Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] (
dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.
Bacillaceae Bacillales takımına bağlı bir bakteri familyasıdır. Gıda mikrobiyolojisi açısından önemli bir bakteridir.Endospor oluşturmaları ve sıcaklık uygulamarına dayanıklı olmalarından dolayı diğer bakterilerden belirgin bir şekilde ayrılırlar. Spor oluşturmalarının yanı sıra enzimleri nedeniyle proteinlerin parçalanmasına neden olurlar. Bu familya içerisinde aerob özellikteki Bacillus ve anaerob Clostridium cinsleri ile beraber 106 farklı cins yer almaktadır. Hareketli türlerinde peritriş flagella karakteristik olarak bulunur. Çoğu patojenik değildir, fakat Bacillus ve Clostridium türleri insanlarda hastalık yaparlar.
Acetobacter, Acetobacteraceae familyasından, asetik asit bakterilerini içeren bir bakteri cinsidir. Genç hücreleri gram negatif, yaşlı hücreleri gram değişken özellikte, spor oluşturmayan, oksijenli solunum yapan, katalaz pozitif, çubuk şeklinde bakterilerdir. Hareketli ve hareketsiz türleri vardır.
Yersinia pestis, Enterobacteriaceae ailesine mensup bir Gram negatif bakteri türüdür. Veba hastılığının üç türüne de yol açar. Y. pestis tarih boyunca birçok pandemilere sebep olmuştur. Yersinia cinsine mensup bakteriler, Gram negatif çubuk şekilli kokobasillerden oluşmuştur ve diğer Enterobacteriaceae cinslerinde olduğu gibi, seçmeli anaerobik bir metabolizmaya sahiptir. Pireler tarafından taşınır. Organizma izole halde hareketliyken (motil), memeli konağa geçtiğinde hareketsiz (non-motil) hale geçmektedir.
Enterobacteriaceae, Salmonella ve Escherichia coli gibi ünlü hastalık etkenlerini de içeren büyük bir bakteri ailesidir. Genetik araştırmalar, bu aileyi, Proteobacteria şubesine koyar. Enterobacteriales takımının içinde yer alan tek familyadır. Bilimsel yayınlarla doğrulanmış 32 cinsi mevcuttur.
Fagositoz, bir fagositin solid partikülleri yakalayıp yutması ve sitoplazmasında oluşturduğu fagosom adı verilen boşluğa hapsederek eritme (sindirme) çabasıdır. Fagosite ettikleri başlıca solid partiküller canlı etkenler (mikroplar), ölü hücre ve doku artıkları, suda erimeyen mineraller ve metal tuzları, yabancı cisimler vb. oluşumlardır. Fagositler ve fagositoz olgusu ilk kez 1882 yılında İlya İlyiç Meçnikov tarafında bulundu. Bu buluşu ona Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülünü kazandırdı.
Proteobakteriler (Proteobacteria), bakteriler üstaleminin ana gruplarından birisini meydana getiren ve önemli cins ve türleri içeren şubesidir. Çeşitli hastalık etmenleri ve başka çok bilinen cinsler bu gruba dahildir. Ayrıca doğada serbest yaşayan türleri ve azot fiksasyonundan sorumlu pek çok bakteri türünü de içerir. Bu grup ribozomal RNA (rRNA) dizinlerine göre tanımlanmıştır. Bakteri biçimlerinin çeşitliliğinden dolayı grup, ismini Yunan mitolojisinde yer alan, her şekle girebilen tanrı Proteus'tan almıştır.
Seçmeli anaerobik canlı veya fakültatif anaerobik canlı, eğer oksijen varsa aerobik solunum ile ATP yapan, yoksa fermantasyon yoluna geçebilen bir canlı. Buna karşın zorunlu anaeroblar oksijen varlığında ölürler.
Koliform bakteriler gıda ve suların sıhhi durumunu gösteren göstergeç bakterilerdir. Tanım olarak çubuksu, Gram-negatif olup 35-37 °C'de laktoz fermante ederek asit ve gaz üretirler. Koliformlar sıcak kanlı hayvanların dışkılarında bolca bulunurlar, ama sulak ortamlarda, toprakta ve bitkilerde de bulunurlar. Çoğu zaman kloliformalar kendileri hastalığa neden olmazlar ama kolay kültürlenirler ve varlıkları dışkı kaynaklı zararlı patojenlerin de mevcut olabileceğine işaret eder. Dışkıya ait (fekal) patojenlere bakteriler, virüsler, protozoalar ve parazitler dahildir.
