İçeriğe atla

Guanin

Guanin

Guanin (IUPAC ID: 2-amino-1H-purin-6(9H)-one) DNA ve RNA nükleik asitlerinde bulunan molekül. Diğerleri sitozin, timin, adenin ve urasil olmak üzere beş asıl azotlu bazdan biridir. C5H5N5O formullü bir pürin türevi olan guanin, Watson-Crick baz eşleşmesinde sitozin ile 3'lü hidrojen bağı kurar. Çift bağlarla eşlenmiş bir pirimidin-imidiazol çember sistemi içerir ve doymamış bi-siklik hali düzlemseldir. Guanin nükleotitine guanozin denir.

Temel İlkeler

Timin genellikle DNA'da, Urasil ise yalnızca RNA'da görülmesine karşın guanin, adenin ve sitozin ile beraber hem RNA hem de DNA'da bulunur. Guaninin esas keto ve ender endo form olmak üzere iki formu bulunmaktadır. Sitozin'e 3 hidrojen bağı ile bağlanır. Bu bağlanmada sitozinde amino grubu hidrojen vericisi, C-2 karbonil ve N-3 amin hidrojen-bağ alıcısıdır. Guaninde ise c-6 grubu hidrojen alıcısı, N-1 grubu ve C-2'de bulunan amino grubu hidrojen vericisidir. Guanin ilk kez 1844 yılında, İspanyolcada guano olarak isimlendirilen deniz kuşlarının dışkılarından izole edilmiş ve gübre olarak kullanılmıştır. Bundan yaklaşık elli yıl sonra Fischer guaninin yapısını belirlemiş ve ürik asitin guanine çevrilebileceğini göstermiştir.

Guanin ve Sitozin'in oluşturuğu yapı

Guanin kuvvetli asit ile glisin, amonyak, karbondioksit ve karbonmonoksite hidrolize edilebilir ve ilk kez ksantine deamine edilmiştir. Guanin, DNA'daki diğer pürin türevi olan adeninden daha kolay okside olabilir. Erime noktası 350 °C gibi yüksek bir değerdir ki bu, okso ve amino grupları arasındaki molekül içi hidrojen bağlarının kristalize bir şekilde düzenli olduğunu gösterir. Bu molekül için bağlar dolayısı ile guanin suda tam olarak çözünmez ancak seyreltik asit ve bazlar ile çözünebilir.

Guanin ayrıca bazı balıkların pullarında, memelilerin karaciğer ve pankreasında ve kuş pisliğinde bulunan beyaz, şekilsiz bir maddenin de ismi olarak bilinir.

Sentezlenmesi

Eşit miktarda guanin amonyum siyanidin (NH4CN) polimerizasyonu ile oluşabilir. Levy et al. tarafından yapılan iki deneyde görülmüştür ki, 10 mol·L−1 NH4CN 'nin 80 °C'de 24 saat ısıtılması 0.0007%'lik bir ürün ortaya çıkarmıştır, 0.1 mol·L−1 NH4CN 'nin -20 °C 25 yıl boyunca soğutulması ile de 0.0035%'lik bir ürün elde edilmiştir. Bu bulgular eski dünya koşullarında donmuş bölgeleri guaninin kendiliğinden oluşabileceğine işaret etmektedir. Yuasa'nın bulgularına göre NH3, CH4, C2H6, 50 mL suyun elektrikle muamele edilmesi ve ardından asit hidrolizi ile 0.00017% ürün oluştuğu gözlenmiştir. Ancak yine de guaninin ortaya çıkışının yalnızca reaksiyonunun kontaminasyonu ile olup olmadığı tam olarak bilinememektedir.[1]

5NH3 + CH4 + 2C2H6 + H2O → C5H8N5O (guanine) + (25/2)H2

Bir Fischer-Tropsch sentezi de adenin, urasil ve timin ile beraber guaninin de oluşmasını sağlayabilir. CO, H2 ve NH3 içeren eşmolar bir gaz karışımının 700 °C'ye 15-24 dakika boyunca ısıtılıp, hızlıca soğutulup daha sonra 100 ila 200 °C de alumin katalisti ile 16-44 saat boyunca bekletildiğinde açığa guanin ve urasil ürün olarak çıktığı gözlenmiştir.

