İçeriğe atla

I-TASSER

I-TASSER
Protein yapısı ve fonksiyon tahmini için I-TASSER çözümü
Geliştirici(ler)Yang Zhang Lab
Resmî sitesizhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/

I-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement) amino asit sekanslarından protein moleküllerinin üç boyutlu yapısını tahmin etmek için kullanılan bir biyoinformatik yöntemi.[1] Katlama tanıma adı verilen bir teknikle Protein Veri Bankası'ndan yapı şablonlarını algılar. Kopya değiştirme Monte Carlo simülasyonları kullanılarak katlanma şablonlarından yapısal parçalar yeniden bir araya getirilerek tam uzunlukta yapı modelleri oluşturulur. I-TASSER, topluluk çapındaki CASP deneylerine göre en başarılı protein yapısı tahmin yöntemlerinden biridir.

I-TASSER, hedef proteinin yapısal modellerini protein fonksiyon veritabanlarındaki bilinen proteinlerle yapısal olarak eşleştirerek ligand bağlanma bölgesi, gen ontolojisi ve enzim komisyonu hakkında ek açıklamalar sağlayan yapı tabanlı protein fonksiyon tahminleri için genişletilmiştir.[2][3] I-TASSER, Michigan Üniversitesi, Ann Arbor'daki Yang Zhang Laboratuvarı'nda yerleşik olarak bulunan bir çevrimiçi sunucuya sahiptir. Bu sunucu kullanıcıların diziler göndererek yapı ve işlev tahminleri elde etmelerine olanak tanımaktadır. Sunucu kullanmak yerine bağımsız bir I-TASSER paketi olan I-TASSER Suite I-TASSER web sitesinden indirilebilir.

CASP'daki sırası

CASP protein katlanması ve protein yapı tahmini alanındaki en iyi yapı tahmin yöntemlerini karşılaştırmak için toplum çapında bir deneydir. I-TASSER ('Zhang Sunucu' adı ile) CASP sıralamalarında en üstte yer almaktadır. CASP 1994 yılından bu yana iki yılda bir gerçekleşiyor.[4]

Yöntem

I-TASSER, protein yapısı ve fonksiyon tahmini için şablon tabanlı bir yöntemdir.[1] I-TASSER altı ardışık adımdan oluşan bir çalışma sistemine sahiptir:

  • 1, PSSpred tarafından ikincil yapı tahmini
  • 2, LOMETS tarafından şablon tespiti[6]
  • 3, kopya değişimi Monte Carlo simülasyonu kullanarak yapısal parçaların birleştirilmesi[7]
  • 4, SPICKER[8] kullanarak yapı tuzakları kümeleme ile model seçimi
  • 5, parça güdümlü moleküler dinamik simülasyonu (FG-MD)[9] veya ModRefiner[10] ile atom düzeyinde yapı inceltme
  • 6, COACH tarafından yapı temelli biyoloji fonksiyonu ek açıklaması[11]

Çevrimiçi Sunucu

I-TASSER sunucusu, kullanıcıların otomatik olarak protein yapısı ve fonksiyon tahminleri üretmesine olanak tanır.

  • Girdi
    • Zorunlu:
      • 10 ila 1.500 arasında uzunluğa sahip amino asit sekansı
    • İsteğe bağlı (kullanıcı, I-TASSER modellemesine yardımcı olmak için isteğe bağlı olarak kısıtlamalar ve şablonlar sağlayabilir):
      • Temas sınırlamaları
      • Mesafe haritaları
      • Özel şablonların dahil edilmesi
      • Özel şablonların hariç tutulması
      • İkincil yapılar
  • Çıktı
    • Yapı tahmini:
      • İkincil yapı tahmini
      • Çözücü erişilebilirlik tahmini
      • LOMETS'den ilk 10 sonucun hizalaması
      • İlk 5 tam uzunlukta atom modeli (küme yoğunluğuna göre sıralanmıştır)
      • Yapısal olarak tahmin edilen modellere en yakın 10 PDB proteini
      • Öngörülen modellerin tahmini doğruluğu (tüm modellerin güven puanı, ilk model için tahmini TM puanı ve RMSD ve tüm modellerin aminoasit başına hatası dahil)
      • B faktörü tahmini
    • İşlev tahmini:
      • Enzim Sınıflandırması (Enzyme Classification / EC) ve güven puanı
      • Gen Ontolojisi (Gene Ontology / GO) terimleri ve güven puanı
      • Ligand bağlanma bölgeleri ve güven puanı
      • Tahmin edilen ligand bağlanma bölgelerinin bir görüntüsü

