İçeriğe atla

Kütle spektrometrisi yazılımları listesi

Kütle spektrometresi yazılımı, kütle spektrometresinde veri toplama,[1] analizi veya temsil için kullanılan bir yazılımdır.

Proteomik yazılımı

Protein kütle spektrometrisinde, protein/peptit tanımlaması için ardışık kütle spektrometrisi (MS/MS veya MS2 olarak da bilinir) deneyleri kullanılır. Peptit tanımlama algoritmaları iki geniş sınıfa ayrılır: veritabanı araması ve de novo arama. İlk arama, analiz edilen örnekte mevcut olduğu varsayılan tüm amino asit sekanslarını içeren bir veri tabanına karşı gerçekleştirilirken, ikincisi, genomik veri bilgisi olmadan peptit sekanslarını ortaya çıkarır.

Veritabanı arama algoritmaları

İsim Tip Açıklama
ProSightPC ve ProSightPD Tescilli ProSightPC/PD, UniProt'tan türetilmiş veritabanlarına karşı peptit ve protein ardışık kütle spektrometresi verilerini aramak için yazılım araçlarıdır.
TopPIC Açık kaynak TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification and Characterization/Üst-alt kütle spektrometrisi tabanlı Proteoform Tanımlama ve Karakterizasyon), bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını araştırarak proteom düzeyinde proteoformları tanımlar ve karakterize eder. TopPIC, MS-Align + 'ın halefidir. Mutasyonlar ve translasyon sonrası modifikasyonlar (post-translational modifications-PTM) gibi beklenmedik değişiklikler içeren proteoformları verimli bir şekilde tanımlar, tanımlamaların istatistiksel önemini doğru bir şekilde tahmin eder ve bilinmeyen kütle kaymalarıyla rapor edilen proteoformları karakterize eder. Hızı, duyarlılığı ve doğruluğu artırmak için indeksler, spektral hizalama, jenerasyon işlevi yöntemleri ve modifikasyon tanımlama skoru (MIScore) gibi çeşitli teknikler kullanır.[2]
TopMG Açık kaynak TopMG (Kütle Grafiklerini kullanarak üst-alt kütle spektrometresi tabanlı proteoform tanımlama/Top-down mass spectrometry based proteoform identification using Mass Graphs) bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını arayarak ultra-modifiye proteoformları tanımlamak için kullanılan bir yazılım aracıdır.[3]
Andromeda (MaxQuant' ın bir parçası olarak) Freeware Andromeda, olasılıksal puanlamaya dayalı bir peptit arama motorudur. Proteom verilerinde Andromeda, hedef tuzak aramalarına dayalı duyarlılık ve özgüllük analizi ile değerlendirilen, yaygın olarak kullanılan ticari bir arama motoru olan Mascot kadar iyi performans gösterir. Andromeda bağımsız olarak çalışabilir veya MaxQuant'a entegre edilebilir. Bu kombinasyon, bir masaüstü bilgisayarda büyük veri kümelerinin analizini sağlar. Birlikte parçalanmış peptitlerin tanımlanması, tanımlanan peptitlerin sayısını iyileştirir. Andromeda Jürgen Cox ve diğerleri tarafından Max Planck Biyokimya Enstitüsü'nde geliştirildi.[4]
Byonic Tescilli Byonic, 2011 yılında Protein Metrics Inc. tarafından PARC'ta orijinal geliştirmelerle yayınlanan veritabanı arama algoritmasıdır.[5] Her tür cihazdan MS/MS verilerini arar ve dahili olarak Combyne programını kullanır.[6] Combyne, protein skorları ve tanımlama olasılıkları oluşturmak için peptit tanımlamalarını birleştirir.
Comet Açık kaynak Washington Üniversitesi'nde Windows ve Linux için geliştirilmiş bir veritabanı arama algoritmasıdır.[7]
Tide (Crux' un yeniden yazılmış hali) Açık kaynak Tide, peptitleri ardışık kütle spektrumlarından tanımlamak için bir araçtır. Tide' ın atası Crux' tur, ancak Tide, SEQUEST XCorr puanlarını tam olarak kopyalarken hızda bin kat artış sağlamak için tamamen yeniden tasarlandı. Washington Üniversitesi'nde geliştirildi.[8]
Greylag Açık kaynak Stowers Institute for Medical Research'te geliştirilen veritabanı arama algoritması, yüzlerce düğüme sahip bilgisayar kümelerinde büyük aramalar yapmak için tasarlanmıştır.
InsPecT Açık kaynak Kaliforniya Üniversitesi, San Diego'daki Center for Computational Mass Spectrometry' de (Hesaplamalı Kütle Spektrometresi Merkezi) bulunan bir MS hizalama arama algoritması[9]
