İçeriğe atla

Helen M. Berman

Helen Berman
Helen Berman in 2008.
DoğumHelen Miriam Berman
Eksik gerekli değişken 1=ay! 1943 (81 yaşında)
Chicago, Illinois
Eğitim
  • Barnard College
  • University of Pittsburgh
Çocuk(lar)Jason Asher Young
Ödüller
  • DeLano Award (2013)
  • Benjamin Franklin Award (2014)
Kariyeri
Dalı
Çalıştığı kurumlarRutgers Üniversitesi
Doktora
danışmanı		George A. Jeffrey[]
Diğer akademik danışmanlarBarbara Low, Jenny Glusker

Helen Miriam Berman, Rutgers Üniversitesi'nde Kimya ve Kimyasal Biyoloji alanında Yönetim Kurulu Profesörü ve RCSB Protein Veri Bankası'nın (Dünya Çapındaki Protein Veri Bankası'nın üye kuruluşlarından birisinin) eski yöneticisidir. Yapısal bir biyolog olan çalışmaları, protein-nükleik asit komplekslerinin yapısal analizini ve suyun moleküler etkileşimlerdeki rolünü içermektedir. Aynı zamanda Nükleik Asit Veritabanının kurucusu ve yöneticisidir ve Protein Yapısı Girişimi Yapısal Genomik Bilgi Tabanını yönetmiştir.[1][2][3]

Geçmişi ve eğitimi

Berman, Chicago, Illinois'de doğdu ve Brooklyn, New York'ta büyüdü. Babası David Bernstein bir doktordu ve annesi Dorothy Bernstein (kızlık soyadı Skupsky) babasının muayenehanesini yönetiyordu. Çalışkan ve akademisyen babasından ilham alarak genç bir kızken bilime ilgi duydu ve bilim adamı veya doktor olmayı planladı. Topluma ve gönüllü çalışmalara güçlü bir şekilde dahil olan annesi, hayatı boyunca toplumsal faaliyetlere katılmasında onu etkiledi.

Lise yıllarında Berman, Ingrith Deyrup'un Barnard College'daki laboratuvarında çalıştı. Deyrup, Berman'ı Barnard'a lisans öğrencisi olarak gitmeye teşvik etti. Üniversitedeyken Columbia Üniversitesi Doktorlar ve Cerrahlar Koleji laboratuvarında Barbara Low ile çalıştı. Berman orada ömür boyu sürecek bir tutku haline gelecek olan kristalografiyi öğrendi. 1964 yılında Barnard'dan kimya alanında AB derecesiyle mezun oldu.

Berman, üniversiteden sonra yüksek lisans eğitimi için Pittsburgh Üniversitesi'ne gitti; burayı seçti çünkü burası ülkede kristalografi bölümü olan tek yerdi ve kristalografinin ders olarak sunulduğu birkaç yerden biriydi. Orada George A. Jeffrey ile karbonhidrat yapısı üzerine çalıştı ve doktora derecesini aldı. 1967'de. Berman, doktora sonrası araştırma görevlisi olarak iki yıl daha Pittsburgh Üniversitesi'nde kaldı.

Kariyeri

1969'da Berman, Philadelphia'daki Fox Chase Kanser Merkezi'ne taşındı ve burada Jenny P. Glusker'in laboratuvarında çalıştı ve 1973'te öğretim üyesi olarak kendi bağımsız araştırma programını başlattı. Berman, Fox Chase'te nükleik asit yapılarıyla ve biyoinformatikle ilgilenmeye başladı. Verilerin mantıksal organizasyonunun onu çeşitli bilim adamlarına faydalı kılacağını biliyordu.

Haziran 1971'de Berman, Cold Spring Harbor Laboratuvarı'nda bir sempozyuma katıldı; burada birçok bilim adamı, artan sayıda protein yapısına ilişkin verilerin bir veri tabanında arşivlenmesi gerektiği konusunda hemfikirdi.[4] Bu toplantı Brookhaven Ulusal Laboratuvarı'nda Protein Veri Bankası'nın (PDB) kurulmasına yol açtı.[5][6]

Berman 1989'da Rutgers'a taşındı ve 1992'de diğer bilim adamlarıyla birlikte nükleik asit yapısı hakkında bilgi toplamak ve yaymak için Nükleik Asit Veritabanını (NDB) kurdu. Rutgers'da nükleik asitler ve bunların proteinlerle etkileşimleri üzerine çalışmaya devam etti [7] ve aynı zamanda Barbara Brodsky ve Jordi Bella ile işbirliği içinde kolajenin yapısını araştırdı.[8] 1992'den 2011'e kadar PDB'de protein/nükleik asit kompleksleri ve bunların bileşenlerinin (örn. 1RUN, 3SSX, 2B1B), kollajen fragmanlarının (örn. 1CGD, 1EI8) ve diğer makromoleküllerin depolayıcısı olarak listelenmiştir.