I-TASSER Suite

I-TASSER Suite, Yang Zhang Lab tarafından protein yapısı tahmini ve iyileştirmesi ve yapıya dayalı protein işlevi ek açıklamaları için geliştirilmiş bağımsız bir bilgisayar programı paketidir.[12] I-TASSER Lisansı aracılığıyla, araştırmacılar aşağıdaki bağımsız programlara erişebilir:

  • I-TASSER
  • COACH
  • COFACTOR
  • TM-SITE
  • S-SITE
  • LOMETS
  • MUSTER
  • SPICKER
  • HAAD
  • EDTSurf
  • ModRefiner
  • NW-align
  • PSSpred
  • Library

I-TASSER Suite'in nasıl indirilip kurulacağına ilişkin talimatlar README.txt adlı dosyada bulunabilir.

Kaynakça

  1. ^ a b Roy A, Kucukural A, Zhang Y (2010). "I-TASSER: a unified platform for automated protein structure and function prediction". Nature Protocols. 5 (4): 725–738. doi:10.1038/nprot.2010.5. PMC 2849174. PMID 20360767.
  2. ^ Roy A, Yang J, Zhang Y (2012). "COFACTOR: An accurate comparative algorithm for structure-based protein function annotation". Nucleic Acids Research. 40 (Web Server issue): W471–W477. doi:10.1093/nar/gks372. PMC 3394312. PMID 22570420.
  3. ^ Zhang C, Freddolino PL, Zhang Y (2017). "COFACTOR: improved protein function prediction by combining structure, sequence and protein-protein interaction information". Nucleic Acids Research. 45 (W1): W291–W299. doi:10.1093/nar/gkx366. PMC 5793808. PMID 28472402.
  4. ^ Moult, J; et al. (1995). "A large-scale experiment to assess protein structure prediction methods" 8 Kasım 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. (PDF). Proteins. 23 (3): ii–iv. doi:10.1002/prot.340230303. PMID 8710822.
  5. ^ Battey, JN; et al. (2007). "Automated server predictions in CASP7". Proteins. 69 (Suppl 8): 68–82. doi:10.1002/prot.21761. PMID 17894354.
  6. ^ Wu S, Zhang Y (2007). "LOMETS: A local meta-threading-server for protein structure prediction". Nucleic Acids Research. 35 (10): 3375–3382. doi:10.1093/nar/gkm251. PMC 1904280. PMID 17478507.
  7. ^ Swendsen RH, Wang JS (1986). "Replica Monte Carlo simulation of spin glasses". Physical Review Letters. 57 (21): 2607–2609. doi:10.1103/physrevlett.57.2607. PMID 10033814.
  8. ^ Zhang Y, Skolnick J (2004). "SPICKER: A Clustering Approach to Identify Near-Native Protein Folds". Journal of Computational Chemistry. 25 (6): 865–871. doi:10.1002/jcc.20011. PMID 15011258.
  9. ^ Zhang J, Liang Y, Zhang Y (2011). "Atomic-Level Protein Structure Refinement Using Fragment-Guided Molecular Dynamics Conformation Sampling". Structure. 19 (12): 1784–1795. doi:10.1016/j.str.2011.09.022. PMC 3240822. PMID 22153501.
  10. ^ Xu D, Zhang Y (2011). "Improving the Physical Realism and Structural Accuracy of Protein Models by a Two-step Atomic-level Energy Minimization". Biophysical Journal. 101 (10): 2525–2534. doi:10.1016/j.bpj.2011.10.024. PMC 3218324. PMID 22098752.
  11. ^ Yang J, Roy A, Zhang Y (2013). "Protein-ligand binding site recognition using complementary binding-specific substructure comparison and sequence profile alignment". Bioinformatics. 29 (20): 2588–2595. doi:10.1093/bioinformatics/btt447. PMC 3789548. PMID 23975762.
  12. ^ Yang J, Roy A, Zhang Y (2015). "The I-TASSER Suite: Protein structure and function prediction". Nature Methods. 12 (1): 7–8. doi:10.1038/nmeth.3213. PMC 4428668. PMID 25549265.

Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "RoyNat" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )
Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "Cofactor" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )
Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "Cofactor2" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )
Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "Moult1995" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )
Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "Battey2007" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )
Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "Lomets" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )
Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "REMC" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )
Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "Spicker" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )
Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "Fgmd" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )
Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "Modrefiner" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )
Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "Coach" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )

Kaynak hatası: <references> grubunda "" içinde tanımlanan "ITsuite" adlı <ref> etiketinin içeriği yok. (Bkz: )

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Western blot</span>

Western blot immünogenetik, moleküler biyoloji ve diğer moleküler biyoloji dallarında bir doku homojenatı veya ekstraktı numunesi içerisinde spesifik proteinlerin tanımlanmasında yaygın olarak kullanılan bir analitik teknik.

Maverick, 1992'de Madonna, Frederick DeMann ve Veronica "Ronnie" Dashev tarafından kurulan bir eğlence şirketi. Warner Music Group bünyesi altında çalışır. Maverick Records adlı plak şirketini, Maverick Films adlı bir film yapım şirketini ve Latin plak şirketi bölümü Maverick Musica'yı da içine alır. Bunların yanı sıra kitap ve müzik yayımı da yapar. Şirketin ilk yayımladığı çalışmalar Madonna'nın 1992'de yayımlanır yayımlanmaz tartışmalar yaratan Sex adlı sehpa kitabı ve yine aynı yıl çıkan Erotica adlı stüdyo albümüydü.

Sea of Thieves, Rare tarafından geliştirilen ve Microsoft Studios tarafından Microsoft Windows ve Xbox One için yayınlanan bir aksiyon-macera video oyunudur.

<span class="mw-page-title-main">Dentisyon</span>

Dentisyon, dişlerin gelişimi ve ağızdaki konumlanması ile alakalıdır. Daha teknik şekilde ifade edilirse, belirli bir yaşta belirli bir türün dişlerinin karakteristik düzeni, cinsi, sayısıdır. Başka bir deyişle, bir hayvanın dişlerinin sayısı, tipi ve morfo-fizyolojisi konularını ele alır.

<span class="mw-page-title-main">Sheppard</span>

Sheppard, Avustralyalı Indie pop müzik grubu. 2009 yılında Brisbane'de kurulmuştur. İlk stüdyo albümleri Bombs Away, 11 Temmuz 2014 tarihinde yayınlanmış ARIA Charts'de 2 numaraya kadar yükselmiş ve ARIA tarafından altın sertifika almıştır. İkinci singleları "Geronimo" ARIA Single Listelerinde 3 hafta boyunca bir numarada kalmayı başarmış ve 5× platinum sertifikası almıştır.

Ökaryotik transkripsiyon, ökaryotik hücrelerin DNA'da depolanan genetik bilgiyi RNA replika birimlerine kopyalamak için kullandıkları ayrıntılı bir işlemdir. Gen transkripsiyonu hem ökaryotik hem de prokaryotik hücrelerde görülür. Tüm farklı RNA tiplerinin transkripsiyonunu başlatan prokaryotik RNA polimerazının aksine, ökaryotlardaki RNA polimerazlar, her biri farklı bir gen tipini kodlayan üç varyasyona sahiptir. Bir ökaryotik hücre, transkripsiyon ve translasyon işlemlerini ayıran bir çekirdeğe sahiptir. Ökaryotik transkripsiyon, DNA'nın nükleozomlara ve daha yüksek dereceli kromatin yapılarına paketlendiği çekirdeğin içinde meydana gelir. Ökaryotik genomun karmaşık oluşu, kompleks ve çok çeşitli bir gen anlatım kontrol mekanizmasının varlığını gerektirir.

