İçeriğe atla

Gen Ontolojisi

Gen Ontolojisi ya da GO, gen ve gen ürünü vasıflarının bütün türler kapsamında temsilini birleştirmek için büyük bir biyoenformatik girişimidir.[1] Proje özellikle şunları hedeflemektedir:

  1. Gen ve gen ürünü vasıflarına dair sahip olduğu denetli söz dağarcığının sürdürülmesi ve geliştirilmesi;
  2. Gen ve gen ürünlerinin notlaması, not verilerinin özümsenmesi ve dağıtılması;
  3. Projenin sağladığı verinin bütün boyutlarına kolayca erişilmesi için ve deneysel verilerin GO kullanarak (zenginleşim analizi gibi yollarla) işlevsel yorumlanabilmesi için araçlar sağlanması.

GO daha geniş bir sınıflandırma çabası olan Açık Biyomedikal Ontolojiler'in (Open Biomedical Ontologies - OBO) bir parçasıdır.[2]

GO terimleri ve ontolojisi

Pratik bir bakışla ontoloji, bilgi sahibi olduğumuz bir şeyin temsilidir. "Ontolojiler" tespit edilebilir ya da doğrudan gözlemlenebilir şeylerin ve bu şeyler arasındaki ilişkilerin temsilinden oluşur. Biyoloji ve ilişkili sahalarda evrensel bir standart terminoloji bulunmamaktadır, belirli bir türe özgü, araştırma alanına özgü, hatta belirli bir araştırma grubuna özgü terim kullanımları olabilmektedir. Bu da verilere dair iletişim ve paylaşımı daha zor kılmaktadır. Gen Ontolojisi projesi gen ürünü özelliklerini temsil eden tanımlı terimlerin bir ontolojisini sağlar. Ontoloji üç sahayı kapsar:

  • hücresel bileşen, bir hücrenin ya da hücredışı ortamının parçaları;
  • moleküler işlev, bir gen ürününün moleküler düzeydeki bağlanma ya da enzim katalizi gibi öğesel faaliyetleri;
  • biyolojik süreç, entegre yaşam birimlerinin (hücrelerin, dokuların, organların ve organizmaların) işleyişiyle ilgili, tanımlı bir başlangıcı ve sonu olan işlemler veya moleküler olay kümeleri.

Ontoloji dahilindeki her bir GO teriminin bir terim adı vardır, bu ad şunlardan birisi olabilir: bir sözcük ya da sözcük dizisi; eşsiz bir alfanumerik belirteç; atıflar yapan bir tanımlama; ait olduğu sahayı belirten bir ad-uzamı. Terimlere ait eş-anlamlılar olabilir: bunlar terime tam eşdeğer olarak, daha geniş ya da dar kapsamlı olarak veya terimle ilişkili olarak sınıflanırlar. Yine terimlere ait, başka veritabanlarındaki eşdeğer kavramlara atıflar; terim anlamı ya da kullanımı üzerine yorumlar olabilir. GO ontolojisi bir yönlü-çevrimsiz-çizge olarak yapılanmıştır ve her bir terim, aynı sahaya ait (bazen başka sahalara da ait) bir ya da daha fazla başka terim ile tanımlı ilişkilere sahiptir. GO söz dağarcığı tür-tarafsız olarak tasarlanmıştır ve prokaryotlara, ökaryotlara, tek ya da çok hücreli organizmalara uygulanabilir terimler içermektedir.

GO sabit değildir ve ekleme, düzeltme ve değiştirme önerileri hem araştırma ve notlama topluluğu üyelerinden hem de doğrudan GO projesine dahil olan kişilerden gelir ve yine bu kişilerden istenir. Örneğin, bir notlayıcı bir metabolik patikayı temsil edecek özgül bir terim talep edebilir ya da ontolojinin bir kısmı topluluk uzmanlarının yardımıyla gözden geçirilebilir (örn.[3]). Önerilen düzenlemeler ontoloji editörleri tarafından değerlendirilir ve uygun olduklarında yürürlüğe geçirilir.