Mascot Tescilli Gözlemlenen ve öngörülen peptid parçaları arasındaki eşleşmelerin istatistiksel bir değerlendirmesi yoluyla kütle spektrometresi veri analizi gerçekleştirir.[10]
MassMatrix Freeware MassMatrix, ardışık kütle spektrometrik verileri için bir veritabanı arama algoritmasıdır. Peptit ve protein eşleşmelerini sıralamak için kütle doğruluğuna duyarlı olasılıklı bir puanlama modeli kullanır.
MassWiz Açık kaynak Institute of Genomics and Integrative Biology'de geliştirilen bir arama algoritmasıdır. Windows komut satırı aracı olarak mevcuttur.
MS-GF + Açık kaynak MS-GF+ (aka MSGF+ veya MSGFPlus) bir protein dizisi veritabanından türetilen peptitlere karşı MS/MS spektrumlarını puanlayarak peptit tanımlaması yapar. HUPO PSI standart giriş dosyasını (mzML) destekler ve sonuçları mzIdentML formatında kaydeder, ancak sonuçlar kolaylıkla TSV'ye dönüştürülebilir. ProteomeXchange, MS-GF+ arama sonuçlarını kullanarak Tam veri gönderimini destekler.
MSFragger Freeware Verimli fragmant iyon indekslemesine dayalı hızlı veri tabanı araması yapma yeteneğine sahiptir. Geleneksel veritabanı aramalarına ek olarak translasyon sonrası modifikasyon keşfi, O ve N bağlantılı glikoproteomik aramaları, yarı enzimatik ve enzimatik olmayan aramalar için açık (kitlesel toleranslı) aramalar yapabilir. Michigan Üniversitesi'nde geliştirildi.
MyriMatch Açık kaynak Vanderbilt Üniversitesi Tıp Merkezi'nde geliştirilen veritabanı arama programı, tek bir bilgisayar ortamında veya tüm işlem düğümleri kümesinde çalışmak üzere tasarlanmıştır.[11]
MS-LAMP Açık kaynak Lipidlerin elektrosprey iyonizasyon (ESI) ve/veya matris destekli lazer desorpsiyonu ve iyonizasyonu (MALDI) kütle spektrometrik verilerinin yorumlanmasına yardımcı olan bağımsız bir yazılım.[12]
OMSSA Freeware OMSSA (The Open Mass Spectrometry Search Algorithm) bilinen protein dizilerinin kitaplıklarını arayarak MS/MS peptit spektrumlarını tanımlamak için etkili bir arama motorudur.
PEAKS DB Tescilli Bu veritabanı arama motoru, arama sonuçlarını otomatik olarak doğrulamak için de novo dizileme ile paralel çalışır.[13]
pFind Freeware pFind Studio, kütle spektrometrisi tabanlı proteomik için bilgisayarlı bir çözümdür.
Phenyx Tescilli Geneva Bioinformatics (GeneBio) ve Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) kurumlarının işbirliği ile geliştirilmiştir. Phenyx, her tür alet, enstrümantal kurulum ve genel numune işlemleri için uyarlanabilen puanlama şemaları oluşturmak ve optimize etmek için bir istatistiksel puanlama modelleri ailesi olan OLAV'ı içerir.[14]
ProbID Açık kaynak PI, ardışık kütle spektrumunun analizi için güçlü bir araç takımıdır. ProbID, ardışık kütle spektrumunun derin analizine (fragmantasyon kuralları, bölünme tercihi, nötral kayıplar vb.) olan ihtiyacı karşılamaya çalışır.[15]
ProLuCID Freeware ProLuCID hızlı ve hassas bir tandem kütle spektrumuna dayalı protein tanımlama programıdır..[16]
ProteinPilot Software Tescilli
Protein Prospector Açık kaynak Protein Prospector, California San Francisco Üniversitesi'nde geliştirilen yaklaşık yirmi proteomik analiz aracından oluşan bir pakettir.
RAId Robust Accurate Identification (RAId), ardışık kütle spektrometresi verilerini doğru istatistiklerle analiz etmeye yönelik bir proteomik araçlar paketidir.[17]
SEQUEST Tescilli Ardışık kütle spektrumlarının koleksiyonlarını veri tabanlarından üretilen peptid sekanslarına tanımlar.[18]
SIMS Açık kaynak SIMS, ardışık kütle spektrumları üzerinde sınırsız PTM araması yapmak için bir yazılım aracı tasarımıdır.[19]
SimTandem Freeware LC/MS/MS verilerinden peptit dizilerinin tanımlanması için bir veritabanı arama motoru; motor, OpenMS/TOPP' de ek bir araç olarak kullanılabilir.[20]
SQID Açık kaynak SeQuence IDentification (SQID), ardışık kütle spektrometresi için yoğunluğa bağlı bir protein tanımlama algoritmasıdır.
X!Tandem Açık kaynak Ardışık kütle spektrumlarını peptid dizileriyle eşleştirir.
WsearchVS2020 Freeware Ticari MS cihazlarında elde edilen spektrumları görüntüleyebilen veri analiz yazılımı. NIST ticari veritabanını da arayabilir/eşleştirme yapabilir

