatiklik denir. Aromatiklik, halkasal delokalizasyon ve rezonansın bir belirtisi olarak da düşünülebilir.
Yöresizleşmiş elektronlar veya delokalize elektronlar bir katı metal, iyon veya molekülde bulunan elektronların tek bir atom veya kovalent bağ ile ilişkili olmamasını tanımlar.
Dörtyüzlü veya tetrahedral molekül geometrisi, merkezi atomun, dört yüzlünün ortasında, dört köşede ise sübstitüentlerin yer aldığı molekül geometrisidir. Bağ açıları, dört sübstitüent aynı olduğunda (örn. metan CH4 ya da daha ağır analogları) cos−1 (-⅓) = 109,4712206 ...° ≈ 109.5° olur. Metan veya diğer simetrik yüzlü moleküller Td nokta grubuna aittir, ama dörtyüzlü moleküller genellikle düşük simetriye sahiptir. Tetrahedral moleküller kiral olabilir.
Kimyada, çift kepli üçgen prizmatik moleküler geometri, sekiz atom, atom grupları veya ligand gruplarının, çift-taraflı bir üçgen prizmanın köşelerini tanımlayan merkezi bir atomun etrafına yerleştirildiği bileşiklerin şeklini açıklar. Bu şekil, C2v olan simetri ile birlikte, okta-koordine geçiş metali kompleksleri için kare antiprizma ve onikiyüzlü ile birlikte üç genel biçimlerinden bir tanesidir.
Kimyada, onikiyüzlü moleküler geometri, sekiz atomun, atom gruplarının veya ligandların bir snub disfenojeninin köşelerini tanımlayan merkezi bir atomun etrafına yerleştirildiği bileşiklerin şeklini tarif eder. Bu şekil D2d simetriye sahiptir ve kare antiprizma ve çift kepli üçgen prizma ile birlikte oktakoordinat geçiş metali kompleksleri için üç ortak şekilden biridir.
Kimyada, oktahedral moleküler geometri, bir oktahedronun köşelerini tanımlayan, merkezi bir atom etrafında simetrik olarak düzenlenmiş altı atomlu bileşiklerin veya atom gruplarının veya ligandların şeklini tanımlar. Oktahedronun sekiz yüzü vardır, dolayısıyla octa ön ekini alır. Oktahedron, Platonik katılardan biridir, ancak oktahedral moleküller tipik olarak merkezlerinde bir atom içerir ve ligand atomları arasında bağ yoktur. Mükemmel bir oktahedron Oh nokta grubuna aittir. Oktahedral bileşiklerin örnekleri arasında kükürt hekzaflorür SF6 ve molibden hekzakarbonil Mo (CO)6 gösterilebilir. "Oktahedral" terimi, kimyagerler tarafından, merkezi atoma olan bağların geometrisine odaklanarak ve ligandların kendi aralarındaki farklılıkları dikkate almadan biraz gevşek bir şekilde kullanılır. Örneğin, N-H bağlarının oryantasyonu nedeniyle matematiksel anlamda oktahedral olmayan [Co(NH3)6]3+, oktahedral olarak adlandırılır.
Kimyada ikili bağ veya çift bağ, iki atom arasında, tekli bağdaki iki elektrona karşılık dört bağ elektronu içeren kovalent bir bağdır. İkili bağlar en yaygın olarak iki karbon atomu arasında, örneğin alkenlerde meydana gelir. Birçok ikili bağ iki farklı element arasında bulunur: örneğin, bir karbon atomu ile bir oksijen atomu arasındaki bir karbonil grubunda. Diğer yaygın ikili bağlar azo bileşiklerinde (N=N), iminlerde (C=N) ve sülfoksitlerde (S=O) bulunur. Bir iskelet formülünde, bir ikili bağ, bağlı iki atom arasında iki paralel çizgi (=) olarak çizilir; tipografik olarak bunun için eşittir işareti kullanılır. İkili bağlar kimyasal gösterimde Rus kimyager Alexander Butlerov tarafından tanıtılmıştır.
Koordinasyon geometrisi, merkezî atom etrafındaki atomlar tarafından tanımlanan geometrik modeldir. Terim, çeşitli yapıların gözlendiği inorganik kimya alanında yaygın olarak kullanılır. Koordinasyon geometrisi, metal merkezine bağlı ligandların türüne değil sayısına ve konumlarına bağlıdır. Bağlanan atomların sayısı koordinasyon numarasıdır. Geometrik desen, çokyüzlünün köşelerinin ligandlardaki koordine eden atomların merkezleri olduğu bir çokyüzlü olarak tanımlanabilir.