GO ontoloji dosyası GO websitesinden[4] farklı dosya biçimleriyle ücretsiz olarak edinilebilir ya da GO tarayıcısını kullanarak çevrimiçi erişilebilir AmiGO9 Ocak 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.. Gen Ontolojisi projesi ayrıca terimlerinin başka sınıflandırma sistemleriyle eşleştirme dosyalarını da sağlamaktadır.

Örnek GO terimi

id:      GO:0000016
name:    lactase activity
namespace: molecular_function
def:     "Catalysis of the reaction: lactose + H2O = D-glucose + D-galactose." [EC:3.2.1.108]
synonym: "lactase-phlorizin hydrolase activity" BROAD [EC:3.2.1.108]
synonym: "lactose galactohydrolase activity" EXACT [EC:3.2.1.108]
xref:    EC:3.2.1.108
xref:    MetaCyc:LACTASE-RXN
xref:    Reactome:20536
is_a:    GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds

Veri kaynağı:[5]

Notlama

Genom notlaması bir gen ürününe dair veri yakalama pratiğidir ve GO notlamaları bunun için GO ontolojisindeki terimleri kullanır. GO Konsorsiyumunun üyeleri kendi notlamalarını entegrasyon ve dağıtım için GO websitesine gönderirler, notlamalar bu sitede doğrudan indirilebilirler ya da AmiGO9 Ocak 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. kullanarak çevrimiçi görüntülenebilirler. Gen ürünü belirteci ve ilgili GO terimine ek olarak, GO notlamalarında şu veriler bulunur:

  • Notlamayı yapmakta kullanılan atıf (örn. bir dergi makalesi)
  • Notlamanın dayandırıldığı kanıt tipini belirten bir kanıt kodu
  • Notlamanın tarihi ve yaratıcısı

Kanıt kodu, hem manüel hem otomatik notlama yöntemlerini kapsayan bir denetli söz dağarcığı olan Kanıt Kodu Ontolojisinden gelir. Örneğin, İzlenebilen Yazar Beyanı (Traceable Author Statement - TAS) bir küratörün yayınlanmış bir bilimsel makaleyi okumuş olduğu ve bu notlamadaki üstverinin bu makaleden bir alıntı taşıdığı anlamına gelir; Dizi Benzerliğinden Çıkarım (Inferred from Sequence Similarity - ISS) bir küratörün bir dizi benzerliği aramasına ait çıktıyı değerlendirmiş ve biyolojik anlam taşıdığını geçerlemiş olduğu anlamına gelir. Otomatik süreçlerden (örn. başka bir notlama söz dağarcığı kullanarak yaratılmış notlamaların yeniden eşleştirilmesi) gelen notlamalara Elektronik Notlamadan Çıkarım (Inferred from Electronic Annotation - IEA) kodu verilir. 1 Nisan 2010 itibarıyla bütün GO notlamalarının %98'den fazlası hesaplamalı olarak çıkarsanmıştı, küratörler tarafından değil.[6] Bu notlamalar bir insanın muayenesinden geçmemiş olduğundan, GO Konsorsiyumu bunları daha az güvenilir görmektedir ve AmiGO'da çevrimiçi olarak sunulan verilere bunların yalnızca bir altkümesini dahil etmektedir. Tam notlama veri kümeleri GO websitesinden 26 Kasım 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. indirilebilir. Notlamanın gelişimini desteklemek için, GO Konsorsiyumu yeni geliştirici gruplara çalışma kampları ve mentorlar sağlamaktadır.

Örnek notlama

Gen ürünü: Actin, alpha cardiac muscle 1, UniProtKB:P68032
GO terimi: heart contraction ; GO:0060047 (biyolojik süreç)
Kanıt kodu: Mutant Fenotipinden Çıkarım (Inferred from Mutant Phenotype - IMP)
Atıf:    PMID 17611253 2 Haziran 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Atayan:  UniProtKB, 6 Haziran 2008

Veri kaynağı:[7]

Araçlar

GO projesinin sağladığı verileri kullanan, hem çevrimiçi hem de indirerek kullanılabilecek çok sayıda araç bulunmaktadır.[8] Bunların muazzam çoğunluğu üçüncü taraflardan gelir; GO Konsorsiyumu araçlardan iki tanesini geliştirip desteklemektedir, AmiGO ve OBO-Edit.