De novo dizileme algoritmaları

De novo peptit dizileme algoritmaları, genel olarak, Bartels ve ark. (1990) eserinde önerilmiş olan yaklaşımın üzerine kuruludur.[21]

İsim Tür
CycloBranch açık kaynak
DeNovoX Tescilli
DeNoS
Lutefisk açık kaynak
Novor Tescilli

akademik araştırma için ücretsiz

PEAKS Tescilli
Supernovo Tescilli

Homoloji arama algoritmaları

İsim Tür Açıklama
MS-Homology açık kaynak MS-Homology, Protein Prospector paketindeki bir veritabanı arama programıdır.
SPIDER Tescilli SPIDER algoritması, protein ve peptit tanımlama amacıyla veri tabanı dizileri ile hatalı dizi etiketlerini eşleştirir ve PEAKS kütle spektrometresi veri analiz yazılımı ile birlikte kullanılabilir.

MS/MS peptit kuantifikasyonu

İsim Tür
MarkerView Software Tescilli
Mascot Distiller Tescilli
Mascot Server Tescilli
MassChroQ açık kaynak
MaxQuant ücretsiz yazılım
MultiQuant Software Tescilli
OpenMS/TOPP açık kaynak
OpenPIP web sitesi

açık erişim

ProtMax ücretsiz yazılım
Spectronaut Tescilli
Skyline açık kaynak
SWATH Software 2.0 Tescilli
BACIQ açık kaynak

Diğer yazılımlar

Name Type
HIquantAçık kaynak
TopFD Açık kaynak
ArtIST by Clover Biosoft Tescilli
Advanced Chemistry Development Tescilli
Analyst Tescilli
AnalyzerPro 24 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Tescilli
CFM-ID 17 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Açık kaynak
Chromeleon Tescilli
Crosslinx Açık kaynak
DeNovoGUI Açık kaynak
Easotope Açık kaynak
[El-MAVEN] Açık kaynak
ESIprot
Expressionist Tescilli
KnowItAll 29 Mayıs 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Spectroscopy Software & Mass Spectral Library Tescilli
LabSolutions LCMS Tescilli
Mass++ Açık kaynak
MassBank.jp Website
MassBank.eu Website
MassBank Açık kaynak
MassCenter Tescilli
Mass Frontier Tescilli
MassLynx Tescilli
MassMap Tescilli
Mass-Up Açık kaynak
massXpert Açık kaynak GPL
METLIN Database and Technology Platform Tescilli
mineXpert Açık kaynak GPL
mMass Açık kaynak
MolAna
ms2mz Freeware
MSGraph Açık kaynak
MSight Freeware
MSiReader Freeware
mspire Açık kaynak
MSqRob 14 Eylül 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Açık kaynak
Multimaging
multiMS-toolbox Açık kaynak
mzCloud Website
MZmine 2 Açık kaynak
OmicsHub Proteomics
OpenChrom Açık kaynak
ORIGAMI Açık kaynak
PatternLab Freeware
pyOpenMS Açık kaynak
SIM-XL Freeware
Peacock Açık kaynak
PeakInvestigator Tescilli
Pinnacle Tescilli
PIQMIe Web
POTAMOS Açık kaynak
ProMass Tescilli
PROTRAWLER
ProteoIQ Tescilli
Proteomatic Freeware
ProteomicsTools Açık kaynak
ProteoWizard Açık kaynak
ProteoWorker Tescilli
Provision Açık kaynak
pymzML Açık kaynak
Pyteomics Açık kaynak
Quantem 27 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Quantinetix
Rational Numbers Excel Add-In Tescilli
Rational Numbers Search Tescilli
REGATTA
RemoteAnalyzer 24 Ekim 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Tescilli
Scaffold Tescilli
SCIEX OS Tescilli
SCiLS Lab
SimGlycan Tescilli
SIMION Tescilli
Spectrolyzer
Spectromania Tescilli
StavroX Freeware
Swiss Mass Abacus Açık kaynak
TOF-DS Tescilli
TurboMass Tescilli
Trans-Proteomic Pipeline (TPP) Açık kaynak
Universal Mass Calculator
VIPER
Xcalibur Tescilli
XCMS Online (Cloud-Based) Tescilli

