Holoenzim, kofaktörlerin yapısında bulunan, ısıya dayanıklı, küçük moleküler ağırlıklı inaktif organik bileşik veya iyondur. Bu inaktif kısımların birleşmesiyle aktif enzim oluşur. Buna holoenzim veya konjuge enzim denir. Bu sebeple, enzimler, moleküler ağırlıkları düşük yapıdaki organik bir moleküle (koenzim) bağlanmış proteinler olarak tanımlanırlar.
Proteinler, bir veya daha fazla uzun amino asit artık zincirini içeren büyük biyomoleküller ve makromolekül'lerdir. Proteinler organizmalar içinde, hücrelere yapı ve organizmalar sağlayarak ve molekülleri bir konumdan diğerine taşıyarak metabolik reaksiyonları katalizleme, DNA kopyalama, uyaranlara yanıt verme dahil olmak üzere çok çeşitli işlevler gerçekleştirir. Proteinler, genlerinin nükleotit dizisi tarafından dikte edilen ve genellikle faaliyetini belirleyen özel 3D yapıya protein katlanmasıyla sonuçlanan amino asit dizilimlerinde birbirlerinden farklıdır.
Moleküler biyoloji, canlılardaki olayları moleküler seviyede inceleyen biyoloji dalıdır.
Kloroplast, fotosentezin gerçekleştiği sitoplazmik organeldir. Bitkilerin sadece yeşil kısımlarında bulunur. Bitkide besin ve oksijen üretilmesini sağlar. Genellikle yeşil renkli olduğu için bitkilerin çoğunun yeşil renkli olmasının temel sebebidir. Güneş enerjisini moleküler bağlar halinde saklayabilen tek yapı kloroplastlardır ve senede bu yolla dünyada 200 milyar ton organik madde üretilmektedir. Fotosentez yapma yeteneği kazanmış bir çekirdeksiz ve organelsiz ilkin hücre ve heterotrof (adrıbeslek) canlıların içerisine girerek simbiyoz yaşama uymuş bu şekilde kloroplastları meydana getirmiştir. Yani mavi algler kloroplastların evrimsel olarak atasıdır.
Tripsin, çoğu omurgalının sindirim sisteminde bulunan, proteinleri parçalayıcı özelliğe sahip (peptidaz) bir sindirim enzimidir. Pankreastan inaktif bir proenzim olan tripsinojen şeklinde üretilir ve ince bağırsağa ulaştığında enterokinaz tarafından aktif hale getirilir. Aynı şekilde kendisi de bir proenzim olan kimotripsinojen hormonunu aktifleştirerek kimotripsine dönüşümünü sağlar.
Telomeraz telomerleri sentezleyen ve koruyan bir ters transkriptaz enzim.
Apoptozis veya Apoptoz, programlanmış hücre ölümünün ana tiplerinden biridir; genetik sistemde kodlanmış kendi kendini yok etme programını içeren mekanizmanın aktifleşmesiyle tetiklenir. Çoğu hücrede bulunan “intihar” programının en önemli amacı, streslerden onarılması olanaksız zararlar gören, vücutta ihtiyaç duyulmayan veya anormalleşmiş hücrelerden kurtulmanın normal yoludur. Böylece ileride ortaya çıkabilecek komplikasyonlar önlenir.
Enzim Komisyonu numarası enzimleri katalizledikleri kimyasal reaksiyonlarına bağlı bir numaralandırma sistemidir. Enzim adlandırma sistemi sonucunda her EC numarası ona karsılık gelen enzim için bir isimle eşlendirilmiştir.
Enzimler, kataliz yapan biyomoleküllerdir. Neredeyse tüm enzimler protein yapılıdır. Enzim tepkimelerinde, bu sürece giren moleküllere substrat denir ve enzim bunları farklı moleküllere, ürünlere dönüştürür. Bir canlı hücredeki tepkimelerin neredeyse tamamı yeterince hızlı olabilmek için enzimlere gerek duyar. Enzimler substratları için son derece seçici oldukları için ve pek çok olası tepkimeden sadece birkaçını hızlandırdıklarından dolayı, bir hücredeki enzimlerin kümesi o hücrede hangi metabolik yolakların bulunduğunu belirler.
Organik kimya, organik bileşiklerin ve organik maddelerin yani karbon atomlarını içeren çeşitli formlardaki maddelerin yapısını, özelliklerini ve reaksiyonların bilimsel çalışmasını içeren, kimyanın bir alt dalıdır. Yapının incelenmesi yapısal formüllerini belirler. Özelliklerin incelenmesi, fiziksel ve kimyasal özellikleri ve davranışlarını anlamak için kimyasal reaktivitenin değerlendirilmesidir. Organik reaksiyonların incelenmesi doğal ürünlerin, ilaçların ve polimerlerin kimyasal sentezini ve bireysel organik moleküllerin laboratuvarda ve teorik çalışma yoluyla incelenmesidir.
Ürik asit, karbon, oksijen, nitrojen ve hidrojen'den oluşan organik bir bileşiktir.
Alanin (Ala, A) (HO2CCH(NH2)CH3) aynı zamanda 2-aminopropanoik asit olarak adlandırılır. En sık kullanılan aminoasittir. Proteinlerin yaklaşık olarak %7.8'i alanin yapıtaşlarından oluşmaktadır. D-alanin, bazı bakterilerin hücre duvarlarında ve peptid antibiyotiklerin yapılarında da bulunmaktadır.