5CO + (1/2)H2 + 5NH3 → C5H8N5O (guanin) + 4H2O

Diğer mümküm abiyotik sentez yolu ile 90% N2–10%CO–H2O gaz karışımının yüksek ısılı plazma haline, yüksek basınçla sıkıştırılmasıdır.[2]

Diğer Kullanım Alanları

1656 yılında, Paris'te François Jaquin (Bir gül üreticisi) inci esansı olarak adlandırdığı, guanini bazı balıkların pullarından ayıklamıştır. Kozmetik endüstrisinde, kristalize guanin birçok üründe parlak inci etkisi veren katkı maddesi olarak kullanılmıştır (Ör: Şampuan). Ayrıca, plastik, metalik boya ve sahte incilerde de parlaklık ve renk vericisi olarak, rimel ve tırnak cilası ürünlerinde de parlaklaştırmayı sağlamak üzere kullanılmıştır. Sprey, boya ve daldırılacak sıvı madde (oje) olarak kullanılabilmektedir, alternatifleri ise mika, alüminyum, bronz partikülleri ve suni inci'dir.

Örümcek ve akrepler daha az su kaybı sağlamak için atık metabolizma ürünü olarak hücre içinde amonyağı guanin'e çevirir ve vücut dışına bu şekilde atarlar.

Kaynakça

  1. ^ Levy, Matthew (Ağustos 1999). "NH4N Polimerizasyonlarından Guanin Elde Edilmesi". Journal of Molecular Evolution. 49 (2). ss. 165-168. doi:10.1007/PL00006539.  - Yoasa makalesini kaynak gösterip reaksiyondaki kontaminasyon ihtimali üzerinde durmuştur.
  2. ^ Miyakawa, S (Aralık 2000). "Yüksek ısılı plazmada guaninin abiyotik sentezi". Orig Life Evol Biosph. 30 (6). ss. 557-66. doi:10.1023/A:1026587607264. 

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Adenin</span>

Adenin, toplam iki tane olan pürin bazlarından biri olan moleküldür. DNA ve RNA nükleik asitlerinin nükleotidlerinde bulunur. Adenin, DNA'da timine, RNA'da ise urasile hidrojen bağlarıyla bağlanarak içinde bulunduğu nükleik asidin yapısını sabitleştirir.

<span class="mw-page-title-main">Urasil</span>

Urasil, RNA'nın yapısındaki dört bazdan birisidir. Üç pirimidinden birisidir. DNA'da urasil yerine timin kullanılır. Timin gibi, urasil de adenin ile iki hidrojen bağı kullanarak bir baz çifti oluşturabilir. Urasil ile timin arasındaki fark, urasilde timindeki metil grubunun olmamasıdır. Urasil, timinle karşılaştırılırsa, sitozine daha kolay bozunur.

<span class="mw-page-title-main">Timin</span>

Timin (C5H6N2O2, 5-metilurasil), DNA'daki nükleik asitlerin bazlarından biri olan moleküldür. Adenin ile bir baz çifti oluşturabilir. Adenin ile aralarında 2 adet zayıf Hidrojen bağı bulunur.

<span class="mw-page-title-main">DNA replikasyonu</span> Biyolojik süreç

DNA replikasyonu veya DNA ikileşmesi, tüm organizmalarda meydana gelen ve DNA kopyalayarak kalıtımın temelini oluşturan biyolojik bir süreçtir. Süreç, bir adet çift iplikli DNA molekülüyle başlar ve iki özdeş DNA'nın oluşumuyla son bulur. Orijinal çift iplikli DNA'nın her ipliği, tamamlayıcı ipliğin üretiminde kalıp görevi görür. Hücresel proofreading ve hata kontrol mekanizmaları replikasyonun neredeyse hatasız gerçekleşmesini sağlar.

<span class="mw-page-title-main">Sitozin</span>

Sitozin (C) (2-oksi-4-aminopirimidin ya da 4-amino-2(1H)-pirimidinon) guanin, adenin ve timin (RNA'da urasil) ile beraber DNA ve RNA'daki temel azotlu bazlardan biri olan moleküldür. Kimyasal formülü C4H5N3O'dur. Bir heterosiklik aromatik halka ve iki substituentten (4. pozisyona bağlanmış bir amin ve 2. pozisyona bağlanmış keton) oluşan bir pirimidin türevidir. Sitozin'in nükleosidi sitidin'dir ve Watson-Crick baz eşleşmesine göre guanin ile 3 hidrojen bağı ile bağlanmış baz çifti kurar.

<span class="mw-page-title-main">RNA</span> nükleotitlerden oluşan polimer

Ribonükleik asid (RNA), bir nükleik asittir, nükleotitlerden oluşan bir polimerdir. Her nükleotit bir azotlu baz, bir riboz şeker ve bir fosfattan oluşur. RNA pek çok önemli biyolojik rol oynar, DNA'da taşınan genetik bilginin proteine çevirisi (translasyon) ile ilişkili çeşitli süreçlerde de yer alır. RNA tiplerinden olan mesajcı RNA, DNA'daki bilgiyi protein sentez yeri olan ribozomlara taşır, ribozomal RNA ribozomun en önemli kısımlarını oluşturur, taşıyıcı RNA ise protein sentezinde kullanılmak üzere kullanılacak aminoasitlerin taşınmasında gereklidir. Ayrıca çeşitli RNA tipleri genlerin ne derece aktif olduğunu düzenlemeye yarar.