Kaynakça

  1. ^ Cree (Kasım 2019). "Effect of elevated temperature on eggshell, eggshell powder and eggshell powder mortars for masonry applications". Journal of Building Engineering. 26: 100852. doi:10.1016/j.jobe.2019.100852. ISSN 2352-7102. 
  2. ^ kou (2016). "TopPIC: a software tool for top-down mass spectrometry-based proteoform identification and characterization". Bioinformatics. 32 (22): 3495-3497. doi:10.1093/bioinformatics/btw398. ISSN 1460-2059. PMC 5181555 $2. PMID 27423895. 
  3. ^ kou (2017). "A mass graph-based approach for the identification of modified proteoforms using top-down tandem mass spectra". Bioinformatics. 33 (9): 1309-1316. doi:10.1093/bioinformatics/btw806. ISSN 1460-2059. PMC 5860502 $2. PMID 28453668. 
  4. ^ Cox (2011). "Andromeda: A Peptide Search Engine Integrated into the MaxQuant Environment". Journal of Proteome Research. 10 (4): 1794-1805. doi:10.1021/pr101065j. ISSN 1535-3893. PMID 21254760. 
  5. ^ Bern (2007). "Lookup Peaks: A Hybrid of de Novo Sequencing and Database Search for Protein Identification by Tandem Mass Spectrometry". Analytical Chemistry. 79 (4): 1393-1400. doi:10.1021/ac0617013. PMID 17243770. 
  6. ^ Bern (2008). "Improved Ranking Functions for Protein and Modification-Site Identifications". Journal of Computational Biology. 15 (7): 705-719. doi:10.1089/cmb.2007.0119. PMID 18651800. 
  7. ^ Eng (2013). "Comet: An open-source MS/MS sequence database search tool". Proteomics. 13 (1): 22-24. doi:10.1002/pmic.201200439. ISSN 1615-9853. PMID 23148064. 
  8. ^ Diament (2011). "Faster SEQUEST Searching for Peptide Identification from Tandem Mass Spectra". Journal of Proteome Research. 10 (9): 3871-3879. doi:10.1021/pr101196n. ISSN 1535-3893. PMC 3166376 $2. PMID 21761931. 
  9. ^ "Inspect and MS-Alignment". 
  10. ^ Perkins (1999). "Probability-based protein identification by searching sequence databases using mass spectrometry data". Electrophoresis. 20 (18): 3551-67. doi:10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2. PMID 10612281. 
  11. ^ Tabb (2007). "MyriMatch:  Highly Accurate Tandem Mass Spectral Peptide Identification by Multivariate Hypergeometric Analysis". Journal of Proteome Research. 6 (2): 654-61. doi:10.1021/pr0604054. PMC 2525619 $2. PMID 17269722. 
  12. ^ Sabareesh (2013). "Mass spectrometry based lipid(ome) analyzer and molecular platform: a new software to interpret and analyze electrospray and/or matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric data of lipids: a case study from Mycobacterium tuberculosis". Journal of Mass Spectrometry. 48 (4): 465-477. doi:10.1002/jms.3163. ISSN 1096-9888. PMID 23584940. 
  13. ^ Liang, C; Smith, JC; Hendrie, Christopher (2003). "A Comparative Study of Peptide Sequencing Software Tools for MS/MS". 
  14. ^ Colinge (2003). "OLAV: Towards high-throughput tandem mass spectrometry data identification". Proteomics. 3 (8): 1454-63. doi:10.1002/pmic.200300485. PMID 12923771. 
  15. ^ Zhang (2006). "A novel scoring schema for peptide identification by searching protein sequence databases using tandem mass spectrometry data". BMC Bioinformatics. 7 (1): 222. doi:10.1186/1471-2105-7-222. ISSN 1471-2105. PMC 1463009 $2. PMID 16638152. 
  16. ^ Xu (2015). "ProLuCID: An improved SEQUEST-like algorithm with enhanced sensitivity and specificity". Journal of Proteomics. 129: 16-24. doi:10.1016/j.jprot.2015.07.001. ISSN 1874-3919. PMC 4630125 $2. PMID 26171723. 
  17. ^ Alves (2007). "RAId_DbS: peptide identification using database searches with realistic statistics". Biol Direct. 2: 25. doi:10.1186/1745-6150-2-25. PMC 2211744 $2. PMID 17961253. 
  18. ^ Jimmy K. Eng (1994). "An Approach to Correlate Tandem Mass Spectral Data of Peptides with Amino Acid Sequences in a Protein Database". J Am Soc Mass Spectrom. 5 (11): 976-989. doi:10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID 24226387. 
  19. ^ Hricovíni (1991). "Nuclear overhauser effects and the flexibility of saccharides: methyl β-xylobioside". Carbohydrate Research. 210: 13-20. doi:10.1016/0008-6215(91)80109-Z. ISSN 0008-6215. PMID 1878875. 
  20. ^ Novak (2013). "On Comparison of SimTandem with State-of-the-Art Peptide Identification Tools, Efficiency of Precursor Mass Filter and Dealing with Variable Modifications". Journal of Integrative Bioinformatics. 10 (3): 1-15. doi:10.1515/jib-2013-228. 
  21. ^ Bartels (31 Mayıs 1990). "Fast algorithm for peptide sequencing by mass spectroscopy". Biological Mass Spectrometry. 19 (6): 363-368. doi:10.1002/bms.1200190607. PMID 24730078. 