1998'de Berman ve Philip Bourne birlikte Protein Veri Bankası için yarıştı ve sözleşmeyi kazandılar ve veri tabanı Brookhaven'dan şu anda Rutgers ve Kaliforniya Üniversitesi arasında bir işbirliği olan Yapısal Biyoinformatik Araştırma İşbirliği'nin (RCSB) himayesine taşındı. San Diego'da. Berman, meslektaşlarıyla birlikte veri yönetimi sistemini yeniden tasarladı, yeni kullanıcı araçları ekledi ve veritabanını aranabilir hale getirdi.[9] 2003 yılından bu yana PDB arşivi, Berman tarafından kurulan ve PDB verileri için depolama, veri işleme ve dağıtım merkezleri olarak hareket eden kuruluşlardan (RCSB, Avrupa'daki PDBe, PDBe) oluşan dünya çapındaki Protein Veri Bankası (wwPDB) tarafından yönetilmektedir. ve Japonya'daki PDBj.[10] 2006 yılında Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) yapıları [11] için BioMagResData (BMRB) veri bankası, wwPDB'nin dördüncü üyesi oldu.[12] Temmuz 2018 itibarıyla, NDB 9600'den fazla nükleik asit yapısına sahiptir ve PDB 142.000'den fazla makromoleküler yapıya sahiptir.

Yine RCSB liderliğindeki Protein Yapısı Girişimi (PSI) Yapısal Genomik Bilgi Tabanı, PSI çalışmalarından elde edilen verileri ve diğer kaynakları araştırmak için sürekli güncellenen bir portal sağlamak üzere 2008 Baharında başlatıldı.[13]

Berman ayrıca bilim camiasında da aktif olarak yer almış, 1988 yılında Amerikan Kristalografi Derneği'nin başkanlığını yapmış, Ulusal Sağlık Enstitüleri ve Ulusal Bilim Vakfı'na danışmanlık yapmış ve çeşitli dergilerin yayın kurulunda görev yapmıştır. Çalışmaları hakemli bilimsel dergilerde geniş çapta yayımlandı.[7][8][14][15][16]

Berman, HIV tedavisi ve önlenmesinin hem tıbbi hem de sosyal yönlerine odaklanan Target Zero belgesel serisinin baş yapımcısı ve yaratıcısıydı.[17] Üç kısa film, gerçek hayattaki hasta öykülerini, önde gelen doktorlarla, tıbbi hizmet sağlayıcılarla ve bilim insanlarıyla yapılan röportajları bir araya getiriyor; ve son teknoloji ürünü moleküler animasyonlar. Bu açıklamalar, HIV salgınını kontrol etmenin karmaşık tarihini aydınlatıyor ve şefkatli, hasta merkezli bakıma olan süregelen ihtiyacı ve tedavilerin arkasındaki bilimin hücresel düzeyde gerçek bir anlayışını ortaya koyuyor.[18]

Üyelikler ve ödülleri

  • New Jersey Başarı Kadını (1993)
  • Üye, Amerikan Bilimi İlerletme Derneği (1996)
  • Üstün Kadın Bilim Adamı Ödülü, Bilimde Kadınlar Derneği, New York Bölümü (1999)
  • Değerli Öğretim Görevlisi, Sigma Xi : Bilimsel Araştırma Topluluğu (2007–2009) [19]
  • Üstün Hizmet Ödülü, Biyofizik Derneği (2000) [1]
  • Üye, Biyofizik Derneği (2001) [20]
  • MJ Buerger Ödülü, Amerikan Kristalografi Derneği (2006)
  • Pittsburgh Üniversitesi Kimya Bölümü Mezunları Ödülü (2010)
  • Amerikan Kristalografi Derneği Üyesi (2011) [2]
  • Protein Topluluğu'ndan Carl Brändén Ödülü (2012)
  • Amerikan Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Derneği'nden Hesaplamalı Biyobilimler için DeLano Ödülü (2013) [21]
  • Benjamin Franklin Yaşam Bilimlerinde Açık Erişim Ödülü (2014)

Kişisel hayatı

Berman, 1960'larda mühendis Victor Berman'la ve 1976'dan 1999'a kadar moleküler biyolog Peter Young'la olmak üzere iki kez evlendi. İkinci evliliğinden fizikçi Jason Asher Young (1979 doğumlu) adında bir oğlu vardır.