AmiGO,[9] kullanıcıların ontolojileri ve gen ürünü notlama verilerini sorgulamasına, taramasına ve görselleştirmesine olanak veren web-tabanlı bir uygulamadır. Ayrıca, bir BLAST aracı,[10] daha büyük veri kümelerinin analizine olanak veren araçları,[11][12] ve GO veritabanını doğrudan sorgulamak için bir arayüzü de bulunur.[13]

AmiGO GO Konsorsiyumunun sağladığı verilere erişmek için GO websitesinde çevrimiçi olarak kullanılabilir ya da GO veritabanı şemasına uygun herhangi bir veritabanı üzerinde yerel kullanım için indirilerek kurulum yapılabilir (örn.[14]). Özgür bir açık kaynaklı yazılımdır ve go-dev yazılım dağıtımının bir parçası olarak sunulmaktadır.[15]

OBO-Edit,[16] Gen Ontolojisi Konsorsiyumu tarafından geliştirilip sürdürülen, açık kaynaklı, platformdan-bağımsız ontoloji düzenleyicisidir. Java'da yazılmıştır ve ontolojilerin görüntülenmesi ve düzenlenmesinde çizge-yönelimli bir yaklaşım kullanır. OBO-Edit kapsamlı bir arama ve süzme arayüzü ve terimlerin görsel olarak ayırt edilmesi için altkümeleri çizdirme seçeneği içermektedir; kullanıcı arayüzünü kullanıcı tercihlerine göre özelleştirilmesi de mümkündür. OBO-Edit'te ayrıca açıkça beyan edilmemiş bağlantıları mevcut ilişkilerine ve özelliklerine dayalı olarak çıkarsayabilen bir semantik akıl yürütücü de bulunmaktadır. Biyomedikal ontolojiler için geliştirilmiş olsa da, OBO-Edit herhangi bir ontolojiyi görüntülemek, aramak ve düzenlemek için kullanılabilir. Ücretsiz olarak indirilebilmektedir.[15]

GO Konsorsiyumu

GO Konsorsiyumu GO projesine etkin olarak dahil olan biyolojik veritabanlarının ve araştırma gruplarının kümesidir.[17] Bunlar, çeşitli model organizma veritabanlarını, çok-türlü protein veritabanlarını, yazılım geliştirme gruplarını ve tahsis edilmiş editoryal bir büroyu içerir.

Tarih

Gen ontolojisi başlangıçta üç model organizmanın (Drosophila melanogaster (meyve sineği), Mus musculus (fare) ve Saccharomyces cerevisiae (bira ya da ekmek mayası)) genomunu çalışan araştırmacıların bir konsorsiyumu tarafından 1998'de inşa edildi.[18] Birçok diğer model organizma veritabanları Gen Ontolojisi konsorsiyumuna katılarak, hem notlama verisine katkı yaptılar, hem de verilerin görüntülenmesi ve uygulanması için ontoloji ve araçların geliştirilmesine katkı yaptılar. Şimdiye dek, bitki, hayvan ve mikroorganizmalara ait başlıca veritabanlarının çoğu projeye yönelik katkıda bulundular. Ocak 2008 itibarıyla GO, geniş bir çeşitlilikteki biyolojik organizmalara uygulanabilen 24,500'den fazla terim içermektedir. GO'nun gelişimi ve kullanımı üzerine belirgin bir literatür vücut bulmuştur ve biyoenformatik cephaneliğinde standart bir araç olmuştur. Hedeflerinin üç boyutu vardır: gen ontolojisi oluşturulması, genlere/gen ürünlerine ontoloji ataması yapılması ve bu iki hedefe dönük yazılım ve veritabanları geliştirilmesi.

