
Tokyo, resmî adıyla Tokyo Metropolü, Japonya'nın başkenti ve prefektörlüklerinden biridir. 13,453 km2 olup, 38.505.000 milyon nüfuslu megapol bir bölge olan Tokyo dünyanın en büyük kentidir. Son yapılan araştırmalara göre yaşamın en pahalı olduğu kentlerinden birisi olarak gösterilen Tokyo, 2022 yılında dünyanın en pahalı 9. kentiydi. Honşu'nun orta kesiminde, Büyük Okyanus'un bir girintisi olan Tokyo Körfezi'nin kıyısında, Sumida Nehri'nin ağzında yer alır.

Honshū, Japonya'nın en büyük ve en kalabalık adasıdır. Honshū, Tsugaru Boğazı ile Hokkaidō'nun güneyinde, Seto İç Denizi ile Shikoku'nun kuzeyinde ve Kanmon Boğazı ile Kyūshū'nun kuzeydoğusunda yer almaktadır. Yüzölçümü bakımından dünyanın yedinci büyük adası ve Cava'dan sonra ikinci kalabalık adasıdır.

Tokyo'nun özel semtleri, Japonya'nın başkenti Tokyo'nun doğu kesiminde yer alan ve çekirdeğini oluşturan 23 belediyedir. Semtler, 1943 yılında lağvedilen eski Tokyo şehrinin bulunduğu alanı kapsamaktadır ve diğer idari bölümler gibi 1947 Yerel Özerklik Kanunu ile tanımlanırlar. Japoncada genellikle "23 semt" olarak bilinir.
Japonya'nın alt prefektörlükleri, Japonya'nın prefektörlük düzeyinin altında yerel konulara odaklanan idari bölümleridir. Alt prefektörlükler, prefektörlük yönetiminin alt şubeleri olup coğrafi olarak uzak bölgelerde hizmetlerini sunmaktadırlar ve içlerinde birçok şehir, kasaba ve köyü barındırırlar. Genellikle posta adreslerinde kullanılmamaktadırlar.
Japonya'nın idari bölümleri, 1947 Yerel Özerklik Kanunu ile tanımlanmaktadır. Japonya, 47 prefektörlüğe ve bu prefektörlüklerde prefektörlük altı bölümlere ve belediyelere ayrılmaktadır.

Japonya 14.125 adadan oluşan bir ada ülkesidir ve bunların yaklaşık 260'ında yerleşim vardır.

Ōshima alt prefektörlüğü, Japonya'nın Tokyo metropolüne bağlı bir alt prefektörlüktür. Alt prefektörlük Izu Adaları'nın kuzeyini kapsamaktadır. Yüzölçümü 141.82 km² olan alt prefektörlüğün nüfusu 13,825'tir.

Hachijō alt prefektörlüğü, Japonya'nın Tokyo metropolüne bağlı bir alt prefektörlüktür. Alt prefektörlük Izu Adaları'nın orta kesimini kapsamaktadır. Yüzölçümü 78.6 km² olan alt prefektörlüğün nüfusu 8.790'dır.

Hachijō alt prefektörlüğü, Japonya'nın Tokyo metropolüne bağlı bir alt prefektörlüktür. Alt prefektörlük Izu Adaları'nın güneyini kapsamaktadır. Yüzölçümü 76.08 km² olan alt prefektörlüğün nüfusu 3,184'tür.

Izu Ōshima, Japonya'nın Izu Adaları'na ait bir volkanik adadır. Ada Tokyo metropolü hükûmetine bağlı olup Tokyo'nun 100 km güneyinde, Izu Yarımadası'nın 22 km doğusunda ve Boso Yarımadası'nın 36 km güneybatısında yer almaktadır. Adada bulunan Ōshima kasabası ise 1955 yılında altı köyün birleşmesiyle kurulmuş olup adanın tamamını kapsamaktadır.

Toshima, Japonya'nın Izu Adaları'na ait bir volkanik adadır. Ada Tokyo metropolü hükûmetine bağlı olup Tokyo'nun güneyinde, Izu Yarımadası'nın doğusunda Izu Ōshima ile Niijima adaları arasında yer almaktadır. Adada bulunan Toshima köyü ise adanın tamamını kapsamaktadır.