1980'lerde Berman'a meme kanseri teşhisi konuldu. Bu deneyim onun hayatına ve kariyerine daha fazla odaklanmasını ve aynı teşhisle karşı karşıya olan diğer kadınları desteklemekle ilgilenmesini sağladı.

Kaynakça

  1. ^ a b Helen M. Berman, Google Akademik tarafından dizinlenen yayınlar
  2. ^ Demasters K: ON THE MAP; A Bank Where the Currency Is Molecules 8 Ağustos 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.. New York Times 2000-11-26. Accessed 2008-10-22.
  3. ^ Helen Berman's story from Rutgers University Office for the Promotion of Women in Science, Engineering, and Mathematics
  4. ^ Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, vol. XXXVI (1972)
  5. ^ "Protein Data Bank: a computer-based archival file for macromolecular structures". Journal of Molecular Biology. 112 (3): 535-542. 1977. doi:10.1016/S0022-2836(77)80200-3. PMID 875032. 
  6. ^ Berman H (2008). "The Protein Data Bank: a historical perspective". Acta Crystallographica A. 64 (Pt 1): 88-95. doi:10.1107/S0108767307035623. PMID 18156675. 
  7. ^ a b Benoff, B.; Yang, H.; Lawson, C. L.; Parkinson, G.; Liu, J.; Blatter, E.; Ebright, Y. W.; Berman, H. M.; Ebright, R. H. (2002). "Structural basis of transcription activation: The CAP-αCTD-DNA complex". Science. 297 (5586): 1562-1566. doi:10.1126/science.1076376. PMID 12202833. 
  8. ^ a b Bella, J; Eaton, M; Brodsky, B; Berman, HM (1994). "Crystal and molecular structure of a collagen-like peptide at 1.9 Å resolution". Science. 266 (5182): 75-81. doi:10.1126/science.7695699. PMID 7695699. 
  9. ^ "The Protein Data Bank". Nucleic Acids Research. 28 (1): 235-242. 2000. doi:10.1093/nar/28.1.235. PMC 102472 $2. PMID 10592235. 
  10. ^ "Announcing the worldwide Protein Data Bank". Nature Structural Biology. 10 (12): 980. 2003. doi:10.1038/nsb1203-980. PMID 14634627. 
  11. ^ Doreleijers, J. F.; Mading, S; Maziuk, D; Sojourner, K; Yin, L; Zhu, J; Markley, J. L.; Ulrich, E. L. (2003). "BioMag Res Bank database with sets of experimental NMR constraints corresponding to the structures of over 1400 biomolecules deposited in the Protein Data Bank". Journal of Biomolecular NMR. 26 (2): 139-46. doi:10.1023/a:1023514106644. PMID 12766409. 
  12. ^ Berman HM; Henrick K; Nakamura H; John L. Markley JL (2007). "The worldwide Protein Data Bank (wwPDB): ensuring a single, uniform archive of PDB data". Nucleic Acids Research. 35 (Database issue): D301-D303. doi:10.1093/nar/gkl971. PMC 1669775 $2. PMID 17142228. 
  13. ^ "The RCSB PDB information portal for structural genomics". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D302-D305. 2006. doi:10.1093/nar/gkj120. PMC 1347482 $2. PMID 16381872. 
  14. ^ Berman, H. M.; Olson, W. K.; Beveridge, D. L.; Westbrook, J.; Gelbin, A.; Demeny, T.; Hsieh, S. H.; Srinivasan, A. R.; Schneider, B. (1992). "The nucleic acid database. A comprehensive relational database of three-dimensional structures of nucleic acids". Biophysical Journal. 63 (3): 751-759. doi:10.1016/S0006-3495(92)81649-1. PMC 1262208 $2. PMID 1384741. 
  15. ^ Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T.; Weissig, H.; Shindyalov, I.; Bourne, P. (2000). "The Protein Data Bank". Nucleic Acids Research. 28 (1): 235-242. doi:10.1093/nar/28.1.235. PMC 102472 $2. PMID 10592235. 
  16. ^ Berman, H. M.; Kleywegt, G. J.; Nakamura, H; Markley, J. L. (2012). "The Protein Data Bank at 40: Reflecting on the past to prepare for the future". Structure. 20 (3): 391-6. doi:10.1016/j.str.2012.01.010. PMC 3501388 $2. PMID 22404998. 
  17. ^ "Target Zero: Official Website". targetzerofilm.org. 26 Nisan 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 17 Ocak 2021. 
  18. ^ Posatko, Mary (1 Mayıs 2017). "Target Zero". imdb.com. 20 Ekim 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 17 Ocak 2021. 
  19. ^ "Sigma Xi Distinguished Lecturers". 25 Eylül 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 23 Eylül 2023. 
  20. ^ ""Two distinguished Rutgers chemists named Biophysical Society Fellows." Bio-Medicine". 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Ekim 2008. 
  21. ^ "Berman recognized for her efforts in removing barriers to data access". 22 Ocak 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 22 Ocak 2015. 