Ayrıca bakınız

Kaynakça

  1. ^ The Gene Ontology Consortium (Ocak 2008). "The Gene Ontology project in 2008". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue). ss. D440-4. doi:10.1093/nar/gkm883. PMC 2238979 $2. PMID 17984083. 
  2. ^ Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (Kasım 2007). "The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration". Nat. Biotechnol. 25 (11). ss. 1251-5. doi:10.1038/nbt1346. PMC 2814061 $2. PMID 17989687. 
  3. ^ Diehl AD, Lee JA, Scheuermann RH, Blake JA (Nisan 2007). "Ontology development for biological systems: immunology". Bioinformatics. 23 (7). ss. 913-5. doi:10.1093/bioinformatics/btm029. PMID 17267433. 
  4. ^ "Gen Ontolojisi Veritabanı". Gen Ontolojisi Konsorsiyumu. 9 Ocak 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Kasım 2014. 
  5. ^ GO Konsorsiyumu (16 Mart 2009). "gene_ontology.1_2.obo" (OBO 1.2 düz dosya). 6 Ekim 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2009. 
  6. ^ "The what, where, how and why of gene ontology—a primer for bioinformaticians — Brief Bioinform". doi:10.1093/bib/bbr002. 
  7. ^ GO Konsorsiyumu (16 Mart 2009). "AmiGO: P68032 Associations". 5 Kasım 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2009. 
  8. ^ Mosquera JL, Sánchez-Pla A (Temmuz 2008). "SerbGO: searching for the best GO tool". Nucleic Acids Res. 36 (Web Server issue). ss. W368-71. doi:10.1093/nar/gkn256. PMC 2447766 $2. PMID 18480123. 
  9. ^ DOI:10.1093/bioinformatics/btn615
  10. ^ "AmiGO BLAST aracı". 20 Ağustos 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 26 Kasım 2014. 
  11. ^ AmiGO Terim Zenginleşim aracı 7 Nisan 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.; bir notlama kümesinde paylaşılan belirgin GO terimlerini bulur
  12. ^ AmiGO İnceltici 29 Eylül 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.; granüler notlamaları üst-düzey terimlere kadar eşleştirir
  13. ^ GOOSE 1 Mart 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi., GO Çevrimiçi SQL Ortamı; GO veritabanına dönük doğrudan SQL sorgulamasına olanak verir
  14. ^ Bitki Ontolojisi Konsorsiyumu (16 Mart 2009). "Bitki Ontolojisi Konsorsiyumu". 18 Ekim 2015 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2009. 
  15. ^ a b "SourceForge'da Gen Ontolojisi dosyaları". 8 Mayıs 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2009. 
  16. ^ DOI:10.1093/bioinformatics/btm112
  17. ^ "GO Konsorsiyumu". 2 Temmuz 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 16 Mart 2009. 
  18. ^ Ashburner M, Ball CA, Blake JA, Botstein D, Butler H, Cherry JM, Davis AP, Dolinski K, Dwight SS, Eppig JT, Harris MA, Hill DP, Issel-Tarver L, Kasarskis A, Lewis S, Matese JC, Richardson JE, Ringwald M, Rubin GM, Sherlock G (Mayıs 2000). "Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium". Nat. Genet. 25 (1). ss. 25-9. doi:10.1038/75556. PMC 3037419 $2. PMID 10802651. 

Dış bağlantılar

  • Gen Ontolojisi Konsorsiyumu 26 Kasım 2014 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. — Ontolojilere erişim sağlar, yazılım araçları, notlanmış gen ürünü listeleri, GO'yu ve kullanımlarını tarif eden kaynak belgeler bulunur.
  • GO Terimi Zenginleşimi proteinler ve GO notlamaları arasında paylaşılan çağrışımların teşhis edilmesinde kullanılan yaygın bir istatistiksel yöntemdir.
  • GONUTS Wiki — üçüncü taraf GO terimi belgelendirmesi, birçok başlıca model organizma veritabanındaki GO notlamalarına bağlantılar içerir.
  • GOCat — Biyomedikal Metinlerin İşlevsel Notlamasına yardımcı Otomatik GO Kategorileyici/Tarayıcı; yüksek-hacimli deneylerce üretilen protein ve gen isim listelerini işlevsel olarak karakterize etmekte kullanışlıdır
  • Protein Ontolojisi Projesi — Protein Ontolojisi (PO), PO ve kullanımlarını tarif eden kaynak belgeler.
  • EAGLi 16 Şubat 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. — MEDLINE için terminolojiye-dayalı (Gen Ontolojisi, Swiss-Prot anahtar sözcükleri, vb.) bir biyomedikal soru yanıtlama motoru
  • PubOnto — Gen Ontolojisi ve diğer ontolojilere dayanan Medline Dolaşılması.
  • WikiProfessional18 Ocak 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. — muğlaksızlama, bilgi üretimi ve işbirlikçi zeka.
  • SimCT — bir ontolojiye notlanmış biyolojik nesneler arasındaki ilişkilerin bir öbekleme ağacı biçiminde görüntülenmesi için web-tabanlı araç.
  • SerbGO — farklı programların yeteneklerini karşılaştıran, ortak özelliklerini ve farklarını gösteren, kullanıcının özgül olarak gereksindiği yeteneklere hangi araçların (eğer varsa) sahip olduğunu gösteren bir GO aracı
  • Saha-merkezli Gen Ontolojisi 2 Ocak 2015 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. — işlevler, fenotipler, hastalıklar ve dahası üzerine saha-merkezli ontolojilerin veritabanı
  • GO2PUB 29 Eylül 2013 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. — gen ontolojisi terimlerinin semantik genişletilmesi ile PubMed'in sorgulanması

