Amoebozoa Protistler ve Protozoa âlemine bağlı bir şubedir. Amoeboid protistlerinin yaklaşık 2400 tanımlanmış türünü kapsayan büyük taksonomi grubudur.
Zırhlı balıklar, yalnızca fosilleriyle bilinen omurgalı hayvan sınıfı. İlk tanımlanabilir zırhlı balıklar, erken Silüryen'in geç Llandovery devresinde fosil kayıtlarında ortaya çıkar. Zırhlı balık grupları Devoniyen döneminde çeşitli ve boldu, ancak 358.9 milyon yıl önce Devoniyen Hangenberg olayının sonunda soyu tükendi.
Yakalı kamçılılar ya da choanoflagellatlar (Choanoflagellatea), özgür durumda ya da koloni durumunda yaşayan, tek hücreli, kamçılı ökaryottur. Filozoa grubunda bulunan bu canlıların en yakın akrabaları hayvandır. Yakalı kamçılılar, bir kamçının tabanında birbirine bağlı mikrovillilerden huni biçiminde bir yakaya sahiptir. Hem eşeysiz hem de eşeyli üreme yeteneğine sahiptir. 30-40 mikrovilluslu bir yaka ile çevrelenmiş tepedeki tek bir kamçı ile 3-10 µm (mikrometre) çapında yumurtamsı ya da küresel bir hücre gövdesi ile ayırt edilen ayrı bir hücre biçimine sahiptirler. Kamçının devinimi, özgür yüzen yakalı kamçılıları su sütunu boyunca itebilen, bakterileri ve döküntüleri bu besin maddelerinin yutulduğu mikrovilli yakasına karşı yakalayabilen su akımları yaratır. Bu besleme, küresel karbon döngüsü içinde besin zinciri düzeylerini birbirine bağlayan yaşamsal bir bağlantı sağlar. Yakalı kamçılılar, yaşamsal çevresel rollerine ek olarak, hayvanlarda çok hücreliliğin kökenlerini inceleyen evrimsel biyologlar için özel bir ilgi alanıdır. Hayvanların yaşayan en yakın akrabaları olan yakalı kamçılılar, hayvanların son tek hücreli atalarının yeniden canlandırması için yararlı bir model görevi görür.
Scrotifera, 5 farklı memeli takımını ve onların ortak atalarını içeren bir plasental memeli grubudur.Bunlar: Chiroptera, Carnivora, Pholidota, Perissodactyla ve Cetartiodactyla(geleneksel sınıflandırmada Artiodactyla ve Cetacea)takımlarını içerir. Scrotifera, Eulipotyphla'nın dışında kalan bir gruptur ve birlikte Laurasiatheria'yı oluştururlar. Scrotifera'nın son ortak atasının 73.1 ila 85.5 milyon yıl önce yaşadığı düşünülüyor.
Mohoidae, Passeriformes takımında sınıflandırılan, Hawaii'ye endemik, soyu tükenmiş kuşlardan oluşan bir familyadır. Bu familya soyu günümüzde tükenmiş tek kuş familyasıdır. Familyanın son yaşayan türü Moho braccatus'un soyu 1987'de tükendi.
Sauropsida, büyük ölçüde Reptilia sınıfına eşdeğer olan bir amniyot grubudur. Sauropsida, memelileri içeren amniyotların kladı olan Synapsida'nın kardeş taksonudur. Erken sinapsidler tarihsel olarak "memeli benzeri sürüngenler" olarak anılsa da, tüm sinapsidler, herhangi bir modern sürüngenden çok memelilerle daha yakından ilişkilidir. Sauropsidler ise memelilerden çok modern sürüngenlerle daha yakından ilişkili tüm amniyotları içerir. Buna, Linnaean taksonomisinde başlangıçta ayrı bir sınıf olarak adlandırılmasına rağmen, şu anda arkosauriyen sürüngenlerinin bir alt grubu olarak tanınan Aves (kuşlar) dahildir.
Amorphea veya Unikonta, Amoebozoa ve Obazoa'yı içeren taksonomik bir grupdur. Bu sınıfın üyelerinin taksonomik yakınlıkları ilk olarak 2002 yılında Thomas Cavalier-Smith tarafından açıklanmıştır.
Opisthokontlar, hem hayvan hem de mantar alemlerini içeren geniş bir ökaryot grubudur. Daha önce "Fungi / Metazoa grubu" olarak adlandırılan opisthokontlar, genellikle bir sınıf olarak tanınır. Opisthokontlar, Apusomonadida ve Breviata ile birlikte daha büyük Obazoa kladını oluşturur.
Viridiplantae, yaklaşık 450.000-500.000 tür içeren ve hem karasal hem de sucul ekosistemlerde önemli roller oynayan ökaryotik canlılar grubudur. Öncelikle sucul olan yeşil algler ve içlerinden çıkan kara bitkilerinden oluşurlar. Yeşil algler, geleneksel sınıflandırmada kara bitkilerini içermez ve bu da yeşil algleri parafiletik bir grup yapar. Kara bitkilerinin yeşil alglerin içinden çıktığının anlaşılmasından bu yana, bazı yazarlar bitkileri de yeşil alglere atıyorlar. Hücre duvarlarında selüloz bulunan hücrelere ve klorofil a ve b içeren ve fikobilin içermeyen siyanobakterilerle endosimbiyozdan türetilen birincil kloroplastlara sahiptirler.
Filozoa, Opisthokonta içindeki monofiletik bir gruptur. Bunlar hayvanları ve onların en yakın tek hücreli akrabalarını içerir.