Oki Adaları, Japon Denizi'nin üzerinde bulunan takımadalardır. Oki Adaları Dōgo, Nakanoshima, Nishinoshima ve Chiburijima olmak üzere dört ana ada ile üzerinde yerleşim olmayan 180 adadan oluşmaktadır ve idari olarak da Okinoshima, Ama ve Nishinoshima kasabaları ile Chibu köyü olmak üzere dört belediyeye ayrılmaktadır. Adalara Dōgo'da bulunan Oki Havalimanı ile anakaradan kalkan feribotlar hizmet vermektedir.

Minami Torishima veya Marcus Adası kuzeybatı Pasifik Okyanusu'nda Japonya'ya ait bir mercan adasıdır. Ada, Tokyo'nun 1,848 km güneydoğusunda ve kendisine en yakın ada olan Güney Iwo Jima'nın 1,267 km doğusunda yer almaktadır. İdari olarak, Tokyo metropolüne bağlı Ogasawara köyüne bağlıdır.

Hachijōjima, Filipin Denizi'nde Japonya'ya ait bir volkanik adadır. Tokyo'nun 287 km güneyinde yer almaktadır. Ada Izu Adaları'na ait olup idari olarak Tokyo'nun Hachijō kasabasına bağlıdır.

Niijima, Japonya'nın Izu Adaları'na bağlı bir volkanik adadır. Ada Filipin Denizi üzerinde olup Tokyo'nun 163 km ve Shimoda'nın 36 km güneyinde yer almaktadır. Ada idari olarak Tokyo'nun Niijima köyüne bağlıdır.

Ogasavara Adaları olarak da bilinen Bonin Adaları, Tokyo, Japonya'nın yaklaşık 1,000 kilometre güneyinde yer alan 30'dan fazla subtropikal ve tropikal adadan oluşan bir takımadadır. "Bonin Adaları" ismi, "ıssız" veya "insansız" anlamına gelen Japonca kelime buninden gelmektedir. Grubun tek meskun adaları, belediye yönetiminin bulunduğu Chichi-jima ve Ogasavara Köyü'nü içeren Haha-jima'dır.

Kuril Adaları anlaşmazlığı, ayrıca Kuzey Toprakları anlaşmazlığı olarak da bilinir, Japonya ve Rusya arasındaki bir anlaşmazlık. Anlaşmazlığa konu adalar, aynı zincirdeki anlaşmazlık konusu olmayan diğer adalarla birlikte II. Dünya Savaşı'nın sonunda Sovyetler Birliği tarafından ilhak edildi. Anlaşmazlık konusu adalar Sahalin Oblastı'na bağlı Yuzhno-Kurilsky Rayonu'nun parçası olarak Rusya'nın yönetimindedir. Adalar üzerinde hak iddia eden Japonya, Kuzey Toprakları adını verdiği adaları Hokkaidō'ya bağlı Nemuro alt prefektörlüğünün parçası olarak kabul etmektedir.

Kōzu-shima, Japonya'da Izu Adaları'nda bulunan bir volkanik adadır. Ada, Filipin Denizi üzerinde yer almakta olup Izu Adaları'nın yedi kuzey adasının Izu Yedi Adalar grubundan biridir. Ada idari olarak Tokyo metropolünün Ōshima alt prefektörlüğüne bağlı Kōzushima köyüne bağlıdır. Kōzu-shima, Fuji-Hakone-Izu Millî Parkı'nın bir parçasıdır.

Nanpō Adaları, Japonya'nın güneyinde bulunan bir takımadadır. Adalar, Mikronezya'daki Japon Takımadaları'nın güneyinde bulunan ada grupları için ortak bir terim olarak kullanılmaktadır. Tokyo Körfezi'nin batısındaki Izu Yarımadası'ndan güneye doğru yaklaşık 1.200 km boyunca, Mariana Adaları'nın 500 km yakınına kadar uzanırlar. Adalar idari olarak Tokyo'ya bağlıdırlar.

Shikinejima, Japonya'da Izu Adaları'nın bir parçası olan bir volkanik adadır. Ada, başkent Tokyo'nun 160 km güneyinde yer almaktadır. İdari olarak, Tokyo metropolüne bağlı Niijima köyüne bağlıdır.