Dış bağlantılar

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">DNA</span> Canlıların genetik bilgilerini barındıran molekül

Deoksiriboz nükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmaların ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilgiyi uzun süre saklamasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Bazı DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır, diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde kullanılacağının düzenlenmesine yararlar.

Restriksiyon enzimi veya restriksiyon endonükleazı, çift zincirli DNA moleküllerindeki belli nükleotit dizilerini tanıyan ve her iki zinciri birlikte kesen bir enzim türüdür. Bu özel enzimler, bakteri ve arkelerde bulunurlar ve virüslere karşı bir savunma mekanizmasına aittirler. Konak bakteri hücresinde restriksiyon enzimleri seçici olarak yabancı DNA'ları keserler; konak DNA'yı restriksiyon enziminin etkinliğinden korunmak için bir değiştirme (modifikasyon) enzimi tarafından metillenir. Bu iki süreç toplu olarak restriksiyon modifikasyon sistemi olarak adlandırılır. Bir restriksiyon enzimi DNA'yı kesmek için DNA çift sarmalının her şeker-fosfat omurgasından birer kere olmak üzere iki kesme yapar.

Structural Classification of Proteins veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (domain) elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk kez 1995'te yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.

Bir polimeraz, merkezî işlevi RNA ve DNA gibi nükleik asit polimerleri ile ilgili olan bir enzimdir. Bir polimerazın esas fonksiyonu, mevcut bir DNA veya RNA kalıbı kullanarak, ikileşme veya transkripsiyon süreci içinde, yeni bir DNA veya RNA'nın polimerizasyonudur. Bu enzimler, bir grup başka enzim veya protein eşliğinde, çözeltide bulunan nükleotitleri alırlar ve baz eşleşme etkileşimlerinden yararlanarak, bir polinükleotit iplikçiğin karşısında yeni bir polinükleotit iplikçiğinin sentezini katalizler.

<span class="mw-page-title-main">EcoRV</span>

Escherichia coli' den elde edilen bir kısıtlama enzimi olan EcoRV, en iyi karakterize edilen endonükleazlardan biri olup palindromik (simetrik) dna dizilerini tanıyan ve genellikle homodimerler veya homotetramerler gibi davranan Tip IIP alt sınıfındadır.

Biyomoleküler yapı biyomoleküllerin yapısıdır. Bu moleküllerin yapısı genelde birincil, ikincil, üçüncül ve dördüncül yapı olarak ayrılır. Bu yapının iskeleti, molekül içinde birbirine hidrojen bağları ile bağlanmış ikincil yapı elemanları tarafından oluşturulur. Bunun sonucunda protein ve nükleik asit yapı bölgeleri oluşur.

TERC olarak da bilinen telomeraz RNA bileşeni ökaryotlarda bulunan ve telomerazın bir bileşeni olan Kodlamayan RNA'dır. TERC, telomeraz ile telomer replikasyonu için bir kalıp görevi görür. Telomeraz RNA'ları dizi ve yapı açısından omurgalılar, siliatlar ve mayalar arasında büyük farklılıklar gösterir, ancak şablon dizisine yakın bir 5 'sahte düğüm yapıyı paylaşmaktadırlar. Omurgalı telomeraz RNA'larının, 3 'H / ACA snoRNA benzeri alanı vardır.