İlgili Araştırma Makaleleri

<span class="mw-page-title-main">Bakteri</span> mikroorganizma üst âlemi

Bakteri (İngilizce telaffuz: [bækˈtɪəriə] ( dinle); tekil isim: bacterium), tek hücreli mikroorganizma grubudur. Tipik olarak birkaç mikrometre uzunluğunda olan bakterilerin çeşitli şekilleri vardır, kimi küresel, kimi spiral şekilli, kimi çubuksu, kimi virgül şeklinde olabilir. Yeryüzündeki her ortamda bakteriler mevcuttur. Toprakta, deniz suyunda, okyanusun derinliklerinde, yer kabuğunda, deride, hayvanların bağırsaklarında, asitli sıcak su kaynaklarında, radyoaktif atıklarda büyüyebilen tipleri vardır. Tipik olarak bir gram toprakta bulunan bakteri hücrelerinin sayısı 40 milyon, bir mililitre tatlı suda ise bir milyondur; toplu olarak dünyada beş nonilyon (5×1030) bakteri bulunmaktadır, bunlar dünyadaki biyokütlenin çoğunu oluşturur. Bakteriler gıdaların geri dönüşümü için hayati bir öneme sahiptirler ve gıda döngülerindeki çoğu önemli adım, atmosferden azot fiksasyonu gibi, bakterilere bağlıdır. Ancak bu bakterilerin çoğu henüz tanımlanmamıştır ve bakteri şubelerinin sadece yaklaşık yarısı laboratuvarda kültürlenebilen türlere sahiptir. Bakterilerin araştırıldığı bilim bakteriyolojidir, bu, mikrobiyolojinin bir dalıdır.

<span class="mw-page-title-main">Biyoteknoloji</span> Yararlı ürünler geliştirmek veya yapmak için canlı sistemlerin ve organizmaların kullanılması

Biyoteknoloji; hücre ve doku biyolojisi kültürü, moleküler biyoloji, mikrobiyoloji, genetik, fizyoloji ve biyokimya gibi doğa bilimlerinin yanı sıra makine mühendisliği, elektrik-elektronik mühendisliği ve bilgisayar mühendisliği gibi mühendislik dallarından yararlanarak, DNA teknolojisiyle bitki, hayvan ve mikroorganizmaları geliştirmek, özel bir kullanıma yönelik ürünleri oluşturmak ya da dönüştürmek için biyolojik sistemleri, canlı organizmaları ya da türevlerini kullanan uygulamaların tümüne verilen addır.

Mutasyon ya da değişinim, bir canlının genomu içindeki DNA ya da RNA diziliminde meydana gelen kalıcı değişmelerdir. Mutasyona sahip bir organizma ise mutant olarak adlandırılır.

<span class="mw-page-title-main">Lipaz</span> Lipitleri hidroliz eden enzim

Lipaz, lipitlerin ester bağlarının hidrolizini katalizleyen bir enzimdir. Lipazlar esterazların bir alt sınıfıdır.