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

Proteaz, proteolizi katalize eden, proteinleri daha küçük polipeptitlere veya tekil amino asitlere ayıran ve yeni protein ürünlerinin oluşumunu teşvik eden bir enzimdir. Bunu, su ile kimyasal bağların parçalandığı hidroliz işlemiyle proteinlerin içerisinde yer alan peptit bağlarını kırarak yapar. Proteazlar, proteinlerin sindirilmesi, protein katabolizması ve hücre sinyalizasyonu dahil olmak üzere çok sayıda biyolojik süreçte yer alır.

<span class="mw-page-title-main">Kütle spektrometrisi</span> Kütle ölçer

Kütle spektrometrisi, İngilizce: Mass spectrometry (MS), kimyasal türleri iyonize edip oluşan iyonları Kütle-yük oranını esas alarak sıralayan bir analitik teknik. Daha basit terimler ile, bir kütle spektrumu bir numunen içindeki kütleleri ölçer. Kütle spektrometrisi birçok farklı alanda kullanılır ve kompleks karışımlara uygulandığı kadar saf numunelere de uygulanır.

<span class="mw-page-title-main">Ruedi Aebersold</span> İsviçreli biyolog

Rudolf Aebersold, proteomik ve sistem biyolojisi alanlarında öncü olarak görülen İsviçreli biyolog. Öncelikle karmaşık numunelerdeki proteinleri ölçmek için birçok durumda kütle spektrometrisi yoluyla teknikleri araştırdı. Ruedi Aebersold, ETH Zürih'teki Moleküler Sistem Biyolojisi Enstitüsü'nde (IMSB) Sistem biyolojisi profesörüdür. Ayrıca daha önce bir araştırma grubunda bulunduğu Seattle, Washington'daki Sistem Biyolojisi Enstitüsü'nün kurucularından birifdir.

John R. Yates III, Amerikalı kimyager. La Jolla, Kaliforniya'daki Scripps Araştırma Enstitüsü'nde kimyasal biyoloji profesörüdür. Çalışmaları araç geliştirmeye ve proteomik üzerine odaklanmıştır ve kütle spektrometrisi konusunda uzmanlaşmıştır. Otomatik peptit sekanslaması ve Çok Boyutlu Protein Tanımlama Teknolojisi (MudPIT) için SEQUEST algoritmasının geliştirilmesi ile bilinmektedir.

<span class="mw-page-title-main">Elektrosprey iyonizasyon</span> İyon üretmek için kullanılan bir teknik

Elektrosprey iyonizasyon, bir aerosol oluşturmak için bir sıvıya yüksek voltajın uygulandığı bir elektrosprey kullanarak iyon üretmek için kütle spektrometresinde kullanılan bir tekniktir. Özellikle makromoleküllerden iyon üretiminde faydalıdır çünkü iyonize edildiğinde bu moleküllerin parçalanma eğiliminin üstesinden gelir.