<span class="mw-page-title-main">Brandon Sanderson</span> Amerikalı yazar

Brandon Sanderson Amerikalı bir fantezi ve bilimkurgu yazarıdır. Birçok fantezi romanının geçtiği Kozmer evreni ile tanınmaktadır. Ayrıca Robert Jordan'ın yüksek fantezi serisi Zaman Çarkı'nı bitirmesiyle de tanınmaktadır.

Flep cerrahisi, plastik ve rekonstrüktif cerrahide, herhangi bir doku tipinin donör bölgeden kaldırıldığı ve sağlam bir kan kaynağı ile alıcı bölgeye taşındığı cerrahi bir tekniktir. Fleplerin greftlerden farklı olarak kendilerine ait kan dolaşımı sistemi bulunmaktadır. Greftler adapte edildikleri bölgede yeni kan damarı oluşumuyla o bölgede yaşamaktadır. Flepler, greftlerden daha karmaşıktır ve ciddi doku kayıplarında, hacim gerektiren doku onarımlarında, alıcı yatağın besleyici özelliğinin olmadığı gibi greftlerin kullanılamayacağı durumlarda kullanılmaktadırlar.

<span class="mw-page-title-main">Tecavüz hamileliği</span>

Hamilelik tecavüzün olası sonuçlarından biridir. Bu, savaş dönemlerinde cinsel şiddet, özellikle de soykırımcı tecavüz, kapsamında çalışılageldi. Bunun yanında reşit olmayanla cinsel ilişki, ensest ve genç hamileliğiyle ilişkili çalışmalar yapıldı. Bugünkü ortak bilimsel kanı tecavüzün, en azından rızaya dayalı cinsel ilişki kadar gebeliğe yol açma olasılığı olduğudur. Bazı araştırmalar, tecavüzün aslında rızaya dayalı ilişkiden daha yüksek gebelik oranlarına yol açabileceğini öne sürmektedir.

<i>Capsicum galapagoense</i>

Capsicum galapagoense bir biber (Capsicum) cinsi türüdür. Galapagos Adaları' na özgüdür.

Michelle Jones, ayrıca MJ, olarak da bilinen Marvel Sinematik Evreninde (MCU) Zendaya tarafından canlandırılan kurgusal karakter. Çizgi romanlarda ve diğer platformlarda genelde Örümcek Adam'ın âşık olduğu kişi olarak yer alır.

<i>Sleeping Dogs</i>

Sleeping Dogs, United Front Games tarafından geliştirilen ve Square Enix tarafından yayınlanan bir aksiyon-macera video oyunudur. İlk olarak 2012'de PlayStation 3, Xbox 360 ve Microsoft Windows için piyasaya sürüldü. Hong Kong'da geçen hikâye, Sun On Yee Triad organizasyonuna sızmak için görevlendirilen Çinli-Amerikalı polis memuru Wei Shen'i konu almaktadır. Oyuncular, içeriklerin kilidini açmak ve hikâyeye devam etmek için görevleri tamamlamalıdır, ancak bunun yerine oyunun açık dünya ortamında özgürce dolaşabilir ve hem yasal hem de cezai faaliyetlerde bulunabilirler. Oyun, dövüş, araba kullanma ve yarış gibi eylemlerde Shen'e istatistiksel ödüller verir ve oyuncuya oyun başarılarımları kazandırır.