<span class="mw-page-title-main">Yapısal biyoinformatik</span>

Yapısal biyoinformatik bir biyoinformatik dalı. Protein, RNA ve DNA gibi biyoloji makromolekülleriin 3D yapılarının tahmini ve analizi ile ilgilenir.

<span class="mw-page-title-main">I-TASSER</span>

I-TASSER amino asit sekanslarından protein moleküllerinin üç boyutlu yapısını tahmin etmek için kullanılan bir biyoinformatik yöntemi. Katlama tanıma adı verilen bir teknikle Protein Veri Bankası'ndan yapı şablonlarını algılar. Kopya değiştirme Monte Carlo simülasyonları kullanılarak katlanma şablonlarından yapısal parçalar yeniden bir araya getirilerek tam uzunlukta yapı modelleri oluşturulur. I-TASSER, topluluk çapındaki CASP deneylerine göre en başarılı protein yapısı tahmin yöntemlerinden biridir.

Bu liste, nükleik asit simülasyonları için kullanılan bilgisayar programlarının bir listesidir.

<span class="mw-page-title-main">Yapısal biyoloji</span>

Yapısal biyoloji, biyolojinin özellikle amino asitlerden yapılmış olan proteinler, nükleotitlerden yapılmış RNA ve DNA gibi nükleik asitler ve lipitlerden oluşmuş membranlar olmak üzere biyolojik makromoleküllerin yapılarını ve uzamsal dizilişlerini inceleyen bir dalıdır. Yapısal biyoloji asıl olarak biyofizik yöntemleri ile makromoleküllerin atom düzeyinde üç boyutlu yapılarının belirlenmesi, yapısal değişikliklerinin temel prensipleri, moleküler hareketlerin analizi ve bu yapıların dinamiği ile ilgilenir. Makromoleküller hücrelerin hemen hemen tüm işlevlerini yerine getirir ve bunu da yapabilmek için belirli üç boyutlu şekillere girerler. Moleküllerin "üçüncül yapı"sı olarak adlandırılan bu yapılar her molekülün temel bileşimi ya da "birincil yapı"ları ile karmaşık bir şekilde bağlantılıdır.

Oligonükleotitler, genetik test, araştırma ve adli tıpta geniş bir uygulama alanına sahip olan kısa DNA veya RNA molekülleri, oligomerleridir. Laboratuvarda katı faz kimyasal sentezi ile yaygın olarak yapılan bu küçük nükleik asit bitleri, herhangi bir kullanıcı tanımlı diziye sahip tek sarmallı moleküller olarak üretilebilir ve bu nedenle yapay gen sentezi polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) DNA dizileme moleküler klonlama ve moleküler problar için hayati öneme sahiptir. Doğada oligonükleotitler genellikle gen ekspresyonunun düzenlenmesinde işlev gören küçük RNA molekülleri olarak bulunur veya daha büyük nükleik asit moleküllerinin parçalanmasından türetilen bozunma ara maddeleri olarak bulunur.

Memeli Promotör Veritabanı (MPromDb) ChIP-SEQ sayesinde belirlenmiş gen promoterlerini içeren bir veriritabanıdır Yakın promotör bölgesi (akışyukarısına çekirdek promotör bölgesinin yukarısa) çoğu transkripsiyon faktörlerinin (TFS) cis-düzenleyici elementlerini ihtiva eder.

Chemical Entities of Biological Interest, kısaca ChEBI, Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü'ndeki (EBI) Açık Biyomedikal Ontolojiler (OBO) çabasının bir parçası olan, 'küçük' kimyasal bileşiklere odaklanan moleküler varlıkların bir kimyasal veritabanı ve ontolojisidir. "Moleküler varlık" terimi, ayrı ayrı ayırt edilebilir bir varlık olarak tanımlanabilen, yapısal veya izotopik olarak farklı herhangi bir atom, molekül, iyon, iyon çifti, radikal, radikal iyon, kompleks, konformer vb. anlamına gelir. Söz konusu moleküler varlıklar ya doğal ürünler ya da potansiyel biyoaktiviteye sahip sentetik ürünlerdir. Proteolitik bölünme yoluyla proteinlerden türetilen nükleik asitler, proteinler ve peptidler gibi doğrudan genom tarafından kodlanan moleküller, kural olarak ChEBI'ye dâhil değildir.