<span class="mw-page-title-main">Matriks-destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu</span>

Kütle spektrometrisinde, matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu (MALDI), minimum parçalanma ile büyük moleküllerden iyonlar oluşturmak için bir lazer enerjisi emici matris kullanan bir iyonizasyon tekniğidir. Daha geleneksel iyonizasyon yöntemleriyle iyonize edildiğinde kırılgan olma ve parçalanma eğiliminde olan biyomoleküllerin ve büyük organik moleküllerin analizinde uygulanmıştır. Gaz fazında büyük moleküllerin iyonlarını elde etmenin nispeten yumuşak bir yolu olması bakımından elektrosprey iyonizasyonuna (ESI) benzer, ancak MALDI tipik olarak çok daha az sayıda çok-yüklü iyon üretir.

<span class="mw-page-title-main">Hızlı atom bombardımanı</span>

Hızlı atom bombardımanı, yüksek enerjili atomlardan oluşan bir ışının iyonlar oluşturmak için bir yüzeye çarptığı kütle spektrometrisinde kullanılan bir iyonizasyon tekniğidir. Michael Barber tarafından 1980 yılında Manchester Üniversitesi'nde geliştirilmiştir. Atomlar yerine yüksek enerjili iyon demeti kullanıldığında (ikincil iyon kütle spektrometrisinde olduğu gibi, yöntem sıvı ikincil iyon kütle spektrometrisi olarak adlandırlır. FAB ve LSIMS' de analiz edilecek malzeme matris adı verilen uçucu olmayan kimyasal koruma ortamı ile karıştırılır ve yüksek enerjili atom ışınıyla vakum altında bombardımana tutulur. Atomlar tipik olarak argon veya ksenon gibi bir inert gazlardandır. Yaygın matrisler arasında gliserol, tiogliserol, 3-nitrobenzil alkol, 18-taç-6 eter, 2-nitrofeniloktil eter, sülfolan, dietanolamin ve trietanolamin bulunur. Bu teknik, ikincil iyon kütle spektrometrisi ve plazma desorpsiyon kütle spektrometrisine benzer.

<span class="mw-page-title-main">Silisyum üzerinde desorpsiyon/iyonizasyon</span>

Silikon üzerinde desorpsiyon/iyonizasyon (DIOS), kütle spektrometresi analizi için gaz fazı iyonları oluşturmak amacı ile kullanılan yumuşak bir lazer desorpsiyon yöntemidir. DIOS, ilk yüzey tabanlı yüzey destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon yaklaşımı olarak kabul edilir. Önceki yaklaşımlar, bir gliserol matrisinde nanopartiküller kullanılarak gerçekleştirilmiştir, DIOS ise nano yapılı bir yüzey üzerine bir numunenin biriktirildiği ve numunenin lazer ışığı enerjisinin adsorpsiyonu yoluyla nanoyapılı yüzeyden doğrudan desorbe edildiği matris içermeyen bir tekniktir. DIOS, organik molekülleri, metabolitleri, biyomolekülleri ve peptitleri analiz etmek ve nihayetinde dokuları ve hücreleri görüntülemek için kullanılmıştır.

<span class="mw-page-title-main">Ardışık kütle spektrometrisi</span>

MS/MS veya MS2 olarak da bilinen ardışık kütle spektrometresi, kimyasal numuneleri analiz etme yeteneklerini artırmak için iki veya daha fazla kütle analizörünün ek bir reaksiyon adımı kullanılarak birbirine bağlandığı enstrümantal analiz tekniğidir. Ardışık -MS'nin yaygın bir kullanımı, proteinler ve peptitler gibi biyomoleküllerin analizidir.

<span class="mw-page-title-main">Orbitrap</span>

Kütle spektrometrisinde Orbitrap, bir dış namlu benzeri elektrot ve iyonları milin etrafındaki yörünge hareketinde hapseden koaksiyel iç mil benzeri elektrottan oluşan bir iyon tuzağı kütle analizörüdür. Sıkışan iyonlardan gelen görüntü akımı tespit edilir ve frekans sinyalinin Fourier dönüşümü kullanılarak bir kütle spektrumuna dönüştürülür.

Kütle spektrometrisinde, de novo peptid dizilimi, bir peptid amino asit dizisinin ardışık kütle spektrometrisinden belirlendiği yöntemdir.