<span class="mw-page-title-main">Plazmid</span> Hücre içindeki küçük DNA molekülü

Plazmidler; bakteriler, arkeler ve ökaryotlar arasında birçok mikroorganizmada bulunan dairesel veya çizgisel ekstrakromozomal replikonlardır. Bakterilerin genetik bilgiyi aktarması, hızlı evrimleşmelerini ve adaptasyonlarını kolaylaştırması için önemli araçlardır. Hedeflenen genleri ekleyerek, değiştirerek veya silerek mikroorganizmaları manipüle etmek ve analiz etmek için önemli araçlar olarak hizmet eder. Prokaryotik hücrelerde bulunurlar ve kromozomlardan bağımsız olarak çoğalırlar. Ek olarak, plazmidler hücreler arasında aktarılabilir, bu da onları prokaryotik evrimde önemli itici güçler olarak kabul eder ve onları yanal gen aktarımına aracılık eden güçlü ajanlar yapar. Antibiyotik direnci gibi yeni işlevler sağlayarak konakçı evrimini hızlandırmakla kalmazlar, aynı zamanda artan gen ifade seviyeleri ve kopya sayısı değişiklikleri yoluyla mutasyonların edinim oranlarına da yol açabilirler. Plazmid genomları genellikle, aynı aileden ilgili plazmidler arasında korunan ve replikasyon ve hareketlilik gibi önemli plazmide özgü işlevlerle ilişkili çekirdek lokusların bir omurgasını içerir. Etkili yatay gen transfer (HGT) vektörleri olarak görev yapar.

Biyolojide filogenetik çeşitli organizma grupları arasındaki evrimsel ilişkinin araştırmasıdır. Bu ilişkiler filogeni olarak adlandırılır. Filogenetik terimi Yunanca kökenlidir, "kabile, ırk" anlamına gelen file veya filon (φυλή/φῦλον) ve doğumla ilişkili anlamındaki genetikos (γενετικός) terimlerinden türetilmiştir. Organizmaların sınıflandırması ve adlandırması olan taksonomi, filogenetikten büyük miktarda etkilenmiştir ama yöntemsel ve mantıksal olarak farklıdır. Bu iki saha, "kladizm" veya "kladistik" olarak bilinen filogenetik sistematik bilim dalında örtüşürler. Filogenetik sistematikte taksonları birbirinden ayırt etmek için sadece filogenetik ağaçlar kullanılır. Evrimsel hayat ağacının araştırılması için filogenetik analiz yöntemleri vazgeçilmez hâle gelmiştir.

<span class="mw-page-title-main">Yaşam</span> biyolojik süreçler gösteren canlıların bir özelliği

Yaşam veya hayat sinyalizasyon ve kendi kendini idame ettirme süreçleri gibi biyolojik süreçlere sahip olan maddeyi, bu özelliklere sahip olmayan maddeden ayıran bir niteliktir ve büyüme, uyaranlara tepki verme, metabolizma, enerji dönüşümü ve üreme kapasitesi ile tanımlanır. Bitkiler, hayvanlar, mantarlar, protistler, arkealar ve bakteriler gibi çeşitli yaşam biçimleri mevcuttur. Biyoloji, yaşamı inceleyen bilim dalıdır.

PubMed, öncelikle yaşam bilimleri ve biyomedikal konulardaki referans ve özetlerin MEDLINE veritabanına erişen ücretsiz bir arama motorudur. Ulusal Sağlık Enstitülerindeki Amerika Birleşik Devletleri Ulusal Tıp Kütüphanesi (NLM), Entrez bilgi erişim sisteminin bir parçası olarak veritabanını korumaktadır.