Serin , organik bir molekül ve aynı zamanda hayvansal proteinlerde sıkça bulunan aminoasitlerden biridir. Hayvansal proteinlerde serinin sadece L-stereoizomeri bulunur. Serin insan vücudu tarafından glisin gibi diğer metabolitlerden sentezlenebildiği için dışarıdan beslenme yoluyla alınması şart değildir. Serin, ilk olarak ipek proteinlerinden 1865 yılında izole edilmiştir. İpek bol miktarda serin içerir. Serin ismini, ipek'in latincesi sericum 'dan almaktadır. Serin'in moleküler yapısı ilk defa 1902 yılında çözülmüştür.
Sülfat iyonu, inorganik kimyada bir sülfür atomu ile bunu tetrahedral yapıda çevreleyen dört eş oksijen atomundan oluşan, negatif yüklü bir anyondur. Ampirik formülü SO42- ve moleküler ağırlığı 96,06 daltondur. Hidrojenle birleştiğinde sülfürik asit oluşturur. Ayrıca,Dimetil sülfat gibi organik sülfatlar, kovalent bileşiklerdir ve sülfürik asidin esterleridir.
Robert Sanderson Mulliken moleküler orbital kuramının, başka bir deyişle moleküllerin yapısının hesaplanmasının moleküler orbital yöntemiyle detaylandırılması, gelişmesini sağlayan Amerikalı fizikçi ve kimyacı. Dr Mulliken 1966 yılında kimya dalında Nobel Ödülü'nü almıştır. 1983 yılında ise Priestley Madalyasını almıştır.
Katılma tepkimeleri, bir organik molekülün yapısına dışarıdan başka bir molekülün katılmasıdır. Organik kimyada yapısında karbon-karbon çift bağı (Alken) ya da karbon-karbon üçlü bağı (Alkin) bulunduran molekülerlerin yapısına dışarıdan en az iki elementin girmesiyle gerçekleşen tepkimelerdir. İşte bu tepkimeler sonucu yapısında çoklu bağ bulunduran moleküldeki çoklu bağlar kırılarak yerlerine tekli bağlar oluşur.
RNase P, moleküler biyolojide nükleer ribonükleaz P ; endoribonükleaz, arkea bakteri ve ökaryotlarda kloroplast ve mitokondrideki kadar bulunur. RNase P'nin enzim aktivitesinin en iyi karakterizasyonu olgun 5' rna uçları, öncül Trna'ların 5' lider elementlerinin bölünmesi ile form kazanır. Hücresel RNase P'ler ribonükleoproteinlerdir. Bakteriler RNase P RNA protein alt ünitelerinin yokluğunda katalitik aktivitesini sürdürürler. Benzer şekilde arkesel RNase P ilgili protein kofaktörlerinin yokluğunda katalitik olarak zayıf aktivite gösterir. Ökaryotik RNase P, RNA izole edildiğinde katalitik fonksiyonunu göstermeyi sürdüremez. Ama katalitik aktivitesi için holoenzim gereklidir. Arke ve bakteriyel holoenzimler bakteriyel olanlara göre daha büyük protein içeriğine sahiptir. RNA çekirdekleri aynı ve eş üç soydan oluşur. Sarmallar P1,P2,P3,P4,P10 ve P11'in yerini tutarlar ve bütün hücresel RNase P ve RNase'leri yaparlar. Özellikle dizi varyasyonları ökaryotik RNA'larda olur.
Bakteriyel transkripsiyon, bakterilerdeki genetik materyalin mesajcı RNA transkriptlerinin, protein üretimi için çevrilmesi için üretildiği işlemdir. Ökaryotlardan farklı olarak, bakteriyel transkripsiyon ve translasyon sitoplazmada aynı anda gerçekleşebilir. Bu durum transkripsiyonun membranlı bir çekirdekte gerçekleştiği, translasyonun sitoplazmada çekirdeğin dışında gerçekleştiği ökaryotlarda mümkün değildir. Bakterilerde, genetik materyal, zarla kaplı bir çekirdekle çevrelenmez ve sitoplazmada ribozomlara erişime sahiptir.
Bir kimya alt disiplini olan stereokimya, moleküllerin yapısını oluşturan atomların göreceli uzaysal düzenlemelerini ve bunların manipülasyonunu içerir. Stereokimya disiplini, tanımı gereği aynı moleküler formüle ve bağlı atom dizisine sahip, ancak atomlarının uzaydaki üç boyutlu yönelimlerinde farklılık gösteren stereoizomerlere odaklanır. Bu nedenle, 3B kimyası olarak da bilinir - "stereo" öneki "üç boyutluluk" anlamına gelir.
Kofaktör, bir enzimin bir katalizör olarak aktivitesi için gerekli olan, bir kimyasal reaksiyonun hızını artıran, protein olmayan bir kimyasal bileşik veya metalik iyondur. Kofaktörler, biyokimyasal dönüşümlere yardımcı olan "yardımcı moleküller" olarak düşünülebilir. Kofaktörler tipik olarak, işlevlerini enzimlere bağlı kalarak yerine getirmeleri açısından ligandlardan farklılık gösterir.
Biyoorganik kimya, organik kimya ve biyokimyayı birleştiren bilimsel bir disiplindir. Biyolojik süreçlerin kimyasal yöntemlerle incelenmesiyle ilgilenen kimya dalıdır. Protein ve enzim fonksiyonu bu süreçlerin örnekleridir.