Nier, Nisan 2010'da Cavia tarafından geliştirilen ve Square Enix tarafından PlayStation 3 ve Xbox 360 için yayınlanan aksiyon rol yapma bir video oyunudur. Oyun Japonya'da, daha genç bir ana karakterle PlayStation 3 için Nier Replicant adıyla piyasaya çıkarken, Xbox 360 için daha yaşlı bir ana karaktere sahip olan, Nier Gestalt isimli alternatif versiyonu piyasaya sürüldü. Gestalt, Japonya dışında Nier ismiyle her iki platform için de piyasaya sürüldü. Oyunun remaster'ı Nier Replicant ver.1.22474487139..., 23 Nisan 2021'de PlayStation 4, Xbox One ve Windows için piyasaya sürüldü.

RU-59063, ilk olarak 1994'te tanımlanan ve hiçbir zaman pazarlanmayan bir nonsteroid androjen veya seçici androjen reseptör modülatörüdür (SARM). Başlangıçta potent bir antiandrojen olduğu düşünülüyordu, ancak takip eden araştırmalar, dihidrotestosterondan (DHT) daha düşük etkinliğe sahip olsa da, aslında doza bağımlı androjenik aktiviteye sahip olduğunu buldu. İlaç, N -ikameli bir aril tiyo hidantoindir ve birinci nesil bir nonsteroidal antiandrojen (NSAA) olan nilutamidden türetilmiştir. İkinci nesil NSAA'lar enzalutamid, RD-162 ve apalutamid, RU-59063'ten türetilmiştir.

exFAT, Microsoft tarafından 2006 yılında tanıtılan ve USB flash sürücüler ve SD kartlar gibi flaş bellekler için optimize edilmiş bir dosya sistemidir. exFAT, Microsoft'un belirtimini yayınladığı 28 Ağustos 2019 tarihine kadar tescilliydi. Microsoft, tasarımının çeşitli unsurlarının patentlerine sahiptir.

Ayıgiller (Ursidae), etçiller takımında bulunan bir memeli familyasıdır.

Boraks, kimyasal formülü Na
2H
20B
4O
17 olan hidratlanmış veya susuz bir sodyum borat olan tuzdur. Suda çözündüğünde bazik bir çözelti oluşturan renksiz kristal yapıda bir katıdır.

<span class="mw-page-title-main">Aion (mitoloji)</span> Helenistik mitoloji tanrısı

Aion zamanla, evreni çevreleyen küreyle ve zodyakla ilişkilendirilen Helenistik bir tanrıdır.

Polonya'nın 1945'ten 1989'a kadar olan tarihi, II. Dünya Savaşı'nın sona ermesinden sonra Polonya'daki komünist yönetim dönemini kapsar. Bu yıllar, genel sanayileşme, kentleşme ve yaşam standardında pek çok iyileştirmeyi barındırırken, erken dönem Stalinist baskılar, toplumsal huzursuzluk, siyasi çekişmeler ve şiddetli ekonomik zorluklarla gölgelendi. II. Dünya Savaşı'nın sonlarına doğru, ilerleyen Sovyet Kızıl Ordusu, Doğu'daki Polonya Silahlı Kuvvetleri ile birlikte, Nazi Alman kuvvetlerini işgal altındaki Polonya'dan püskürttü. Şubat 1945'te Yalta Konferansı, savaş sonrası seçimlere kadar bir uzlaşma koalisyonundan Polonya'da geçici bir hükûmet kurulmasını onayladı. Sovyetler Birliği lideri Josef Stalin, bu kararın uygulanmasını manipüle etti. Varşova'da, 1940'tan beri Londra'da bulunan sürgündeki Polonya hükümeti görmezden gelinerek, fiili olarak komünistler tarafından kontrol edilen Ulusal Birlik Geçici Hükümeti kuruldu.

Tığ işi bikini veya el işi bikini, 1970'li yıllardan beri giyilen, ipten hazırlanmış bir bikini / mayodur. Stil, 2010'ların sonlarında boho-chic tarzı olarak tanıtılmıştır ve yeni markaların da ortaya çıkmasıyla popülerlik kazanmıştır.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.