Biyolojide sinyal transdüksiyonu bir hücrenin bir cins sinyal veya uyarıyı başka birine dönüştürme sürecidir. Çoğu zaman bu, hücre içinde enzimlerin yürüttüğü biyokimyasal reaksiyonlarla gerçekleşir, bunlar birbirine ikincil habercilerle bağlanıp bir "ikincil haberci yolu" oluştururlar. Bu süreçler genelde hızlı olur, iyon akıları durumunda milisaniyeler mertebesinde, protein ve lipit aracılıklı kinaz çağlayanı (cascade) durumunda dakikalar mertebesinde sürer. Çoğu sinyal transdüksiyonu işleminde sinyal ilk uyarandan ileri doğru yayıldıkça bu olaylara katılan protein ve diğer moleküllerin sayısı da artar ve böylece küçük bir sinyal büyük bir tepki doğurabilir; buna "sinyal kaskadı" denir. Bakteri ve diğer tek hücreli organizmalarda, hücrenin sahip olduğu sinyal trasndüksiyon süreçleri onun çevresine nasıl tepki vereceğini belirler. Çok hücreli organizmalarda organizmanın bir bütün olarak çalışmasını sağlamak için bireysel hücrelerin davranışlarını koordine eden pek çok sinyal transdüksiyon süreci gerekmektedir. Tahmin edileceği üzere, bir organizma ne kadar karmaşıksa organizmanın sahip olduğu sinyal transdüksiyon süreçlerinin repertuvarı da o derece karmaşık olmak durumundadır. Dolasıyla hücresel seviyede hem iç hem de dış çevrenin duyumu sinyal transdüksiyonuna dayalıdır. Çoğu hastalık, örneğin diyabet, ateroskleroz, özbağışıklık (otoimmünite), kanser, sinyal transdüksiyon yollarındaki bozukluklardan kaynaklanır. Bu durum, sinyal transdüksiyonunun biyoloji kadar tıpta da olan önemini ortaya koyar.

MEDLINE, 1950 yılına kadar uzanan gazete ve dergi makalelerine yapılmış atıflara ait bir bibliyografik veri tabanıdır. Veritabanı, klinik tıp ve biyomedikal araştırmalarına ait 4,600’den fazla uluslararası yayını içermekte olup, aynı zamanda diş hekimliği, hemşirelik, kimya, farmakoloji, biyoloji, fizik, beslenme, sağlık teslimat, psikiyatri, psikoloji, çevre sağlığı, sosyal bilimler ve eğitim konularını da kapsar. Medline veritabanı, kayıtlardan oluşan koleksiyonu tarama özelliğine sahip olmanın yanı sıra, 13 milyon’dan daha fazla atıfı içerdiği için de etkili bir biçimde tarama yapmak önemlidir.

<span class="mw-page-title-main">Çoklu dizi hizalaması</span> üç ya da çok biyolojik dizinin hizalaması

Çoklu dizi hizalaması, üç ya da çok biyolojik dizinin dizi hizalamasıdır. Çoğu durumda, girdi kümesindeki sorgu dizilerinin evrimsel bir ilişkiye sahip olduğu, yani ortak bir ataya sahip oldukları varsayılır. Elde edilen çoklu dizi hizalamasından homoloji olduğu çıkarımı yapılabilir ve filogenetik analiz ile dizilerin evrimsel kökenleri değerlendirilebilir. Hizalamanın sağdaki resimdeki gibi gösterimiyle noktasal mutasyonlar, hizalamadaki sütunlardan birinde farklı bir harf olarak, ensersiyon ve delesyonlar ise hizalamadaki satırlardan bir veya daha fazlasında tire şeklinde beliren eklemeler şeklinde mutasyon olayları görülebilir. Protein bölgelerinde, ikincil veya üçüncül yapılarda ve hatta bireysel amino asit veya nükleotitlerin dizi korunumunu değerlendirmek için çoklu dizi hizalamaları sıkça kullanılır.

Gen bulma, genomik DNA'da biyolojik olarak işlevsel olan dizileri algoritmik olarak tespit etmekle ilgili hesaplamalı biyolojinin bir sahasıdır. İşlevsel dizilerden kastedilen genelde protein kodlayıcı genler olmakla beraber, RNA genleri ve düzenleyici bölgeler de dahil edilir. Bir organizmanın genomu dizilendikten sonra bu genomun anlaşılabilmesi için ilk ve en önemli adım gen bulmadır.

Mikrosatelitler, Basit dizi tekrarları veya Kısa Bitişik Tekrarlar DNA'da bulunan, 1-6 baz çifti uzunluğundaki tekrar eden dizilerdir.

Mikro evrim, tek bir canlı türü ve bu türün popülasyonları içinde çeşitli seleksiyonlar sonucu oluşan tüm küçük değişimler ve evrimleşme olayları. Bu anlamda mikro evrim, bir popülasyonun gen sıklığında küçük ölçekte oluşan değişimlerin evrimidir.