Biyo-bilişimde, bir peptid kütle parmak izi veya peptid kütle haritası, analiz edilen sindirilmiş bir proteinden gelen bir peptit karışımının bir kütle spektrumudur. Kütle spektrumu, proteini tanımlamaya hizmet edebilecek bir model olması anlamında bir parmak izi görevi görür. 1993 yılında geliştirilen peptid kütle parmak izi oluşturma yöntemi, bir proteinin izole edilmesinden, onu tek tek peptitlere ayrıştırılmasından ve bir tür kütle spektrometresi aracılığıyla peptitlerin kütlelerinin belirlenmesi adımlarından oluşur. Bir kez oluşturulduktan sonra, bir peptit-kütle parmak izi, ilgili protein ve hatta genomik diziler için veri tabanlarında arama yapmak için kullanılabilir. Bu da ilgili proteini kodlayan genlerin açıklanması için bu tekniği güçlü bir araç haline getirir.

<span class="mw-page-title-main">Peptid kütle parmak izi alma</span>

Peptid kütle parmak izi alma, protein tanımlama için analitik bir tekniktir, burada ilgilenilen bilinmeyen protein ilk olarak daha küçük peptitlere bölünür ve bunların mutlak kütleleri MALDI-TOF veya ESI-TOF gibi bir kütle spektrometresi ile doğru bir şekilde ölçülebilir. Yöntem, 1993 yılında birkaç grup tarafından bağımsız olarak geliştirildi. Peptit kütleleri, bilinen protein dizilerini içeren bir veritabanı veya hatta genom ile karşılaştırılır. Bu, organizmanın bilinen genomunu proteinlere çeviren, daha sonra teorik olarak proteinleri peptidlere ayıran ve her bir proteinden peptidlerin mutlak kütlelerini hesaplayan bilgisayar programları kullanılarak sağlanır. Daha sonra, bilinmeyen proteinin peptitlerinin kütleleri, genomda kodlanmış her bir proteinin teorik peptit kütleleri ile karşılaştırılır. En iyi eşleşmeyi bulmak için sonuçlar istatistiksel olarak analiz edilir.

<span class="mw-page-title-main">Proteomik</span>

Proteomik, proteinlerin büyük ölçekli bir çalışmasıdır. Proteinler, canlı organizmaların birçok işlevi olan hayati parçalarıdır. Proteom, bir organizma veya sistem tarafından üretilen veya modifiye edilen proteinlerin tamamıdır. Proteomik, giderek artan sayıda proteinin tanımlanmasını sağlamıştır. Proteom, zamana ve bir hücrenin veya organizmanın maruz kaldığı farklı gereksinimlere veya streslere göre değişir. Proteomik, İnsan Genom Projesi de dahil olmak üzere çeşitli genom projelerinin genetik bilgilerinden büyük ölçüde yararlanan disiplinler arası bir alandır. Proteomik, proteomların genel protein bileşimi, yapısı ve aktivitesi seviyesinden araştırılmasını kapsar. Fonksiyonel genomik branşının önemli bir bileşenidir.

Üst-alt proteomik, kütle ölçümü ve ardışık kütle spektrometresi (MS/MS) analizi için izole edilmiş bir protein iyonunu depolamak üzere bir iyon yakalayıcı kütle spektrometresi veya MS/MS ile birlikte iki boyutlu jel elektroforezi gibi diğer protein saflaştırma yöntemlerini kullanan bir protein tanımlama yöntemidir. Üst-alt proteomik, yekpare haldeki proteinlerin analizi yoluyla benzersiz proteoformları tanımlama ve niceleme yeteneğine sahiptir. Kütle spektrometresi sırasında yekpare haldeki proteinler tipik olarak elektrosprey iyonizasyon ile iyonize edilir ve bir Fourier dönüşümü iyon siklotron rezonansı, kuadrupol iyon tuzağı veya Orbitrap kütle spektrometresinde tutulur. Ardışık kütle spektrometresi için parçalanma, elektron yakalama ayrışması veya elektron transfer ayrışması ile gerçekleştirilir. Etkili bir parçalanma, kütle spektrometresi tabanlı proteomikten önce numunenin işleme safyası için kritiktir. Proteom analizi rutin olarak yekpare haldeki proteinlerin sindirilmesini ve ardından kütle spektrometresi (MS) kullanılarak elde edilen protein tanımlamasını içerir. Üst-alt MS (jelsiz) proteomik, protein yapısını, yekpare haldeki bir kütlenin ölçümü ve ardından gaz fazında doğrudan iyon ayrışması yoluyla sorgular.

