Tokyo, resmî adıyla Tokyo Metropolü, Japonya'nın başkenti ve prefektörlüklerinden biridir. 13,453 km2 olup, 38.505.000 milyon nüfuslu megapol bir bölge olan Tokyo dünyanın en büyük kentidir. Son yapılan araştırmalara göre yaşamın en pahalı olduğu kentlerinden birisi olarak gösterilen Tokyo, 2022 yılında dünyanın en pahalı 9. kentiydi. Honşu'nun orta kesiminde, Büyük Okyanus'un bir girintisi olan Tokyo Körfezi'nin kıyısında, Sumida Nehri'nin ağzında yer alır.
Utsunomiya, Japonya'nın Tochigi prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 416,85 km² olan şehrin nüfusu Şubat 2016 tarihi itibarı ile 519.461'dir.
Asahikawa, Japonya'nın Hokkaidō prefektörlüğüne bağlı Kamikawa alt prefektörlüğünün merkezi ve Hokkaidō'nun ikinci büyük şehridir. Yüzölçümü 747.6 km² olan şehrin nüfusu 30 Temmuz 2011 tarihi itibarı ile 352.105'tir.
Morioka, Japonya'nın Iwate prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 886,47 km² olan şehrin nüfusu 1 Şubat 2021 tarihi itibarı ile tahmini nüfusu 290.700'dür ve nüfus yoğunluğu kilometrekarede 328'dir.
Kōchi, Japonya'nın Kōchi prefektörlüğünün merkezi ve en büyük şehridir. Yüzölçümü 309.22 km² olan şehrin nüfusu 31 Mayıs 2008 tarihi itibarı ile 340,515'tir.
Tokyo'nun özel semtleri, Japonya'nın başkenti Tokyo'nun doğu kesiminde yer alan ve çekirdeğini oluşturan 23 belediyedir. Semtler, 1943 yılında lağvedilen eski Tokyo şehrinin bulunduğu alanı kapsamaktadır ve diğer idari bölümler gibi 1947 Yerel Özerklik Kanunu ile tanımlanırlar. Japoncada genellikle "23 semt" olarak bilinir.
Akita, Japonya'nın Akita prefektörlüğünün merkezi olan şehirdir. Yüzölçümü 905,67 km² olan şehrin nüfusu 1 Ekim 2015 tarihi itibarı ile 316.808'dir.
Japonya'nın bölgeleri, Japonya'nın coğrafi bölgeleridir. Resmî bir idari bölüm olmayıp geleneksel olarak birçok bağlamda bölgesel bölümler olarak kullanılmıştır. Örneğin, harita ve coğrafya ders kitapları ülkeyi sekiz bölgeye ayırmakta, hava durumu raporlarında hava durumu genellikle bölgelere göre verilmekte ve birçok işletme ve kurum bulundukları bölgenin adını kendi adlarında kullanmaktadırlar.
Hirakata, Japonya'nın Osaka prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün kuzeydoğusunda, Osaka ile Kyoto'nun arasında ve Yodo Nehri'nin kıyısında yer almaktadır. Yüzölçümü 65.08 km² olan şehrin nüfusu 1 Ağustos 2011 tarihi itibarı ile 407,465'tir.
Kasugai, Japonya'nın Aichi prefektörlüğünde bulunan bir şehirdir. Şehir prefektörlüğün kuzeyinde yer almaktadır. Yüzölçümü 92.71 km² olan şehrin nüfusu Mayıs 2015 itibarı ile 308,820'dir.
Itabashi, Japonya'nın başkenti Tokyo'nun 23 özel semtinden biridir. Semt, Tokyo'nun kuzeyinde yer almakta olup Nerima, Toshima ve Kita semtleri ile Saitama prefektörlüğüne bağlı Wako ve Toda şehirleri komşudur. Arakawa Nehri Itabashi ile Saitama prefektörlüğü arasındaki sınırı oluşturmaktadır. Yüzölçümü 32.22 km² olan semtin nüfusu 1 Mayıs 2015 tarihi itibarı ile 547,270'tir.
Hamura, Japonya'nın Tokyo metropolünde bulunan bir şehirdir. Şehir Tokyo metropolünün batı orta kesiminde yer almaktadır. Yüzölçümü 9.90 km² olan şehrin nüfusu 1 Şubat 2016 tarihi itibarı ile 55,596'dır.
Japonya'nın hükûmet kararnamesi ile belirlenmiş şehirleri veya belirlenmiş şehir , Japonya'da Yerel Özerklik Kanunu'nun 252. maddesinin 19. paragrafına göre Japonya Bakanlar Kurulu tarafından verilen bir yasal idari statüye sahip şehirlerdir.
Japonya'nın çekirdek şehirleri, Japonya'da Yerel Özerklik Kanunu'nun 252. maddesinin 22. paragrafına göre merkezi hükûmet tarafından belirlenen bir şehir düzeyidir.
Japonya'nın kasabaları, Japonya'nın yerel idari bölümlerinden biridir. Coğrafi olarak kasabalar prefektörlüklere bağlıdır. Kasabalar idari olarak şehir ve köy arasında belediyelerdir.
Japonya'nın özel şehirleri, Japonya'da Yerel Özerklik Kanunu'nun 252. maddesinin 26. paragrafına göre merkezi hükûmet tarafından belirlenen bir şehir düzeyidir.
Japonya'nın alt prefektörlükleri, Japonya'nın prefektörlük düzeyinin altında yerel konulara odaklanan idari bölümleridir. Alt prefektörlükler, prefektörlük yönetiminin alt şubeleri olup coğrafi olarak uzak bölgelerde hizmetlerini sunmaktadırlar ve içlerinde birçok şehir, kasaba ve köyü barındırırlar. Genellikle posta adreslerinde kullanılmamaktadırlar.
Japonya'nın idari bölümleri, 1947 Yerel Özerklik Kanunu ile tanımlanmaktadır. Japonya, 47 prefektörlüğe ve bu prefektörlüklerde prefektörlük altı bölümlere ve belediyelere ayrılmaktadır.
Japonya'nın prefektörlükleri, Japonya'nın birinci düzey idari bölümleridir. Ülkede 47 adet prefektörlük bulunmaktadır. Prefektörlüklerin 43 tanesi normal prefektörlük , ikisi kentsel prefektörlük , biri bölge ve biri metropoldür . Prefektörlükler ilk defa 1868 yılında Meiji Restorasyonu sırasında kurulmuşlardır.
Tokyo Metropoliten Hükûmeti, Tokyo metropolünü yöneten hükûmettir. Japonya'nın 47 prefektörlük hükûmetinden biri olup halk tarafından seçilen bir vali ve meclisten oluşur. Hükûmet binası Shinjuku semtinde yer almaktadır.