Filasterea, Ministeria ve Capsaspora'yı içeren önerilen bir bazal Filozoan kladıdır. Choanoflagellatea ve Hayvanların grubu olan Choanozoa'nın kardeş grubudur. İlk 2008'de olarak Shalchian-Tabrizi ve diğerleri tarafından, düzinelerce gen ile filogenomik bir analize dayanarak önerilmiştir. Filasterea'nın Opisthokonta'da Metazoa ve Choanoflagellata'dan oluşan klanın kardeş grubu olduğu bulundu; bu bulgu, ek, daha fazla takson açısından zengin, filogenetik analizlerle daha da doğrulandı.
Eosit varsayımı, arkeler içerisindeki bir şube olan Crenarchaeota içinde ortaya çıkan ökaryotları gösteren biyolojik bir sınıflandırmadır. Bu varsayım, ilk olarak James A. Lake ve meslektaşları tarafından 1984 yılında Crenarchaeota ve ökaryotlardaki ribozomların biçimlerinin bakterilere ya da arkelerin ikinci ana şubesi olan Euryarchaeota'ya göre birbirine daha çok benzediği bulgusuna dayanılarak önerildi.
Holomycota veya Nucletmycea, Holozoa'nın kardeş grubu olan temel bir Opisthokont klanıdır. Cristidiscoidea ve mantar (fungi) aleminden oluşur. Holomycota'nın en eski soyu olarak nükleeriidlerin, tek hücreli serbest yaşayan fagotrofik amiplerin konumu, hayvanların ve mantarların bağımsız olarak ortak bir tek hücreli atadan karmaşık çok hücreliliği edindiğini ve ozmotrofik yaşam tarzının daha sonra ortaya çıktığını göstermektedir. bu ökaryotik soyun ayrışmasında. Opisthosporidians, aphelidleri, Microsporidia ve Cryptomycota, üç endoparazit grubunu içeren yakın zamanda önerilen bir taksonomik gruptur.
ParaHoxozoa, Bilateria, Placozoa ve Cnidaria'dan oluşan bir hayvan kladıdır. Bu kladın diğer iki hayvan soyu olan Ctenophora ve Porifera ile ilişkisi tartışmalıdır. Bazı filogenomik çalışmalar, Ctenophora'nın Parahoxozoa'nın kardeş grubu, Porifera'nın da diğer hayvanlarla kardeş grubu olduğunu destekleyen kanıtlar sunmuştur (örn.). Bazı araştırmalar, Porifera'nın Parahoxozoa'nın ve Ctenophora'nın diğer hayvanların kardeş grubu olduğunu destekleyen kanıtlar sunmuştur (örn.).
Laurasiatheria, Eulipotyphla takımı ile Scrotifera kladını içeren bir plasentalı memeliler üst takımıdır. Kardeş grubu Euarchontoglires ile birlikte Boreoeutheria magna takımını oluşturur. Laurasiatheria taksonu içinde sınıflandırılan hayvanların benzer gen dizilimlerine dayanarak keşfedildi. Grubu birleştirmek için ortak anatomik özellikler henüz ortaya konmadı. Laurasiatheria kladı DNA dizilim analizleri ve retrotranspozon varlık/yokluk verilerine göre temellendirildi. Üst takım, Pangea bölünmeye başladıktan sonra Gondvana'dan ayrılan Lavrasya süperkıtasında ortaya çıktı. En son ortak atasının yaklaşık olarak 76 ila 90 milyon yıl önce soyunun ayrıldığı varsayılmaktadır.
SAR veya Harosa; Stramenopiles, Alveolata ve Rhizaria'dan oluşan ve Bikonta kladına bağlı bir kladdır. SAR ismi Stramenopiles, Alveolata, Rhizarianın kısaltmasıdır.
Üç üst âlem sistemi, Carl Woese, Otto Kandler ve Mark Wheelis tarafından 1990 yılında tanıtılan ve hücreli canlıları Arkeler, Bakteriler ve Ökaryotlar olmak üzere üç üst âleme ayıran biyolojik bir sınıflandırmadır. İki üst âlem sistemi ve beş âlem sınıflandırması gibi daha önceki sınıflandırmalardan temel ayrımı, arkelerin bütünüyle bakterilerden ayrılmış olmasıdır. Üç üst âlem sisteminin bilimsel anlamdaki rakibi, Ökaryotları bir arke grubu olarak kabul ederek, canlıları yalnızca Bakteriler ve Arkeler olarak ayıran "iki üst âlem sistemi"dir (en).
Lophotrochozoa, Spiralia'daki bir protostom hayvan sınıfıdır. Taksonu moleküler kanıtlara dayalı olarak monofiletik bir grup olarak kurulmuştur. Sınıf: annelidler, yumuşakçalar, bryozoanlar, brachiopodlar ve platyhelminthes gibi hayvanları içerir.
Excavata, Ökaryot üst alemine ait eski bir tek hücreli organizma üst grubudur. İlk olarak 1999'da Simpson ve Patterson tarafından önerilmiş ve 2002'de Thomas Cavalier-Smith tarafından resmi bir takson olarak tanıtılmıştır. Çeşitli serbest yaşayan ve simbiyotik formlar içerir ve Giardia ve Trichomonas gibi bazı önemli insan parazitlerini de içinde barındırır. Daha önce artık modası geçmiş Protista krallığına dahil olduğu düşünülüyordu. Kamçılı yapılarına göre sınıflandırıldılar ve en temel kamçılı soy olarak kabul edildiler.
Charophyta; charophytes olarak da adlandırılan bir tatlı su yeşil alg grubudur. Bazen bir bölüm olarak ele alınır ancak aynı zamanda bir süper bölüm veya sıralanmamış bir klad olarak da gösterilmektedir. Karasal bitkiler Charophyta'dan, muhtemelen karasal tek hücreli charophyte'lerden kardeş grup olarak Zygnematophyceae sınıfıyla birlikte ortaya çıktı.