Alt-üst proteomik, kütle spektrometresi ile analizden önce proteinlerin proteolitik sindirim aracılığı ile proteinleri tanımlamak, amino asit dizilerini ve translasyon sonrası modifikasyonlarını karakterize etmek için yaygın kullanılan bir yöntemdir. Proteomikte kullanılan bu yönteme alternatif olarak mevcüt başlıca iş akışına üst-alt proteomik denir; bu yöntemde yekpare haldeki proteinler sindirim ve/veya parçalanmadan önce kütle spektrometresi içinde veya 2D elektroforez ile saflaştırılır. Esasen, alt-üst proteomik, belirli bir hücre, doku vb. numunenin protein yapısını belirlemenin nispeten basit ve güvenilir bir yoludur.

<span class="mw-page-title-main">Lazer sprey iyonizasyonu</span>

Lazer sprey iyonizasyonu (LSI), yüklü bir partikül yığını oluşturmak için bir nötr partikül spreyi veya ablasyon materyali ile etkileşime giren bir lazer kullanarak iyon oluşturmak için kullanılan çeşitli yöntemlerden birini ifade eder. Bu şekilde oluşan iyonlar, kütle spektrometresi ile m/z oranına göre ayrılabilir. Lazer sprey, daha büyük moleküllerin tespiti için sıvı kromatografi-kütle spektrometresi ile birleştirilebilen birkaç iyon kaynağından biridir.

<span class="mw-page-title-main">Kapiler elektroforez kütle spektrometrisi</span> Kapiler elektroforezin sıvı ayırma işleminin kütle spektrometresi ile birleşiminden oluşan bir analitik kimya tekniğidir

Kapiler elektroforez kütle spektrometrisi (CE-MS), kapiler elektroforezin sıvı ayırma işleminin kütle spektrometresi ile birleşiminden oluşan bir analitik kimya tekniğidir. CE-MS, tek bir analizde yüksek ayırma verimliliği ve moleküler kütle bilgisi sağlamak için hem CE hem de MS'nin avantajlarını birleştirir. Yüksek çözünürlük ve hassasiyete sahiptir, minimum hacim gerektirir ve yüksek hızda analiz yapabilir. İyonlar tipik olarak elektrosprey iyonizasyonla oluşturulur ancak matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu veya diğer iyonizasyon teknikleriyle de oluşturulabilirler. Proteomik ve biyomoleküllerin kantitatif analizinde ve klinik tıpta kullanılmaktadır. 1987'deki tanıtımından bu yana, yeni gelişmeler ve uygulamalar CE-MS'i güçlü bir ayırma ve tanımlama tekniği haline getirmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Elektron transfer ayrışması</span>

Elektron transfer ayrışması, ardışık kütle spektrometrisinin (MS/MS) aşamaları arasında bir kütle spektrometresinde çok yüklü gaz makromoleküllerin parçalanmasına yönelik bir yöntemdir. Elektron yakalama ayrışmasına benzer şekilde ETD, büyük, çok yüklü katyonların parçalanmasına onlara elektronlaraktararak neden olur. ETD, dizi analizi için polimerler, proteinler ve peptidler gibi biyolojik moleküller ile yaygın olarak kullanılır. Bir elektronun aktarılması, peptid omurgasının c- ve z-iyonlarına bölünmesine neden olurken, translasyon sonrası modifikasyonlar değişmez. Teknik yalnızca daha yüksek yük sahibi peptid veya polimer iyonları (z>2) için iyi çalışır. Bununla birlikte, çarpışmaya bağlı ayrışmaya (CID) göre ETD, daha uzun peptitlerin veya hatta proteinlerin tümünün parçalanması açısından avantajlıdır. Bu durum, tekniği üst-alt proteomik için önemli kılar. Yöntem, Virginia Üniversitesi' nden Hunt ve arkadaşları tarafından geliştirildi.

<span class="mw-page-title-main">Elektron yakalama ayrışması</span>

Elektron yakalama ayrışması, ardışık kütle spektrometrisinde peptitlerin ve proteinlerin yapısının aydınlatması için gaz fazı iyonlarını parçalama yöntemidir. MS/MS'de kütle seçilmiş öncü iyonun aktivasyonu ve ayrıştırılması için en yaygın kullanılan tekniklerden biridir. Teknik düşük enerjili elektronların, sıkışmış gaz fazı iyonlarına doğrudan eklenmesini içerir.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.