Protein Data Bank (PDB),büyük biyolojik moleküllerin, özellikle proteinler ve nükleik asitlerin üç boyutlu yapısal verilerini içeren bir veri tabanı olarak çalışır. Genellikle X-ışını kristalografisi, NMR spektroskopisi gibi tekniklerle elde edilen deneysel verileri, atomların yeri ve konumunu içeren PDB dosya formatında barındırır. Kriyo-elektron mikroskopisi yöntemi de veri elde etmek için kullanılan yöntemlerden biri olarak öne çıkar. PDBe, PDBj, RCSB ve BMRB gibi üye kuruluşların internet siteleri aracılığıyla herkese açık ve erişilebilirdir. PDB'nin yönetimi Dünya Protein Data Bank (wwPDB) tarafından denetlenmektedir.

Unique Ingredient Identifier, bir maddenin moleküler yapısına veya tanımlayıcı bilgisine bağlı alfasayısal bir tanımlayıcıdır ve ABF Gıda ve İlaç İdaresi'nin (FDA) Küresel Madde Kayıt Sistemi (GSRS) tarafından oluşturulur. Maddeleri kimyasal, protein, nükleik asit, polimer, yapısal olarak çeşitli veya karışım olarak sınıflandırır. UNII'ler tescilli değildir, benzersizdir, açıktır ve oluşturulması ve kullanılması ücretsizdir. Bir UNII, "atomdan organizmaya kadar herhangi bir maddeyi" kapsayacak kadar geniş olan, herhangi bir karmaşıklık düzeyindeki maddeler için oluşturulabilir.

<span class="mw-page-title-main">Protein-protein etkileşimi</span>

Protein-protein etkileşimleri (PPE), iki veya daha fazla protein molekülü arasında kurulan yüksek spesifikliğe sahip fiziksel temaslardır. Hidrojen bağı, elektrostatik kuvvetler ve hidrojen bağı gibi etkileşimlerin yönlendirdiği biyokimyasal olaylardır.

<span class="mw-page-title-main">BacDive</span> farklı kaynaklardan tür düzeyinde araştırma verilerini harekete geçirmek, entegre etmek ve serbestçe erişilebilir hale getirmek için standartlaştırılmış bakteri bilgileri veritabanı

BacDive, bakteriyel ve arkeal biyoçeşitlilik hakkında suş bağlantılı bilgi sağlayan bir bakteriyel metaveritabanıdır.

<span class="mw-page-title-main">Biyolojik veritabanı</span> biyolojik bilgi veritabanı

Biyolojik veritabanları, bilimsel deneylerden, yayınlanmış literatürden, yüksek verimli deney teknolojisinden ve hesaplamalı analizlerden toplanan biyolojik bilimler kütüphaneleridir. Genomik, proteomik, metabolomik, mikroarray gen ifadesi ve filogenetik gibi araştırma alanlarından bilgiler içerirler. Biyolojik veritabanlarında yer alan bilgiler arasında gen fonksiyonu, yapısı, lokalizasyonu, mutasyonların klinik etkilerinin yanı sıra biyolojik dizilerin ve yapıların benzerlikleri yer almaktadır.

IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY, ruhsatlı ilaçların ve diğer küçük moleküllerin biyolojik hedefleri hakkında bilgi sağlayan bir portal görevi gören açık erişimli bir web sitesidir. Guide to PHARMACOLOGY Uluslararası Temel ve Klinik Farmakoloji Birliği (IUPHAR) ve Britanya Farmakoloji Topluluğu (BPS) arasında ortak bir girişim olarak geliştirilmiştir. Bu, orijinal 2009 IUPHAR Veritabanının yerini almakta ve onu genişletmektedir. Guide to PHARMACOLOGY, tüm farmakolojik hedeflere ilişkin kısa ve öz bir genel bakış sunmayı, bilimsel ve klinik toplulukların tüm üyeleri ve ilgili kamuoyu tarafından erişilebilir olmayı ve seçilmiş bir dizi hedefe ilişkin ayrıntılara bağlantılar sağlamayı amaçlamaktadır. Sunulan bilgiler arasında farmakolojik veriler, hedef ve gen isimlendirmesinin yanı sıra ligandlar için düzenlenmiş kimyasal bilgiler de yer almaktadır. Her bir hedef ailesine ilişkin genel bakışlar ve yorumlar, temel referanslara bağlantılar ile birlikte yer almaktadır.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.