Streptococcus mutans çoğunlukla insan ağız boşluğunda bulunan gram-pozitif, fakültatif anaerobik bir bakteridir ve diş çürüğünün oluşumunda önemli bir etkendir. Mikroorganizma ilk kez 1924'te Clarke tarafından tanımlanmıştır.
Koklar veya koksi, genellikle bakteri olan ve şekilleri küreye ya da küreye çok yakın bir biçime benzeyen mikroorganizmalardır. Bir bakteriyi kokus veya küre biçimli diye tarif etmek onu basillerden veya çomaklardan ayırır. İkili adlandırmaya dayalı bakteri tanımlama ve sınıflandırmada bu birçok taksonomi sürecinin ilk adımını oluşturur.
HACEK endokarditi, HACEK grubu denilen ve normal insan florasında da bulunan, yavaş büyüyen, Gram negatif bakteriler tarafından oluşturulan endokardittir.
Bağırsak bezi veya Bağırsak kriptası ya da Liberkühn Kriptaları, ince bağırsaktaki basit veya dallanmış tübül bezleri(ekzokrin bez tipleri)dir.
Haemophilus influenzae, Gram-negatif, kokobasil, Pasteurellaceae ailesine ait fakültatif anaerobik bir bakteridir. H. influenzae ilk olarak bir grip salgını sırasında Richard Pfeiffer tarafından 1892 yılında tarif edilmiştir. Bakteri gripin viral etyolojisinin ortaya çıktığı 1933 yılına kadar yanlışlıkla grip nedeni olarak kabul edilmiştir ve hâlâ yanlışlıkla halk arasında grip bakterisi olarak bilinmektedir. H. influenzae lokalize ve invazif enfeksiyonların geniş bir aralığından sorumludur. Tüm genom dizilimi ortaya çıkarılmış ilk serbest yaşayan organizmadır. Genom dizilimi projesi 1995 yılında tamamlanmış ve yayınlanmıştır.
Bakteriyel vajinoz (BV), vajinada bakterilerin sebep olduğu bir hastalıktır. Amerika Birleşik Devletleri Hastalık Kontrol ve Korunma Merkezleri'ne göre, seksüel aktivitenin bakteriyel vajinoz gelişiminde ne gibi rol oynadığı tanımlanamamasına rağmen, risk faktörleri arasında yeni veya çoklu seks partneri gösterilmektedir. Bakteriyel vajinoza, kontrolsüz veya natural bakteri florası sebep olabilmektedir ve bakterilerin sepep olmadığı candidit ve trikomoniyaz ile karıştırılabilmektedir.
Spiroketler, "Spirochaetes" şubesinin ‘‘Spirochaetia’’ sınıfında yer alan bakterilerdir. İnsan sağlığı açısından Treponema, Borrelia, Leptospira gibi cinsleri önemlidir.
Halomonas titanicae, RMS Titanic'in enkazında bulunan gram-negatif halofil bir proteobakteriyal türüdür. Gemiye atfen bu bakteriye Halomonas titanicae adı verildi.
Clostridium perfringens, Clostridium cinsine ait Gram pozitif, çubuk şeklinde, anaerobik, spor oluşturan patojenik bir bakteridir. C. perfringens doğada yaygındır ve çürüyen bitki örtüsünde, deniz tortusunda, insanların ve diğer omurgalıların bağırsaklarında, böceklerde ve toprakta normal olarak bulunabilir. Thioglycolate besiyerinde 6,3 dakika bir bölünerek, herhangi bir organizma için bildirilen en kısa jenerasyon süresine sahip bakteri türüdür.
Mor bakteri veya mor fotosentetik bakteri, fototrofik olan ve fotosentez yoluyla kendi besinlerini üretebilen gram-negatif proteobakterilerdir. Mor, kırmızı, kahverengi ve turuncu arasında değişen renkleri veren çeşitli karotenoidler ile bakteriyoklorofil a veya b ile pigmentlenirler. Mor kükürt bakterileri ve mor kükürtsüz bakteriler (Rhodospirillaceae) olmak üzere iki gruba ayrılabilirler. Mor bakteriler, doğada yaygın görülen bir anoksijenik fototroftur ve özellikle pigmentlerinin sentezini destekleyen anoksik koşulların olduğu sucul ortamlarda yaşarlar.
Gammaproteobacteria, Pseudomonadota şubesinde yer alan bir bakteri sınıfıdır. Yaklaşık 250 cins içerir ve böylece Prokaryotların cins açısından en zengin taksonunu oluşturur. Tıbbi, ekolojik ve bilimsel açıdan önemli birçok bakteri grubu bu sınıfta yer alır. Tümü Gram-negatif bakterilerden oluşur ve filogenetik ve fizyolojik olarak en çeşitli Proteobacteria sınıfıdır.