<span class="mw-page-title-main">Protein biyosentezi</span>

Protein biyosentezi, hücrenin protein sentezlenmesi için gereken bir biyokimyasal süreçtir. Bu terim bazen sadece protein translasyonu anlamında kullanılsa da transkripsiyon ile başlayıp translasyonla biten çok aşamalı bir süreçtir. Prokaryotlarda ve ökaryotlarda ribozom yapısı ve yardımcı proteinler bakımından farklılık göstermesine karşın, temel mekanizma korunmuştur.

Deoksiriboz veya bilinen adlarıyla D-Deoksiriboz ve 2-deoksiriboz, beş karbon atomu içeren ve aldehit grubu barındıran aldopentozların bir üyesidir. Deoksiriboz, penton riboz şekerinin 2 pozisyonundaki hidroksil grubunun hidrojen ile yer değiştirmesiyle oluşur, yani bu bir oksijen atomunun kaybı ile sonuçlanır. Hidroksil grubunun değişmesi aynı zamanda, halka yapısını C3'-endo pozisyonundan C2'-endo olacak şekilde değiştirir. Bu molekül, 1929 yılında Phoebus Levene tarafından keşfedilmiştir ve DNA nükleik asidinin önemli bir yapıtaşıdır.

<span class="mw-page-title-main">Nükleik asit</span> bilinen tüm yaşam için gerekli olan büyük biyomoleküller sınıfı

Nükleik asitler, bütün canlı hücrelerde ve virüslerde bulunan, nükleotid birimlerden oluşmuş polimerlerdir. En yaygın nükleik asitler deoksiribonükleik asit (DNA) ve ribonükleik asit (RNA)'dır. İnsan kromozomlarını oluşturan DNA milyonlarca nükleotitten oluşur. Nükleik asitlerin başlıca işlevi genetik bilgi aktarımını sağlamaktır.

<span class="mw-page-title-main">Pürin</span>

Pürin (1), heterosiklik, aromatik bir organik bileşik bir molekül. Birbiriyle kaynaşmış imidazol ve pirimidin halkalarından oluşur. Pürin molekülü türevleri genel olarak "pürinler" olarak adlandırılır. Pürinler ve pirimidinler azotlu bazlar arasında yer alan iki gruptur. Bu bazlar deoksiribonükleotitler ve ribonükleotitlerin içinde yer alarak hücrelerdeki genetik bilginin kodlanmasında önemli bir rol oynarlar. DNA ve RNA'nın canlılardaki yaygınlığı nedeniyle, pürinler doğada en çok görülen azotlu heterosiklik bileşiklerdir.

Nükleobazlar, RNA ve DNA'daki şekerlere bağlı olan, azotlu kimyasal moleküldür. Bunlara adenin, guanin, sitozin, timin ve urasil dahildir. Bunlar sırasıyla A, G, C, T ve U olarak kısaltılır. Genetikte bunlara genelde baz olarak değinilir.

Doğa bilimlerinde canlı olmayan kuramsal olarak yeryüzü evriminin ilk oluştuğu yıllarda içinden yaşamın geliştiği ya da oluştuğu ilk çorbada bulunan canlılığı olmayan kimyasal öncülleri ayırt etmeye veya tanımlamaya yarayan bir şemsiye terim kümesidir. Örnek vermek gerekirse, 1953'teki klasik Urey-Miller deneyinde, canlı olmayan su (H2O), metan (CH4), amonyak (NH3) ve hidrojen (H2) gibi kimyasal varlıklara hidrojen siyanür, amino asit, basit şekerler, vb yaşamın farklı öncüllerini oluşturmak amacıyla harekete geçirici elektrik verilmişti. Bunlar zamanla kuramsal olarak yaşamın kurucu yapıları olan RNA ve DNAyı oluşturacaktı.

<span class="mw-page-title-main">Oynak baz çifti</span>

Oynak baz çifti, RNA ikincil yapısını oluşturmakta önemli bir yere sahip olan G-U, I-U, I-A ve I-C baz çiftlerinden biridir. Termodinamik kararlılığı Watson-Crick baz çiftininkine benzerdir. Oynak baz çiftleri genetik kodun doğru çevirisi için esastır. Genetik kod, 20 amino aside karşılık 64 kodon olmasından kaynaklanan uyumsuzlukları üstesinden gelmek için anti-kodonun birinci pozisyonunda değişime uğramış baz çiftler kullanır. Değişime uğramiş bazlardan önemli bir tanesi inosindir, bu baz üç bazla da eşlenebilir: urasil, adenin ve sitozin.