<span class="mw-page-title-main">GUS raporlayıcı sistem</span> Raporlayıcı gen sistemi

GUS raporlayıcı sistem bir raporlayıcı gen sistemi. özellikle bitki moleküler biyolojisinde ve mikrobiyolojide kullanılır. Birkaç tür GUS raporlayıcı gen tahlili mevcuttur. Tahlillerin farkı kullanılan subsratların farklı olmasıdır. GUS boyaması terimi bu tahlillerin en yaygınıdır ve histokimyasal bir teknik olarak geçer.

<span class="mw-page-title-main">I-TASSER</span>

I-TASSER amino asit sekanslarından protein moleküllerinin üç boyutlu yapısını tahmin etmek için kullanılan bir biyoinformatik yöntemi. Katlama tanıma adı verilen bir teknikle Protein Veri Bankası'ndan yapı şablonlarını algılar. Kopya değiştirme Monte Carlo simülasyonları kullanılarak katlanma şablonlarından yapısal parçalar yeniden bir araya getirilerek tam uzunlukta yapı modelleri oluşturulur. I-TASSER, topluluk çapındaki CASP deneylerine göre en başarılı protein yapısı tahmin yöntemlerinden biridir.

<span class="mw-page-title-main">Laktoz intoleransı</span> Tıbbi durum

Laktoz intoleransı, süt ürünlerinde bulunan bir şeker olan laktozu şekerininin sindirme yeteneğinin azalması veya yetersiz kalmasından kaynaklanır. Ancak insanların tolere edebilecekleri laktoz miktarı değişir. Semptomlar karın ağrısı, şişkinlik, ishal, gaz ve mide bulantısını içerebilir. Bu semptomlar tipik olarak laktoz içeren bir şey yedikten veya içtikten sonra yarım ila iki saat arasında başlar ve ciddiyeti tüketilen miktara bağlıdır. Laktoz intoleransı, süt alerjisinden farklıdır olarak gastrointestinal sistemde hasara neden olmaz.

Hücrelerin evrimi, hücrelerin evrimsel kökenini ve daha sonraki evrimsel gelişimini ifade eder. Hücreler ilk olarak en az 3,8 milyar yıl önce, dünya oluştuktan yaklaşık 750 milyon yıl sonra ortaya çıktı.

Chemical Entities of Biological Interest, kısaca ChEBI, Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü'ndeki (EBI) Açık Biyomedikal Ontolojiler (OBO) çabasının bir parçası olan, 'küçük' kimyasal bileşiklere odaklanan moleküler varlıkların bir kimyasal veritabanı ve ontolojisidir. "Moleküler varlık" terimi, ayrı ayrı ayırt edilebilir bir varlık olarak tanımlanabilen, yapısal veya izotopik olarak farklı herhangi bir atom, molekül, iyon, iyon çifti, radikal, radikal iyon, kompleks, konformer vb. anlamına gelir. Söz konusu moleküler varlıklar ya doğal ürünler ya da potansiyel biyoaktiviteye sahip sentetik ürünlerdir. Proteolitik bölünme yoluyla proteinlerden türetilen nükleik asitler, proteinler ve peptidler gibi doğrudan genom tarafından kodlanan moleküller, kural olarak ChEBI'ye dâhil değildir.

<span class="mw-page-title-main">Biyolojik veritabanı</span> biyolojik bilgi veritabanı

Biyolojik veritabanları, bilimsel deneylerden, yayınlanmış literatürden, yüksek verimli deney teknolojisinden ve hesaplamalı analizlerden toplanan biyolojik bilimler kütüphaneleridir. Genomik, proteomik, metabolomik, mikroarray gen ifadesi ve filogenetik gibi araştırma alanlarından bilgiler içerirler. Biyolojik veritabanlarında yer alan bilgiler arasında gen fonksiyonu, yapısı, lokalizasyonu, mutasyonların klinik etkilerinin yanı sıra biyolojik dizilerin ve yapıların benzerlikleri yer almaktadır.


Bu sayfa, bu Vikipedi makalesine dayanmaktadır.
Metin, CC BY-SA 4.0 lisansı altında mevcuttur; ek koşullar uygulanabilir.
Görseller, videolar ve sesler kendi lisansları altında mevcuttur.