Moleküler biyolojide bir baz çifti, birbirine ters doğrultuda iki DNA veya RNA zinciri üzerinde bulunan, biribirine hidrojen bağları ile bağlanmış iki nükleobazdır. Standart Watson-Crick baz eşleşmesinde, adenin (A), timin (T) ile, guanin de sitozin ile bir baz çifti oluşturur. RNA içinde olan baz çiftlerinde timin'in yerini urasil (U) alır. Watson-Crick tipi olmayan ve alternatif hidrojen bağlarıyla meydana gelmiş baz çiftleri de oluşabilir, özellikle RNA'da; bunlara Hoogsteen baz çiftlerinde de rastlanır.

<span class="mw-page-title-main">DNA dizisi</span> bir DNA (GACT kullanarak) molekülü içindeki nükleotidlerin sırasını gösteren harf dizisi

DNA dizisi veya genetik dizi, gerçek veya hayalî bir DNA molekülü veya ipliğinin birincil yapısına karşılık gelen harfler dizisidir.

<span class="mw-page-title-main">Genetik kod</span> genetik materyal içinde kodlanan bilginin proteinlere çevrildiği kurallar

Genetik kod, genetik malzemede kodlanmış bilginin canlı hücreler tarafından proteinlere çevrilmesini sağlayan kurallar kümesidir. Kod, kodon olarak adlandırılan üç nükleotitlik diziler ile amino asitler arasındaki ilişkiyi tanımlar. Bir nükleik asit dizisindeki üçlü kodon genelde tek bir amino asidi belirler. Genlerin çok büyük çoğunluğu aynı kodla şifrelendiği için, özellikle bu koda kuralsal veya standart genetik kod olarak değinilir, ama aslında pek çok kod varyantı vardır. Yani, standart genetik kod evrensel değildir. Örneğin, insanlarda, mitokondrilerdeki protein sentezi kuralsal koddan farklı bir genetik koda dayalıdır.

<span class="mw-page-title-main">Sap-ilmik</span>

Sap-ilmik molekül içi baz eşleşmesi, tek iplikli DNA'da ve, daha yaygın olarak, RNA'da görülen bir yapıdır. Firkete veya firkete ilmiği olarak da adlandırılır. Bu yapı, aynı molekülün nükleotit dizisi bakımından genelde palindromik olan iki bölgesi arasında baz eşleşmesi sonucu meydana gelen çifte sarmal ve bu sarmalın ucunda eşleşmemiş bir ilmikten oluşur. Palindromik bir dizi her iki yönde de aynı okunan bir dizidir, örneğin bir yönde AAGC olan bir dizi, ters yönde TTCG olarak okunur, bu diziler birbirlerine komplemanter oldukları için DNA dizisi olarak palindromik oldukları söylenir. Meydana gelen lolipop benzeri yapı pek çok RNA ikincil yapısının yapı taşıdır.

Nükleotit trifosfat, üç fosfatlı bir nükleotittir. Doğal nükleotit trifosfatlar arasında adenozin trifosfat (ATP), guanozin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), timidin trifosfat (TTP) ve üridin trifosfat (UTP) bulunur. Bu terimler riboz içeren nükleotit trifosfatlar için kullanılır. Deoksiriboza içeren nükleotit trifosfatların adında ise deoksi- öneki bulunur: deoksiadenozin trifosfat (dATP), deoksiguanozin trifosfat (dGTP), deoksisitidin trifosfat (dCTP), deoksitimidin trifosfat (dTTP) ve deoxyüridin trifosfat. Nükleotit maddesine bakıp bu bileşiklerin ayrıntılı tanımlarını görebilirsiniz.

Deaminasyon bir molekülden bir amino grubunun çıkarılması. Bu reaksiyonu katalizleyen enzimler deaminaz olarak adlandırılır.

Biyosentez, substratların canlı organizmalarda daha karmaşık ürünlere dönüştürüldüğü çok aşamalı, enzim katalizli bir süreçtir. Biyosentezde basit bileşikler modifiye edilir, diğer bileşiklere dönüştürülür veya makromoleküller oluşturmak üzere birleştirilir. Bu süreç genellikle metabolik yollardan oluşur. Bu biyosentetik yollardan bazıları tek bir hücresel organel içinde yer alırken diğerleri birden fazla hücresel organel içinde yer alan enzimleri içerir. Bu biyosentetik yolların örnekleri arasında çift katlı lipit katmanının bileşenlerinin ve nükleotidlerin üretimi yer alır. Biyosentez genellikle anabolizma ile eş anlamlıdır ve bazı durumlarda birbirinin yerine kullanılır.